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基于AlphaFold 2和分子对接探讨非还原型聚酮合酶的碳甲基化程序
被引量：
1
1
作者
廖世玉
刘庆培
陈福生
《微生物学报》
CAS
CSCD
北大核心
2024年第1期143-160,共18页
【目的】探讨非还原型聚酮合酶(non-reducing polyketide synthase,NR-Pks)的碳甲基化程序差异的原因。【方法】以红色红曲菌(Monascus ruber)M7中红曲色素和桔霉素的NR-Pks为研究对象,采用生物信息学方法和AlphaFold 2软件,分析了这两...
【目的】探讨非还原型聚酮合酶(non-reducing polyketide synthase,NR-Pks)的碳甲基化程序差异的原因。【方法】以红色红曲菌(Monascus ruber)M7中红曲色素和桔霉素的NR-Pks为研究对象,采用生物信息学方法和AlphaFold 2软件,分析了这两种NR-Pks及其各结构域的序列和结构差异。再基于分子对接等技术,比较了它们的碳甲基转移酶结构域(C-methyltransferase domain,CMeT)分别与其他结构域及其中间产物的结合特征。【结果】两种NR-Pks各结构域的序列和结构相似性高,但其整体结构差异大,表明碳甲基化差异可能源于结构域互作差异。进一步分析发现,桔霉素Pks的CMeT比红曲色素Pks的更容易结合携带底物的酰基载体蛋白结构域(acylcarrier protein,ACP),使其中间产物更容易受到CMeT催化。CMeT和β-酮酰基合成酶结构域(β-ketosynthase domain,KS)相比,与甲基受体底物的结合自由能更低。【结论】NR-Pks中的CMeT能通过与KS竞争,从而影响其产物的碳甲基化程度。研究结果为Pks的碳甲基化程序研究提供了新思路。
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关键词
非还原型聚酮合酶
红曲菌
碳甲基转移酶
AlphaFold
2
分子对接
原文传递
皮革肾岛衣一个聚酮合酶基因的克隆与鉴定
2
作者
原晓龙
华梅
+2 位作者
陈剑
张传光
王毅
《福建农林大学学报（自然科学版）》
CSCD
北大核心
2019年第1期82-87,共6页
通过对地衣型真菌皮革肾岛衣转录组数据的分析,挖掘出1条非还原型聚酮合酶基因,通过RT-PCR首次克隆得到该基因的cDNA全长(NpPKS2),并通过生物信息学手段分析其基因和蛋白氨基酸序列,采用荧光定量PCR技术分析该基因在不同培养基上的表达...
通过对地衣型真菌皮革肾岛衣转录组数据的分析,挖掘出1条非还原型聚酮合酶基因,通过RT-PCR首次克隆得到该基因的cDNA全长(NpPKS2),并通过生物信息学手段分析其基因和蛋白氨基酸序列,采用荧光定量PCR技术分析该基因在不同培养基上的表达情况.结果显示:NpPKS2基因全长6 249 bp,编码2 082个氨基酸;生物信息学分析显示该基因编码1种非还原型聚酮合酶,结构域顺序为SAT-KS-AT-PT-ACP-TE,根据聚类分析和结构域分析,推断NpPKS2为苔色酸合成酶;荧光定量分析显示地衣型真菌皮革肾岛衣中的NpPKS2基因用BMG培养基培养时表达量最高.
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关键词
皮革肾岛衣
非还原型聚酮合酶
生物信息学
基因表达
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职称材料
题名
基于AlphaFold 2和分子对接探讨非还原型聚酮合酶的碳甲基化程序
被引量：
1
1
作者
廖世玉
刘庆培
陈福生
机构
华中农业大学农业微生物资源发掘与利用全国重点实验室
华中农业大学食品科学与技术学院
中南民族大学药学院
出处
《微生物学报》
CAS
CSCD
北大核心
2024年第1期143-160,共18页
基金
国家自然科学基金(31730068,31330059)。
文摘
【目的】探讨非还原型聚酮合酶(non-reducing polyketide synthase,NR-Pks)的碳甲基化程序差异的原因。【方法】以红色红曲菌(Monascus ruber)M7中红曲色素和桔霉素的NR-Pks为研究对象,采用生物信息学方法和AlphaFold 2软件,分析了这两种NR-Pks及其各结构域的序列和结构差异。再基于分子对接等技术,比较了它们的碳甲基转移酶结构域(C-methyltransferase domain,CMeT)分别与其他结构域及其中间产物的结合特征。【结果】两种NR-Pks各结构域的序列和结构相似性高,但其整体结构差异大,表明碳甲基化差异可能源于结构域互作差异。进一步分析发现,桔霉素Pks的CMeT比红曲色素Pks的更容易结合携带底物的酰基载体蛋白结构域(acylcarrier protein,ACP),使其中间产物更容易受到CMeT催化。CMeT和β-酮酰基合成酶结构域(β-ketosynthase domain,KS)相比,与甲基受体底物的结合自由能更低。【结论】NR-Pks中的CMeT能通过与KS竞争,从而影响其产物的碳甲基化程度。研究结果为Pks的碳甲基化程序研究提供了新思路。
关键词
非还原型聚酮合酶
红曲菌
碳甲基转移酶
AlphaFold
2
分子对接
Keywords
non
-
reducing
polyketide
synthase
Monascus
spp.
C-methyltransferase
AlphaFold
2
molecular
docking
分类号
Q936 [生物学—微生物学]
原文传递
题名
皮革肾岛衣一个聚酮合酶基因的克隆与鉴定
2
作者
原晓龙
华梅
陈剑
张传光
王毅
机构
云南省林业科学院/云南省森林植物培育与开发利用重点实验室/国家林业局云南珍稀濒特森林植物保护和繁育重点实验室
出处
《福建农林大学学报（自然科学版）》
CSCD
北大核心
2019年第1期82-87,共6页
基金
国家自然科学基金项目(31860177)
云南省应用基础研究计划面上项目(2016FB055)
云南省林业科学院创新基金项目(QN2018-01)
文摘
通过对地衣型真菌皮革肾岛衣转录组数据的分析,挖掘出1条非还原型聚酮合酶基因,通过RT-PCR首次克隆得到该基因的cDNA全长(NpPKS2),并通过生物信息学手段分析其基因和蛋白氨基酸序列,采用荧光定量PCR技术分析该基因在不同培养基上的表达情况.结果显示:NpPKS2基因全长6 249 bp,编码2 082个氨基酸;生物信息学分析显示该基因编码1种非还原型聚酮合酶,结构域顺序为SAT-KS-AT-PT-ACP-TE,根据聚类分析和结构域分析,推断NpPKS2为苔色酸合成酶;荧光定量分析显示地衣型真菌皮革肾岛衣中的NpPKS2基因用BMG培养基培养时表达量最高.
关键词
皮革肾岛衣
非还原型聚酮合酶
生物信息学
基因表达
Keywords
Nephrmopsis
pallescens
non
-
reducing
polyketide
synthase
bioinformatics
gene
expression
分类号
Q939.92 [生物学—微生物学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
基于AlphaFold 2和分子对接探讨非还原型聚酮合酶的碳甲基化程序
廖世玉
刘庆培
陈福生
《微生物学报》
CAS
CSCD
北大核心
2024
1
原文传递
2
皮革肾岛衣一个聚酮合酶基因的克隆与鉴定
原晓龙
华梅
陈剑
张传光
王毅
《福建农林大学学报（自然科学版）》
CSCD
北大核心
2019
0
下载PDF
职称材料
已选择
0
条
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引用分析
参考文献
引证文献
统计分析
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