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CDK1、CCNB1和NDC80与乙型肝炎相关肝细胞癌的预后和进展相关:基于生物信息学方法 被引量：4
1
作者 李玉杰 吴登强 +2 位作者 韦常宏 杨雪佳 周素芳 《南方医科大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2021年第10期1509-1518,共10页
目的探讨HBV转化为HCC相关的关键基因,并探索相关的分子机制。方法分析基因表达综合(GEO)数据库中GSE55092、GSE84044和GSE121248的mRNA微阵列数据,其中包括119个HBV相关的HCC组织和252个HBV相关的非肿瘤组织。“sva”R包用于去除批间... 目的探讨HBV转化为HCC相关的关键基因,并探索相关的分子机制。方法分析基因表达综合(GEO)数据库中GSE55092、GSE84044和GSE121248的mRNA微阵列数据,其中包括119个HBV相关的HCC组织和252个HBV相关的非肿瘤组织。“sva”R包用于去除批间差。进行整合分析,获取HBV相关肝癌和HBV组织中的差异表达基因(DEGs),通过基因本体论(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)分析对差异表达基因进行功能注释。使用相互作用基因搜索工具(STRING)构建蛋白质-蛋白质相互作用网络,挖掘最重要的模块和关键基因。cBioportal用于分析hub基因的相关性。利用Kaplan-Meier和Oncomine数据库对TCGA数据库中肝癌基因表达数据进行验证,探讨hub基因与肝癌发生、发展和预后的关系。通过逆转录定量PCR(RT-qPCR)实验验证17对临床肝细胞癌样本与邻近非肿瘤组织中hub基因的表达。结果共获得121个DEGs(P<0.01),鉴定出3个遗传标记,细胞周期素依赖性激酶1(CDK1)、细胞周期蛋白B1(CCNB1)和核分裂周期蛋白80(NDC80),与细胞周期、嘧啶代谢和DNA复制有关,这3个基因高度相关(P<0.05)。UALCAN数据库证实这些基因在肝癌组织中高表达并获得相关预后信息。Kaplan-Meier表明,它们与HCC患者的低存活率相关。CDK1、CCNB1和NDC80与肝癌分级相关(P<0.05),RT-qPCR实验证实CDK1、CCNB1和NDC80的mRNA在肝细胞癌中的表达明显高于癌旁组织。结论CDK1、CCNB1和NDC80基因可作为HBV相关肝细胞癌的预后标志物,在肝癌的基础研究和临床治疗方面有一定的应用价值。 展开更多
关键词 肝细胞癌 慢性乙型肝炎病毒 关键基因 CDK1 CCNB1 NDC80
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NDC80在原发性肝细胞肝癌中的表达及意义 被引量：3
2
作者 曹亚丽 居林玲 邵建国 《南通大学学报（医学版）》 2017年第4期325-327,共3页
目的:探讨核分裂周期蛋白80(nuclear division cycle 80,NDC80)在原发性肝细胞肝癌中的作用。方法:应用实时聚合酶链式反应(real-time polymerase chain reaction,real-time PCR)的方法分析肝细胞肝癌和对应的癌旁组织中NDC80的表达情况... 目的:探讨核分裂周期蛋白80(nuclear division cycle 80,NDC80)在原发性肝细胞肝癌中的作用。方法:应用实时聚合酶链式反应(real-time polymerase chain reaction,real-time PCR)的方法分析肝细胞肝癌和对应的癌旁组织中NDC80的表达情况;将肝癌细胞株Hep3B转染慢病毒沉默NDC80基因的表达,通过real-time PCR和Western Blot的方法证实。克隆形成实验用来评估NDC80基因沉默对Hep3B细胞增殖的影响。结果:肝癌组织中NDC80的表达水平明显高于相应的癌旁组织。功能研究表明NDC80的沉默显著减少了Hep3B细胞的增殖和克隆形成。结论:NDC80的高表达可能在促进肝细胞肝癌的发展方面发挥作用。 展开更多
关键词 原发性肝细胞肝癌 核分裂周期蛋白80 细胞增殖
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沉默NDC80基因表达抑制胆囊癌细胞的增殖、迁移和侵袭能力 被引量：1
3
作者 陈泽旭 郑冰峰 +2 位作者 郑琦 白高榕 刘建生 《肿瘤》 CAS CSCD 北大核心 2020年第4期266-275,共10页
目的:探讨沉默核分裂周期蛋白80基因(nuclear division cycle 80,NDC80)对胆囊癌GBC-SD和NOZ细胞增殖、迁移和侵袭能力的影响。方法:应用实时荧光定量PCR和蛋白质印迹法分别检测NDC80 siRNA转入胆囊癌GBC-SD和NOZ细胞中后NDC80 mRNA和... 目的:探讨沉默核分裂周期蛋白80基因(nuclear division cycle 80,NDC80)对胆囊癌GBC-SD和NOZ细胞增殖、迁移和侵袭能力的影响。方法:应用实时荧光定量PCR和蛋白质印迹法分别检测NDC80 siRNA转入胆囊癌GBC-SD和NOZ细胞中后NDC80 mRNA和蛋白表达水平的变化;分别采用CCK-8法检和平板克隆形成实验检测沉默NDC80基因表达后胆囊癌细胞增殖和克隆形成能力的变化;应用Transwell小室实验检测沉默NDC80基因表达后胆囊癌细胞的迁移和侵袭能力的变化。结果:NDC80 siRNA(si-NDC80组)和阴性对照siRNA(si-NC组)成功转入胆囊癌GBC-SD和NOZ细胞;GBC-SD和NOZ细胞si-NDC80组中NDC80 mRNA及蛋白表达量均明显低于si-NC组(P值均<0.001)。GBC-SD和NOZ细胞在si-NDC80转染0~4 d时的增殖能力与si-NC阴性对照组相比,均明显下降(P值均<0.0001);而且si-NDC80转染组的细胞迁移和侵袭能力与si-NC阴性对照组相比,亦明显降低(P值均<0.0001)。结论:沉默NDC80基因表达可抑制人胆囊癌细胞的增殖、迁移和侵袭能力,提示NDC80基因在胆囊癌发生和发展中起到重要作用。 展开更多
关键词 胆囊肿瘤 细胞增殖 细胞运动 核分裂周期蛋白80
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基因共表达网络分析及蛋白质相互作用筛选核分裂周期蛋白80与肺腺癌分期及预后的相关性
4
作者 杨芳 李济民 +1 位作者 袁伟奇 罗以勤 《安徽医药》 CAS 2022年第2期254-257,共4页
目的通过基因共表达网络分析(weighted gene co-expression network analaysis,WGCNA)及蛋白质相互作用(protein-protein interaction,PPI)识别肺腺癌发生发展中的枢纽基因。方法从TCGA数据库中下载497例肺腺癌组织和54例正常肺组织的RN... 目的通过基因共表达网络分析(weighted gene co-expression network analaysis,WGCNA)及蛋白质相互作用(protein-protein interaction,PPI)识别肺腺癌发生发展中的枢纽基因。方法从TCGA数据库中下载497例肺腺癌组织和54例正常肺组织的RNA-seq表达矩阵及配套临床信息。利用R语言的DESeq2软件包进行差异基因表达分析。随后通过WGCNA筛选出枢纽模块,PPI分析鉴定出枢纽基因。最后使用GEIPA数据库验证枢纽基因与肿瘤分期、预后的关系。结果通过DESeq2分析得到1904个差异基因。通过构建共表达网络,确定棕色和蓝色模块为枢纽模块,PPI分析筛选得到核分裂周期蛋白80(nu⁃clear division cycle 80,NDC80)为枢纽基因。GEIPA数据库验证结果显示NDC80基因与肿瘤的分期相关(F=3.58,P<0.05),且NDC80基因高表达与肿瘤的总生存期较差有明显相关(HR=1.6,P<0.05)。结论通过构建WGCNA及PPI分析得到枢纽基因NDC80,且NDC80基因的高表达与肿瘤的分期及预后密切相关。提示NDC80基因有望成为肺腺癌预后的生物学标志物。 展开更多
关键词 腺癌 细支气管肺泡 基因共表达网络分析 蛋白质相互作用 核分裂周期蛋白80
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