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题名尿液多肽组的高效富集与快速鉴定方法优化
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作者
王丹阳
王一豪
兰秋艳
李衍常
徐平
韦锦斌
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机构
广西医科大学药学院
军事科学院军事医学研究院生命组学研究所
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出处
《军事医学》
CAS
CSCD
北大核心
2018年第12期916-923,共8页
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基金
国家重点研发计划资助项目(2017YFA0505002,2017YFC0906600)
国家自然科学基金资助项目(31700723).
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文摘
目的对尿液多肽组提取方法进行优化,简化尿液多肽组样品的制备流程,提高多肽的富集效率与鉴定数量,为潜在的临床生物标志物筛选提供技术支持。方法将3 ml尿液样品经超滤管[截留量为10×103相对分子质量(Mr)]离心后得到流穿液,通过脱盐层析柱(PD-10)除去流穿液中的盐及尿黄素等小分子成分,得到多肽组样品,然后利用纳升高效液相色谱-高分辨串联质谱(nano-UPLC-MS/MS)进行检测。为提高多肽组的测序深度,可提高尿液样品起始量(如10～40 ml),经过超滤管离心后,利用反相色谱柱(Oasis HLB固相萃取柱)进行富集浓缩,经PD-10脱盐和Stage Tip分离后,得到可用于质谱检测的尿液多肽组样品。研究中处理尿液样品总时间控制在4～6 h,脱盐过程简单,在10 ml尿液样品中最多鉴定到归属于261种蛋白的1810条肽段。结果使用10×103Mr截留量超滤管所得多肽样品鉴定到的肽段数量是3×103Mr截留量超滤管的1. 5倍,同时,前者可有效缩短样品处理时间;使用PD-10层析柱能有效地除去尿液样品中的尿黄素等小分子物质,提高了质谱检测效率;质谱数据分析选用p Find开放式搜库模式,与MaxQuant相比能显著提高多肽的鉴定率,且搜库耗时显著缩短;利用定量蛋白质组学策略,评估了该方法对多肽的回收效率,其平均回收效率> 50%,最高> 90%。结论通过对尿液多肽组富集与检测的各个环节的测试与优化,显著降低了尿液多肽组的检测时间和成本,简化了实验操作流程,所需尿液样品体积更小,同时可实现较高规模的多肽组测序覆盖度,为筛选潜在的疾病生物标志物提供了技术支撑。
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关键词
尿液
多肽组
PD-10脱盐层析柱
纳升液相色谱-高分辨串联质谱
pFind
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Keywords
urine
peptidomics
PD-10 desalination chromatography column
nano-uplc-ms/ms
p Find
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分类号
R446.1
[医药卫生—诊断学]
R341.9
[医药卫生—临床医学]
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