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基于生物信息学方法筛选特应性皮炎关键基因和相关药物预测
1
作者 王晓晨 陈露 +3 位作者 刘畅 陈晓青 李芃 邱文洪 《江汉大学学报（自然科学版）》 2024年第2期46-55,共10页
目的筛选特应性皮炎皮损区的关键基因及对潜在的治疗药物的预测。方法从GEO数据库中获得GSE193309高通量测序数据,运用R语言进行差异表达基因筛选、GO功能富集分析和KEGG通路富集分析,并通过String网站进行蛋白互作网络(PPI)的构建;用Cy... 目的筛选特应性皮炎皮损区的关键基因及对潜在的治疗药物的预测。方法从GEO数据库中获得GSE193309高通量测序数据,运用R语言进行差异表达基因筛选、GO功能富集分析和KEGG通路富集分析,并通过String网站进行蛋白互作网络(PPI)的构建;用Cytoscape软件中的插件MCODE进行模块分析,筛选出特应性皮炎皮损区的关键基因;基于CIBERSORT算法,对特应性皮炎皮损区与非皮损区的皮肤之间的免疫细胞进行差异分析,最后利用Connectivity Map预测可以减轻特应性皮炎皮损症状的潜在小分子化合物。结果本研究共筛选出1847个差异表达基因和11个关键基因PI3、SPRR2B、LCE3C、LCE3E、SPRR1A、LCE3A、SPRR2A、SPRR2F、SPRR1B、LCE3D和LCE5A。GO分析共富集962个功能,包括免疫系统过程、白细胞的激活、防御反应等;KEGG分析共富集64条通路,差异表达基因与细胞因子-细胞因子受体相互作用最相关。未活化的树突状细胞、M2巨噬细胞和未活化的肥大细胞在表皮免疫微环境中占比最高。预测出小分子化合物埃博霉素、苯甲酰喹、茚地那韦、KU-0063794、PI-103、头孢雷特、氨氯地平、PI-828可作为减轻特应性皮炎局部皮损的潜在药物。结论PI3、SPRR2B、LCE3C、LCE3E、SPRR1A、LCE3A、SPRR2A、SPRR2F、SPRR1B、LCE3D和LCE5A可能是特应性皮炎皮损发生相关的关键基因,预测的8个小分子化合物可为后续的药物研发提供理论参考。 展开更多
关键词 特应性皮炎 生物信息学 免疫浸润 潜在治疗药物
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生物信息学方法鉴定ER阴性乳腺癌关键基因及预测潜在治疗药物
2
作者 张渊源 龚柳云 韩苏夏 《西安交通大学学报（医学版）》 CAS CSCD 北大核心 2021年第4期540-546,553,共8页
目的利用生物信息学方法探寻ER阴性乳腺癌关键基因及潜在治疗药物。方法利用GEO数据库下载乳腺癌基因表达谱(GSE22219)。应用R语言对GSE22219进行主成分分析(PCA)、差异表达基因(DEGs)和基因本体(GO)分析。使用STRING进行京都基因和基... 目的利用生物信息学方法探寻ER阴性乳腺癌关键基因及潜在治疗药物。方法利用GEO数据库下载乳腺癌基因表达谱(GSE22219)。应用R语言对GSE22219进行主成分分析(PCA)、差异表达基因(DEGs)和基因本体(GO)分析。使用STRING进行京都基因和基因组百科全书(KEGG)路径分析和蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)分析。用Cytoscape软件进行可视化编辑,MCODE插件进行子网络模块分析,筛选出ER阴性乳腺癌发生过程中的核心基因。利用Drugbank探寻小分子化合物作为潜在的治疗药物。结果筛选出69个差异基因和8个核心基因。其中最重要的KEGG途径是醛固酮调节的钠重吸收途径。GO分析表明,最显著的富集是有关前列腺形态发生过程。筛选出21个小分子化合物可作为治疗ER阴性乳腺癌的潜在药物。结论生物信息分析结合药物数据库可帮助寻找治疗疾病的潜在药物,有望成为未来药物研究的一种新方式。 展开更多
关键词 乳腺癌 基因芯片 差异表达 潜在治疗药物
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