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寡核苷酸DNA Microarray用于HLA DRB1基因分型的研究 被引量：17
1
作者 陈君男 李瑶 +5 位作者 李亚莉 秦红友 李荣宇 曹慧敏 谢毅 毛裕民 《Acta Genetica Sinica》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2001年第10期887-894,共8页
对寡核苷酸DNAMicroarray用于HLADRB1基因分型的技术进行研究。常规的酚 /氯仿法提取标准血样基因组DNA ,在DRB1的exon 2区域设计一对引物 ,经PCR扩增基因组相应区段并用Cy5 dCTP进行标记。设计寡核苷酸分型探针 ,将探针固定在APS PDC... 对寡核苷酸DNAMicroarray用于HLADRB1基因分型的技术进行研究。常规的酚 /氯仿法提取标准血样基因组DNA ,在DRB1的exon 2区域设计一对引物 ,经PCR扩增基因组相应区段并用Cy5 dCTP进行标记。设计寡核苷酸分型探针 ,将探针固定在APS PDC法制作的DNAMicroarray上 ,用标记的PCR产物与之杂交 ,扫描仪对杂交结果进行扫描 ,Imagene软件对杂交图象进行分析。共检测了 33例标准血样的HLADRB1基因型。检测结果证明研制的DNAMicroarray准确、灵敏。DNAMicroarray技术可以有效地检测DRB1等位基因 ,对比常规的PCR SSP和PCR SSO方法、分型基因芯片方法更为直观 。 展开更多
关键词 HLA DRB1 等位基因 基因分型 寡核苷酸DNA微阵列 PCR-SSP PCR-SSO 基因分型
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基因芯片在中国南方汉族人白细胞抗原-DRB分型中的应用 被引量：7
2
作者 肖家全 谭建明 +5 位作者 李成涛 康敏华 方燕红 李瑶 沈瑾 丁言德 《中华医学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2003年第5期417-420,共4页
目的　建立一种用于HLA -DRB分型的基因芯片 ,并通过与PCR SSP比较 ,评价芯片的性能。方法　根据中国汉族南方人常见的HLA DRB位点基因及其多态性的独特序列 ,在第二外显子区域设计特异性的寡核苷酸分型探针 ,将其点在玻片上 ,制成芯片... 目的　建立一种用于HLA -DRB分型的基因芯片 ,并通过与PCR SSP比较 ,评价芯片的性能。方法　根据中国汉族南方人常见的HLA DRB位点基因及其多态性的独特序列 ,在第二外显子区域设计特异性的寡核苷酸分型探针 ,将其点在玻片上 ,制成芯片。基因组DNA通过组间特异引物扩增 ,扩增中同时用荧光素Cy5标记。扩增标记后的产物与结合在芯片上的探针进行杂交 ,通过荧光扫描仪对杂交产生的荧光信号值进行分析 ,确定样品的HLA DRB基因亚型。将这一方法应用于 110份样本的HLA DRB基因分型并与PCR SSP分型的结果进行比较。结果　 110份淋巴细胞样本 ,除1份PCR无产物致芯片不能分型外 ,其余样本芯片分型全部成功。不吻合样本 10份 :其中SSP定型纯合子 6份 ,芯片分型全部为杂合子 ,SSP定型为杂合子 1份 ,芯片结果为纯合。经第三方用PCR SSO验证 ,证实芯片分型正确。另外 3份不吻合的样本经测序 ,证实SSP分型错误 2份 ,芯片分型错误 1份。芯片的重复率为 95 %。结论　基因芯片是一种理想的分型方法 ,具有特异性高、重复性好、操作简便、所需样本量少、结果判读容易、一次可作多份样本的优点。 展开更多
关键词 基因芯片 中国 南方 汉族人 白细胞抗原-DRB分型 应用 基因分型 器官移植
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基因芯片快速HLA-DR52组分型 被引量：3
3
作者 肖家全 谭建明 +3 位作者 李成涛 康敏华 方燕红 余龙 《中华器官移植杂志》 CAS CSCD 北大核心 2004年第1期32-34,共3页
目的　用基因芯片对HLA DR5 2组快速分型。方法　根据中国汉族人群常见的HLA DRB位点及其基因多态性的独特序列 ,设计特异性的寡核苷酸分型探针 ,制成寡核苷酸芯片。通过组间特异引物扩增基因组DNA ,扩增中用荧光标记 ,扩增标记后的产... 目的　用基因芯片对HLA DR5 2组快速分型。方法　根据中国汉族人群常见的HLA DRB位点及其基因多态性的独特序列 ,设计特异性的寡核苷酸分型探针 ,制成寡核苷酸芯片。通过组间特异引物扩增基因组DNA ,扩增中用荧光标记 ,扩增标记后的产物与芯片的探针杂交 ,通过杂交产生的荧光信号确定样品的基因亚型。 83份样本分别用基因分型芯片和序列特异性引物聚合酶链反应技术 (PCR SSP)对HLA DR5 2组分型。结果　PCR SSP分型DR5 2组 5 7个位点中 ,经芯片分型有 2个无DR5 2组位点 ,3个PCR SSP分型为DR5 2组纯合子 ,芯片为DR5 2组杂合子 ,1个PCR SSP分型为非DR5 2组纯合子 ,芯片分型为含有 1个DR5 2组位点的杂合子。结论　基因芯片能对HLA DR5 2组快速、准确的分型 ,比PCR SSP能更多的检出DR5 2组位点 ,特别是能将纯合子进一步分型 ,适合临床应用。 展开更多
关键词 基因芯片 HLA-DR52基因 基因分型 DNA扩增
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寡核苷酸芯片在细胞因子及其受体单核苷酸多态性检测中的应用 被引量：1
4
作者 郭义峰 谭建明 +5 位作者 李荣宇 刘三震 李瑶 应康 谢毅 毛裕民 《中华医学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2005年第25期1757-1761,共5页
目的建立检测细胞因子肿瘤坏死因子(TNF)α、白细胞介素(IL)10、转化生长因子(TGF)β1、IL4、IL6及其受体单核苷酸多态性位点的寡核苷酸芯片,通过测序等方法评价其性能。方法根据相关文献、参照NCBI的SNP数据库和NCI的SNP500Cancer数据... 目的建立检测细胞因子肿瘤坏死因子(TNF)α、白细胞介素(IL)10、转化生长因子(TGF)β1、IL4、IL6及其受体单核苷酸多态性位点的寡核苷酸芯片,通过测序等方法评价其性能。方法根据相关文献、参照NCBI的SNP数据库和NCI的SNP500Cancer数据库,选取临床上有意义的细胞因子及其相应受体单核苷酸多态性位点基因和相应序列,设计寡核苷酸探针59条,基因组DNA通过多重多聚酶链反应(PCR)扩增,Cy5标记。标记后的产物与芯片上探针杂交,激光扫描,荧光信号值分析,判断各位点的基因型,并通过测序验证。结果130份外周血样,除10份因时间过久,没有PCR产物外,余120份均检测成功,3次重复检验无差异,测序验证无位点错误。结论寡核苷酸芯片技术检测细胞因子及其受体单核苷酸多态性位点,具有特异性高、敏感性高、重复性好、高通量、操作简便等优点,是一种较为理想的方法。 展开更多
关键词 寡核苷酸芯片 细胞因子 单核苷酸多态性 受体 多态性位点 (TNF)-Α 肿瘤坏死因子 转化生长因子 Cancer 寡核苷酸探针 多聚酶链反应 基因组DNA 白细胞介素 PCR产物 IL-4 IL-6 方法评价 NCBI 探针杂交 激光扫描 重复检验
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基因芯片在卵巢组织HLA-DRB1分型中的应用
5
作者 严春晓 郑伟 +1 位作者 王良 陈学军 《科技通报》 2006年第3期323-326,331,共5页
目的用基因芯片对胎儿卵巢组织和成人卵巢组织进行HLA-DRB1分型,对于进一步了解胎儿卵巢基因型及其档案的建立进行了初步探索。方法将6份胎儿卵巢组织分别与育龄妇女及绝经后妇女卵巢组织的基因组DNA,通过组间特异引物不对称扩增,扩增... 目的用基因芯片对胎儿卵巢组织和成人卵巢组织进行HLA-DRB1分型,对于进一步了解胎儿卵巢基因型及其档案的建立进行了初步探索。方法将6份胎儿卵巢组织分别与育龄妇女及绝经后妇女卵巢组织的基因组DNA,通过组间特异引物不对称扩增,扩增中同时用荧光素Cy3标记。扩增标记后的产物与结合在HLA-DRB1基因分型芯片上的探针进行杂交,通过荧江扫描仪对杂交产生的荧光信号值进行分析,确定样品的HLA-DRB1基因型。结果18例卵巢组织样本中,纯合子只有1例,其余均为杂合子。其中两例胎儿卵巢组织的HLA-DRB1型别分别与一例育龄妇女卵巢组织及一例绝经后妇女卵巢组织相吻合。芯片重复率为100%。结论基因芯片是一种理想的分型方法,具有特异性高、重复性好、操作简便、所需时间少、结果判读容易、一次可作多份样本的优点。通过这种技术对胎儿卵巢HLA-DRB1进行快速分型,可为卵巢移植手术的供受体选择节约了时间和成本,并可进一步建立胎儿卵巢组织的基因型档案,为卵巢移植工作开展奠定基础。 展开更多
关键词 妇产科学 人白细胞抗原-DRB1 基因分型 基因芯片 胎儿卵巢
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寡核苷酸芯片技术在HLA-A抗原基因分型中的应用研究
6
作者 李成涛 李莉 +2 位作者 柳燕 康敏华 李荣宇 《法医学杂志》 CAS CSCD 2005年第4期271-273,共3页
目的建立一种HLA-A位点的基因芯片分型方法,为HLA-A位点的基因分型提供一个较新的思路。方法利用基因芯片技术,根据HLA-A位点不同基因亚型的独特序列设计探针,制成分型芯片;待检测样品经PCR反应标记上荧光之后,与芯片进行杂交,根据杂交... 目的建立一种HLA-A位点的基因芯片分型方法,为HLA-A位点的基因分型提供一个较新的思路。方法利用基因芯片技术,根据HLA-A位点不同基因亚型的独特序列设计探针,制成分型芯片;待检测样品经PCR反应标记上荧光之后,与芯片进行杂交,根据杂交产生的荧光信号值分析确定样品HLA-A位点的基因亚型。将这一方法应用于100份标准DNA和200份无关个体的HLA-A位点基因分型并将部分样品进行测序。结果检测结果表明HLA-A基因分型芯片可准确分辨出A位点等位基因20大类,耗时2.5h。结论寡核苷酸芯片技术用于HLA-A基因分型,分辨率高、特异性强、重复性好、操作简便、结果直观,适合于法医学实践和临床应用。 展开更多
关键词 寡核苷酸芯片 HLA-A 基因分型
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