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珍稀濒危飘带兜兰叶绿体全基因组种内变异研究
1
作者 高鑫祯 唐露 +2 位作者 汪雨 邵士成 罗艳 《广西植物》 CAS CSCD 北大核心 2024年第1期1-14,共14页
飘带兜兰(Paphiopedilum parishii)分布范围狭窄,仅在中国、缅甸、泰国以及老挝有少量分布。近年来,因生境破坏和人为滥采而导致飘带兜兰野生种群极度缩减。为开发种内多态性的分子标记用于保护生物学研究,该研究对飘带兜兰4个野生个体... 飘带兜兰(Paphiopedilum parishii)分布范围狭窄,仅在中国、缅甸、泰国以及老挝有少量分布。近年来,因生境破坏和人为滥采而导致飘带兜兰野生种群极度缩减。为开发种内多态性的分子标记用于保护生物学研究,该研究对飘带兜兰4个野生个体经测序、组装、注释获得的叶绿体基因组序列,与已公布的飘带兜兰2个个体的叶绿体全基因组序列进行比对,分析飘带兜兰叶绿体基因组的种内差异。结果表明:(1)飘带兜兰叶绿体基因组具有典型被子植物叶绿体基因组环状四分体结构,基因组长度为154 403~154 809 bp,共编码129个基因,包括78个蛋白质编码基因、39个tRNA基因、8个rRNA基因,以及4个假基因。(2)在飘带兜兰6个个体叶绿体基因组中检测到103~107个简单重复序列(simple sequence repeats, SSRs)位点,其中21个SSR位点具有多态性。此外,在6个个体叶绿体基因组中还检测到60个长序列重复,包括17~21个正向重复、18~29个反向重复、9~16个回文重复、4~9个互补重复。(3)通过比较6个个体叶绿体基因组序列的核苷酸多样性,共发现70处变异,包括10个单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism, SNPs)、60个插入缺失(InDels)。其中,有3个SNP位点发生了非同义替换,导致编码功能基因的氨基酸发生改变;19个插入缺失多态性较高,具有开发为分子标记的潜力。(4)通过计算核苷酸多样性值(Pi)共发现8个有变异的区域,Pi值为0~0.006 32,其中变异度较大的是rps3-rpl22、trnL-UAC-rpl32、rpoB-trnC-GCA以及ycf4,这些高变区可开发为分子标记用于评估飘带兜兰遗传多样性。(5)系统发生分析结果表明,飘带兜兰6个个体叶绿体基因组序列聚在一起,与长瓣兜兰互为姐妹群。综上表明,飘带兜兰叶绿体基因组的SSRs、长序列重复、SNPs、InDels以及核苷酸序列呈现了足够的种内多样性,可开发成分子标记用于该种的系统演化及保护生物学研� 展开更多
关键词 叶绿体全基因组 飘带兜兰 序列差异 多态性分子标记 插入缺失 微卫星
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采用任意引物PCR技术进行基因组差异显示 被引量：1
2
作者 高大威 《黄牛杂志》 2000年第3期1-3,共3页
任意引物 PCR技术是通过使用短的单一引物进行聚合酶链反应 ,能给基因组提供几百个多态性标记 ,它是分析基因组间关系差异的有力工具。它已被广泛用于物种的分类、鉴定、估计亲缘关系、混合基因组样本的分析及创造特异探针等。其主要优... 任意引物 PCR技术是通过使用短的单一引物进行聚合酶链反应 ,能给基因组提供几百个多态性标记 ,它是分析基因组间关系差异的有力工具。它已被广泛用于物种的分类、鉴定、估计亲缘关系、混合基因组样本的分析及创造特异探针等。其主要优点是适用于任何生物、使用 DNA的量极少及其高效性和低成本。本文对这种技术的产生、原理、特点。 展开更多
关键词 任意引物PCR dna指纹图谱 基因组差异显示
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随机扩增多态性对白色念珠菌分型的估价 被引量：13
3
作者 李冬梅 王瑞礼 +2 位作者 李若瑜 朱衡 朱立煌 《真菌学报》 CSCD 北大核心 1995年第2期123-129,共7页
利用随机扩增多态性(RAPD-PGR)的方法对48株白念珠菌Candida albicans(Robin)Berkh进行了分析。由初步试验中,随机选用了18种引物,筛选出OPA-14引物,该引物扩增的带型清晰可辨,不同菌株之间扩增的带数6—12条不等,共有6条主带。扩增片... 利用随机扩增多态性(RAPD-PGR)的方法对48株白念珠菌Candida albicans(Robin)Berkh进行了分析。由初步试验中,随机选用了18种引物,筛选出OPA-14引物,该引物扩增的带型清晰可辨,不同菌株之间扩增的带数6—12条不等,共有6条主带。扩增片段的长度粗略估计在300—2000bp左右。除个别菌株的带型相同以外,大多数菌株之间呈多态性分布,其带型的数目和扩增的片段存在差异。对简单的DNA制备方法,以及RAPD-PCR在临床应用和流行病学调查中的可行性进行了初步探讨。 展开更多
关键词 白色念珠菌 分型 随机扩增多态性 病原真菌
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板栗RAPD影响因素的研究 被引量：1
4
作者 项艳 高健 +3 位作者 张晓渡 朱谦 朱苏文 程备久 《经济林研究》 2001年第1期13-16,共4页
稳定的 RAPD反应体系是进行 RAPD分析的关键。分别测试了模板 DNA、d NTP、Mg2 +、引物、Taq DNA聚合酶浓度和变性时间、退火温度及时间、延伸时间、循环次数等对反应结果的影响。通过实验确定了板栗最佳的 RAPD反应条件。在 5 0 μl反... 稳定的 RAPD反应体系是进行 RAPD分析的关键。分别测试了模板 DNA、d NTP、Mg2 +、引物、Taq DNA聚合酶浓度和变性时间、退火温度及时间、延伸时间、循环次数等对反应结果的影响。通过实验确定了板栗最佳的 RAPD反应条件。在 5 0 μl反应体系中含有 5 0 ng模板、0 .74μmol/L随机引物、180 μmol/L d NTP、3 U Taq DNA聚合酶、2 .0 mmo1/LMg Cl2 。反应扩增程序为 :94℃预变性5 min,40次热循环 ,每个循环包括 :94℃变性 3 0 sec,3 6℃退火 45 sec,72℃延伸 90 sec,最后 72℃终延伸 7min。按照优化的 RAPD条件进行的重复实验 ,重现性良好。 展开更多
关键词 板栗 RAPD分析 PAPD反应体系 模板dna Taqdna聚合酶浓度 变性时间 退火温度
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Trichostatin A能导致小麦基因组DNA改变及甲基化修饰
5
作者 赵峥 黄豫谦 张飞雄 《首都师范大学学报（自然科学版）》 2015年第6期60-64,共5页
为了研究组蛋白去乙酰化酶抑制剂的作用机制,本实验以组蛋白去乙酰化酶抑制剂Trichostatin A处理小麦根尖,通过随机扩增多态性DNA标记技术(random amplified polymorphic DNA,RAPD)和双限制性内切酶酶切-随机扩增法(Coupled Restriction... 为了研究组蛋白去乙酰化酶抑制剂的作用机制,本实验以组蛋白去乙酰化酶抑制剂Trichostatin A处理小麦根尖,通过随机扩增多态性DNA标记技术(random amplified polymorphic DNA,RAPD)和双限制性内切酶酶切-随机扩增法(Coupled Restriction Enzyme Digestion-Random Amplification,CRED-RA)进行探究的结果发现,与对照组相比,处理组10个随机引物的RAPD扩增条带出现83条多样性差异,多样性比例达到87.4%,同时处理组DNA甲基化比例增加.本研究证实Trichostatin A能使小麦基因组DNA发生改变,并出现了表观修饰,从而从分子和表观水平探讨了该抑制剂的作用机理. 展开更多
关键词 TRICHOSTATIN A 随机扩增多态性dna标记技术 双限制性内切酶酶切-随机扩增法 dna甲基化 小麦
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鲁梅克斯k-1杂交酸模及野生酸模遗传多态性分析 被引量：1
6
作者 张玉玲 鞠晓峰 +2 位作者 杨青川 李柏林 杨茁萌 《草地学报》 CAS CSCD 2004年第4期298-302,共5页
利用 RAPD技术对鲁梅克斯 k- 1杂交酸模的 3个繁育世代和野生酸模进行遗传多态性分析 ,结果表明 :3个世代之间不存在多态性位点差异 ,3个世代是稳定遗传的 ;不同种和不同地点的同一个野生种之间存在着多态性位点差异 ;在合格种的 12个... 利用 RAPD技术对鲁梅克斯 k- 1杂交酸模的 3个繁育世代和野生酸模进行遗传多态性分析 ,结果表明 :3个世代之间不存在多态性位点差异 ,3个世代是稳定遗传的 ;不同种和不同地点的同一个野生种之间存在着多态性位点差异 ;在合格种的 12个单株间具有明显的遗传多态性 ;采用混合取样可消除品种内的个体遗传差异性 ,较好地代表群体遗传特征 ;从 OPA组选出 7个能扩增出清晰且稳定带谱的引物 ,7个引物共检测出 4 5个位点 ,DNA片段的大小在 30 0～2 5 0 0 bp之间。 展开更多
关键词 草原学 鲁梅克斯K-1杂交酸模 野生酸模 遗传多样性 RAPD
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怀菊花种质资源品质评价 被引量：13
7
作者 代震 利顺欣 +1 位作者 陈随清 朱昱 《中国实验方剂学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2017年第6期48-54,共7页
目的:对怀菊花种质资源品质评价,分析不同地域菊花的遗传关系及其药材的质量差异。方法:实地观察、走访药农等方法调查分析怀菊花种质资源;以2015年版《中国药典》中方法对绿原酸,木犀草苷,3,5-O-双咖啡酰基奎宁酸的含量测定;紫外-可见... 目的:对怀菊花种质资源品质评价,分析不同地域菊花的遗传关系及其药材的质量差异。方法:实地观察、走访药农等方法调查分析怀菊花种质资源;以2015年版《中国药典》中方法对绿原酸,木犀草苷,3,5-O-双咖啡酰基奎宁酸的含量测定;紫外-可见分光光度法总黄酮测定,2015年版《中国药典》中方法对水分、总灰分、酸不溶性灰分、浸出物、挥发油测定为主要评价指标,对不同产地的菊花药材的质量进行评价;采用随机扩增多态性DNA分子标记(RAPD)法分析不同产地菊花的遗传关系。结果:通过对菊花6项指标的分析,其有效成分含量均符合2015年版《中国药典》标准,表明温县、武陟县适合怀菊花的生长,是道地产区;7条引物共扩增出50条带,其中46条呈多态性,多态性比率为92.00%,怀菊和杭菊、贡菊、野菊都未能聚类,表明它们之间的亲缘关系较远,也证明在菊花种质资源中存在较丰富的遗传多样性,怀菊花聚为一大类,表明怀菊花栽培品种的遗传纯度较高。结论:对怀菊花种质资源分析研究,为怀菊花的规范化种植提供科学的参考依据;保护怀菊花资源、合理开发利用药材提供了科学依据。 展开更多
关键词 怀菊花 种质资源 随机扩增多态性dna分子标记
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