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云南省昆明地区2021年柯萨奇病毒A10型VP1区基因特征分析 被引量:1
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作者 李桂满 刘艳艳 +7 位作者 李文龙 简千棋 马丽波 刘如锦 杨瑶 朱心 侯敏 田炳均 《中国病毒病杂志》 CAS 2024年第1期42-47,共6页
目的对云南省昆明地区2021年手足口病(hand,foot and mouth disease,HFMD)患儿粪便样本中提取的柯萨奇病毒A10型(coxsackievirus A10,CVA10)VP1区基因特征进行分析。方法从2021年昆明地区各县市区送检的手足口病患儿粪便标本中直接提取... 目的对云南省昆明地区2021年手足口病(hand,foot and mouth disease,HFMD)患儿粪便样本中提取的柯萨奇病毒A10型(coxsackievirus A10,CVA10)VP1区基因特征进行分析。方法从2021年昆明地区各县市区送检的手足口病患儿粪便标本中直接提取病毒RNA,先用肠道病毒EV U/EV-A71/CVA16三重核酸检测试剂盒和CVA6/CVA10病毒双通道核酸检测试剂盒进行核酸检测,检出的CVA10病毒再用486/488和487/489引物分两段扩增CVA10 VP1区全序并测序,用Sequencher 4.8软件对序列进行拼接和编辑,得到CVA10 VP1区全序列。将测得的序列与文献中的序列进行比对,用Mega 5.2软件构建系统进化树,进行基因特征及分子流行病学分析。结果2021年从852份手足口病患儿粪便标本中共检测到331株肠道病毒(enterovirus,EV),总阳性检出率为38.85%(331/852),其中,23株(6.95%,23/331)为CVA10。VP1区基因分析结果表明,23株CVA10病毒株均为基因型E,是昆明地区特有的基因型,为国内首次报道。CVA10病毒VP1区共有894个碱基,编码298个氨基酸。与原型株Kowalik进行氨基酸变异分析,结果表明,298个氨基酸位点中,昆明株分别有30~32个位点发生变化。结论云南省昆明地区2021年手足口病病原中的CVA10毒株均为基因型E,是中国新发现的基因型,应进一步加强对CVA10的基因检测和分子流行病学分析。 展开更多
关键词 手足口病 CVA10 VP1区 分子流行病学分析
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ICU一起疑似泛耐药鲍氏不动杆菌暴发调查与控制 被引量:3
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作者 陈元宾 刘运喜 +9 位作者 闫中强 陈威 王沙沙 匡慧慧 施施 朱乔 许玉冰 杨金燕 夏婷婷 屈佩玲 《中华医院感染学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2019年第8期1255-1261,共7页
目的通过调查重症监护室(ICU)一起疑似泛耐药鲍氏不动杆菌(PDR-AB)感染暴发的情况,研究泛耐药鲍氏不动杆菌医院感染防控的集束化策略,指导医院感染防控措施实施。方法通过分子流行病学分析与环境卫生学监测相结合的方法,对2018年2月-201... 目的通过调查重症监护室(ICU)一起疑似泛耐药鲍氏不动杆菌(PDR-AB)感染暴发的情况,研究泛耐药鲍氏不动杆菌医院感染防控的集束化策略,指导医院感染防控措施实施。方法通过分子流行病学分析与环境卫生学监测相结合的方法,对2018年2月-2018年4月ICU住院患者鲍氏不动杆菌分离与感染情况展开调查,对疑似污染的环境与物品进行微生物学采样、鉴定和药敏试验。患者和环境中PDR-AB克隆菌株采用脉冲场凝胶电泳(Pulsed Field Gel Electrophoresis,PFGE)技术进行同源性分析。结果 2018年3月ICU PDR-AB院内定植或感染患者7例,患者新发感染率10.14%;PDR-AB定植或感染患者的头部垫巾,病床床尾板、床栏,护士站台面及医务人员护理服和清洗消毒后的纤支镜中分离出PDR-AB存在;ICU患者与环境分离的27株PDR-AB耐药谱基本一致;PFGE结果显示患者、环境、纤支镜PDR-AB克隆菌株来自于同一亚型。结论 PDR-AB克隆菌株在患者、环境及纤支镜之间具有高度同源性的克隆传播,通过强化医务人员无菌观念,患者隔离,环境及医疗器械的严格清洁消毒,暴发流行情况得到有效控制。 展开更多
关键词 ICU PDR-AB 分子流行病学分析 环境卫生学监测 克隆传播
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猪繁殖与呼吸综合征病毒17-ZJ-HZ毒株的分离鉴定与分子流行病学分析
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作者 巴少波 石林 +4 位作者 李群景 刘正奎 陈琳 王晓杜 宋厚辉 《浙江农业学报》 CSCD 北大核心 2018年第8期1303-1311,共9页
杭州某猪场断奶仔猪群出现高热、呼吸困难等症状,疑似猪繁殖与呼吸综合征病毒(porcine reproductive and respiratory syndrome virus,PRRSV)感染,3头病猪肺脏病变样本送本实验室检测,通过RT-PCR方法检测其病原核酸。肺脏匀浆液无菌处... 杭州某猪场断奶仔猪群出现高热、呼吸困难等症状,疑似猪繁殖与呼吸综合征病毒(porcine reproductive and respiratory syndrome virus,PRRSV)感染,3头病猪肺脏病变样本送本实验室检测,通过RT-PCR方法检测其病原核酸。肺脏匀浆液无菌处理接种到MARC-145细胞,细胞病变观察、Western-blot、间接免疫荧光等方法验证PRRSV病毒分离情况;RT-PCR方法分五段扩增获得全长病毒基因组序列,采用MEGA等软件分析该毒株的核苷酸序列以及GP5、NSP2氨基酸序列;分离病毒接种3日龄PRRSV阴性仔猪,评价该病毒的毒力。结果表明:该场送检样品为PRRSV阳性;成功分离得到17-ZJ-HZ病毒;获得15 325 bp的PRRSV全基因组序列。序列分析表明,该毒株与经典北美株的NSP2存在典型的29+1个氨基酸的缺失,且进化分析归于HP-PRRSV亚群。攻毒60 h后猪只出现典型的PRRSV临床症状和病理变化,以上结果表明该毒株为高致病性PRRSV(highly pathogenic PRRSV,HP-PRRSV)的北美株。 展开更多
关键词 猪繁殖与呼吸综合征 分离鉴定 序列分析 分子流行病学
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杭州市2019年登革病毒分子流行病学研究
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作者 文艳苹 汪皓秋 +3 位作者 于新芬 张国忠 周银燕 钱昕 《中国人兽共患病学报》 CAS CSCD 北大核心 2021年第12期1096-1101,共6页
目的了解2019年杭州市登革病毒分子特征和可能的传播来源。方法收集登革热患者血清样本,分析登革热流行特征。分别采用ELISA和RT-PCR方法检测登革热抗体、登革病毒核酸及其型别,再对核酸阳性样本进行E基因扩增、序列测定和进化分析。结... 目的了解2019年杭州市登革病毒分子特征和可能的传播来源。方法收集登革热患者血清样本,分析登革热流行特征。分别采用ELISA和RT-PCR方法检测登革热抗体、登革病毒核酸及其型别,再对核酸阳性样本进行E基因扩增、序列测定和进化分析。结果2019年杭州共检测登革热病例212例(输入性病例158例,本地病例54例),其中65例IgM抗体检测阳性,178例DENV通用型核酸检测阳性。输入性病例中4种血清型登革病毒均有检出,以DENV-1为主(占51.9%)。本地病例多由DENV-1基因I型(6/54)、IV型(26/54)和DENV-2 Cosmopolitan基因型(2/54)病毒引起,E基因序列分别与2019年广州和南昌流行株、2015年菲律宾株和2018年泰国株同源性较高。其中DENV-1基因IV型本地流行病毒的E基因序列高度同源,序列相似性高达99.9%~100%,推测为多起输入性病例引起的本地传播。结论受东南亚登革热疫情影响,杭州2019年登革热病例数量增幅明显,呈型别多样化、本地病例溯源复杂的特点,需进一步加强DENV分子特征研究。 展开更多
关键词 登革热 登革病毒 分子流行病学
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一例暴露因素不明的狂犬病病例的分子流行病学溯源 被引量:1
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作者 李幸乐 李凤丽 +3 位作者 李懿 孙建伟 黄学勇 许汴利 《中国人兽共患病学报》 CAS CSCD 北大核心 2016年第5期473-476,共4页
目的对一例暴露因素不明的人狂犬病病例进行实验室确诊,通过分子流行病学分析探索其可能的感染来源。方法通过对存活疑似人狂犬病病例的唾液、脑脊液、血清标本采用直接免疫荧光试验、反转录-聚合酶链式反应和快速荧光灶抑制试验进行实... 目的对一例暴露因素不明的人狂犬病病例进行实验室确诊,通过分子流行病学分析探索其可能的感染来源。方法通过对存活疑似人狂犬病病例的唾液、脑脊液、血清标本采用直接免疫荧光试验、反转录-聚合酶链式反应和快速荧光灶抑制试验进行实验室确诊;通过时空进化分析探索该病例可能的感染来源。结果病例唾液标本直接免疫荧光试验结果呈阳性,病例血清标本经快速荧光灶抑制试验检测抗狂犬病病毒中和抗体呈阳性。病例唾液标本经反转录-聚合酶链式反应获得狂犬病病毒核蛋白基因预期扩增片段,序列测定进一步证实为狂犬病病毒。该狂犬病病毒株与2011年安徽省一株犬源狂犬病病毒株核苷酸序列同源性最高,为98.4%。结论该疑似狂犬病病例可确诊为狂犬病病例。其发病源于至少2011年以来的某次不自觉的狂犬病病毒感染。 展开更多
关键词 狂犬病 反转录-聚合酶链式反应 分子流行病学
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