基于全基因组关联分析探究汉族青年12周抗阻训练增肌效果遗传机制

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作者 顾壮壮 梁丽娟 +2 位作者 梁妍 张之豪 李燕春 《北京体育大学学报》 CSSCI 北大核心 2024年第3期108-123,共16页

目的:通过全基因组关联分析筛选与汉族青年12周抗阻训练增肌效果关联的遗传分子标记,并结合生物信息学方法探究新发现的遗传分子标记影响抗阻训练增肌效果的可能机制,进一步构建多基因预测分数模型(Polygenic Scores,PGS)为精准化抗阻... 目的:通过全基因组关联分析筛选与汉族青年12周抗阻训练增肌效果关联的遗传分子标记,并结合生物信息学方法探究新发现的遗传分子标记影响抗阻训练增肌效果的可能机制,进一步构建多基因预测分数模型(Polygenic Scores,PGS)为精准化抗阻训练方案的制定提供参考。方法:187名久坐汉族青年完成12周抗阻训练(男性占比:48.53%),联合股四头肌中段厚度(Quadriceps Muscle Thickness,THK-QUAD)和全身瘦体重(lean-body mass,LBM)变化评测增肌效果。抽取静脉血5 mL,采用TIANGEN DNA提取试剂盒提取受试者的DNA,应用Illumina Infinium CGA-24v1-0芯片进行基因分型。,采用全基因组关联分析和生物信息学分析方法完成数据分析。结果:1)12周抗阻训练后,LBM和THK-QUAD均表现出极显著提升(P<0.01),但△LBM和△THK-QUAD的变异系数分别为0.84和0.60,提示具有较大的个体差异性;2)GWAS分析发现9个SNPs与△LBM存在显著关联(P<1×10^(-5)),8个SNPs与△THK-QUAD存在显著关联(P<1×10^(-5));基于17个SNPs计算的PGS与△LBM和△THK-QUAD存在正相关的线性关系,R2分别为0.1236和0.3156;通过ROC曲线得出PGS低于-0.683分无法从当前运动干预中获得较高增肌效果,PGS高于-0.103分则可以在当前运动干预中取得良好的增肌效果;3)生物信息学分析提示17个SNPs可能与181种基因的表达存在关系,这181个基因富集于3种通路以及17种生物功能中,并且有5个基因(NPC1、ENDOG、MT3、SMAD4、OSBPL2)在多条通路中发挥作用。结论:本研究首次基于GWAS在汉族青年抗阻训练队列发现17个新的SNPs可用于抗阻训练增肌效果预测的遗传分子标记;富集分析发现以NPC1、ENDOG、MT3、SMAD4、OSBPL2为主的一系列基因,可能通过调节金属离子转运与细胞内稳态维持、胆固醇转运以及代谢和骨骼肌重塑过程等途径影响抗阻训练增肌效果;基于17个SNPs计算的PGS评分高于-0.103分则能够取得较好的增肌效果 展开更多

关键词 全基因组关联分析 多基因遗传分数 遗传分子标记 抗阻训练 精准化运动健身指导方案 生物信息学

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多基因遗传风险评分用于精准预防的研究进展 被引量：6

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作者 汪天培 靳光付 +1 位作者 胡志斌 沈洪兵 《中华疾病控制杂志》 CAS CSCD 北大核心 2021年第9期993-997,共5页

近年来,全基因组关联研究鉴定了大量复杂性疾病的遗传易感位点。多基因遗传风险评分通过整合多个易感位点的效应,已被证明可用于量化多种复杂性疾病的遗传风险,对于人群风险分层以及进一步实现精准医学目标存在潜在应用价值。本文介绍... 近年来,全基因组关联研究鉴定了大量复杂性疾病的遗传易感位点。多基因遗传风险评分通过整合多个易感位点的效应,已被证明可用于量化多种复杂性疾病的遗传风险,对于人群风险分层以及进一步实现精准医学目标存在潜在应用价值。本文介绍了多基因遗传风险评分构建及其评价方法,并就其在精准预防应用中的最新研究进展做概述。 展开更多

关键词 多基因遗传风险评分 全基因组关联研究 精准预防

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血清C反应蛋白和遗传风险在恶性肿瘤发病中的联合作用 被引量：5

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作者 朱梦怡 汪天培 +2 位作者 颜财旺 朱猛 靳光付 《中华疾病控制杂志》 CAS CSCD 北大核心 2021年第9期1008-1013,共6页

目的探讨血清C反应蛋白(C-reactive protein,CRP)和遗传风险在恶性肿瘤发病中的联合作用。方法基于英国生物样本库(UK Biobank,UKB)以及前期已构建的全恶性肿瘤多基因遗传风险评分(cancer polygenic risk score,CPRS),将研究对象分为高... 目的探讨血清C反应蛋白(C-reactive protein,CRP)和遗传风险在恶性肿瘤发病中的联合作用。方法基于英国生物样本库(UK Biobank,UKB)以及前期已构建的全恶性肿瘤多基因遗传风险评分(cancer polygenic risk score,CPRS),将研究对象分为高、中、低三个遗传风险组,同时按照血清CRP浓度的自然对数值大小将研究对象分为高、中、低三个水平组。采用Cox比例风险模型,分析不同遗传风险组中,血清CRP水平与恶性肿瘤发病风险的关联。结果共纳入420940位研究对象,包括男性192942名(45.84%),女性227998名(54.16%)。血清CRP水平与多种恶性肿瘤的发病风险均存在统计学关联,随着血清CRP水平的升高,男性和女性整体恶性肿瘤的发病风险均增加(男性:HR=1.09,95%CI:1.07~1.11;女性:HR=1.09,95%CI:1.07~1.11);在低遗传风险组中,高水平CRP与恶性肿瘤发病风险关联效应更强(男性:HR=1.38;女性:HR=1.46);在高遗传风险组中,高水平CRP与恶性肿瘤发病风险关联效应较弱(男性:HR=1.07;女性:HR=1.17),呈负向交互作用。结论高血清CRP水平可增加恶性肿瘤发病风险,其在低遗传风险人群中可能具有更强的效应。 展开更多

关键词 恶性肿瘤 C反应蛋白 多基因风险评分 交互作用

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IgA肾病的遗传学研究进展 被引量：1

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作者 曾赏 周绪杰 《实用医院临床杂志》 2024年第1期13-18,共6页

IgA肾病是全世界最常见的原发性肾小球肾病之一。种族和地区差异以及家族聚集支持遗传因素在IgA肾病的发病机制中起重要作用。从早期的连锁分析、候选基因关联分析,到最近的大型国际全基因组关联研究(GWAS),逐渐确定了IgA肾病的多个易... IgA肾病是全世界最常见的原发性肾小球肾病之一。种族和地区差异以及家族聚集支持遗传因素在IgA肾病的发病机制中起重要作用。从早期的连锁分析、候选基因关联分析,到最近的大型国际全基因组关联研究(GWAS),逐渐确定了IgA肾病的多个易感基因,为了解IgA肾病致病机制和诊疗提供了重要线索。随着下一代测序技术的发展、研究样本量的扩大、遗传分析方法的提高,多组学和实验技术的发展,会揭示更多的IgA肾病的相关易感基因(包括一些低频、罕见变异),进一步阐明致病变异的分子机制,并有望推动IgAN的预防和精准治疗。 展开更多

关键词 IGA肾病 全基因组关联研究 遗传因素 发病机制 多基因风险评分 药物靶点

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多基因遗传风险评分与胃癌发病年龄的关联分析 被引量：5

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作者 刘亚倩 汪天培 +6 位作者 颜财旺 朱猛 杨明 王梦筠 胡志斌 沈洪兵 靳光付 《中华流行病学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2021年第6期1092-1096,共5页

目的探讨多基因遗传风险评分(PRS)与胃癌发病年龄及早发风险之间的关系。方法基于胃癌全基因组关联研究,以胃癌病例为研究对象,利用112个与胃癌发生风险有关的单核苷酸多态性位点构建PRS,采用方差分析和Pearson相关性检验分析PRS水平与... 目的探讨多基因遗传风险评分(PRS)与胃癌发病年龄及早发风险之间的关系。方法基于胃癌全基因组关联研究,以胃癌病例为研究对象,利用112个与胃癌发生风险有关的单核苷酸多态性位点构建PRS,采用方差分析和Pearson相关性检验分析PRS水平与胃癌发病年龄的关系。将发病年龄<50岁的病例定义为早发胃癌病例,以低遗传风险(PRS≤20%)为参照组,采用Cox比例风险模型以早发诊断年龄为时间变量分析中遗传风险(PRS:20%~80%)和高遗传风险(PRS>80%)与胃癌早发风险的关联。结果共纳入8629例胃癌病例,其中,男性6284例(72.82%),女性2345例(27.18%),发病年龄为(60.61±10.80)岁。PRS水平与胃癌发病年龄呈显著负相关(r=-0.05,P<0.001),PRS越高胃癌发病年龄越小,低、中、高遗传风险组胃癌发病年龄分别为(61.68±10.33)岁、(60.53±10.79)岁、(59.80±11.20)岁。PRS与胃癌早发风险呈剂量反应关系(中遗传风险:HR=1.19,95%CI:1.03~1.39,P=0.022;高遗传风险:HR=1.44,95%CI:1.20~1.71,P<0.001)。结论高PRS不仅增加胃癌发病风险,同时也是胃癌早发的危险因素,PRS可作为遗传检测指标评估胃癌发病和早发风险。 展开更多

关键词 肿瘤 胃 早发 全基因组关联研究 多基因风险评分

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多基因风险评分在儿童肥胖干预效果可持续性中的作用

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作者 陈敬 单蕊 +2 位作者 肖伍才 宋洁云 刘峥 《中国儿童保健杂志》 CAS CSCD 北大核心 2024年第1期16-20,共5页

目的 探索多基因风险评分(PRS)与儿童肥胖干预效果可持续性的关联,为未来开展基于遗传背景、可持续、个性化的儿童肥胖干预提供科学依据。方法 从一项研究儿童干预效果的整群随机对照试验(2018年9月—2021年4月)中,选取北京地区148名基... 目的 探索多基因风险评分(PRS)与儿童肥胖干预效果可持续性的关联,为未来开展基于遗传背景、可持续、个性化的儿童肥胖干预提供科学依据。方法 从一项研究儿童干预效果的整群随机对照试验(2018年9月—2021年4月)中,选取北京地区148名基线时处于超重肥胖的儿童作为研究对象,采集唾液进行全基因组测序。构建4个PRS:加权和未加权PRS69,加权和未加权PRS_(67)。分析PRS与干预组别对干预效果可持续性(干预结束到最后一次随访期间肥胖相关指标变化)的交互作用。结果 PRS与干预组别对干预结束后儿童校正体质量指数(BMI)的腰围、校正BMI的腰臀比和收缩压的反弹程度存在交互作用。与对照组相比,干预组儿童加权PRS69每增加一个单位(1个s),校正BMI的腰围(β=0.34,95%CI:0.05~0.63,P=0.020)和校正BMI的腰臀比(β=0.29,95%CI:0.03~0.56,P=0.031)在干预结束后反弹得越多;加权PRS_(67)和未加权PRS_(67)每增加一个单位(1个s),收缩压在干预结束后反弹得越多(β=3.58,95%CI:0.50~6.66,P=0.023;β=3.75,95%CI:0.78~6.71,P=0.014)。结论 超重肥胖儿童PRS越高(携带风险等位基因越多),其在干预结束后的校正BMI的腰围、校正BMI的腰臀比和收缩压越容易反弹。未来应在干预结束后重点关注这些高危儿童的饮食和运动行为,预防和控制发生肥胖反弹。 展开更多

关键词 儿童肥胖 多基因风险评分 干预效果 可持续性

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多基因遗传风险评分在精神分裂症中的研究进展 被引量：4

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作者 蒋正乾 吴志朋 +1 位作者 龙易成 刘哲宁 《中华精神科杂志》 CAS CSCD 北大核心 2022年第3期214-219,共6页

精神分裂症是一种复杂的多基因疾病,研究精神分裂症的遗传特性有助于疾病的早期预防与个体化治疗。目前精神分裂症的遗传学研究主要以单基因或数个基因为主,但解释力有限。近来,综合大量基因变异位点权重计算得出的多基因遗传风险评分(p... 精神分裂症是一种复杂的多基因疾病,研究精神分裂症的遗传特性有助于疾病的早期预防与个体化治疗。目前精神分裂症的遗传学研究主要以单基因或数个基因为主,但解释力有限。近来,综合大量基因变异位点权重计算得出的多基因遗传风险评分(polygenic risk score,PRS)在量化多基因疾病遗传风险方面被寄予厚望,并已在精神分裂症的临床特征、神经影像和药物治疗中得到研究。此外,PRS与由环境暴露风险因素计算而来的暴露评分的联合应用更是有可能捕捉基因-环境交互作用对精神分裂症的影响。本文对PRS在精神分裂症研究中的以上应用进行综述,旨在为研究精神分裂症的防治提供新思路。 展开更多

关键词 精神分裂症 多基因遗传风险评分 暴露评分

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端粒长度与2型糖尿病:孟德尔随机化研究与多基因风险评分分析 被引量：4

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作者 曹岚 李志强 +1 位作者 师咏勇 刘赟 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2020年第9期882-888,共7页

多项观察性研究表明,端粒长度缩短与2型糖尿病(type 2 diabetes,T2D)之间存在关联。然而,传统观察性研究结果常受到混杂因素和反向因果关联的影响,端粒长度与T2D是否存在因果关联尚不明确。本研究在中国汉族人群中利用孟德尔随机化(Mend... 多项观察性研究表明,端粒长度缩短与2型糖尿病(type 2 diabetes,T2D)之间存在关联。然而,传统观察性研究结果常受到混杂因素和反向因果关联的影响,端粒长度与T2D是否存在因果关联尚不明确。本研究在中国汉族人群中利用孟德尔随机化(Mendelian randomization,MR)和多基因风险评分(polygenic risk score,PRS)方法探索端粒长度与T2D的因果关系。MR研究选取8个与端粒长度相关的独立遗传变异作为工具变量,利用2632例中国汉族人群T2D全基因组关联研究(genome-wide association study,GWAS)数据,检验遗传预测的端粒长度与T2D的关系。利用中国汉族人群GWAS数据,采用PRS分析评价端粒长度PRS与T2D的关系。MR研究共纳入1318例T2D患者和1314例正常对照,逆方差加权、MR-Egger回归、简单中位数和加权中位数法估计的OR值分别为0.78(95%CI:0.36~1.68,P=0.522)、0.23(95%CI:0.01~7.64,P=0.412)、0.60(95%CI:0.28~1.28,P=0.185)和0.64(95%CI:0.31~1.33,P=0.233),遗传预测的较长端粒长度与T2D之间不存在关联。PRS分析未发现端粒长度PRS与T2D显著关联的一致结果。本研究采用MR和PRS方法未发现端粒长度与T2D具有因果关联,后续研究中增大样本量有助于得出更可靠的结论。 展开更多

关键词 孟德尔随机化 多基因风险评分 端粒长度 2型糖尿病

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母亲孕期吸烟及子代遗传风险与全肿瘤死亡风险的队列研究

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作者 庞官连 马志敏 +6 位作者 诸铭轩 葛文静 牟园淋 王国庆 朱兆鹏 李樵 朱猛 《中华流行病学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2024年第8期1045-1051,共7页

目的探讨母亲孕期吸烟和子代遗传易感性对全肿瘤死亡风险的独立和综合影响。方法基于英国生物银行(n=419228)数据,使用Cox比例风险回归模型估计母亲孕期吸烟对子代全肿瘤(包括男性16种和女性18种恶性肿瘤)死亡风险的影响,并分析母亲孕... 目的探讨母亲孕期吸烟和子代遗传易感性对全肿瘤死亡风险的独立和综合影响。方法基于英国生物银行(n=419228)数据,使用Cox比例风险回归模型估计母亲孕期吸烟对子代全肿瘤(包括男性16种和女性18种恶性肿瘤)死亡风险的影响,并分析母亲孕期吸烟与子代遗传因素的联合效应和交互作用。结果母亲孕期吸烟与子代全肿瘤死亡风险的增加显著相关,其中男性增加13%[风险比(HR)=1.13,95%CI:1.06~1.20],女性增加19%(HR=1.19,95%CI:1.11~1.27)。与低遗传风险者相比,高遗传风险者的全肿瘤死亡风险最高(男性:HR=1.42,95%CI:1.30~1.55;女性:HR=1.38,95%CI:1.25~1.52)。与母亲孕期未吸烟、低遗传风险的参与者相比,母亲孕期吸烟且高遗传风险的男性全肿瘤死亡风险增加56%(HR=1.56,95%CI:1.37~1.77),女性增加59%(HR=1.59,95%CI:1.39~1.83)。结论母亲孕期吸烟可能会增加子代的全肿瘤死亡风险,且在高遗传风险的个体中母亲孕期吸烟的危害更严重。 展开更多

关键词 母亲孕期吸烟 多基因风险评分 全肿瘤死亡风险 前瞻性队列研究

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心源性卒中的遗传学研究进展

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作者 唐恒磊 郑树涛 +1 位作者 李友 钟望涛 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2024年第5期373-386,共14页

心源性卒中是缺血性脑卒中的重要病因之一,表现出病情重、预后差和复发率高的特点。在遗传学研究中已经有相当多与心源性卒中相关的基因被鉴定,这些易感基因在疾病风险预测及危险因素评估的潜力也陆续被发掘。本文从全基因组关联研究、... 心源性卒中是缺血性脑卒中的重要病因之一,表现出病情重、预后差和复发率高的特点。在遗传学研究中已经有相当多与心源性卒中相关的基因被鉴定,这些易感基因在疾病风险预测及危险因素评估的潜力也陆续被发掘。本文从全基因组关联研究、拷贝数变异研究、全基因组测序研究等方面综述了心源性卒中遗传学研究的相关进展,并介绍了其遗传数据集在多基因风险评分、孟德尔随机化的应用,旨在为将来深入研究心源性卒中的遗传发生机制提供借鉴和参考。 展开更多

关键词 脑卒中 心源性卒中 全基因组关联研究 多基因风险评分 孟德尔随机化

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多基因遗传风险评分(PRS)在遗传疾病研究中的应用与前景:数据分析方法综述

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作者 贺舒欣 喻长顺 +2 位作者 贾晓冬 陈建春 闫克强 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2024年第8期1797-1808,共12页

多基因遗传风险评分(polygenic risk score,PRS)是一种新兴的遗传数据分析方法。该方法通过对个体多个遗传变异位点的综合考虑,对个体复杂疾病的遗传风险进行定量评估,在遗传学领域受到广泛关注,同时该方法的有效性也在临床应用中得到... 多基因遗传风险评分(polygenic risk score,PRS)是一种新兴的遗传数据分析方法。该方法通过对个体多个遗传变异位点的综合考虑,对个体复杂疾病的遗传风险进行定量评估,在遗传学领域受到广泛关注,同时该方法的有效性也在临床应用中得到进一步验证。由于PRS的计算涉及大量的基因组数据分析,其模型的数据选择、构建方法以及验证方法均存在较大差异。本综述结合目前已发表的PRS相关研究和算法,对PRS模型以及其应用进行阐述。 展开更多

关键词 多基因遗传风险评分 全基因组关联研究 遗传学 复杂疾病

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多基因遗传风险评分指导肺癌个体化筛查的前瞻性队列研究 被引量：4

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作者 朱猛 吕筠 +10 位作者 余灿清 黄艳倩 马红霞 靳光付 郭彧 裴培 陈铮鸣 沈洪兵 胡志斌 李立明 代表中国慢性病前膽性研究项目协作组 《中华流行病学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2021年第3期376-381,共6页

目的探索如何利用遗传风险评分,制订个体化的肺癌筛查方案。方法利用中国慢性病前瞻性研究(CKB)队列10个地区100615例具有全基因组基因分型信息的样本,根据前期课题组发表的19个遗传变异构建肺癌多基因遗传风险评分PRS-19。以55岁且吸... 目的探索如何利用遗传风险评分,制订个体化的肺癌筛查方案。方法利用中国慢性病前瞻性研究(CKB)队列10个地区100615例具有全基因组基因分型信息的样本,根据前期课题组发表的19个遗传变异构建肺癌多基因遗传风险评分PRS-19。以55岁且吸烟剂量30包/年人群的5年绝对发病风险为参考届值,在吸烟者和非吸烟者中分别计算不同遗传风险人群5年肺癌绝对发病风险随年龄和吸烟剂量的变化趋势,并绘制5年绝对发病风险分布图,从而判断不同遗传风险人群达到参考界值时的理论年龄或吸烟剂量。根据上述结果给出不同遗传风险人群参加肺癌筛查起始年龄的具体建议。结果CKB队列中55岁吸烟者,当吸烟量为30包/年时,5年内发生肺癌的绝对风险为0.67%。在吸烟者中,随着遗传风险增加,其5年绝对发病风险呈不断上升趋势,对于高遗传风险人群应降低筛查起始年龄,遗传风险最高的1%人群建议从50岁开始进行筛查;若保持筛查起始年龄55岁不变,则应在高遗传风险人群中降低吸烟剂量标准;不管累积吸烟剂量为多少,遗传风险最高的1%人群都应纳入肺癌筛查。在非吸烟者中,高遗传风险人群同样具备筛查价值,建议遗传风险最高的1%人群从62岁起进行肺癌筛查,而对于遗传风险最低的5%人群,当年龄达到74岁时才可达到参考届值。结论对于不同遗传风险的个体,可采用个体化的肺癌筛查方案,对于高遗传风险的吸烟者可减小肺癌筛查起始年龄或吸烟剂量,而我国高遗传风险的非吸烟者同样具备筛查价值。 展开更多

关键词 多基因遗传风险评分 绝对发病风险 肺癌筛查 分子流行病学

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多基因疾病风险模型的建立与评估 被引量：1

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作者 朱小琼 周雄 +4 位作者 蔡鹏 何奕达 张宏伟 谭晓㛃 曹广文 《上海预防医学》 CAS 2023年第10期1044-1048,共5页

通过遗传易感基因和环境危险因素建立疾病风险预测模型,尽早锁定高危人群,可积极干预该人群中的环境危险因素,同时对遗传易感人群进行精准筛查,从而提高卫生系统效益。近年来,由于高通量基因检测技术趋向成熟,成本逐渐下降,使得基因检... 通过遗传易感基因和环境危险因素建立疾病风险预测模型,尽早锁定高危人群,可积极干预该人群中的环境危险因素,同时对遗传易感人群进行精准筛查,从而提高卫生系统效益。近年来,由于高通量基因检测技术趋向成熟,成本逐渐下降,使得基因检测在个体临床决策中得以广泛应用,并将在医疗卫生决策中发挥更加重要的作用。基因检测与疾病风险预测的相关性越来越大,已经成为该领域研究的热点。本文总结了建立和评估疾病风险模型的方法,并探讨了未来可能面对的挑战和机遇。 展开更多

关键词 多基因风险评分 风险预测模型 单核苷酸多态性 环境因素

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联邦学习在多中心遗传健康指数构建中的应用进展 被引量：2

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作者 赵艳艳 王金兰 +1 位作者 王晓霞 薛付忠 《中华疾病控制杂志》 CAS CSCD 北大核心 2022年第10期1187-1191,共5页

个体健康指数是根据健康指数构建的一个重要维度。而遗传因素是个体健康水平评估的重要组成部分。众所周知,复杂疾病不遵循孟德尔遗传定律,其受多个效应微小基因位点影响。多基因风险评分(polygenic risk score,PRS)是近年来被广泛应用... 个体健康指数是根据健康指数构建的一个重要维度。而遗传因素是个体健康水平评估的重要组成部分。众所周知,复杂疾病不遵循孟德尔遗传定律,其受多个效应微小基因位点影响。多基因风险评分(polygenic risk score,PRS)是近年来被广泛应用的个体遗传因素评分。PRS可以综合与疾病相关的基因位点,从而对复杂疾病实现风险预测和精准预防。但是种族的不平衡问题会影响多基因风险评分的泛化能力。而充分整合多个数据中心的数据可以有效增加不同种族样本量从而减轻不平衡性,是缩小种族之间健康差距的重要方法。随着人们对数据隐私安全和所有权的关注度不断提高,如何在保护数据隐私的前提下充分利用各个数据中心的数据资源和计算资源引起了越来越多学者的重视。而基因组数据的独特性使个体基因组数据的隐私保护变得格外重要。本文将讨论多中心基因组数据分析中的隐私保护方法,包括同态加密、安全多方计算、Meta分析、联邦学习、同态加密与联邦学习的结合。进而讨论联邦学习框架下多中心PRS构造的统计方法。 展开更多

关键词 数据隐私保护 基因组数据 多基因风险评分 联邦学习

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血脂水平和遗传因素与男性肿瘤发病风险关联 被引量：2

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作者 胡北平 汪天培 +2 位作者 朱猛 颜财旺 靳光付 《中华疾病控制杂志》 CAS CSCD 北大核心 2021年第9期1003-1007,共5页

目的探究血脂水平与遗传因素在男性肿瘤发生中的作用。方法参照既往研究发表的肿瘤多基因风险评分,将英国生物样本库(UK Biobank,UKB)中的男性参与者根据遗传风险分为低、中及高三组;同时又以异常血脂指标数量作为标准,把研究对象分为... 目的探究血脂水平与遗传因素在男性肿瘤发生中的作用。方法参照既往研究发表的肿瘤多基因风险评分,将英国生物样本库(UK Biobank,UKB)中的男性参与者根据遗传风险分为低、中及高三组;同时又以异常血脂指标数量作为标准,把研究对象分为三个类别,进而探究不同遗传风险下血脂水平与肿瘤发病风险的关联。结果研究共纳入178171名男性作为研究对象,其中11824人(6.64%)在随访期间新发肿瘤。在调整年龄、吸烟、饮酒以及空腹血糖等混杂因素后,血脂异常评分与肿瘤发病风险相关(均有P<0.001)。高遗传风险、高血脂异常评分人群的肿瘤发病风险是低遗传风险、低血脂异常评分人群的2.290倍(95%CI:2.039~2.571,P<0.001)。结论在不同遗传风险人群中,血脂水平异常均可增加男性肿瘤发病风险。 展开更多

关键词 血脂 多基因风险评分 肿瘤风险 关联

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基于metaPRS与APOEε4优化轻度认知障碍遗传风险统计建模策略的应用研究 被引量：1

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作者 李梓盟 王荣 +4 位作者 陈帅 赵彩丽 王晓聪 温雅璐 刘龙 《中国全科医学》 CAS 北大核心 2023年第25期3104-3111,共8页

背景轻度认知障碍(MCI)是干预和延缓痴呆进展的重要阶段,既往研究发现MCI与遗传因素存在紧密关联,且载脂蛋白E(APOE)ε4是医学界公认的MCI重要风险等位基因。由于缺少MCI的全基因组关联研究(GWAS)汇总数据,当前普遍以阿尔茨海默病(AD)的... 背景轻度认知障碍(MCI)是干预和延缓痴呆进展的重要阶段,既往研究发现MCI与遗传因素存在紧密关联,且载脂蛋白E(APOE)ε4是医学界公认的MCI重要风险等位基因。由于缺少MCI的全基因组关联研究(GWAS)汇总数据,当前普遍以阿尔茨海默病(AD)的GWAS汇总数据作为Base数据集来计算MCI的多基因风险评分(PRS),致使MCI的PRS遗传风险预测效果并不理想。目的本研究以多基因遗传风险综合评分(metaPRS)与APOEε4作为重要预测因子,从广义线性模型与机器学习角度,探索并优化MCI的遗传风险统计建模策略。方法计算MCI的12个亚表型PRS,并利用弹性网状Logistic回归模型将其整合为MCI的metaPRS。利用年龄矫正的APOEε4效应量计算APOEε4加权总和(SCORE_(APOE))。以metaPRS、SCORE_(APOE)及基本人口学信息(年龄、性别、受教育程度)构建不同的预测因子纳入策略,以XGBoost、GBM、Logistic回归及Lasso回归作为统计建模方法,采用AUC及F-measure评价MCI遗传风险统计建模的预测效果。结果metaPRS与SCORE_(APOE)对于MCI的遗传风险有较高的预测价值,纳入metaPRS、SCORE_(APOE)及基本人口学信息(年龄、性别、受教育程度)后,各个统计建模方法的预测效果为:XGBoost(AUC=0.69,F-measure=0.88),GBM(AUC=0.76,F-measure=0.87),Logistic回归(AUC=0.77,F-measure=0.89),Lasso回归(AUC=0.76,F-measure=0.92)。结论在样本量为325(<500)的情况下,以metaPRS、SCOR_(EAPOE)与基本人口学信息为预测因子,以Lasso回归为统计建模方法的MCI遗传风险预测效果最好。本研究为MCI等复杂疾病的遗传风险统计建模提供了新的思路与视角。 展开更多

关键词 轻度认知障碍 多基因风险评分 多基因遗传风险综合评分 载脂蛋白Eε4 遗传风险预测 统计建模优化

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创伤后应激障碍影像遗传学的新进展与展望 被引量：2

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作者 夏卓漫 戚荣丰 《医学研究生学报》 CAS 北大核心 2022年第8期785-789,共5页

创伤后应激障碍(PTSD)是个体经历严重的威胁和灾难性事件后发生的并持续存在的一种异质性精神应激障碍,其发生发展受多种因素的影响,其中遗传变异和环境因素是最重要的风险因素。近年来,PTSD影像遗传学研究进展迅速,主要通过候选基因或... 创伤后应激障碍(PTSD)是个体经历严重的威胁和灾难性事件后发生的并持续存在的一种异质性精神应激障碍,其发生发展受多种因素的影响,其中遗传变异和环境因素是最重要的风险因素。近年来,PTSD影像遗传学研究进展迅速,主要通过候选基因或全基因组关联研究来探讨基因对大脑表型及临床表征的影响,同时也越来越关注基因-环境交互作用的影响,相关影像遗传学研究为探索PTSD的神经病理生理机制提供了重要的影像学生物标志物。文中对近年来PTSD影像遗传学的主要研究进展进行阐述,并展望这一领域未来的研究方向。 展开更多

关键词 创伤后应激障碍 影像遗传学 全基因组关联研究 多基因风险评分

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基于遗传和环境危险因素构建的风险评分在结直肠肿瘤分级筛查中的应用评价

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作者 骆晨雨 张愉涵 +9 位作者 卢明 陆斌 蔡洁 李娜 周月阳 骆家辉 张丁丁 杨欣壮 陈宏达 代敏 《中华流行病学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2023年第6期999-1005,共7页

目的评价利用遗传与环境危险因素构建的结直肠肿瘤风险评分的人群高危分层效果及其在分级筛查中的应用效果。方法基于一项全国多中心结直肠癌筛查随机对照研究,纳入2160例接受结肠镜检查的研究对象。采用MassARRAY技术检测20个结直肠癌... 目的评价利用遗传与环境危险因素构建的结直肠肿瘤风险评分的人群高危分层效果及其在分级筛查中的应用效果。方法基于一项全国多中心结直肠癌筛查随机对照研究,纳入2160例接受结肠镜检查的研究对象。采用MassARRAY技术检测20个结直肠癌相关的遗传易感位点并构建遗传风险评分。个体环境风险评分采用亚太结直肠筛查评分系统计算。使用logistic回归分别评估遗传风险单独和遗传联合环境风险与结直肠肿瘤之间的关联。构建基于遗传和/或环境风险评分的分级筛查方案(即高风险者接受单次结肠镜筛查,低风险者接受每年一次的定量粪便免疫化学检测,其结果阳性者接受结肠镜检查),并与全部接受结肠镜方案进行效果比较。结果与低遗传风险评分组相比,高遗传风险评分组发生结直肠肿瘤的风险增加了26%(OR=1.26,95%CI:1.03~1.54,P=0.026)。遗传和环境风险评分均最高的研究对象患进展期肿瘤(包括结直肠癌、进展期腺瘤和进展期锯齿状息肉)的风险是两评分均最低研究对象的3.03倍(95%CI:1.87~4.90,P<0.001)。多轮筛查效果评价方面,当进行到第3轮筛查时,基于遗传联合环境风险评分构建的分级筛查方案,其进展期肿瘤累计检出率与全部接受结肠镜检查方案差异无统计学意义(8.79%vs.10.46%,P=0.075),阳性预测值更高(14.11%vs.10.46%,P<0.001),每检出1例进展期肿瘤所需的结肠镜检查数更低(7.1 vs.9.6,P<0.001)。结论与基于结肠镜的传统筛查方法相比,联合遗传和环境风险评分的分级筛查方案有助于实现人群风险分层,取得较好的筛查效果。 展开更多

关键词 遗传风险评分 环境风险评分 结直肠癌筛查 风险预测模型

原文传递

多基因风险评分的构建及其在卒中领域的应用

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作者 陈思玎 姜勇 +4 位作者 许喆 石延枫 程丝 谷鸿秋 王拥军 《中国卒中杂志》 2023年第7期741-750,共10页

卒中是一种由遗传和环境因素共同作用引起的复杂疾病,人类遗传学的发展为卒中的个体化预防和治疗提供了新的机会。多基因风险评分是根据个体的基因型和相关的全基因组关联研究数据,对一种性状或疾病的遗传倾向进行估计,是遗传学研究中... 卒中是一种由遗传和环境因素共同作用引起的复杂疾病,人类遗传学的发展为卒中的个体化预防和治疗提供了新的机会。多基因风险评分是根据个体的基因型和相关的全基因组关联研究数据,对一种性状或疾病的遗传倾向进行估计,是遗传学研究中全基因组关联研究的补充方法。多基因风险评分可以对患者进行风险分层以进行个性化管理,从而有助于卒中等复杂疾病的精准预测和防控。基于此,本篇综述阐述了多基因风险评分的构建及其在卒中研究中的应用情况,以期为国内相关研究提供思路。 展开更多

关键词 多基因风险评分 卒中 全基因组关联研究

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卵巢高反应危险因素分析及预测模型构建

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作者 王甜 王玲 +3 位作者 贾俊龙 吕爱霞 任杉杉 莫少康 《兰州大学学报（医学版）》 2023年第9期33-39,共7页

目的探讨辅助生殖中卵巢高反应患者的相关危险因素、筛选卵巢高反应遗传标志物,构建卵巢高反应预测模型。方法回顾性收集2020年1月-2021年12月在中国人民解放军联勤保障部队第九四○医院生殖医学中心选择拮抗剂方案控制性超促排卵治疗... 目的探讨辅助生殖中卵巢高反应患者的相关危险因素、筛选卵巢高反应遗传标志物,构建卵巢高反应预测模型。方法回顾性收集2020年1月-2021年12月在中国人民解放军联勤保障部队第九四○医院生殖医学中心选择拮抗剂方案控制性超促排卵治疗的不孕妇女141例。根据获卵数是否大于15个,分为病例组和对照组。分别统计2组患者基本临床特征和控制性超促排卵资料,提取外周血脱氧核糖核酸进行全基因组单核苷酸多态性芯片检测分型,通过全基因组关联分析和多基因风险评分系统筛选单核苷酸多态性位点、构建卵巢高反应风险预测模型。结果窦卵泡计数、多囊卵巢综合征病史及扳机日直径>11 mm卵泡数是卵巢高反应的影响因素。全基因组关联分析及多基因风险评分系统筛选出10个单核苷酸多态性标志物,当多基因风险评分>1时,预测为卵巢高反应病例;当多基因风险评分<1时,预测为卵巢正常反应病例。结论临床指标联合卵巢高反应单核苷酸多态性标志物构建的多基因风险评分系统为卵巢高反应患者的个体化精准治疗提供了新的可能性。 展开更多

关键词 卵巢高反应 全基因组关联分析 多基因风险评分 遗传标志物 单核苷酸多态性

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