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曲唇羊耳蒜叶绿体基因组密码子偏好性分析
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作者 丁锐 周英泽 +3 位作者 许晟华 许华 曲波 陈旭辉 《天津师范大学学报（自然科学版）》 CAS 北大核心 2024年第5期23-29,共7页
为了解兰科植物曲唇羊耳蒜叶绿体基因组密码子的使用偏好性及主要影响因素,从GenBank数据库下载曲唇羊耳蒜完整的叶绿体基因组序列并筛选得到51条符合分析要求的蛋白编码序列,利用CodonW软件和EMBOSS在线程序分析其密码子使用模式.结果... 为了解兰科植物曲唇羊耳蒜叶绿体基因组密码子的使用偏好性及主要影响因素,从GenBank数据库下载曲唇羊耳蒜完整的叶绿体基因组序列并筛选得到51条符合分析要求的蛋白编码序列,利用CodonW软件和EMBOSS在线程序分析其密码子使用模式.结果显示:曲唇羊耳蒜叶绿体基因组密码子的第3位碱基多为A或T,GC_(3)仅为29%,远低于GC_(1)(46%)和GC_(2)(39%);有效密码子数(ENC)介于42~60之间,密码子偏好性较弱,ENC与GC_(3)呈极显著正相关.结合中性绘图、ENC-plot和PR2-plot分析,结果表明,曲唇羊耳蒜叶绿体基因组密码子使用偏好性主要受到自然选择压力的影响,突变压力的作用有限.同义密码子相对使用度(RSCU)数据分析共筛选出7个最优密码子,分别为UUG、CUU、UCA、ACA、AAU、AGA和GGA.对应性分析结果显示,曲唇羊耳蒜不同类型基因的密码子使用模式不同,其中光合系统基因具有相似的密码子使用模式,而其他类型基因的偏好性差异较大. 展开更多
关键词 曲唇羊耳蒜 叶绿体基因组 密码子偏好性 自然选择 兰科
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