热激蛋白70(HSP70,heat shock protein 70)广泛参与胁迫环境的响应,在诱发人体肿瘤细胞凋亡,增强肿瘤的免疫原性中起着重要作用。然而,植物HSP70的生理功能研究起步较晚,最近的研究发现植物HSP70在细胞内主要参与新生肽的折叠与成熟、...热激蛋白70(HSP70,heat shock protein 70)广泛参与胁迫环境的响应,在诱发人体肿瘤细胞凋亡,增强肿瘤的免疫原性中起着重要作用。然而,植物HSP70的生理功能研究起步较晚,最近的研究发现植物HSP70在细胞内主要参与新生肽的折叠与成熟、损伤蛋白的降解和蛋白运输;植物HSP70在非生物胁迫环境的应答、抗病性及植物发育中起着重要作用。本文从分子生物学角度,系统综述了植物HSP70分子作用机理研究的进展,以及在提高植物抗逆性方面的作用,以期为基因工程方法改良作物抗性提供参考。展开更多
目的 探究中医药治疗肺结节(pulmonary nodule,PN)的用药规律,预测核心药物组合的潜在作用机制,以期为后续实验研究和临床应用提供依据和参考。方法 检索中英文数据库中关于中医药治疗肺结节的文献,并进行归纳总结,构建肺结节处方数据库...目的 探究中医药治疗肺结节(pulmonary nodule,PN)的用药规律,预测核心药物组合的潜在作用机制,以期为后续实验研究和临床应用提供依据和参考。方法 检索中英文数据库中关于中医药治疗肺结节的文献,并进行归纳总结,构建肺结节处方数据库,运用R语言对处方进行频次统计和关联规则、聚类分析。利用网络药理学方法预测核心药物的潜在作用靶点和通路,从TCMSP数据库和OMIM等数据库中分别获取药物与肺结节相关的靶点,取交集靶点后上传至STRING数据库构建蛋白质-蛋白质互作网络,导入Cytoscape 3.7.2软件中,运用Network Analyzer工具计算网络拓扑参数并得到关键靶点。最后通过分子对接技术对关键成分与靶点进行反向验证。结果 数据库共筛选得到53首处方,涉及213味中药,统计发现这些中药多味甘、苦,性寒,归肺经。关联规则分析提示甘草与茯苓、半夏是具有强关联性的3组合药对。核心药物组合“甘草-茯苓-半夏”与肺结节的交集靶点85个,经拓扑分析得到其治疗肺结节的17个关键靶点,包括转录激活因子3(signal transducer and activator of transcription 3,STAT3)、丝氨酸/苏氨酸激酶1(serine/threonine kinase 1,AKT1)等。基于DIVID平台进行京都基因与基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)通路富集分析,提示主要涉及肿瘤相关信号通路如癌症中的蛋白多糖(proteoglycans in cancer)、白细胞介素-17(interleukin-17,IL-17)信号通路和丝裂原活化蛋白激酶(mitogen-activated protein kinase,MAPK)信号通路,以及病毒相关通路如乙型肝炎(hepatitis B)、卡波济肉瘤相关疱疹病毒感染(Kaposi sarcoma-associated herpesvirus infection)和糖尿病并发症中晚期糖基化终产物及其受体(advanced glycation end products-receptor for advanced glycation end products,AGE-RAGE)信号通路等多种复杂信号通路。分子对接结果显示关键活性成分与靶点对�展开更多
文摘目的利用分子对接和网络药理学的方法预测桂枝芍药知母汤治疗类风湿关节炎的主要活性成分和作用靶点,结合中医方解配伍理论对其多成分-多靶点-多通路的作用进行分析。方法在TCMSP、TCM-Datebase@Taiwan、PubChen Compound数据库收集桂枝芍药知母汤中9味中药(桂枝、芍药、知母、甘草、麻黄、生姜、白术、防风、附子)的主要化学成分。通过DrugBank、TTD数据库查找与类风湿关节炎治疗相关的蛋白靶点,并上传到String在线数据库,构建蛋白互作网络关系。在PDB数据库下载合适的蛋白靶点晶体结构,采用Discovery studio 4.5.0软件进行化合物与靶点的分子对接,利用Cytoscape 3.6.1软件,构建药物-化合物-靶点可视化网络,阐释桂枝芍药知母汤抗类风湿关节炎的主要作用机制。结果分子对接结果显示桂枝芍药知母汤中存在316个潜在的抗关节炎活性成分,作用于26个靶点,其中MAPK1、ZADH2、P38、AKR1C2、DHODH、CA2、MMP3、MMP9、RANKL等蛋白是主要作用靶点。生物功能和通路分析提示,桂枝芍药知母汤的作用机制主要涉及骨吸收(28%)、组蛋白激酶活性(20%)、肽基酪氨酸磷酸化(20%)、前列腺素代谢过程(12%)等生物过程。作用通路主要是破骨细胞的分化(94.12%)。结论采用分子对接结合网络药理学的方法,从多靶点多途径的角度研究桂枝芍药知母汤治疗类风湿关节炎的药效物质基础及分子机制,为更好的临床用药提供参考和依据。
文摘热激蛋白70(HSP70,heat shock protein 70)广泛参与胁迫环境的响应,在诱发人体肿瘤细胞凋亡,增强肿瘤的免疫原性中起着重要作用。然而,植物HSP70的生理功能研究起步较晚,最近的研究发现植物HSP70在细胞内主要参与新生肽的折叠与成熟、损伤蛋白的降解和蛋白运输;植物HSP70在非生物胁迫环境的应答、抗病性及植物发育中起着重要作用。本文从分子生物学角度,系统综述了植物HSP70分子作用机理研究的进展,以及在提高植物抗逆性方面的作用,以期为基因工程方法改良作物抗性提供参考。
文摘目的 探究中医药治疗肺结节(pulmonary nodule,PN)的用药规律,预测核心药物组合的潜在作用机制,以期为后续实验研究和临床应用提供依据和参考。方法 检索中英文数据库中关于中医药治疗肺结节的文献,并进行归纳总结,构建肺结节处方数据库,运用R语言对处方进行频次统计和关联规则、聚类分析。利用网络药理学方法预测核心药物的潜在作用靶点和通路,从TCMSP数据库和OMIM等数据库中分别获取药物与肺结节相关的靶点,取交集靶点后上传至STRING数据库构建蛋白质-蛋白质互作网络,导入Cytoscape 3.7.2软件中,运用Network Analyzer工具计算网络拓扑参数并得到关键靶点。最后通过分子对接技术对关键成分与靶点进行反向验证。结果 数据库共筛选得到53首处方,涉及213味中药,统计发现这些中药多味甘、苦,性寒,归肺经。关联规则分析提示甘草与茯苓、半夏是具有强关联性的3组合药对。核心药物组合“甘草-茯苓-半夏”与肺结节的交集靶点85个,经拓扑分析得到其治疗肺结节的17个关键靶点,包括转录激活因子3(signal transducer and activator of transcription 3,STAT3)、丝氨酸/苏氨酸激酶1(serine/threonine kinase 1,AKT1)等。基于DIVID平台进行京都基因与基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)通路富集分析,提示主要涉及肿瘤相关信号通路如癌症中的蛋白多糖(proteoglycans in cancer)、白细胞介素-17(interleukin-17,IL-17)信号通路和丝裂原活化蛋白激酶(mitogen-activated protein kinase,MAPK)信号通路,以及病毒相关通路如乙型肝炎(hepatitis B)、卡波济肉瘤相关疱疹病毒感染(Kaposi sarcoma-associated herpesvirus infection)和糖尿病并发症中晚期糖基化终产物及其受体(advanced glycation end products-receptor for advanced glycation end products,AGE-RAGE)信号通路等多种复杂信号通路。分子对接结果显示关键活性成分与靶点对�
文摘利用网络药理学和分子对接技术从整体层面阐释黄精治疗动脉粥样硬化(atherosclerosis,AS)的作用机制。通过中药化学成分数据库(TCMD)和中药系统药理学数据库(TCMSP)收集黄精化学成分并利用PharmaDB、Swiss TargetPrediction预测其作用靶点集,借助OMIM、DisGeNET及NCBI基因数据库检索AS相关靶点集。取两靶点集交集获取黄精治疗AS的潜在作用靶点,基于STRING平台构建交集靶点相互作用网络并在Cytoscape中进行可视化分析。根据拓扑参数筛选黄精治疗AS的关键靶点,采用Clue GO对交集靶点进行GO和KEGG富集分析。最后利用Discovery Studio 4.0对关键靶点进行分子对接验证。结果筛选获得45个黄精活性成分和51个黄精治疗AS的潜在作用靶点,拓扑分析结果包含的5个关键靶点为血清白蛋白、丝裂原活化蛋白激酶3、丝裂原活化蛋白激酶1、原癌基因酪氨酸蛋白激酶Src和基质金属蛋白酶-9。GO富集分析得到131个GO条目,主要涉及类固醇激素受体的活性、细胞对类固醇激素刺激的反应和磷脂酰肌醇-3激酶信号通路等生命过程。KEGG通路分析得到37条主要信号通路,主要涉及过氧化物酶体增殖激活受体信号通路、血小板激活信号通路、血管内皮生长因子信号通路、低氧诱导因子信号通路和黏着连接信号通路。分子对接结果显示,黄精成分与潜在关键靶点具有较好的结合活性。本研究从网络药理学的角度初步阐释了黄精治疗动脉粥样硬化的作用机制,旨在为其进一步的临床研究提供科学依据。
