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心肌病相关基因剪接变异预测软件的评估与临床应用
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作者 王梓懿 刘浩 +1 位作者 吴东洋 赵春霞 《癌变.畸变.突变》 CAS 2024年第2期85-93,共9页
目的:发生在非经典剪接区域的基因突变是遗传性心肌病的重要致病因素。目前研究者已经开发了多种软件来预测变异对可变剪接的影响。然而,这些预测软件在遗传性心肌病基因诊断中的应用尚不明确。因此,本研究拟评估相关软件的预测性能,并... 目的:发生在非经典剪接区域的基因突变是遗传性心肌病的重要致病因素。目前研究者已经开发了多种软件来预测变异对可变剪接的影响。然而,这些预测软件在遗传性心肌病基因诊断中的应用尚不明确。因此,本研究拟评估相关软件的预测性能,并探讨这些预测软件在肥厚型心肌病(HCM)患者中的临床应用。方法:对1 212名散发性肥厚型心肌病患者进行全外显子组测序(WES),并从公开发表研究中收集引起HCM相关基因可变剪接的突变位点。基于剪接区域特异性的策略来评估剪接变异预测软件的性能,找到针对各个区域的最优预测软件来筛选候选剪接变异,最后在体外HEK293细胞中通过Minigene实验来验证这些变异的剪接结果。结果:性能评估表明,各个剪接区域的最佳预测软件分别是Pangolin(深外显子、核心供体和扩展供体区)、MLCsplice(扩展供体、核心受体和扩展受体区)、MMSplice和SpliceAI(扩展供体区)。本研究在4.5%(54/1 212)的散发性肥厚型心肌病病例中预测得到43个“优先变异”,其中有23个变异经实验证实会导致异常剪接。结论:基于剪接区域特异性预测方法可以有效识别剪接变异,从而提高遗传性心肌病基因检测的诊断率。 展开更多
关键词 可变剪接 肥厚型心肌病 全外显子组测序 minigene实验 致病性验证
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原发性肥大性骨关节病1例患儿的遗传学分析
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作者 王陈 邱雪平 +4 位作者 程亚婷 李博宇 张元珍 马建鸿 郑芳 《中华医学遗传学杂志》 CAS CSCD 2024年第9期1100-1104,共5页
目的探讨1例原发性肥大性骨关节(PHO)病患儿的遗传学病因。方法选取2021年7月27日于武汉大学中南医院就诊的1例患儿为研究对象。采集患儿及其父母的外周血样,提取基因组DNA,进行全外显子组测序,对疑似的剪接变异进行Sanger测序家系验证... 目的探讨1例原发性肥大性骨关节(PHO)病患儿的遗传学病因。方法选取2021年7月27日于武汉大学中南医院就诊的1例患儿为研究对象。采集患儿及其父母的外周血样,提取基因组DNA,进行全外显子组测序,对疑似的剪接变异进行Sanger测序家系验证,并通过minigene实验进行体外功能验证;采用长片段PCR对疑似的外显子缺失变异进行验证。本研究通过武汉大学中南医院医学伦理委员会的审查(伦理号:[2021]伦审字62号)。结果WES结果显示患儿携带HPGD基因复合杂合变异,包括父源性杂合缺失变异(Exon 3 del)和母源性杂合剪接变异(c.421+1G>T)。长片段PCR验证了患儿及其父亲存在包含第3外显子在内的7565 bp片段的杂合缺失(c.218-1304_324+6156del),minigene实验结果显示母源性的剪接变异导致了第4外显子的跳跃剪接。结论HPGD基因c.218-1304_324+6156del杂合缺失变异和c.421+1G>T杂合剪接变异可能是该患儿的致病原因,上述结果丰富了HPGD基因的变异谱,为受累家庭的遗传咨询和产前诊断提供了依据。 展开更多
关键词 原发性肥大性骨关节病 全外显子组测序 HPGD基因 minigene实验
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母源PAK3新发剪接变异导致X连锁智力障碍1例患儿的分析
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作者 王陈 邱雪平 +7 位作者 胡绘 靳冰玉 程亚婷 赵悦 周春 马玲 张元珍 郑芳 《中华医学遗传学杂志》 CAS CSCD 2023年第7期865-870,共6页
目的探讨1例具有严重智力障碍和明显行为异常的患儿的遗传学病因。方法采集2020年12月2日就诊于武汉大学中南医院的1例具有智力障碍和行为异常患儿及其父母的外周血样,进行全外显子组测序,并通过Sanger测序对其家系成员进行共分离验证... 目的探讨1例具有严重智力障碍和明显行为异常的患儿的遗传学病因。方法采集2020年12月2日就诊于武汉大学中南医院的1例具有智力障碍和行为异常患儿及其父母的外周血样,进行全外显子组测序,并通过Sanger测序对其家系成员进行共分离验证。采用短串联重复序列分析对患儿母亲携带的变异进行溯源,并通过minigene实验对剪接变异进行体外功能验证。结果全外显子组测序发现患儿携带母源性PAK3基因c.176-2A>G剪接变异。Sanger测序及短串联重复序列分析证实其母亲携带的变异为新发变异。Minigene实验结果证实其第2外显子存在异常剪接。根据美国医学遗传学与基因组学学会变异相关指南,该变异评级为致病性变异(PVS1+PS3+PM2_Supporting+PP3)结论PAK3基因c.176-2A>G变异可能是患儿的遗传学病因。上述发现丰富了PAK3基因的变异谱,为患儿家庭的遗传咨询和产前诊断提供了依据。 展开更多
关键词 X连锁智力障碍 全外显子组测序 PAK3基因 minigene实验
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LHCGR基因新突变(c.458T>C)致46,XY性发育障碍1例的报道及文献复习 被引量:1
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作者 徐志勇 张家勋 +4 位作者 刘洋 耿茜 谢建生 李晓军 吴维青 《中华男科学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2020年第12期1105-1111,共7页
目的:分析1例46,XY性发育障碍(46,XY DSD)患者的临床特点及致病基础,结合文献复习探讨黄体生成素/绒毛膜促性腺激素受体(LHCGR)基因错义突变与表型之间的关系。方法:应用高通量测序技术分析患者致病基因变异,应用Sanger测序验证检出的... 目的:分析1例46,XY性发育障碍(46,XY DSD)患者的临床特点及致病基础,结合文献复习探讨黄体生成素/绒毛膜促性腺激素受体(LHCGR)基因错义突变与表型之间的关系。方法:应用高通量测序技术分析患者致病基因变异,应用Sanger测序验证检出的基因突变,借助minigene技术研究突变对剪接功能的影响,使用ANNOVAR变异注释软件分析突变的致病性;通过文献及数据库复习,总结LHCGR基因错义突变与临床表型之间的关系。结果:患者LHCGR基因发生c.458T>C(p.Leu153Pro)纯合突变,位于第5外显子最后一个碱基,为新的突变,其母亲为此突变的杂合子;体外minigene实验显示此突变不影响基因剪接功能,ANNOVAR软件分析结果提示该突变为致病性变异,结合其他研究结果,推测该为失活性突变,可能影响其与配体的结合,从而导致LHCGR受体蛋白调节男性性腺发育功能受损,引起睾丸间质细胞发育不全(LCH)I型;汇总文献及数据库,导致LCH表现的LHCGR基因错义突变仅19种,呈现散在分布。结论:本研究丰富了LHCGR基因变异数据库,为LCH基因型及表型相关性研究及基因功能的研究提供了参考依据。 展开更多
关键词 性发育障碍 睾丸间质细胞发育不全 黄体生成素/绒毛膜促性腺激素受体基因 minigene实验
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Comprehensive genetic diagnosis of patients with Duchenne/Becker muscular dystrophy(DMD/BMD) and pathogenicity analysis of splice site variants in the DMD gene 被引量:4
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作者 Yan-mei YANG Kai YAN +7 位作者 Bei LIU Min CHEN Li-ya WANG Ying-zhi HUANG Ye-qing QIAN Yi-xi SUN Hong-ge LI Min-yue DONG 《Journal of Zhejiang University-Science B(Biomedicine & Biotechnology)》 SCIE CAS CSCD 2019年第9期753-771,共19页
Duchenne muscular dystrophy(DMD)and Becker muscular dystrophy(BMD)are caused by mutations in the DMD gene.The aim of this study is to identify pathogenic DMD variants in probands and reduce the risk of recurrence of t... Duchenne muscular dystrophy(DMD)and Becker muscular dystrophy(BMD)are caused by mutations in the DMD gene.The aim of this study is to identify pathogenic DMD variants in probands and reduce the risk of recurrence of the disease in affected families.Variations in 100 unrelated DMD/BMD patients were detected by multiplex ligation-dependent probe amplification(MLPA)and next-generation sequencing(NGS).Pathogenic variants in DMD were successfully identified in all cases,and 11 of them were novel.The most common mutations were intragenic deletions(69%),with two hotspots located in the 5'end(exons 2–19)and the central of the DMD gene(exons 45–55),while point mutations were observed in 22%patients.Further,c.1149+1G>A and c.1150?2A>G were confirmed by hybrid minigene splicing assay(HMSA).This two splice site mutations would lead to two aberrant DMD isoforms which give rise to severely truncated protein.Therefore,the clinical use of MLPA,NGS,and HMSA is an effective strategy to identify variants.Importantly,eight embryos were terminated pregnancies according to prenatal diagnosis and a healthy boy was successfully delivered by preimplantation genetic diagnosis(PGD).Early and accurate genetic diagnosis is essential for prenatal diagnosis/PGD to reduce the risk of recurrence of DMD in affected families. 展开更多
关键词 Dystrophin gene VARIATION Genetic diagnosis Splice site mutation Hybrid minigene splicing assay
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