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Effect of Tb(Ⅲ) on the unfolding of ciliate Euplotes octocarinatus centrin induced by guanidine hydrochloride
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作者 Enxian Shi Wenlong Zhang Binsheng Yang 《Journal of Rare Earths》 SCIE EI CAS CSCD 2018年第2期203-208,共6页
To understand the unfolding of ciliate Euplotes octocarinatus centrin(EoCen), the glycine positioned at 115, the sixth residue of the loop of the protein's third EF-hand, was mutated into tryptophan(Trp).Intrinsi... To understand the unfolding of ciliate Euplotes octocarinatus centrin(EoCen), the glycine positioned at 115, the sixth residue of the loop of the protein's third EF-hand, was mutated into tryptophan(Trp).Intrinsic fluorescence and Tb(Ⅲ) binding properties of wild type EoCen and G115W mutant were monitored by fluorescence spectra in 10 mmol/L Hepes. The emission maximum of EoCen was 306 nm and mutation had no impact on the Tb(Ⅲ) binding properties. The properties of G115W were investigated by fluorescence, far-UV circular dichroism(CD) spectra and fluorescence decays in the absence or in the presence of 6 mol/L guanidine hydrochloride(GdnHCl). For the increase in polarity of microenvironment around Trp residue, the emission maximum of apoG115 W at 343 nm is shifted to 359 nm in 6 mol/L GdnHCI. Also the secondary structure is lost nearly and fluorescence lifetime decreases in 6 mol/L GdnHCI. The unfolding of G115W induced by GdnHCI was assessed by using the model of structural element The unfolding of proteins is a sequential reaction, namely two-transition. three-state process. The first transition belongs to the unfolding of the C-terminal domain, and the second transition is assigned to the unfolding of the N-terminal domain. The ⊿〈△G_(total)~0(H_2O)〉 was used to determine the effect of Tb(Ⅲ) on the stability of apoprotein. The 〈△G_(total)~0(H_2 O)〉for Tb_2-G115 W has a less increase of0.68 kJ/mol compared with apoG115W, proving Tb(Ⅲ) situated at C-terminal has negligible impact on the stability of protein. Whereas the 〈△G_(total)~0(H_2 O)〉 for Tb_4-G115W has a rise of 1.29 kJ/mol compared with Tb_2-G115W, manifesting Tb(Ⅲ) lcocated at low affinity sites has considerable influence on protein stability. mainly stabilizing the N-terminal domain. 展开更多
关键词 Euplotes octocarinatus centrin Tb(Ⅲ) Unfolding Structure element Stability Rare earths
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C-terminal 76 Amino Acids of eRF3 Are Not Required for the Binding of Release Factor eRF1a from Euplotes octocarinatus 被引量:1
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作者 宋莉 王玉瑶 +2 位作者 柴宝峰 王伟 梁爱华 《Journal of Genetics and Genomics》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2007年第6期486-490,共5页
Termination of translation in eukaryotes requires two polypeptide chain-release factors, eRF1 and eRF3. eRF1 recognizes stop signals, whereas eRF3 is a ribosome-dependent and eRFl-dependent GTPase. Polypeptide release... Termination of translation in eukaryotes requires two polypeptide chain-release factors, eRF1 and eRF3. eRF1 recognizes stop signals, whereas eRF3 is a ribosome-dependent and eRFl-dependent GTPase. Polypeptide release factor eRF3 consists of N-terminal variable region and C-terminal conserved part. C-terminal part of eRF3 is responsible for termination of the translation, In the present study, the C-terminal of Euplotes octocarinatus eRF3 (eRF3C) and truncate eRF3C lacking 76 amino acids in C-terminal (eRF3Ct) were expressed in Escherichia coll. The recombinant GST-eRF3C and GST-eRF3Ct polypeptides were purifled by affinity chromatography using glutathione Sepharose 4B column. After enzymatic cleavage of GST tail, the eRF3C and eRF3Ct protein were obtained. Pull-down analysis showed that the recombinant GST-eRF3C and GST-eRF3Ct polypeptides interacted with E. octocarinatus polypeptide chain release factor eRF1a. This result suggested that the C-terminal of eRF3 having 76 amino acids were not required for the binding of eRFla in Euplotes octocarinatus. 展开更多
关键词 Euplotes octocarinatus polypeptide release factor 3 expression pull-down assay
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光谱法、量热法以及分子对接研究酸枣仁皂苷A与中心蛋白的作用 被引量:2
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作者 张文龙 胡颖媛 +1 位作者 郭丽丽 裴科 《食品安全质量检测学报》 CAS 2024年第3期286-292,共7页
目的研究酸枣仁皂苷A(jujuboside A,JuA)与八肋游仆虫中心蛋白(Euplotes octocarinatus centrin,EoCen)的相互作用。方法采用圆二色光谱(circular dichroism spectroscopy,CD)以及三维荧光光谱研究EoCen的构象变化;采用稳态荧光光谱与... 目的研究酸枣仁皂苷A(jujuboside A,JuA)与八肋游仆虫中心蛋白(Euplotes octocarinatus centrin,EoCen)的相互作用。方法采用圆二色光谱(circular dichroism spectroscopy,CD)以及三维荧光光谱研究EoCen的构象变化;采用稳态荧光光谱与等温滴定量热法(isothermal titration calorimetry,ITC)研究JuA与EoCen作用的机制;分子对接技术模拟JuA与EoCen的结合位点。结果JuA以摩尔比1:1结合于EoCen的C端(二者反应的结合常数约为10^(5)L/mol),由ITC拟合结果可知,JuA与EoCen复合物的形成是放热的过程,熵变对自由能的贡献较小,主要由焓变驱动。EoCen与JuA结合后,构象发生变化,α-螺旋含量减少,酪氨酸残基的微环境变化,EoCen的C端不再结合蜂毒素。结论JuA主要通过范德华力与EoCen结合,从而改变EoCen的构象,抑制其与靶蛋白的结合。 展开更多
关键词 八肋游仆虫中心蛋白 酸枣仁皂苷A 圆二色光谱 三维荧光光谱 稳态荧光光谱 等温滴定量热法 分子对接技术
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八肋游仆虫NMD通路的初步研究 被引量:4
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作者 石文鑫 王美 +4 位作者 柴杨丽 吕佳 张志云 王刚 柴宝峰 《中国细胞生物学学报》 CAS CSCD 2018年第6期984-991,共8页
无义介导的mRNA降解(nonsense-mediated mRNA decay,NMD)是一种重要的mRNA质量监测机制,可以识别和降解含有提前终止密码子(premature termination codons,PTCs)的异常转录本,但其详细的分子机制还没有完全阐释清楚。纤毛虫是真核生物... 无义介导的mRNA降解(nonsense-mediated mRNA decay,NMD)是一种重要的mRNA质量监测机制,可以识别和降解含有提前终止密码子(premature termination codons,PTCs)的异常转录本,但其详细的分子机制还没有完全阐释清楚。纤毛虫是真核生物进化最早的一个分支,对其NMD途径的研究有助于阐明高等生物基因表达调控的进化与分子机制。该研究从纤毛虫八肋游仆虫(Euplotes octocarinatus)基因组中鉴定并克隆得到NMD因子EuUPF1、EuUPF2、EuY14a、EuY14b和EuMAGO的基因。酵母双杂交和体外pull-down实验分析证实了各因子间的相互作用关系:EuUPF1的CH结构域与EuUPF2的C-端结构域相互作用;Y14的两个同源体(paralogs)EuY14a和EuY14b,作为mRNA结合蛋白,均与EuMAGO发生相互作用,形成真核生物mRNA外显子连接复合体(exon-exon junction complex,EJC)的核心。一方面,EuUPF1的CH结构域与EuY14a直接相互作用,结合到异常mRNA上;另一方面,EuUPF1可以通过EuUPF2与EuMAGO相互作用,后者再与EuY14a和EuY14b相互作用,把EuUPF1锚定到异常mRNA上。总之,EuUPF1通过两种方式结合在mRNA上,招募各种核酸酶,降解异常的mRNA。因为游仆虫基因组中内含子含量低于高等真核生物,而又远高于酵母真菌,因此研究者认为,依赖EJC和不依赖EJC的两种NMD途径可能共存于游仆虫细胞中,但这两种NMD途径具体的分子机制有待深入研究。 展开更多
关键词 八肋游仆虫 NMD途径 外显子连接复合体 UPF1 Y14
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游仆虫肽链释放因子eRF1对编程性翻译移码的影响 被引量:4
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作者 李禄琴 胡苗清 +2 位作者 王软林 柴宝峰 梁爱华 《中国生物化学与分子生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2014年第5期468-474,共7页
编程性翻译移码是mRNA翻译为多肽链时核糖体沿mRNA正向或反向滑动1个碱基才能表达出1个完整多肽链的现象.人的肽链释放因子eRF1对HIV-1病毒的编程性-1移码有直接的影响.而且在频繁发生编程性+1移码的单细胞真核生物游仆虫中,肽链释放因... 编程性翻译移码是mRNA翻译为多肽链时核糖体沿mRNA正向或反向滑动1个碱基才能表达出1个完整多肽链的现象.人的肽链释放因子eRF1对HIV-1病毒的编程性-1移码有直接的影响.而且在频繁发生编程性+1移码的单细胞真核生物游仆虫中,肽链释放因子eRF1对编程性移码也有明显的影响.为进一步研究eRF1中影响编程性翻译移码的关键序列及调控机理,本研究将含有不同终止密码子的移码序列和已报道的游仆虫移码基因Ndr2分别插入双荧光素酶报告基因中,成功建立了可在酵母中进行研究的编程性移码报告检测体系.利用游仆虫肽链释放因子Eo-eRF1b的N结构域和酵母肽链释放因子Sc eRF1的MC结构域构建了杂合肽链释放因子(Eo/Sc eRF1),检测Eo-eRF1b N结构域中的不同突变位点对移码效率的影响.结果表明,游仆虫肽链释放因子eRF1b中YCF区的突变能明显促进含终止密码UAA的移码序列的移码,推测这可能是由于eRF1突变体降低了对UAA的识别所导致.此外,杂合肽链释放因子Eo/Sc eRF1能够有效地提高移码基因Ndr2的移码效率.eRF1b中YCF区的突变同样能明显促进Ndr2的移码.因此,游仆虫肽链释放因子YCF区的特殊序列可能是这种生物中发生编程性移码频率较高的原因之一.本研究为探讨纤毛虫编程性翻译移码调控机制提供了实验数据. 展开更多
关键词 八肋游仆虫 编程性翻译移码 肽链释放因子 双荧光素酶报告体系
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八肋游仆虫含绿色荧光蛋白基因的大核人工染色体的构建 被引量:4
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作者 李娜 柴宝峰 +1 位作者 王景涛 梁爱华 《中国生物化学与分子生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2009年第5期436-441,共6页
为研究八肋游仆虫(Euplotes octocarinatus)相关基因的功能,构建了八肋游仆虫大核人工染色体(macronuclear artificial chromosome ofE.octocarinatus,EoMAC-G),其两端为克隆自八肋游仆虫大核β2-微管蛋白基因的5′和3′非编码区和两侧... 为研究八肋游仆虫(Euplotes octocarinatus)相关基因的功能,构建了八肋游仆虫大核人工染色体(macronuclear artificial chromosome ofE.octocarinatus,EoMAC-G),其两端为克隆自八肋游仆虫大核β2-微管蛋白基因的5′和3′非编码区和两侧的端粒序列,中间为多克隆位点和密码子优化后的增强型绿色荧光蛋白(enhanced green fluorescence protein,EGFP-Eo)报道基因.用脂质体转染方法将携带有EoMAC-G的pBTub-Tel载体转入八肋游仆虫大核,分析EGFP-Eo基因在八肋游仆虫细胞中的表达.荧光显微镜观察发现,EGFP-Eo产生的荧光均匀分布于八肋游仆虫细胞质中.在细胞进行有丝分裂的情况下,荧光可持续20 d以上.相比pEGFP-N1质粒转化的游仆虫,人工染色体中的EGFP-Eo基因表达的荧光亮度强、稳定且持续时间长.Western杂交分析进一步证实,外源EGFP-Eo基因在细胞中过量表达.通过细菌喂食法进行纤毛虫RNA干扰实验,抑制了外源EGFP-Eo基因在八肋游仆虫细胞中的表达.利用构建的人工染色体不仅可以在八肋游仆虫细胞内表达外源基因,对目的蛋白质进行活细胞实时动态的定位分析,还可通过RNA干扰的方法调控外源基因在纤毛虫细胞中的表达,便于进一步分析目的蛋白质的功能. 展开更多
关键词 八肋游仆虫 绿色荧光蛋白 大核人工染色体 基因表达 RNA干扰
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盐酸氯丙嗪对八肋游仆虫中心蛋白C端功能的抑制 被引量:4
7
作者 董倩 叶旭文 +3 位作者 杨静 王文明 赵亚琴 杨斌盛 《无机化学学报》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2021年第1期23-32,共10页
通过荧光光谱分析、等温滴定量热(ITC)、圆二色谱(CD)、电泳等技术研究了盐酸氯丙嗪(CPZ)和八肋游仆虫中心蛋白C端(apoC-EoCen)的结合以及CPZ对蛋白功能的影响。结果表明,在室温下10 mmol·L^-1 Hepes溶液(pH=7.4)中,CPZ与apoC-EoCe... 通过荧光光谱分析、等温滴定量热(ITC)、圆二色谱(CD)、电泳等技术研究了盐酸氯丙嗪(CPZ)和八肋游仆虫中心蛋白C端(apoC-EoCen)的结合以及CPZ对蛋白功能的影响。结果表明,在室温下10 mmol·L^-1 Hepes溶液(pH=7.4)中,CPZ与apoC-EoCen以物质的量之比为1∶1结合,条件结合常数约为104L·mol^-1。CPZ的结合导致蛋白质的二级结构发生改变,α螺旋含量减小;对金属离子诱导中心蛋白的聚集产生了抑制作用,Tb3+敏化荧光强度也降低;阻碍了中心蛋白与着色性病干皮病C组蛋白(XPC)的结合;且影响了apoC-EoCen类核酸酶活性,导致蛋白对pBR322 DNA的切割能力下降;抑制了蛋白质的磷酸化。综合实验结果表明盐酸氯丙嗪是中心蛋白的生物功能阻断剂,对中心蛋白的功能具有良好的调控作用。 展开更多
关键词 八肋游仆虫 中心蛋白 功能 盐酸氯丙嗪 抑制
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盐酸胍诱导八肋游仆虫中心蛋白与XPC肽复合物的解折叠 被引量:4
8
作者 石恩娴 张敏 +3 位作者 李婷婷 田青平 谢茵 杨斌盛 《分子科学学报》 CAS 北大核心 2019年第3期203-208,共6页
为探索真核生物核苷酸切除修复的可能性,选择人着色性干皮病(XPC)包含中心蛋白结合的多肽为研究对象,采用圆二色谱(CD)、荧光光谱与等温滴定量热法(ITC)对八肋游仆虫中心蛋白(EoCen)的靶肽结合进行了构象与热力学表征.结果表明C端结构域... 为探索真核生物核苷酸切除修复的可能性,选择人着色性干皮病(XPC)包含中心蛋白结合的多肽为研究对象,采用圆二色谱(CD)、荧光光谱与等温滴定量热法(ITC)对八肋游仆虫中心蛋白(EoCen)的靶肽结合进行了构象与热力学表征.结果表明C端结构域是XPC结合的关键位点,XPC发生构象变化由无规则状态转变为α-螺旋,色氨酸残基镶嵌在C端EF-手形成的疏水腔中,靶肽识别是放热反应,焓变对吉布斯自由能的贡献很大.盐酸胍诱导EoCen-XPC复合物的解折叠机理,并不是使复合物解离,而是使容纳XPC的C端疏水腔瓦解,XPC游离出来. 展开更多
关键词 八肋游仆虫中心蛋白 靶肽识别 结构基元 盐酸胍 解折叠
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过表达EoRPL11下调HEK293T细胞中蛋白质的翻译活性(英文) 被引量:3
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作者 张国强 张志云 +2 位作者 柴宝峰 王伟 梁爱华 《中国生物化学与分子生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2010年第8期712-719,共8页
核糖体蛋白L11(RPL11)是真核生物核糖体的重要组成部分.RPL11参与核糖体的生物发生及其它的一些细胞调控过程.本研究在人细胞中研究了游仆虫RPL11(EoRPL11)的亚细胞定位及对蛋白质合成的调控功能.通过激光共聚焦显微镜观察发现,融合绿... 核糖体蛋白L11(RPL11)是真核生物核糖体的重要组成部分.RPL11参与核糖体的生物发生及其它的一些细胞调控过程.本研究在人细胞中研究了游仆虫RPL11(EoRPL11)的亚细胞定位及对蛋白质合成的调控功能.通过激光共聚焦显微镜观察发现,融合绿色荧光蛋白的EoRPL11分布于细胞核中,并集中于核仁上;将EoRPL11和海肾荧光素酶报告基因共转染HEK293T细胞后发现,细胞内海肾荧光素酶的酶活性明显下降,并呈现一种剂量依赖性关系;实时定量PCR分析则表明,海肾荧光素酶的mRNA水平并没有明显改变;同时,细胞的增殖也受到了一定的抑制.以上结果表明,EoRPL11是核蛋白,并且其过表达可能在翻译水平上抑制细胞内总蛋白质的合成. 展开更多
关键词 游仆虫RPL11(EoRPL11) 八肋游仆虫 翻译活性 下调 C-MYC
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八肋游仆虫酸性核糖体磷酸化蛋白P1有2个亚型 被引量:3
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作者 佘梅 王软林 +1 位作者 张志云 梁爱华 《中国生物化学与分子生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2015年第10期1092-1101,共10页
真核生物酸性核糖体磷酸化蛋白(P0、P1、P2)位于核糖体60S大亚基上,它们在核糖体上共同组成一个向外侧凸出的五聚体的柄状复合物[P0·(P1·P2)2],该复合物在蛋白质合成延伸过程中起着重要作用.为了探讨单细胞真核生物核糖体柄... 真核生物酸性核糖体磷酸化蛋白(P0、P1、P2)位于核糖体60S大亚基上,它们在核糖体上共同组成一个向外侧凸出的五聚体的柄状复合物[P0·(P1·P2)2],该复合物在蛋白质合成延伸过程中起着重要作用.为了探讨单细胞真核生物核糖体柄状复合物的组成形式及在蛋白质合成中的作用,对八肋游仆虫(Euplotes octocarinatus)的P1进行了研究.通过生物信息学方法,分析八肋游仆虫基因组及转录组数据,找到2个酸性核糖体蛋白P1基因,从DNA和c DNA中都扩增到这2个P1基因,表明八肋游仆虫酸性核糖体磷酸化蛋白P1确实存在2个亚型.将2个基因克隆后分别构建重组表达质粒p ET28a-P1A和p GEX-6P-1-P1B,在大肠杆菌BL21中获得高效表达.经镍柱和GST柱亲和层析后,获得较高纯度的八肋游仆虫酸性核糖体蛋白Eo P1A和Eo P1B,表达产物经Western印迹检测为阳性.Pull-down分析了Eo P1A和Eo P1B之间的相互作用.结果表明,游仆虫酸性核糖体磷酸化蛋白P1的2个亚型Eo P1A和Eo P1B之间存在相互作用. 展开更多
关键词 八肋游仆虫 酸性核糖体蛋白P1 基因克隆 表达纯化
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八肋游仆虫一种富含三核苷酸重复序列的新基因GARP的克隆与序列分析 被引量:3
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作者 许静 王伟 +1 位作者 柴宝峰 梁爱华 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2007年第1期87-91,共5页
人类基因中三核苷酸重复序列拷贝数的异常扩增,可导致多种神经系统疾病。一种富含GAA三核苷酸的GARP(glutamicacid-richprotein)基因从八肋游仆虫(Euplotesoctocarinatus)大核文库中筛选获得。大核中该基因的染色体全长460bp,基因两端... 人类基因中三核苷酸重复序列拷贝数的异常扩增,可导致多种神经系统疾病。一种富含GAA三核苷酸的GARP(glutamicacid-richprotein)基因从八肋游仆虫(Euplotesoctocarinatus)大核文库中筛选获得。大核中该基因的染色体全长460bp,基因两端具有下毛类纤毛虫大核特有的端粒序列(C4A4C4A4C4A4C4),开放读框内含有一个TGA(88-90)密码子,在游仆虫中编码为半胱氨酸。经DNAStar软件分析,该基因编码的蛋白质由112个氨基酸组成,预测其分子量为13kDa,等电点为3.82,含有四个α螺旋和一个β折叠。小核中对应的该基因含有两个内部删除序列,IES1和IES2。IES1和IES2分别长41bp,IES1以GA二核苷酸直接重复为删除信号,IES2以TA二核苷酸直接重复为删除信号。RT-PCR证明该基因具有转录活性。 展开更多
关键词 八肋游仆虫 GARP基因 三核苷酸重复
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EoRab43参与游仆虫细胞内大核周围的物质运输 被引量:2
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作者 李江姣 聂宇 +2 位作者 梁爱华 党旭红 王伟 《分子细胞生物学报》 CSCD 北大核心 2009年第1期35-42,共8页
Rab家族蛋白是真核细胞内膜泡运输途径中重要的调节因子。EoRab43是八肋游仆虫中一种编码非典型Rab蛋白的基因。本研究依据已获得的EoRab43基因序列设计引物,从八肋游仆虫大核DNA中扩增了EoRab43基因的3′端153bp片段,即EoRab43153bp(... Rab家族蛋白是真核细胞内膜泡运输途径中重要的调节因子。EoRab43是八肋游仆虫中一种编码非典型Rab蛋白的基因。本研究依据已获得的EoRab43基因序列设计引物,从八肋游仆虫大核DNA中扩增了EoRab43基因的3′端153bp片段,即EoRab43153bp(对应于EoRab43蛋白的C末端50个氨基酸,EoRab43C),构建重组表达质粒pGEX-EoRab43153bp转化大肠杆菌BL21(DE3)进行表达,纯化后的融合蛋白GST-EoRab43C免疫BALB/c小鼠制备多克隆抗体。经检测,制备的抗体具有较高的效价及良好的特异性。利用制备的抗体对EoRab43在游仆虫细胞内进行免疫荧光定位,结果显示该蛋白主要定位于该生物细胞内大核染色体的周围。 展开更多
关键词 EoRab43 八肋游仆虫 大核 免疫荧光定位 膜泡运输
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光谱法、量热法以及分子对接研究槲皮素与中心蛋白的相互作用 被引量:1
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作者 张文龙 石恩娴 +3 位作者 胡颖媛 裴科 任蕾 杨斌盛 《分子科学学报》 CAS 北大核心 2023年第2期127-134,共8页
通过光谱法、等温滴定量热法(ITC)以及分子对接等技术研究了八肋游仆虫中心蛋白N端分子(N-EoCen)与槲皮素(Quercetin,Q)之间的相互作用以及Q对N-EoCen构象的影响.结果表明,在室温下Hepes(pH=7.4)缓冲溶液中,Q可以与N-EoCen以物质的量比1... 通过光谱法、等温滴定量热法(ITC)以及分子对接等技术研究了八肋游仆虫中心蛋白N端分子(N-EoCen)与槲皮素(Quercetin,Q)之间的相互作用以及Q对N-EoCen构象的影响.结果表明,在室温下Hepes(pH=7.4)缓冲溶液中,Q可以与N-EoCen以物质的量比1∶1结合于N-EoCen的第二个EF-hand的E,F螺旋之间,条件结合常数约为104L·mol^(-1),复合物的形成是放热的过程,Q与N-EoCen之间存在氢键、疏水作用以及范德华力等多种作用.Q与N-EoCen中酪氨酸残基(Tyr72)的结合距离为1.54 nm.复合物的形成使得蛋白的构象发生变化,α-helix含量减少.本文的研究成果对于进一步了解中心蛋白分子识别多样性的结构基础,以及相关药物的研发具有参考价值. 展开更多
关键词 八肋游仆虫中心蛋白N端分子 槲皮素 复合物 构象
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八肋游仆虫Rab家族基因克隆和多样性分析 被引量:1
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作者 李江姣 聂宇 +1 位作者 许静 王伟 《动物学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2010年第6期1-8,共8页
Rab蛋白是在真核细胞内膜泡运输过程中起重要调节作用的一类小分子Ras-like蛋白,为Ras超家族中最大的家族。Rab家族成员在不同的生物中表现出数量的多样性和功能上的分化。为进一步了解Rab蛋白的多样性及其在真核细胞内膜泡运输网络中... Rab蛋白是在真核细胞内膜泡运输过程中起重要调节作用的一类小分子Ras-like蛋白,为Ras超家族中最大的家族。Rab家族成员在不同的生物中表现出数量的多样性和功能上的分化。为进一步了解Rab蛋白的多样性及其在真核细胞内膜泡运输网络中的功能,本研究利用游仆虫大核染色体特异的端粒结构和基因大小的染色体结构特征,通过简并引物PCR方法从八肋游仆虫(Euplotes octocarinatus)中克隆到9种新的Rab基因,分别为EoRab1A、EoRab2b、EoRab2c、EoRab2d、EoRab6、EoRab7、EoRab2-like、EoRabL2和EoRan(GenBank登陆号为HM371131~HM371139)。序列分析表明,游仆虫中Rab基因家族成员既包括具有维持细胞结构核心功能保守基因,又包括为适应环境而进化出的特殊功能的新基因。 展开更多
关键词 八肋游仆虫 RAB 克隆 多样性 膜泡运输
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八肋游仆虫微管蛋白基因家族的鉴定及进化分析 被引量:1
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作者 王软林 肖羽 +1 位作者 李佳 梁爱华 《水生生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2021年第5期1005-1013,共9页
为了系统分析八肋游仆虫(Euplotes octocarinatus)微管蛋白基因家族,从八肋游仆虫大核基因组中共鉴定得到20个微管蛋白基因,基于同源比对及系统进化分析,将其归入α、β、γ、δ、ε及η六个微管蛋白亚家族;多序列比对及Western blot结... 为了系统分析八肋游仆虫(Euplotes octocarinatus)微管蛋白基因家族,从八肋游仆虫大核基因组中共鉴定得到20个微管蛋白基因,基于同源比对及系统进化分析,将其归入α、β、γ、δ、ε及η六个微管蛋白亚家族;多序列比对及Western blot结果显示八肋游仆虫η微管蛋白基因在翻译过程中需发生一次+1位编程性核糖体移码,其移码位点为AAA-TAA;所有自由生纤毛虫都含有多个α和β微管蛋白基因亚型,可能用于组成不同的微管结构。研究为后续深入探讨八肋游仆虫微管蛋白的生物学功能及微管多样性奠定了基础。 展开更多
关键词 八肋游仆虫 微管蛋白 序列分析 系统进化分析
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原生动物八肋游仆虫cDNA文库的构建 被引量:1
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作者 柴宝峰 郝艳琴 +2 位作者 李毳 申泉 梁爱华 《微生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2010年第3期316-321,共6页
细胞内蛋白质合成过程是一个由多种蛋白质相互作用参与调节的开放系统,形成了复杂的mRNA代谢和蛋白质翻译为核心的基因表达调控的网络和信号转导途径。【目的】为了获得更多参与调节蛋白质合成终止过程的蛋白质种类和功能信息,进一步了... 细胞内蛋白质合成过程是一个由多种蛋白质相互作用参与调节的开放系统,形成了复杂的mRNA代谢和蛋白质翻译为核心的基因表达调控的网络和信号转导途径。【目的】为了获得更多参与调节蛋白质合成终止过程的蛋白质种类和功能信息,进一步了解其中的网络和信号转导途径,本研究构建了原生动物八肋游仆虫的cDNA文库。【方法】构建过程严格遵循Clontech公司的BD MatchmakerTM Library Construction&Screening kit提供的方案进行文库构建和筛选.【结果】首次得到了可用于筛选功能基因的原生动物纤毛虫的cDNA文库,文库滴度为2.437×107cfu/mL。利用第二类肽链释放因子为诱饵,筛选得到了一些可能与之相互作用的蛋白质,其中包括一个可能编码RNA解旋酶的基因序列。该文库为进一步筛选和研究八肋游仆虫功能基因提供了便利的平台。 展开更多
关键词 CDNA文库 肽链释放因子 原生动物 八肋游仆虫
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八肋游仆虫中心蛋白的核磁共振研究 被引量:1
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作者 洪晶 郭晨云 +3 位作者 刘华 梁爱华 林东海 汪少芸 《福州大学学报(自然科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2012年第6期823-827,共5页
利用液体核磁共振方法对八肋游仆虫中心蛋白全长蛋白(EoCen),LC端结构域(EoCen-LC)和N端结构域(EoCen-N)进行了分析,并研究了蛋白与钙离子的相互作用情况.研究结果表明,未加入钙离子,全长蛋白,LC端结构域和N端结构域谱图重叠严重,峰型较... 利用液体核磁共振方法对八肋游仆虫中心蛋白全长蛋白(EoCen),LC端结构域(EoCen-LC)和N端结构域(EoCen-N)进行了分析,并研究了蛋白与钙离子的相互作用情况.研究结果表明,未加入钙离子,全长蛋白,LC端结构域和N端结构域谱图重叠严重,峰型较差,说明未折叠成良好的三级结构,存在较大的构象交换或一定程度的聚集;与钙离子结合后全长蛋白,LC端结构域三级结构有所改善,但仍然无法用液体核磁共振方法进行进一步的结构研究.N端结构域与钙离子结合后谱峰分散性好,说明N端结构域具有较好的三级结构,能够应用核磁共振的方法进行结构解析. 展开更多
关键词 八肋游仆虫 中心蛋白 核磁共振 结构
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八肋游仆虫组织蛋白酶B基因家族的分子克隆及序列分析
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作者 刘婧妮 宋建英 +1 位作者 王软林 梁爱华 《基因组学与应用生物学》 CAS CSCD 北大核心 2019年第8期3428-3435,共8页
组织蛋白酶B (cathepsin B, CTSB)是一种主要存在于溶酶体中的半胱氨酸蛋白水解酶,广泛存在于各种生物中。为了研究八肋游仆虫组织蛋白酶B (Euplotes octocarinatus Cathepsin B, EoCTSB)基因的序列、结构和功能,本研究利用生物信息学方... 组织蛋白酶B (cathepsin B, CTSB)是一种主要存在于溶酶体中的半胱氨酸蛋白水解酶,广泛存在于各种生物中。为了研究八肋游仆虫组织蛋白酶B (Euplotes octocarinatus Cathepsin B, EoCTSB)基因的序列、结构和功能,本研究利用生物信息学方法,对八肋游仆虫组织蛋白酶B基因进行了系统分析。利用相似性搜索及系统进化分析,共鉴定得到6个EoCTSBs基因。转录组数据及3′RACE分析结果表明这6个基因均具有转录活性。通过与其他真核生物的组织蛋白酶B比较,结果显示,6种EoCTSBs均含有保守的肽链内切酶催化活性位点,但都缺失封闭环结构,因此推测它们都没有外肽酶活性;仅EoCTSB-6的S2亚位为酸性氨基酸残基,暗示其具有催化特异性底物Z-Arg-Arg-AMC水解的活性。本研究为后续深入探讨EoCTSB的生物学功能提供理论依据。 展开更多
关键词 八肋游仆虫 组织蛋白酶B 序列分析
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八肋游仆虫一种富含谷氨酸的蛋白GARP的表达与纯化
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作者 许静 王伟 +1 位作者 柴宝峰 梁爱华 《高技术通讯》 CAS CSCD 北大核心 2007年第6期653-656,共4页
为研究游仆虫中含有三核苷酸重复序列的GARP基因编码的GARP蛋白在细胞中的功能,利用定点突变技术,将GARP基因中的TGA突变为通用半胱氨酸密码子TGT。突变后的GARP基因构建于原核表达载体pRSETc中,得到重组质粒pRSETc-GARP,将pRSETc-GARP... 为研究游仆虫中含有三核苷酸重复序列的GARP基因编码的GARP蛋白在细胞中的功能,利用定点突变技术,将GARP基因中的TGA突变为通用半胱氨酸密码子TGT。突变后的GARP基因构建于原核表达载体pRSETc中,得到重组质粒pRSETc-GARP,将pRSETc-GARP质粒转化至大肠杆菌BL21(DE3)中,经IPTG诱导,带有纯化标签的重组蛋白His6-GARP获得可溶表达,表达产物与抗His抗体在约26 kDa处有很强的交叉反应。His6-GARP蛋白在不同pH条件下通过两次阴离子交换层析和一次凝胶层析三步纯化达到电泳纯。 展开更多
关键词 八肋游仆虫 富含谷氨酸的蛋白GARP 表达 纯化
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八肋游仆虫中无义介导的mRNA降解途径因子的细胞共定位研究
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作者 周宝春 王软林 柴宝峰 《中国生物化学与分子生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2020年第6期646-655,共10页
无义介导的mRNA降解途径(nonsense-mediated mRNA decay, NMD)是一种mRNA质量监控机制,识别和降解含有提前终止密码子(premature termination codons, PTCs)的异常转录本,以保障基因的准确表达。到目前为止,有报道的从高等哺乳动物到果... 无义介导的mRNA降解途径(nonsense-mediated mRNA decay, NMD)是一种mRNA质量监控机制,识别和降解含有提前终止密码子(premature termination codons, PTCs)的异常转录本,以保障基因的准确表达。到目前为止,有报道的从高等哺乳动物到果蝇、线虫、酵母和原生动物中,均有NMD调控途径,但其机制模型存在一定的差异。由于原生动物在生物的起源与进化上的特殊地位,以及所含的调控因子相对简单,在各种分子机制的研究领域成为热点材料。本文以八肋游仆虫(Euplotes octocarinatus)作为研究对象,从八肋游仆虫大核基因组数据库中,经过同源序列比对,分析鉴定到参与NMD途径的相关因子,包括无义mRNA识别因子poly(A)结合蛋白(poly(A) binding protein, PABP);启动NMD途径的核心因子上游移码蛋白1(up-frameshift 1, UPF1)和上游移码蛋白2(up-frameshift 2, UPF2);外显子连接复合体(exon junction complex, EJC)组分因子MAGO(Mago nashi)、Y14(Tsunagi或RMB8)、eIF4AIII(eukaryotic initiation factor 4A3)和UAP56(U2AF56 associated protein 56);降解无义mRNA的相关因子外切体(exosome)、脱帽酶(decapping mRNA 2, DCP2)、外切酶(5′-3′exoribonuclease 1, XRN1)和去腺苷酸化酶(PGK promoter directed over production, POP2)。其中,后3种蛋白质是mRNA加工小体(processing body, P-Body)的组分。通过荧光共定位分析,分别依次证实UPF1与UPF2之间、EJC组分因子之间和P-body组分因子之间的相互作用关系。随后,通过UPF2分别与MAGO和Y14的荧光共定位结果,推测八肋游仆虫依赖于EJC的NMD途径模型。通过UPF1分别与DCP2和外切体(exosome)的荧光共定位结果,推测了八肋游仆虫无义mRNA的两种降解方式:一种是无义mRNA被介导到P-body中分别被DCP2和POP2脱去5′端帽和3′端Poly(A)尾,随后在XRN1的作用下,沿着5′→3′的方向降解;另一种是在胞质中,无义mRNA直接通过招募POP2去腺苷酸化,随后又在招募来的外切体作用下,沿� 展开更多
关键词 八肋游仆虫 无义介导的mRNA降解途径 外切体 加工小体 外显子连接复合体
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