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鲤属鱼类mtDNA控制区(D-环区)序列的变异性分析 被引量：27
1
作者 郑冰蓉 张亚平 +2 位作者 肖蘅 蓝家湖 昝瑞光 《水产学报》 CAS CSCD 北大核心 2002年第4期289-294,共6页
采用PCR-测序技术对我国鲤属7个种、亚种和2个品种共62个个体(其中鲤的样品包括采自长江、黄河、松花江三个水系的共4个种群),进行了mtDNA控制区(D-环区)始自3’端共459bp碱基的序列测定,发现其D-环区3’端至中央保守区之间不似其他鱼... 采用PCR-测序技术对我国鲤属7个种、亚种和2个品种共62个个体(其中鲤的样品包括采自长江、黄河、松花江三个水系的共4个种群),进行了mtDNA控制区(D-环区)始自3’端共459bp碱基的序列测定,发现其D-环区3’端至中央保守区之间不似其他鱼类和哺乳类是一个单一的高变区,而是在其内部还插有一段长约110bp的保守区,这很可能是鲤属鱼类mtDNA D-环区自身的一个特点。 展开更多
关键词 鲤属 鱼类 mtdna控制区 D-环区 变异性 线粒体 序列分析
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基于线粒体DNA控制区(mtDNA D-loop)序列分析瓢鸡的遗传多样性 被引量：34
2
作者 贡潘偏抽 刘丽仙 +6 位作者 李大林 袁跃云 孙利民 杨润 刘文瑜 刘伟 苗永旺 《云南农业大学学报（自然科学版）》 CAS CSCD 北大核心 2011年第2期211-214,223,共5页
采用PCR产物直接测序技术对云南省镇沅县50只瓢鸡样品的线粒体DNA控制区(mtDNA D-loop)第Ⅰ高变区序列进行了分析。结果表明:在所分析的D-loop区序列中(520 bp),T,C,A,G平均含量分别为30.4%,29.6%,27.4%,12.6%;共检测到27个核苷酸多态位... 采用PCR产物直接测序技术对云南省镇沅县50只瓢鸡样品的线粒体DNA控制区(mtDNA D-loop)第Ⅰ高变区序列进行了分析。结果表明:在所分析的D-loop区序列中(520 bp),T,C,A,G平均含量分别为30.4%,29.6%,27.4%,12.6%;共检测到27个核苷酸多态位点,其中24个为转换,3个为颠换,序列突变率为5.19%;序列存在13种单倍型,单倍型多样度(H)为0.883±0.028,核苷酸多样度(π值)为0.015 03±0.000 99,表明瓢鸡群体内遗传变异较丰富。瓢鸡样品可划分为A,B,E,F,G等5个世系,在NJ无根系统树上聚为5大枝,揭示瓢鸡在遗传组成上具有5个母系血统来源。 展开更多
关键词 瓢鸡 线粒体DNA D—loop 单倍型 遗传变异 核苷酸多样度
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西畴乌骨鸡mtDNA D-loop区遗传多样性分析 被引量：24
3
作者 黄道平 李大林 +3 位作者 袁峰 林聪 李辉建 苏绍华 《云南农业大学学报（自然科学版）》 CAS CSCD 北大核心 2010年第3期373-376,共4页
为了从母系遗传角度深入阐明西畴乌骨鸡的群体遗传背景,采用PCR直接测序法测定了36只西畴乌骨鸡的线粒体DNA D-loop区第I高变区520 bp序列。结果表明:在所分析的西畴乌骨鸡D-loop区序列中,T,C,A和G平均含量分别为30.3%,29.7%,27.4%和12.... 为了从母系遗传角度深入阐明西畴乌骨鸡的群体遗传背景,采用PCR直接测序法测定了36只西畴乌骨鸡的线粒体DNA D-loop区第I高变区520 bp序列。结果表明:在所分析的西畴乌骨鸡D-loop区序列中,T,C,A和G平均含量分别为30.3%,29.7%,27.4%和12.6%;共检测到核苷酸变异位点26个,核苷酸多样度为0.014 52±0.000 98;D-loop区序列存在12种单倍型,单倍型多样度为0.884±0.027,表明西畴乌骨鸡遗传多样性较丰富。聚类分析显示西畴乌骨鸡聚为A,B两大支,其中,A世系分为3小支,B世系分为2小支,说明西畴乌骨鸡在母系血统上存在较大遗传分化。 展开更多
关键词 西畴乌骨鸡 线粒体DNA D-loop 单倍型 遗传变异
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中国蒙古马与国外纯血马mtDNA D-Loop高变区序列比较 被引量：15
4
作者 芒来 李金莲 石有斐 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2005年第1期91-94,共4页
比较分析了4匹中国蒙古马和4匹国外纯血马的线立体DNA(mtDNA)D Loop高变区400bp核苷酸序列的变异情况。结果发现,4匹中国蒙古马mtDNAD Loop高变区的平均核苷酸变异率为3 69%,而纯血马的为4 00%,其核苷酸变异类型均包括转换、颠换和缺失... 比较分析了4匹中国蒙古马和4匹国外纯血马的线立体DNA(mtDNA)D Loop高变区400bp核苷酸序列的变异情况。结果发现,4匹中国蒙古马mtDNAD Loop高变区的平均核苷酸变异率为3 69%,而纯血马的为4 00%,其核苷酸变异类型均包括转换、颠换和缺失3种形式,其中以转换最为常见。核苷酸变异基因座多,并且存在长度变异,不同变异在个体之间差异也很大,因此说明中国蒙古马和国外纯血马的mtDNAD Loop高变区都具有丰富的多态性。 展开更多
关键词 中国蒙古马 国外纯血马 mtdna D-loop 高变区 多态性
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黔东南小香鸡mtDNA D-Loop区遗传多态性分析 被引量：19
5
作者 李辉 吴婵 +1 位作者 熊光源 申学林 《广东农业科学》 CAS CSCD 北大核心 2012年第11期155-157,共3页
采用PCR产物直接测序方法对73只贵州省黔东南小香鸡线粒体DNA控制区第Ⅰ高变区序列进行了分析。结果表明:在所分析的D-Loop区序列(534 bp)中,A、C、G、T 4种碱基的平均含量分别为26.4%、30.20%、13.10%和30.30%;共检测到31个核苷酸多态... 采用PCR产物直接测序方法对73只贵州省黔东南小香鸡线粒体DNA控制区第Ⅰ高变区序列进行了分析。结果表明:在所分析的D-Loop区序列(534 bp)中,A、C、G、T 4种碱基的平均含量分别为26.4%、30.20%、13.10%和30.30%;共检测到31个核苷酸多态位点,其中30个为转换、1个为颠换,没有检测到插入/缺失位点;序列共存在21种单倍型,单倍型多样度为0.900,核苷酸多样度为0.01292,表明小香鸡群体内遗传变异较丰富。小香鸡的所有单倍型都与红色原鸡的3个亚种聚在一支,说明小香鸡属于红色原鸡种;在分支内部又有3个分支,揭示小香鸡在遗传组成上具有3个母系血统来源。 展开更多
关键词 小香鸡 线粒体DNA D-loop区 遗传变异 核苷酸多样性
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动物mtDNA控制区及保守与异质 被引量：9
6
作者 苏瑛 《四川动物》 CSCD 北大核心 2005年第4期669-672,共4页
本文通过文献综述,对动物线粒体DNA控制区进行了阐述。从线粒体控制区(control region)基因组的研究出发,重点介绍了动物线粒体控制区基因组结构特点。主要结论:由于碱基替换、插入和缺失以及重复序列数目的变异致使D-loop成为mtDNA中... 本文通过文献综述,对动物线粒体DNA控制区进行了阐述。从线粒体控制区(control region)基因组的研究出发,重点介绍了动物线粒体控制区基因组结构特点。主要结论:由于碱基替换、插入和缺失以及重复序列数目的变异致使D-loop成为mtDNA中变异最多的区域,但突变和结构重排并不是发生在整个D-loop区域,而是在高变区;大多研究集中在mtDNA D-loop保守区和异质方面:对D-loop序列分析,能较好地阐明动物的起源,在动物亲缘关系鉴定、系统进化和物种形成方式的研究等领域具有广阔的研究和应用前景。 展开更多
关键词 动物 mtdna控制区 D-loop 保守 异质
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基于D-loop区序列分析的四川省三个地方鸡种遗传多样性及母系亲缘关系研究 被引量：11
7
作者 蒋利 蒋小松 +5 位作者 熊斌 王康环 王海 刘光伟 任冰冰 徐亚欧 《中国家禽》 北大核心 2013年第18期10-14,共5页
为研究四川省少数民族地区泸宁鸡、米易鸡、草科鸡的遗传多样性及母系亲缘关系,通过PCR扩增、产物回收、测序的方法,获得各鸡种30个样本的mtDNA D-loop区的部分序列,利用DNAMAN、MEGA5、DnaSP、Network等生物信息学软件对测序结果进行... 为研究四川省少数民族地区泸宁鸡、米易鸡、草科鸡的遗传多样性及母系亲缘关系,通过PCR扩增、产物回收、测序的方法,获得各鸡种30个样本的mtDNA D-loop区的部分序列,利用DNAMAN、MEGA5、DnaSP、Network等生物信息学软件对测序结果进行分析。对90个个体mtDNA D-loop区589 bp的片段通过数据分析及聚类分析,构建了单倍型网络关系图及品种聚类图等。泸宁鸡、米易鸡、草科鸡具有较近的亲缘关系,推测3个地方鸡种起源于分布在印度支那半岛、泰国、苏门答腊的红原鸡Gallus gallus gallus亚种。 展开更多
关键词 遗传多样性 母系亲缘关系 mtdna D—loop区 地方鸡品种
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山东猪种mtDNA D-loop区部分序列遗传多样性及系统进化研究 被引量：11
8
作者 王继英 郭建凤 +3 位作者 孙守礼 王诚 张印 武英 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2009年第6期792-799,共8页
为了解山东省猪种的遗传资源状况,阐明猪种间的亲缘关系,对山东省猪种（莱芜黑猪、大蒲莲黑猪、里岔黑猪、烟台黑猪、沂蒙黑猪、五莲黑猪、昌潍白猪和鲁烟白猪）及引进猪种（杜洛克、大约克和长白猪）共165个样本的mtDNA D-loop区部分... 为了解山东省猪种的遗传资源状况,阐明猪种间的亲缘关系,对山东省猪种（莱芜黑猪、大蒲莲黑猪、里岔黑猪、烟台黑猪、沂蒙黑猪、五莲黑猪、昌潍白猪和鲁烟白猪）及引进猪种（杜洛克、大约克和长白猪）共165个样本的mtDNA D-loop区部分序列（1102 bp）进行PCR扩增和序列测定,并采用现代生物信息学软件进行了数据处理分析,结果表明：山东各猪种之间遗传距离较小（0.0005~0.0046）,远小于国外猪种杜洛克、长白与山东各猪种间的遗传距离（〉0.14）,但大约克与山东各猪种的平均遗传距离较小（0.005）。构建的NJ分子系统进化树将所测样本分为2个独立的支系,第一支由山东各猪种和部分大约克构成,另一支全部为引进猪种。莱芜黑猪和大蒲莲黑猪在NJ系统树上分布集中,各自聚为一小类,其它6个猪种都很分散,说明莱芜黑猪和大蒲莲黑猪母源血统单一,其它6个猪种母源血统遗传复杂,彼此之间基因交流多。 展开更多
关键词 山东省猪种 mtdna D-loop区 遗传多样性 系统进化
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基于mtDNA D-loop序列探究门源白牦牛与天祝白牦牛间的遗传差异 被引量：10
9
作者 李广祯 马志杰 +2 位作者 陈生梅 尕布藏 李瑞哲 《中国畜牧兽医》 CAS 北大核心 2021年第5期1647-1654,共8页
为从分子水平上探究青海省门源白牦牛与甘肃省天祝白牦牛间的母系遗传差异,本研究对31头门源白牦牛mtDNA D-loop区部分序列进行测定,结合GenBank中已报道的235条天祝白牦牛相应序列,对共计266条白牦牛D-loop序列进行了综合分析。结果表... 为从分子水平上探究青海省门源白牦牛与甘肃省天祝白牦牛间的母系遗传差异,本研究对31头门源白牦牛mtDNA D-loop区部分序列进行测定,结合GenBank中已报道的235条天祝白牦牛相应序列,对共计266条白牦牛D-loop序列进行了综合分析。结果表明,在截取的638 bp白牦牛D-loop区分析序列中,排除64处插入或缺失后共检测到80个多态位点,包括5个单一多态位点和75个简约信息位点。根据序列间核苷酸变异共确定了56种单倍型,其中门源白牦牛拥有特有单倍型7种,天祝白牦牛包含特有单倍型43种,二者共享的单倍型只有2种。门源白牦牛单倍型只分布在A、B和C单倍型组中,而天祝白牦牛单倍型分布在A、B、C、D、E和F单倍型组中,并含有4种普通牛单倍型序列,提示天祝白牦牛中存在普通牛遗传渗入。门源白牦牛单倍型多样度为0.862,核苷酸多样度为0.007,而天祝白牦牛单倍型多样度为0.946,核苷酸多样度为0.014,表明天祝白牦牛的遗传多样性水平高于门源白牦牛。门源白牦牛与天祝白牦牛间的遗传分化指数(Fst)为0.114,表明2个品种(群体)间呈中等分化水平。系统发育分析结果显示,56种单倍型可分为2个明显的分支(即Ⅰ和Ⅱ),表明白牦牛有2个母系起源。综上所述,天祝白牦牛的遗传多样性水平高于门源白牦牛,门源白牦牛母系遗传多样性较低;2个品种(群体)间呈中等遗传分化水平,天祝白牦牛存在一定程度的普通牛基因渗入;2个品种(群体)均由2个母系支系组成,提示白牦牛有2个母系起源。鉴于2个品种(群体)间呈中等遗传分化水平,且都拥有特有的单倍型遗传信息,故建议将其均作为独立的“遗传单元”进行遗传资源保护进而开展保种和选育实践。 展开更多
关键词 白牦牛 mtdna D-loop区 遗传多样性 分化 母系起源
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青海省同德牦牛的母系遗传多样性及群体遗传结构分析 被引量：9
10
作者 李广祯 马志杰 +4 位作者 赵学军 陈生梅 刘书杰 林元 李文浩 《中国牛业科学》 2021年第3期17-21,共5页
[目的]从分子水平上揭示青海省同德牦牛的母系遗传多样性、群体遗传结构和遗传背景。[方法]本研究采用PCR方法和扩增产物双向测序技术,对60头(32♂,28♀)同德牦牛mtDNA D-loop区序列进行了测定。经人工核实校对序列后,使用BioEdit、DnaS... [目的]从分子水平上揭示青海省同德牦牛的母系遗传多样性、群体遗传结构和遗传背景。[方法]本研究采用PCR方法和扩增产物双向测序技术,对60头(32♂,28♀)同德牦牛mtDNA D-loop区序列进行了测定。经人工核实校对序列后,使用BioEdit、DnaSP、Arlequin和Network等生物信息学软件综合分析其母系遗传多样性、群体遗传结构及系统发育关系。[结果]同德牦牛mtDNA D-loop区序列长度在890-894 bp之间,排除12处插入/缺失后共检测到59处多态位点,其中单一多态位点有17处,简约信息位点42处;根据序列间核苷酸变异共确定了31种单倍型,其中H8为优势单倍型,单倍型多样度为0.935±0.023,核苷酸多样度为0.012±0.006。与青海其他牦牛品种(群体)(如高原、环湖、大通牦牛等)相比,同德牦牛单倍型多样度较高,表明其具有较为丰富的母系遗传多样性。使用MJ法(Median-Joining)构建的网络关系图显示:同德牦牛31种单倍型分布在A、B、C、D和E 5种单倍型组中,且其可分为2大母系支系,表明同德牦牛拥有2个母系起源。[结论]同德牦牛群体具有较丰富的母系遗传多样性,由分布于2个母系遗传分支的5个单倍型组(即A、B、C、D和E)个体组成,具有2个母系起源。 展开更多
关键词 牦牛 mtdna D-loop区 遗传多样性 群体结构
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云南地方猪种mtDNA D-loop区遗传多样性研究 被引量：9
11
作者 权金强 苟潇 赵生国 《四川农业大学学报》 CSCD 北大核心 2015年第4期422-428,共7页
【目的】为揭示云南7个地方猪种遗传多样性及其分布规律。【方法】以云南7个地方猪品种(群体)为对象,研究了线粒体DNA D环高变区(mtDNA D-loop HVI)的序列多态性。【结果】研究表明,在全长435bp的核苷酸序列中共检测到23个多态位点,由... 【目的】为揭示云南7个地方猪种遗传多样性及其分布规律。【方法】以云南7个地方猪品种(群体)为对象,研究了线粒体DNA D环高变区(mtDNA D-loop HVI)的序列多态性。【结果】研究表明,在全长435bp的核苷酸序列中共检测到23个多态位点,由此界定了30个单倍型。云南地方猪种整体的单倍型多样度(Hd)和核苷酸多样度(Pi)分别为0.820和0.004 51。在7个品种(群体)中,保山猪单倍型多样度最高(0.828),高黎贡山猪最低(0.644);滇南小耳猪的核苷酸多样度最高(0.005 21),高黎贡山猪同样最低(0.003 27)。由遗传变异贡献率和遗传独特性贡献所决定的总体遗传贡献率中,迪庆藏猪总体遗传贡献率最高(10.342 9),高黎贡山猪和大河猪最低(均为1.059 4)。【结论】就总体单倍型丰富度效应而言,迪庆藏猪、滇南小耳猪、保山猪和撒坝猪对维持云南地方猪种遗传多样性呈正效应,而明光猪、高黎贡山猪和大河猪呈负效应。 展开更多
关键词 云南地方猪种 mtdna D-loop区 遗传多样性
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鸭mtDNA控制区遗传变异与进化研究 被引量：8
12
作者 苏瑛 刘宁 +3 位作者 曹五七 叶昌辉 潘武艺 马佳雄 《中国家禽》 北大核心 2008年第23期29-32,共4页
利用DNA测序技术测定了我国6个家鸭品种31个个体线粒体DNA控制区多变序列。序列分析结果显示:A、T、C、G碱基的平均含量分别为0.313、0.201、0.355和0.130;检测到6个变异位点,约占分析位点总数的1.80%;检测到两种变异类型:颠换和转换,... 利用DNA测序技术测定了我国6个家鸭品种31个个体线粒体DNA控制区多变序列。序列分析结果显示:A、T、C、G碱基的平均含量分别为0.313、0.201、0.355和0.130;检测到6个变异位点,约占分析位点总数的1.80%;检测到两种变异类型:颠换和转换,没有插入缺失类型;确定了9种单倍型,其中单倍型A1为本研究中6个地方鸭种的共享单倍型;本研究系统发育树结果支持我国家鸭起源于绿头野鸭(Anas platyryhynchos)和斑嘴鸭(Anas peocilorhycha)的"二元论"。 展开更多
关键词 家鸭 单倍型 mtdna D—loop区 遗传变异
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拉伯高脚鸡线粒体DNA D-loop序列变异与起源分化研究 被引量：9
13
作者 王欣 罗成峰 +4 位作者 陶清海 孙利民 李庆华 李杨 史宪伟 《中国家禽》 北大核心 2016年第11期14-18,共5页
为从母系遗传角度探明云南拉伯高脚鸡的遗传多样性与起源分化,采用PCR产物直接测序技术对30只拉伯高脚鸡的线粒体DNA控制区(mtDNA D-loop)第一高变区序列进行了分析。结果表明:在所分析的mtDNA D-loop 527 bp序列中,共检测到17个变异位... 为从母系遗传角度探明云南拉伯高脚鸡的遗传多样性与起源分化,采用PCR产物直接测序技术对30只拉伯高脚鸡的线粒体DNA控制区(mtDNA D-loop)第一高变区序列进行了分析。结果表明:在所分析的mtDNA D-loop 527 bp序列中,共检测到17个变异位点,归结为5个单倍型。单倍型L1和L2属G世系,单倍型L3和L4属A世系,单倍型L5属B世系。G世系占整个群体的63.3%,A世系占33.3%。单倍型多样度为(0.763±0.049),群体内序列间核苷酸差异的平均数为7.205,核苷酸多样度为0.01315,平均遗传距离为0.016。由最大似然法构建的NJ系统进化树将拉伯高脚鸡聚为3大枝,分别与G、A、B 3个世系对应。与红原鸡及国内外鸡种聚类比较,拉伯高脚鸡在起源上具有其独特性。结果表明,拉伯高脚鸡存在较高的遗传多样性,起源上具有云南本地鸡特有的遗传特征。 展开更多
关键词 拉伯高脚鸡 线粒体DNA D-loop 单倍型 遗传多样性 起源分化
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洱海鲤属鱼类同域分化形成的分子遗传学证据 被引量：6
14
作者 郑冰蓉 张亚平 +2 位作者 肖春杰 肖蘅 昝瑞光 《Acta Genetica Sinica》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2004年第9期976-982,共7页
对洱海的 3种鲤鱼———洱海鲤 (C .barbatus)、春鲤 (C .longipectoralis)和杞麓鲤 (C .carpiochila)线粒体DNA(mtDNA)进行了限制性片段长度多态 (RFLP)分析和mtDNA控制区 (D loop)序列测定。RFLP分析结果表明 ,16种酶在洱海鲤、春鲤... 对洱海的 3种鲤鱼———洱海鲤 (C .barbatus)、春鲤 (C .longipectoralis)和杞麓鲤 (C .carpiochila)线粒体DNA(mtDNA)进行了限制性片段长度多态 (RFLP)分析和mtDNA控制区 (D loop)序列测定。RFLP分析结果表明 ,16种酶在洱海鲤、春鲤和杞麓鲤 3个种共 14个个体上 ,仅DraⅠ在春鲤的一个个体上检出一个位点的限制性片段长度多态 ,独立为单倍型Ⅱ ,3个种的其余 13个个体共享单倍型Ⅰ ,种间遗传距离为 0 %～ 0 0 0 75 % ,此种间差异值比已报道的鱼类的种间差异甚至种内差异都低得多。D loop区的序列测定结果表明 ,长为 4 4 9bp的序列共显示有 7个变异位点 ,均为碱基替换 ,变异比例为 1 5 6 % ,在 14个鲤鱼个体中共检出 6种单倍型 ,种间的遗传距离为 0 0 82 %～ 0 171% ,与已研究的其他几种异域分布的鲤鱼相比 ,也至少小一个数量级。mtDNA的RFLP及D loop区的序列比较都揭示出洱海 3种鲤鱼之间的遗传差异远小于异域分布的鲤属鱼类物种之间及其他鱼类的同属种间的遗传差异。对洱海鲤属鱼类种间如此小的遗传差异唯一合理的解释就是 :它们确是由同域分化而形成的。 展开更多
关键词 洱海鲤属鱼类 同域分化 线粒体DNA RFLP D—loop区测序
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中国荷斯坦牛和鲁西黄牛mtDNA D-loop序列多态性分析 被引量：9
15
作者 郝荣超 王国华 +2 位作者 常玉霞 杨国忠 昝林森 《基因组学与应用生物学》 CAS CSCD 北大核心 2011年第5期544-549,共6页
为了从母系遗传角度深入阐明中国荷斯坦牛和鲁西黄牛的群体遗传多样性以及起源进化,本研究采用PCR测序法测定了9头中国荷斯坦牛和11头鲁西黄牛的线粒体DNAD-loop区的部分序列,并经剪切后进行生物信息学软件分析。结果表明,20个个体D-loo... 为了从母系遗传角度深入阐明中国荷斯坦牛和鲁西黄牛的群体遗传多样性以及起源进化,本研究采用PCR测序法测定了9头中国荷斯坦牛和11头鲁西黄牛的线粒体DNAD-loop区的部分序列,并经剪切后进行生物信息学软件分析。结果表明,20个个体D-loop区共711bp,共检测到19种单倍型和50个多态位点。核苷酸多样性(Pi)为0.02133±0.00454,单倍型多样性(Hd)为0.994±0.019,平均核苷酸差异数(k)为15.14620。构建的NJ网络进化树共分为两大支系,其中部分鲁西黄牛与瘤牛聚为一支,而中国荷斯坦牛和部分鲁西黄牛与普通黄牛聚为一支。说明中国荷斯坦牛和鲁西黄牛群体遗传多样性均较高;鲁西黄牛同时含有瘤牛和普通黄牛的血统,而中国荷斯坦牛只含有普通黄牛的血统。 展开更多
关键词 中国荷斯坦牛 鲁西黄牛 线粒体DNA D-loop 多态性
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罗非鱼mtDNA D-loop区部分序列结构和种群遗传多样性分析 被引量：8
16
作者 吴长敬 邹芝英 +3 位作者 杨弘 李大宇 祝璟琳 肖炜 《动物学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2010年第5期121-128,共8页
采用PCR扩增和测序的方法获得了尼罗罗非鱼(Oreochromis niloticus)埃及品系(简称AJ,22尾)、88品系(简称XH,26尾)和奥利亚罗非鱼(O.aureus)(简称ALY,28尾)"夏奥1号"线粒体DNA控制区(mtDNA D-loop)的部分序列(575～581 bp)。... 采用PCR扩增和测序的方法获得了尼罗罗非鱼(Oreochromis niloticus)埃及品系(简称AJ,22尾)、88品系(简称XH,26尾)和奥利亚罗非鱼(O.aureus)(简称ALY,28尾)"夏奥1号"线粒体DNA控制区(mtDNA D-loop)的部分序列(575～581 bp)。对照其他已报道的鱼类控制区结构,对序列结构进行分析,成功识别了罗非鱼mtDNA D-loop区序列的中央保守区和保守序列区,找到了4个特征序列(CSB-D、CSB1、CSB2、CSB3)。76个个体共检测出28个单倍型。AJ群体有12个单倍型,XH群体有10个单倍型,ALY群体存在9个单倍型。其中,3个群体共享1个单倍型(XH06),AJ和XH群体共享一个单倍型(XH10),其他为各个群体独有。AJ和XH(Nm=0.77)、AJ和ALY(Nm=0.02)、XH和ALY(Nm=0.02)之间均存在一定的遗传分化。AJ和XH的核苷酸多态性(Pi)值(分别为0.042 4、0.031 1)明显高于ALY的Pi值(0.001 2)。本实验中的ALY品种纯度高,AJ和XH的遗传多样性较丰富。mtDNA D-loop区能反映出罗非鱼群体的种质特征,适用于罗非鱼群体内的遗传多样性研究。 展开更多
关键词 罗非鱼 mtdna D-loop区 遗传多样性
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猪基源的肝素粗品及混淆品的AS-PCR及ARMS分子检测 被引量：8
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作者 于智勇 丁鸽 +3 位作者 丁小余 褚必海 钱亮 顾笋 《药学学报》 CAS CSCD 北大核心 2008年第5期535-541,共7页
本文建立了一种简便、准确的鉴别猪基源的肝素粗品及其混淆品的DNA分子鉴定方法。在对家猪、野猪及其他7种动物（均用于加工猪肝素粗品的混淆品）的mtDNA D-loop区进行序列分析的基础上,设计了专门用于鉴别猪基源肝素钠的AS-PCR（allele... 本文建立了一种简便、准确的鉴别猪基源的肝素粗品及其混淆品的DNA分子鉴定方法。在对家猪、野猪及其他7种动物（均用于加工猪肝素粗品的混淆品）的mtDNA D-loop区进行序列分析的基础上,设计了专门用于鉴别猪基源肝素钠的AS-PCR（allele-specific PCR）引物及ARMS（amplification refractory mutation system）引物,对家猪、野猪及其他7种动物来源的肝素、肌肉或血液共49个样品的基源进行了分子检测。结果表明：AS-PCR及ARMS方法均可用于猪基源肝素粗品的快速鉴别。AS-PCR鉴别时的复性温度为54~56℃,ARMS引物鉴别时的复性温度更宽,为52~58℃。在用两种引物对肝素样品进行鉴别时,仅猪来源的肝素DNA模板能扩增得到约170 bp的扩增条带,而其他动物来源的肝素DNA模板在同样条件下无扩增产物。 展开更多
关键词 猪基源肝素钠 mtdnaD-loop区 AS-PCR ARMS 分子鉴别
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西藏小型猪线粒体DNA控制区的分子遗传学研究 被引量：8
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作者 李洪涛 肖东 +4 位作者 袁进 吴清洪 王万山 张嘉宁 顾为望 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2009年第6期800-805,共6页
通过扩增102头西藏小型猪以及16头巴马小型猪、17头贵州香猪的线粒体DNA控制区,测序并与国内其他猪种进行比较,研究西藏小型猪的遗传标记以及与其他国内地方猪种的亲缘关系。结果显示,西藏小型猪线粒体DNA D-loop区分3个区域。串联重复... 通过扩增102头西藏小型猪以及16头巴马小型猪、17头贵州香猪的线粒体DNA控制区,测序并与国内其他猪种进行比较,研究西藏小型猪的遗传标记以及与其他国内地方猪种的亲缘关系。结果显示,西藏小型猪线粒体DNA D-loop区分3个区域。串联重复序列区处于中间位置,包含有15~29个10 bp的重复片段,分为A、B 2种类型。3′端340 bp,与国内其他猪种的序列相同,比较保守 D-loop 5′端704 bp,共有22个变异位点。由22个变异位点中归纳出25个单倍型,其中有2种主要的单倍型,分别占34.4%和36.6%。根据3个转换位点：305、500、691,将西藏小型猪分成了2组,几乎与串联重复序列所分的A、B 2组类型相对应。与西藏小型猪相比,巴马小型猪和贵州香猪D-loop 5′端变异位点较少,分别只有4种和2种单倍型,串联重复区也只有1个类型。说明西藏小型猪可能有2个母系祖先,并且与我国西南地区的猪种有较近的亲缘关系 不同的串联重复片段类型和5′端的变异位点可以联合组建西藏小型猪的遗传标记。 展开更多
关键词 西藏小型猪 线粒体DNA控制区 遗传标记 亲缘关系
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合肥野生动物园东方白鹳的保护遗传学初步研究 被引量：7
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作者 昝树婷 周立志 +2 位作者 江浩 张保卫 吴治安 《生物学杂志》 CAS CSCD 2008年第6期22-25,共4页
研究选用EE0.6基因和线粒体DNA控制区(D-loop)作为分子标记,用于合肥野生笼养东方白鹳的性别鉴定和遗传多样性检测。研究中成功地鉴定了东方白鹳成体和幼体的性别,并且双引物的引入克服了性别鉴定中假阴性。在合肥野生动物园28个笼养个... 研究选用EE0.6基因和线粒体DNA控制区(D-loop)作为分子标记,用于合肥野生笼养东方白鹳的性别鉴定和遗传多样性检测。研究中成功地鉴定了东方白鹳成体和幼体的性别,并且双引物的引入克服了性别鉴定中假阴性。在合肥野生动物园28个笼养个体中共检测出11种单倍型,其单倍型多样性(h)为0.8598±0.0419,核苷酸多样性(π)为0.01035±0.0058,但单倍型在繁殖个体间分布严重失衡,子一代个体的单倍型主要集中在H1,H2,H3。因此,建议在进行圈养东方白鹳的繁殖管理时,注重提升各单倍型的奠基者作用,以保护笼养群体的遗传多样性。 展开更多
关键词 东方白鹳 EE0.6基因 D-loop 遗传多样性
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河南地方猪mtDNA D-loop序列遗传多样性及系统进化分析 被引量：6
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作者 李新建 薛亚辉 +6 位作者 王明宇 段栋栋 刘贤 乔瑞敏 韩雪蕾 王克君 李秀领 《河南农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2020年第3期452-461,共10页
为了解河南省地方猪种的遗传资源状况,探究猪种间的亲缘关系,对河南省地方猪种(南阳黑猪、确山黑猪、淮南猪、豫西黑猪)及2个参考猪种(莱芜黑猪、二花脸猪)和野猪共计282个样本的mtDNA D-loop序列进行PCR扩增及序列测定,并结合GenBank中... 为了解河南省地方猪种的遗传资源状况,探究猪种间的亲缘关系,对河南省地方猪种(南阳黑猪、确山黑猪、淮南猪、豫西黑猪)及2个参考猪种(莱芜黑猪、二花脸猪)和野猪共计282个样本的mtDNA D-loop序列进行PCR扩增及序列测定,并结合GenBank中3个国外猪种(杜洛克猪、长白猪、约克夏猪)的38条mtDNA D-loop序列,进行单倍型、遗传多样性、系统发育树、网络分析、歧点分布分析。结果表明,河南省地方猪4个品种共236条序列,定义了32种单倍型,单倍型多样度(Hd)和核苷酸多样度(Pi)分别为0.788~0.854、0.00156~0.00455。构建的NJ系统进化树将所有样本分为2个独立分支,一支包含所有河南各猪种和部分约克夏猪,另一支全部为引进猪种,表明河南地方猪和3个国外猪种具有2个明显不同的母系起源。网络中介图和歧点分布显示,在历史驯养过程中,整个河南地方猪群体曾经历过群体扩张事件。说明河南地方猪种具有较为丰富的遗传多样性,且彼此之间有一定的基因交流。 展开更多
关键词 河南地方猪 mtdna D-loop区 遗传多样性 系统进化
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