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题名基于定位数据的全景超分辨图像交互可视化框架
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作者
王晨泽
沈雪豪
黄振立
王政霞
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机构
海南大学计算机科学与技术学院
海南大学信息与通信工程学院
海南大学生物医学工程学院
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出处
《计算机研究与发展》
EI
CSCD
北大核心
2024年第7期1741-1753,共13页
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基金
国家自然科学基金项目(82160345)
海南省重大科技计划项目(ZDYF2021GXJS017)
海口市重点科技项目(2021-016)。
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文摘
超分辨定位成像和全景数字病理结合,为研究人员观察整个样本的亚细胞结构提供了有力工具,同时也带来了全景超分辨图像海量数据可视化的挑战.然而,现有的超分辨图像可视化方法无法处理大规模定位数据、不能提供高分辨全景图像和无法交互可视化全景图像.针对以上问题,提出了一个基于定位数据的全景超分辨图像交互可视化框架,称为PNanoViewer,旨在普通计算机上实现大规模定位数据的快速交互可视化.该框架基于随机采样策略构建定位数据的多分辨率层级结构,以交互方式可视化多尺度全景超分辨图像;同时采用分块策略和多线程并行策略,分批次处理大规模定位数据,既防止内存溢出又加快了处理速度.从数千万到数亿个定位点数据集上的实验结果表明,PNanoViewer框架能够可视化任意规模的定位数据.将该框架与目前3种流行的超分辨图像可视化方法PALMsiever,ThunderSTORM,QCSTORM从数据量、分辨率和速度3个方面进行对比,PNanoViewer都具有明显优势.同时也为大规模定位数据的可视化提供了一个有益的探索.
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关键词
交互可视化
大规模定位数据
全景超分辨图像
全景数字病理
多分辨率层级结构
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Keywords
interactive visualization
large-scale localization data
panoramic super-resolution image
panoramic digital pathology
multi-resolution hierarchical structure
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分类号
TP391
[自动化与计算机技术—计算机应用技术]
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