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基于拟比对CNN方法的人类p53癌症基因二级数据库构建及分析
被引量：
2
1
作者
王丹丹
李晨鸿
+2 位作者
徐海阳
蔡蓉
朱平
《食品与生物技术学报》
CAS
CSCD
北大核心
2019年第4期15-20,共6页
以NCBI维护的一级数据库为数据源建立人类癌症p53核苷酸序列二级数据库,该数据库设计主要包括4个方面:癌症信息、p53序列信息、样本信息和参考文献信息。以XML格式为中间格式保存一级数据库数据,并通过解析提交到二级数据库,初步实现数...
以NCBI维护的一级数据库为数据源建立人类癌症p53核苷酸序列二级数据库,该数据库设计主要包括4个方面:癌症信息、p53序列信息、样本信息和参考文献信息。以XML格式为中间格式保存一级数据库数据,并通过解析提交到二级数据库,初步实现数据的检索、链接和统计分析等功能。本文提出一种拟比对CNN方法对p53癌症基因序列进行比对分析,通过改善传统CNN相似度评估公式,增强两序列全局比对相似度的敏感性和可靠性。结果表明,将改进的序列比对算法应用于乳腺癌和非小细胞肺癌p53外显子基因序列比对,发现外显子5突变后序列比对结果存在较大差异,可以作为区别这两种癌症的参考。此外,通过将一级数据库以XML形式转化成二级数据库,实现了网络数据与本地数据的动态交换。
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关键词
二级数据库
癌症
p
53
基因序列
细胞神经网络
序列比对
下载PDF
职称材料
脑胶质瘤细胞polβ基因突变及其与Fas、p53基因mRNA水平表达的研究
被引量：
3
2
作者
高丽
赵国强
+1 位作者
史锡文
董子明
《山东医药》
CAS
北大核心
2005年第13期12-14,共3页
目的研究脑胶质瘤细胞中DNA聚合酶β(polβ)基因突变及其与Fas、p53基因mRNA水平表达的关系。方法应用RNA提取、逆转录、PCR扩增、基因克隆及DNA序列分析法,对22例脑胶质瘤、7例良性脑肿瘤及1例肺部转移性鳞状细胞癌标本中的polβ基因...
目的研究脑胶质瘤细胞中DNA聚合酶β(polβ)基因突变及其与Fas、p53基因mRNA水平表达的关系。方法应用RNA提取、逆转录、PCR扩增、基因克隆及DNA序列分析法,对22例脑胶质瘤、7例良性脑肿瘤及1例肺部转移性鳞状细胞癌标本中的polβ基因进行检测;半定量分析法对脑胶质瘤和良性脑肿瘤标本及其周围正常脑组织中的polβ、Fas、p53基因进行mRNA水平检测及对比。结果30例脑肿瘤标本中,polβ基因突变7例,其中胶质瘤6例,突变率为27.3%(6/22),肺部转移性鳞状细胞癌1例。2例polβ基因二级结构图有明显变异。脑胶质瘤组织中均存在polβ和Fas基因mRNA水平高表达及p53基因低表达,有显著性差异(P<0.01),良性脑肿瘤与正常脑组织p53基因表达无显著性差异(P>0.05);各种脑肿瘤中polβ与Fas基因表达具有正相关性,而polβ、Fas与p53基因表达呈负相关性。结论脑胶质瘤细胞存在polβ基因突变,其突变率为27.3%。脑胶质瘤组织中均存在polβ和Fas基因mRNA水平高表达及p53基因低表达,提示脑胶质瘤的发生和发展可能与polβ基因突变有关,且恶性程度越高,突变越明显;另外,p53基因低表达及polβ、Fas基因高表达可能与脑胶质瘤的发生发展及恶性程度相关。
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关键词
胶质瘤细胞
DNA聚合酶Β
FAS
p
53
MRNA基因表达
序列分析
基因突变
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职称材料
题名
基于拟比对CNN方法的人类p53癌症基因二级数据库构建及分析
被引量：
2
1
作者
王丹丹
李晨鸿
徐海阳
蔡蓉
朱平
机构
江南大学理学院
出处
《食品与生物技术学报》
CAS
CSCD
北大核心
2019年第4期15-20,共6页
基金
国家自然科学基金项目(11271163)
文摘
以NCBI维护的一级数据库为数据源建立人类癌症p53核苷酸序列二级数据库,该数据库设计主要包括4个方面:癌症信息、p53序列信息、样本信息和参考文献信息。以XML格式为中间格式保存一级数据库数据,并通过解析提交到二级数据库,初步实现数据的检索、链接和统计分析等功能。本文提出一种拟比对CNN方法对p53癌症基因序列进行比对分析,通过改善传统CNN相似度评估公式,增强两序列全局比对相似度的敏感性和可靠性。结果表明,将改进的序列比对算法应用于乳腺癌和非小细胞肺癌p53外显子基因序列比对,发现外显子5突变后序列比对结果存在较大差异,可以作为区别这两种癌症的参考。此外,通过将一级数据库以XML形式转化成二级数据库,实现了网络数据与本地数据的动态交换。
关键词
二级数据库
癌症
p
53
基因序列
细胞神经网络
序列比对
Keywords
secondary
database
cancer
p
53
gene sequence
cellular
neural
network
sequence
alignment
分类号
Q811.4 [生物学—生物工程]
下载PDF
职称材料
题名
脑胶质瘤细胞polβ基因突变及其与Fas、p53基因mRNA水平表达的研究
被引量：
3
2
作者
高丽
赵国强
史锡文
董子明
机构
河南省人民医院
郑州大学基础医学院
出处
《山东医药》
CAS
北大核心
2005年第13期12-14,共3页
文摘
目的研究脑胶质瘤细胞中DNA聚合酶β(polβ)基因突变及其与Fas、p53基因mRNA水平表达的关系。方法应用RNA提取、逆转录、PCR扩增、基因克隆及DNA序列分析法,对22例脑胶质瘤、7例良性脑肿瘤及1例肺部转移性鳞状细胞癌标本中的polβ基因进行检测;半定量分析法对脑胶质瘤和良性脑肿瘤标本及其周围正常脑组织中的polβ、Fas、p53基因进行mRNA水平检测及对比。结果30例脑肿瘤标本中,polβ基因突变7例,其中胶质瘤6例,突变率为27.3%(6/22),肺部转移性鳞状细胞癌1例。2例polβ基因二级结构图有明显变异。脑胶质瘤组织中均存在polβ和Fas基因mRNA水平高表达及p53基因低表达,有显著性差异(P<0.01),良性脑肿瘤与正常脑组织p53基因表达无显著性差异(P>0.05);各种脑肿瘤中polβ与Fas基因表达具有正相关性,而polβ、Fas与p53基因表达呈负相关性。结论脑胶质瘤细胞存在polβ基因突变,其突变率为27.3%。脑胶质瘤组织中均存在polβ和Fas基因mRNA水平高表达及p53基因低表达,提示脑胶质瘤的发生和发展可能与polβ基因突变有关,且恶性程度越高,突变越明显;另外,p53基因低表达及polβ、Fas基因高表达可能与脑胶质瘤的发生发展及恶性程度相关。
关键词
胶质瘤细胞
DNA聚合酶Β
FAS
p
53
MRNA基因表达
序列分析
基因突变
Keywords
Gliomas
DNA
p
olymerase
β
Fas
gene
p
53
gene
mRNA
ex
p
ression
sequence
analysis
分类号
R739.41 [医药卫生—肿瘤]
下载PDF
职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
基于拟比对CNN方法的人类p53癌症基因二级数据库构建及分析
王丹丹
李晨鸿
徐海阳
蔡蓉
朱平
《食品与生物技术学报》
CAS
CSCD
北大核心
2019
2
下载PDF
职称材料
2
脑胶质瘤细胞polβ基因突变及其与Fas、p53基因mRNA水平表达的研究
高丽
赵国强
史锡文
董子明
《山东医药》
CAS
北大核心
2005
3
下载PDF
职称材料
已选择
0
条
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参考文献
引证文献
统计分析
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