目的基于网络药理学探讨“山慈菇-半枝莲”药对治疗肝癌的有效靶点及作用机制。方法通过中药系统药理学数据库分析平台(Traditional Chinese Medicine Systems Pharmacology Database and Analysis Platform,TCMSP)数据库检索山慈菇和...目的基于网络药理学探讨“山慈菇-半枝莲”药对治疗肝癌的有效靶点及作用机制。方法通过中药系统药理学数据库分析平台(Traditional Chinese Medicine Systems Pharmacology Database and Analysis Platform,TCMSP)数据库检索山慈菇和半枝莲活性成分和相关靶点,在genecards数据库和OMIM数据库获取肝癌相关疾病靶点。运用Cytoscape构建“药物-活性成分-靶点”网络,String数据库构建蛋白相互作用网络(protein-protein interaction,PPI),并通过网络拓扑分析筛选关键成分及核心靶点,最后通过R软件对肝癌靶基因进行GO功能分析和KEGG富集分析。结果本研究筛选出“山慈菇-半枝莲”活性成分30个,肝癌靶点192个,涉及162个信号通路,进一步筛选得出核心化合物7个,核心靶基因6个,GO富集结果显示肝癌靶基因主要参与DNA转录和蛋白降解、炎症反应、免疫抑制以及血管的生成等生理功能。KEGG富集结果显示AGE-RAGE信号通路、乙型肝炎信号通路,IL-17、TNF、PI3K-Akt、NF-kB信号通路等是肝癌靶基因调控的关键信号通路。结论“山慈菇-半枝莲”能通过多种活性成分调节多个肝癌靶基因,发挥多种功能,介导多条信号通路从而发挥抗肝癌作用。展开更多
目的:利用网络药理学方法及分子对接技术探析脉管复康片治疗动脉粥样硬化(atherosclerosis,AS)的机制。方法:通过传统中药系统药理学数据库与分析平台(traditional Chinese medicine systems pharmacology database and analysis platfo...目的:利用网络药理学方法及分子对接技术探析脉管复康片治疗动脉粥样硬化(atherosclerosis,AS)的机制。方法:通过传统中药系统药理学数据库与分析平台(traditional Chinese medicine systems pharmacology database and analysis platform,TCMSP)筛选脉管复康片(丹参、鸡血藤、没药、乳香、郁金)活性成分和靶基因。使用人类基因数据库(the human gene database,GeneCards)、在线人类孟德尔遗传数据库(online mendelian inheritance in man,OMIM)、药物靶标数据库(therapeutic target database,TTD)、遗传药理学与药物基因组学数据库(pharmacogenetics and pharmacogenomics knowledge base,PharmGKB)、DrugBank疾病数据库获得AS相关基因。使用Cytoscape 3.8.2构建“成分-靶点”网络。使用STRING数据库下载蛋白-蛋白互作网络(protein-protein interactions,PPI)数据,导入Cytoscape,使用CytoNCA插件获取核心靶基因。使用R软件进行基因本体(gene ontology,GO)和京都基因与基因组百科全书(kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)富集分析。对活性成分及核心基因做分子对接。结果:从脉管复康片中共筛选出157个活性成分,对应AS靶基因238个,PPI核心靶基因共20个。GO功能富集显示生物学功能主要涉及脂多糖反应、细菌来源分子反应、金属离子反应、氧化应激反应等;KEGG通路富集显示主要涉及流体剪切应力和AS、AGE-RAGE信号通路、PI3K-Akt信号通路等;分子对接结果提示槲皮素、木犀草素、柚皮素、丹参酮ⅡA、刺芒柄花素、甘草查尔酮A与4个核心蛋白JUN、MAPK1、TP53、STAT3结合稳定。结论:脉管复康片可通过槲皮素、木犀草素等活性成分作用于多种信号通路及多个基因靶点治疗AS。展开更多
文摘目的基于网络药理学探讨“山慈菇-半枝莲”药对治疗肝癌的有效靶点及作用机制。方法通过中药系统药理学数据库分析平台(Traditional Chinese Medicine Systems Pharmacology Database and Analysis Platform,TCMSP)数据库检索山慈菇和半枝莲活性成分和相关靶点,在genecards数据库和OMIM数据库获取肝癌相关疾病靶点。运用Cytoscape构建“药物-活性成分-靶点”网络,String数据库构建蛋白相互作用网络(protein-protein interaction,PPI),并通过网络拓扑分析筛选关键成分及核心靶点,最后通过R软件对肝癌靶基因进行GO功能分析和KEGG富集分析。结果本研究筛选出“山慈菇-半枝莲”活性成分30个,肝癌靶点192个,涉及162个信号通路,进一步筛选得出核心化合物7个,核心靶基因6个,GO富集结果显示肝癌靶基因主要参与DNA转录和蛋白降解、炎症反应、免疫抑制以及血管的生成等生理功能。KEGG富集结果显示AGE-RAGE信号通路、乙型肝炎信号通路,IL-17、TNF、PI3K-Akt、NF-kB信号通路等是肝癌靶基因调控的关键信号通路。结论“山慈菇-半枝莲”能通过多种活性成分调节多个肝癌靶基因,发挥多种功能,介导多条信号通路从而发挥抗肝癌作用。
文摘【目的】基于现代数据挖掘技术分析中药外用治疗急性软组织损伤的用药规律,并阐释核心药物潜在的作用机制,为临床治疗急性软组织损伤提供依据。【方法】检索中国知网(CNKI)、万方数据(Wanfang Data)、维普中文科技期刊数据库(VIP)等数据库中收录的有关中药外用治疗急性软组织损伤的临床研究文献,构建方药数据库,对所得处方药物运用古今医案云平台(Version 2.3.5)分析其用药规律,筛选核心药物。对核心药物进行网络药理学的蛋白质-蛋白质相互作用(proteinprotein interaction,PPI)分析、基因本体(gene oncology,GO)功能富集分析和京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)通路富集分析,以揭示其潜在的作用机制。【结果】共纳入文献478篇,药物350味。中药外用治疗急性软组织损伤的常用药物有大黄、红花、乳香、没药、当归、黄柏、栀子、冰片、白芷、血竭等;高频药物药性偏温,药味多辛苦,主要归肝、脾、心经。核心药对乳香-没药的潜在信号通路集中在PI3K-Akt信号通路、丝裂原活化蛋白激酶(MAPK)信号通路、核因子κB(NF-κB)信号通路及肿瘤坏死因子(TNF)信号通路。【结论】中药外用治疗急性软组织损伤多采用性温、味辛苦、归肝脾心经的行气散瘀、活血止痛的药物。核心药物乳香-没药治疗急性软组织损伤的潜在信号通路的揭示,可为中药的疗效机制研究提供思路。
文摘目的:利用网络药理学方法及分子对接技术探析脉管复康片治疗动脉粥样硬化(atherosclerosis,AS)的机制。方法:通过传统中药系统药理学数据库与分析平台(traditional Chinese medicine systems pharmacology database and analysis platform,TCMSP)筛选脉管复康片(丹参、鸡血藤、没药、乳香、郁金)活性成分和靶基因。使用人类基因数据库(the human gene database,GeneCards)、在线人类孟德尔遗传数据库(online mendelian inheritance in man,OMIM)、药物靶标数据库(therapeutic target database,TTD)、遗传药理学与药物基因组学数据库(pharmacogenetics and pharmacogenomics knowledge base,PharmGKB)、DrugBank疾病数据库获得AS相关基因。使用Cytoscape 3.8.2构建“成分-靶点”网络。使用STRING数据库下载蛋白-蛋白互作网络(protein-protein interactions,PPI)数据,导入Cytoscape,使用CytoNCA插件获取核心靶基因。使用R软件进行基因本体(gene ontology,GO)和京都基因与基因组百科全书(kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)富集分析。对活性成分及核心基因做分子对接。结果:从脉管复康片中共筛选出157个活性成分,对应AS靶基因238个,PPI核心靶基因共20个。GO功能富集显示生物学功能主要涉及脂多糖反应、细菌来源分子反应、金属离子反应、氧化应激反应等;KEGG通路富集显示主要涉及流体剪切应力和AS、AGE-RAGE信号通路、PI3K-Akt信号通路等;分子对接结果提示槲皮素、木犀草素、柚皮素、丹参酮ⅡA、刺芒柄花素、甘草查尔酮A与4个核心蛋白JUN、MAPK1、TP53、STAT3结合稳定。结论:脉管复康片可通过槲皮素、木犀草素等活性成分作用于多种信号通路及多个基因靶点治疗AS。
