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基于ITS序列西南地区不同居群薤白亲缘关系及其地理分布格局研究 被引量:5
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作者 莫忠妹 成宇 +1 位作者 石甜 赵财 《西北植物学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第9期1573-1580,共8页
该研究以西南地区分布的薤白(Allium macrostemon Bunge)为材料,对21个不同居群的薤白进行核糖体DNA的ITS序列测定,并结合GenBank相关序列,对27个不同居群薤白开展了系统分析,以探讨西南地区不同居群薤白的亲缘关系和生物地理分布格局... 该研究以西南地区分布的薤白(Allium macrostemon Bunge)为材料,对21个不同居群的薤白进行核糖体DNA的ITS序列测定,并结合GenBank相关序列,对27个不同居群薤白开展了系统分析,以探讨西南地区不同居群薤白的亲缘关系和生物地理分布格局。结果表明:(1)西南地区不同产区薤白nrDNA ITS序列长度介于607~638 bp之间,G+C含量为48%~52%,平均值为50%。(2)基于贝叶斯法和最大简约法构建的系统树均表明薤白为一单系群。(3)系统发育树分析结果显示,27个居群的薤白总体划分为a组和b组,其中位于西南地区东面的四川剑阁县、重庆巫溪县、贵州德江县和云南丘北县的薤白共同聚为a组,位于西南地区西面的四川汶川县、四川石棉县、四川江油市以及云南虎跳峡、云南昆明市、云南三坝的薤白归为b组。研究表明,nrDNA ITS序列可以鉴定不同地区薤白的亲缘关系。 展开更多
关键词 薤白 nrdna its序列 亲缘关系 西南地区
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蒙古扁桃nrDNA ITS和cpDNA trnH-psbA序列分子进化特点研究 被引量:4
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作者 段义忠 王建武 +1 位作者 亢福仁 李娟 《基因组学与应用生物学》 CAS CSCD 北大核心 2018年第7期3035-3041,共7页
通过对蒙古扁桃16个居群的叶绿体DNA(cpDNA)的trnH-psbA及nrDNAITS序列进行测序,对两种序列进化速率、核苷酸多样性及单倍型系统发育关系进行了初步研究。结果表明:蒙古扁桃cpDNAtrnH-psbA序列总长度为306bp,共得到52处变异位点,变... 通过对蒙古扁桃16个居群的叶绿体DNA(cpDNA)的trnH-psbA及nrDNAITS序列进行测序,对两种序列进化速率、核苷酸多样性及单倍型系统发育关系进行了初步研究。结果表明:蒙古扁桃cpDNAtrnH-psbA序列总长度为306bp,共得到52处变异位点,变异率达到17.05%,共检测到11种单倍型;nrDNAITS序列总长度为662bp,共得到6处变异位点,变异率达为0.91%,共检测到9种单倍型。经比较发现,蒙古扁桃nrDNAITS序列较cpDNAtrnH-psbA序列保守,变异速率较慢。cpDNAtrnH-psbA及nrDNAITS序列单倍型系统发育关系的各支系的支持率均较高。 展开更多
关键词 蒙古扁桃 CPDNA trnH-psbA序列 nrdna its序列 进化特点
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东北大兴安岭石蕊属部分种类的内生真菌多样性(英文) 被引量:1
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作者 范莉莉 郭守玉 韩留福 《菌物学报》 CAS CSCD 北大核心 2018年第7期896-906,共11页
采用皮层剥离法从东北大兴安岭的7种石蕊属地衣的15个样本的710个组织块分离获得90株地衣内生真菌菌株,平均定植率为12.68%(2.86%–32.76%),定植率和石蕊属的物种之间不存在明显对应关系。根据菌株的菌落、菌丝及分生孢子等特征从中选... 采用皮层剥离法从东北大兴安岭的7种石蕊属地衣的15个样本的710个组织块分离获得90株地衣内生真菌菌株,平均定植率为12.68%(2.86%–32.76%),定植率和石蕊属的物种之间不存在明显对应关系。根据菌株的菌落、菌丝及分生孢子等特征从中选取30个作为代表,测定其ITS序列。结合分子序列和菌落特征,该90个菌株归属于19个分类单元,隶属于3门、5纲、8目、11科和15属。炭角菌科为优势科,占77.78%,紫棕炭团菌为优势种,占62.22%。每个石蕊种类及总体的内生真菌菌群的Shannon-Wiener指数和Simpson指数显示所获得的石蕊属地衣内生真菌菌群具有中等的多样性及较强的宿主专一性。 展开更多
关键词 多样性指数 地衣内生真菌 nrdna its序列 宿主专一性 炭团菌属
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Phylogeny of Catalpa (Bignoniaceae) inferred from sequences of chloroplast ndhF and nuclear ribosomal DNA 被引量:4
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作者 Jianhua LI 《植物分类学报》 CSCD 北大核心 2008年第3期341-348,共8页
Phylogenetics of Chilopsis and Catalpa (Bignoniaceae) was elucidated based on sequences of chloro-plast ndhF and the nrDNA ITS region. In Bignoniaceae, Chilopsis and Catalpa are most closely related as sister genera. ... Phylogenetics of Chilopsis and Catalpa (Bignoniaceae) was elucidated based on sequences of chloro-plast ndhF and the nrDNA ITS region. In Bignoniaceae, Chilopsis and Catalpa are most closely related as sister genera. Our data supported section Macrocatalpa of the West Indies and section Catalpa of eastern Asian and North American continents. Within section Catalpa, Catalpa ovata of eastern Asia form a clade with North American species, C. speciosa and C. bignonioides, while the other eastern Asian species comprise a clade where C. duclouxii is sister to the clade of C. bungei and C. fargesii. The Caribbean species of Catalpa diverged early from the continental species. More studies are needed to test whether the phylogenetic pattern is common in eastern Asian-North American disjunct genera with species in the West Indies. 展开更多
关键词 系统演化 NDA 脱氧核糖核酸 核糖体 叶绿体
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对东亚广义三岛柴胡的再认识及GenBank中几个有疑问nrDNA ITS序列的评价(英文) 被引量:2
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作者 王长宝 马祥光 何兴金 《江苏师范大学学报(自然科学版)》 CAS 2013年第1期64-73,共10页
基于最大似然法和贝叶斯分析,我们对包括9种42居群东亚广义三岛柴胡在内的柴胡属23种53居群植物的nrITS序列进行了系统发育分析.两种方法得到了相似的系统树,结果显示,东亚广义三岛柴胡并不是一个单系类群,48个内类群被分成两组:第1组的... 基于最大似然法和贝叶斯分析,我们对包括9种42居群东亚广义三岛柴胡在内的柴胡属23种53居群植物的nrITS序列进行了系统发育分析.两种方法得到了相似的系统树,结果显示,东亚广义三岛柴胡并不是一个单系类群,48个内类群被分成两组:第1组的5个分支包括了广义三岛柴胡的大部分类群,并与《中国植物志》的处理一致.2n=26的所谓亚洲三岛柴胡与2n=16的欧洲狭义三岛柴胡是不同的种.第2组则主要包括了分布于中国西南的竹叶柴胡与欧洲的狭义三岛柴胡.根据本研究结果及前人的工作,我们认为,东亚广义三岛柴胡起源于两条不同的谱系.文章最后对当前GenBank上传的广义三岛柴胡中的一些有疑问nrITS序列进行了评价. 展开更多
关键词 广义三岛柴胡 nrdna its序列 再认识 评价
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