目的:探索亚裔人群中转化生长因子β(transforming growth factor-β,TGF-β)信号通路基因多态性与非综合征型唇裂合并或不合并腭裂(non-syndromic cleft lip with or without cleft palate,NSCL/P)的关联及可能存在的基因-基因、基因-...目的:探索亚裔人群中转化生长因子β(transforming growth factor-β,TGF-β)信号通路基因多态性与非综合征型唇裂合并或不合并腭裂(non-syndromic cleft lip with or without cleft palate,NSCL/P)的关联及可能存在的基因-基因、基因-环境交互作用。方法:选取1038个NSCL/P核心家系作为研究对象。对TGF-β信号通路上的10个基因的343个单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)位点进行了传递不平衡检验(transmission disequilibrium test,TDT),采用条件Logistic回归模型进行基因-基因交互作用分析和基因-环境交互作用分析。研究收集的环境因素包括患儿母亲孕期吸烟、被动吸烟、乙醇摄入量以及维生素使用情况。由于患儿母亲孕期吸烟和饮酒暴露率较低(<3%),因此,仅对母亲孕期被动吸烟及补充多种维生素这两个环境因素与基因之间的交互作用进行了分析。采用Bonferroni法对结果进行多重检验校正,显著性的阈值设置为P=1.46×10-4。结果:共有4个基因的23个SNP位点与NSCL/P之间存在关联(P<0.05),但经过Bonferroni多重检验校正后,这些关联均未达到统计学显著性水平。经过Bonferroni多重检验校正之后,6对SNP[rs4939874(SMAD2)与rs1864615(TGFBR2),rs2796813(TGFB2)与rs2132298(TGFBR2),rs4147358(SMAD3)与rs1346907(TGFBR2),rs4939874(SMAD2)与rs1019855(TGFBR2),rs4939874(SMAD2)与rs12490466(TGFBR2),以及rs2009112(TGFB2)与rs4075748(TGFBR2)]存在显著的统计学交互作用(P<1.46×10-4),基因-环境交互作用的分析没有达到多重检验校正阈值的显著结果。结论:未发现TGF-β通路基因多态性与NSCL/P的关联,该通路上部分基因可能通过基因-基因交互作用影响NSCL/P的发病风险。未来仍需其他独立研究的证据支持,以进一步的探索其中潜在的生物学机制。展开更多
目的:探索非综合征型唇裂伴或不伴腭裂(non-syndromic cleft lip with or without cleft palate, NSCL/P)全基因组常见遗传变异对NSCL/P风险的影响。方法:利用全基因组关联研究(genome-wide association study, GWAS)数据,以全基因组单...目的:探索非综合征型唇裂伴或不伴腭裂(non-syndromic cleft lip with or without cleft palate, NSCL/P)全基因组常见遗传变异对NSCL/P风险的影响。方法:利用全基因组关联研究(genome-wide association study, GWAS)数据,以全基因组单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism, SNP)遗传度和基因组不同分区SNP遗传度评估基因组上常见变异的效应。对GWAS汇总数据进行质量控制,标准包括数据中无缺失值、弱势等位基因频率≥1%、P值在0~1、SNP正负链明确等。利用连锁不平衡得分回归计算NSCL/P的SNP遗传度,采用分层的连锁不平衡得分回归计算基因组编码区、启动子区、内含子区、增强子区和超级增强子区的分区SNP遗传度,并评估不同分区内的富集度,分析工具为LDSC (v1.0.1)软件。结果:纳入中国人群806个NSCL/P核心家系(2 418人)的GWAS数据,490 593个SNP通过质量控制,被纳入到SNP遗传度的计算中。观测样本中NSCL/P的SNP遗传度为0.55(95%CI:0.28~0.82),由于观测样本患病率较高,按中国人群患病率转换为一般人群后SNP遗传度为0.37(95%CI:0.19~0.55)。SNP遗传度在增强子区的富集度为15.70(P=0.04),在超级增强子区的富集度为3.18(P=0.03)。结论:基因组常见变异有助于解释一部分中国人群NSCL/P目前未被解释的遗传度,同时中国人群NSCL/P的SNP遗传度在增强子分区和超级增强子分区中显著富集,提示该区域中可能存在未被发现的遗传致病因素。展开更多
①目的探讨亚甲基四氢叶酸还原酶(MTHFR)基因A1298C多态性与皖北地区非综合征性唇腭裂(non-syndromiccleft lip with or without cleft palate,NSCL/P)人群的相关性。②方法选取2018年1月~2019年5月皖北地区100例NSCL/P患者作为观察组,...①目的探讨亚甲基四氢叶酸还原酶(MTHFR)基因A1298C多态性与皖北地区非综合征性唇腭裂(non-syndromiccleft lip with or without cleft palate,NSCL/P)人群的相关性。②方法选取2018年1月~2019年5月皖北地区100例NSCL/P患者作为观察组,另取120例正常儿童作为对照组,应用Taqman实时荧光定量PCR法,对MTHFR基因A1298C位点的多态性进行检测,并比较两组等位基因和基因型分布。③结果唇腭裂患儿和正常儿童基因型均未偏离哈迪温伯格遗传平衡定律(P>0.05);观察组和对照组的等位基因及基因型分别进行比较,AA、AC、CC 3种基因型分布差异有统计学意义(P<0.05),A等位基因和C突变等位基因的分布差异有统计学意义(P<0.05)。皖北地区流行病学调查表显示叶酸摄入与唇腭裂发生呈负相关。④结论MTHFR基因A1298C位点多态性与皖北地区人群NSCL/P的发生可能存在关联。并且孕妇孕早期叶酸摄入可预防唇腭裂的发生。展开更多
唇腭裂是口腔常见的先天性颅颌面缺损,部分患儿的发病与遗传背景有关。全基因组关联分析(genome-wide association study,GWAS)等研究揭示了多个与该疾病相关的易感基因位点在基因组非编码DNA区域,由于我们对于这些非编码DNA在人唇腭发...唇腭裂是口腔常见的先天性颅颌面缺损,部分患儿的发病与遗传背景有关。全基因组关联分析(genome-wide association study,GWAS)等研究揭示了多个与该疾病相关的易感基因位点在基因组非编码DNA区域,由于我们对于这些非编码DNA在人唇腭发育过程中的功能缺乏了解,因此对有效的易感基因位点进行系统化生物学验证成为唇腭裂遗传学结果向临床转化中的难点。本文通过对人及小鼠颅颌面发育组织特异性功能基因组结果及机器学习可能的应用方式进行系统阐述,初步建立唇腭裂相关非编码DNA突变功能研究的完整体系。展开更多
非综合征型唇腭裂(non-syndromic cleft lip with or without cleft palate,NSCL/P)被认为是一种环境因素和基因交互作用引起的复杂疾病。本文对NSCL/P近年研究成果进行综述,重点在社会人口学特征、疾病发生相关的环境因素、遗传因素三...非综合征型唇腭裂(non-syndromic cleft lip with or without cleft palate,NSCL/P)被认为是一种环境因素和基因交互作用引起的复杂疾病。本文对NSCL/P近年研究成果进行综述,重点在社会人口学特征、疾病发生相关的环境因素、遗传因素三方面,希望能为探讨其病因学和发病机制提供线索,并为NSCL/P的防控提供科学依据。展开更多
文摘目的:探索亚裔人群中转化生长因子β(transforming growth factor-β,TGF-β)信号通路基因多态性与非综合征型唇裂合并或不合并腭裂(non-syndromic cleft lip with or without cleft palate,NSCL/P)的关联及可能存在的基因-基因、基因-环境交互作用。方法:选取1038个NSCL/P核心家系作为研究对象。对TGF-β信号通路上的10个基因的343个单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)位点进行了传递不平衡检验(transmission disequilibrium test,TDT),采用条件Logistic回归模型进行基因-基因交互作用分析和基因-环境交互作用分析。研究收集的环境因素包括患儿母亲孕期吸烟、被动吸烟、乙醇摄入量以及维生素使用情况。由于患儿母亲孕期吸烟和饮酒暴露率较低(<3%),因此,仅对母亲孕期被动吸烟及补充多种维生素这两个环境因素与基因之间的交互作用进行了分析。采用Bonferroni法对结果进行多重检验校正,显著性的阈值设置为P=1.46×10-4。结果:共有4个基因的23个SNP位点与NSCL/P之间存在关联(P<0.05),但经过Bonferroni多重检验校正后,这些关联均未达到统计学显著性水平。经过Bonferroni多重检验校正之后,6对SNP[rs4939874(SMAD2)与rs1864615(TGFBR2),rs2796813(TGFB2)与rs2132298(TGFBR2),rs4147358(SMAD3)与rs1346907(TGFBR2),rs4939874(SMAD2)与rs1019855(TGFBR2),rs4939874(SMAD2)与rs12490466(TGFBR2),以及rs2009112(TGFB2)与rs4075748(TGFBR2)]存在显著的统计学交互作用(P<1.46×10-4),基因-环境交互作用的分析没有达到多重检验校正阈值的显著结果。结论:未发现TGF-β通路基因多态性与NSCL/P的关联,该通路上部分基因可能通过基因-基因交互作用影响NSCL/P的发病风险。未来仍需其他独立研究的证据支持,以进一步的探索其中潜在的生物学机制。
文摘目的:探索非综合征型唇裂伴或不伴腭裂(non-syndromic cleft lip with or without cleft palate, NSCL/P)全基因组常见遗传变异对NSCL/P风险的影响。方法:利用全基因组关联研究(genome-wide association study, GWAS)数据,以全基因组单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism, SNP)遗传度和基因组不同分区SNP遗传度评估基因组上常见变异的效应。对GWAS汇总数据进行质量控制,标准包括数据中无缺失值、弱势等位基因频率≥1%、P值在0~1、SNP正负链明确等。利用连锁不平衡得分回归计算NSCL/P的SNP遗传度,采用分层的连锁不平衡得分回归计算基因组编码区、启动子区、内含子区、增强子区和超级增强子区的分区SNP遗传度,并评估不同分区内的富集度,分析工具为LDSC (v1.0.1)软件。结果:纳入中国人群806个NSCL/P核心家系(2 418人)的GWAS数据,490 593个SNP通过质量控制,被纳入到SNP遗传度的计算中。观测样本中NSCL/P的SNP遗传度为0.55(95%CI:0.28~0.82),由于观测样本患病率较高,按中国人群患病率转换为一般人群后SNP遗传度为0.37(95%CI:0.19~0.55)。SNP遗传度在增强子区的富集度为15.70(P=0.04),在超级增强子区的富集度为3.18(P=0.03)。结论:基因组常见变异有助于解释一部分中国人群NSCL/P目前未被解释的遗传度,同时中国人群NSCL/P的SNP遗传度在增强子分区和超级增强子分区中显著富集,提示该区域中可能存在未被发现的遗传致病因素。
文摘①目的探讨亚甲基四氢叶酸还原酶(MTHFR)基因A1298C多态性与皖北地区非综合征性唇腭裂(non-syndromiccleft lip with or without cleft palate,NSCL/P)人群的相关性。②方法选取2018年1月~2019年5月皖北地区100例NSCL/P患者作为观察组,另取120例正常儿童作为对照组,应用Taqman实时荧光定量PCR法,对MTHFR基因A1298C位点的多态性进行检测,并比较两组等位基因和基因型分布。③结果唇腭裂患儿和正常儿童基因型均未偏离哈迪温伯格遗传平衡定律(P>0.05);观察组和对照组的等位基因及基因型分别进行比较,AA、AC、CC 3种基因型分布差异有统计学意义(P<0.05),A等位基因和C突变等位基因的分布差异有统计学意义(P<0.05)。皖北地区流行病学调查表显示叶酸摄入与唇腭裂发生呈负相关。④结论MTHFR基因A1298C位点多态性与皖北地区人群NSCL/P的发生可能存在关联。并且孕妇孕早期叶酸摄入可预防唇腭裂的发生。
文摘唇腭裂是口腔常见的先天性颅颌面缺损,部分患儿的发病与遗传背景有关。全基因组关联分析(genome-wide association study,GWAS)等研究揭示了多个与该疾病相关的易感基因位点在基因组非编码DNA区域,由于我们对于这些非编码DNA在人唇腭发育过程中的功能缺乏了解,因此对有效的易感基因位点进行系统化生物学验证成为唇腭裂遗传学结果向临床转化中的难点。本文通过对人及小鼠颅颌面发育组织特异性功能基因组结果及机器学习可能的应用方式进行系统阐述,初步建立唇腭裂相关非编码DNA突变功能研究的完整体系。
文摘非综合征型唇腭裂(non-syndromic cleft lip with or without cleft palate,NSCL/P)被认为是一种环境因素和基因交互作用引起的复杂疾病。本文对NSCL/P近年研究成果进行综述,重点在社会人口学特征、疾病发生相关的环境因素、遗传因素三方面,希望能为探讨其病因学和发病机制提供线索,并为NSCL/P的防控提供科学依据。
