不同转移潜能人肝癌HCCLM3、MHCC97-L细胞系血管生成拟态基因的表达 被引量：6

1

作者 刘文斌 许戈良 +3 位作者 荚卫东 李建生 马金良 葛勇胜 《山东医药》 CAS 北大核心 2010年第42期16-18,共3页

目的采用细胞外基质与粘连分子Real-time PCR基因芯片筛选高、低转移潜能人肝癌HCCLM3、MHCC97-L细胞系差异表达的血管生成拟态基因,探讨血管生成拟态的机制。方法建立HCCLM3、MHCC97-L三维培养体系,倒置显微镜下观察其血管样结构形成... 目的采用细胞外基质与粘连分子Real-time PCR基因芯片筛选高、低转移潜能人肝癌HCCLM3、MHCC97-L细胞系差异表达的血管生成拟态基因,探讨血管生成拟态的机制。方法建立HCCLM3、MHCC97-L三维培养体系,倒置显微镜下观察其血管样结构形成情况。细胞培养24 h后,采用细胞外基质与粘连分子Real-timePCR基因芯片对HCCLM3、MHCC97-L的表达基因进行筛选。结果培养24 h,HCCLM3形成的血管样结构较MHCC97-L的长(P<0.01)。筛选出20个差异基因,其中CD44、COL6A1、COL4A2、ECM1、ITGA1、ITGA3、MMP1、MMP2、SPP1、TNC、COL6A2、MMP7和MMP10共13个基因在HCCLM3中的表达较MHCC97-L明显上调,CTNND2、COL12A1、COL14A1、ITGAL、TIMP3、MMP16和VTN共7个基因明显下调。结论高、低转移潜能人肝癌HCCLM3、MHCC97-L细胞系体外形成血管生成拟态有差异,其原因可能与HCCLM3差异表达某些细胞外基质和粘连分子相关基因有关。 展开更多

关键词 血管生成拟态 肝细胞癌 基因芯片 细胞外基质 粘连分子 基因

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基于矩阵方法的Banzhaf值的计算及应用 被引量：3

2

作者 夏美霞 李海涛 +1 位作者 丁雪莹 刘衍胜 《控制理论与应用》 EI CAS CSCD 北大核心 2020年第2期446-452,共7页

在合作博弈中,Banzhaf值提供了每个参与者形成大联盟的预期边际贡献,因此Banzhaf值的求解是一个重要的研究内容.本文首先回顾合作博弈及Banzhaf值的定义,并且运用矩阵半张量积,给出合作博弈特征函数的代数表示.然后给出了Banzhaf值的等... 在合作博弈中,Banzhaf值提供了每个参与者形成大联盟的预期边际贡献,因此Banzhaf值的求解是一个重要的研究内容.本文首先回顾合作博弈及Banzhaf值的定义,并且运用矩阵半张量积,给出合作博弈特征函数的代数表示.然后给出了Banzhaf值的等价的代数形式和简捷的计算方法.最后将所得结果应用于生物网络中,用Banzhaf值度量遗传疾病基因相关性的可能性,确定与遗传疾病发病高度相关的基因. 展开更多

关键词 博弈 Banzhaf值 矩阵半张量积 微阵列矩阵

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MT2-MMP在子宫颈癌变过程中的表达及其与瘤内血管生成的关系 被引量：1

3

作者 李青 陈陆俊 +4 位作者 谢军 鲁常青 田波 虞华明 樊祥山 《实用肿瘤杂志》 CAS 北大核心 2011年第5期496-499,共4页

目的探讨MT2-MMP在子宫颈癌变过程中表达水平的变化及其与瘤内血管生成的关系。方法采用组织芯片技术和免疫组织化学方法,分别检测子宫颈上皮内瘤变(CIN)和子宫颈鳞状细胞癌组织中膜型基质金属蛋白酶MT2-MMP的表达和瘤内微血管分布。结... 目的探讨MT2-MMP在子宫颈癌变过程中表达水平的变化及其与瘤内血管生成的关系。方法采用组织芯片技术和免疫组织化学方法,分别检测子宫颈上皮内瘤变(CIN)和子宫颈鳞状细胞癌组织中膜型基质金属蛋白酶MT2-MMP的表达和瘤内微血管分布。结果 MT2-MMP在正常子宫颈组织中以不表达或低表达为主,而在子宫颈癌变过程中其表达水平显著上调。子宫颈鳞癌Ⅲ级及CINⅡ～Ⅲ级的患者,其MT2-MMP的表达水平显著高于CINⅠ级的患者(子宫颈鳞癌Ⅲ级vs CINⅠ级,P=0.0009;CINⅡ～Ⅲ级vs CINⅠ级,P=0.0323),子宫颈鳞癌Ⅰ～Ⅱ级的患者,其MT2-MMP的表达水平亦高于CINⅠ级的患者(P=0.0807);同时,子宫颈癌变过程中,MT2-MMP的表达水平和瘤内微血管密度呈显著正相关(r=0.3176,P=0.0015)。结论 MT2-MMP参与子宫颈鳞癌的发生与发展,并参与促进瘤内微血管的形成,其作为子宫颈鳞癌诊断和治疗潜在分子靶标的临床应用价值,值得进一步研究。 展开更多

关键词 宫颈肿瘤 微血管密度 组织芯片 基质金属蛋白酶 免疫组织化学

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胰腺癌组织MMP-2和PCNA表达相关性及其临床意义的探讨 被引量：9

4

作者 倪晓光 白晓枫 +3 位作者 王贵齐 刘尚梅 郭冰 赵平 《中华肿瘤防治杂志》 CAS 2011年第2期108-111,共4页

目的:研究基质金属蛋白酶2(MMP-2)在胰腺癌组织中表达及其与增殖细胞核抗原(PCNA)的相关性。方法:应用组织芯片制作仪构建胰腺癌组织芯片,在连续的芯片切片上使用免疫组化法检测MMP-2和PCNA蛋白表达情况,分析MMP-2与胰腺癌临床病理因素... 目的:研究基质金属蛋白酶2(MMP-2)在胰腺癌组织中表达及其与增殖细胞核抗原(PCNA)的相关性。方法:应用组织芯片制作仪构建胰腺癌组织芯片,在连续的芯片切片上使用免疫组化法检测MMP-2和PCNA蛋白表达情况,分析MMP-2与胰腺癌临床病理因素之间的关系以及与PCNA表达的相关性。结果:MMP-2在胰腺癌组织中表达的阳性率为66.7%(28/42),明显高于正常胰腺组织的10.3%(4/39),P<0.05。MMP-2表达与胰腺癌的分化程度、淋巴结转移以及分期相关(P<0.05),并且与PCNA的表达存在显著的相关性(P<0.01)。结论:MMP-2蛋白在增殖能力强的胰腺癌细胞中表达明显增加,与胰腺癌的转移有着密切关系。 展开更多

关键词 胰腺肿瘤 组织芯片 基质金属蛋白酶2 增殖细胞核抗原 免疫组织化学

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应用组织芯片技术研究非小细胞肺癌中MMP-2、MMP-9的表达及临床病理意义 被引量：7

5

作者 唐春兰 杨和平 +2 位作者 卞修武 王清良 章容 《第三军医大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2009年第6期518-521,共4页

目的利用组织芯片技术,结合免疫组化方法,研究基质金属蛋白酶-2(MMP-2)、基质金属蛋白酶-9(MMP-9)在非小细胞肺癌(NSCLC)的表达及临床病理意义。方法80例NSCLC石蜡标本制成组织芯片,免疫组化(S-P)法检测MMP-2、MMP-9表达。结果MMP-2、MM... 目的利用组织芯片技术,结合免疫组化方法,研究基质金属蛋白酶-2(MMP-2)、基质金属蛋白酶-9(MMP-9)在非小细胞肺癌(NSCLC)的表达及临床病理意义。方法80例NSCLC石蜡标本制成组织芯片,免疫组化(S-P)法检测MMP-2、MMP-9表达。结果MMP-2、MMP-9在NSCLC中均有较高表达率,分别为81.25%(65/80)和73.75%(59/80),而且二者表达呈高度正相关;MMP-2、MMP-9的表达在NSCLC性别、年龄、肿块大小、病理类型、分化程度上无显著差异(P>0.05);有淋巴结转移的患者MMP-2、MMP-9的阳性表达率分别为84.72%(61/72)及77.78%(56/72),无淋巴结转移的患者MMP-2、MMP-9的阳性表达率分别为50%(4/8)及37.50%(3/8)(P<0.05);临床分期为Ⅰ+Ⅱ期患者MMP-2、MMP-9的阳性表达率分别为57.14%(16/28)及53.57%(15/28),Ⅲ期患者MMP-2、MMP-9的阳性表达率分别为94.23%(49/52)及84.61%(44/52)(P<0.05)。结论利用组织芯片技术,结合免疫组化法可以快速、高效地检测MMP-2、MMP-9在NSCLC中的表达;MMP-2、MMP-9在NSCLC中的表达与患者性别、年龄、肿块大小、病理类型、分化程度无关,而有淋巴结转移组明显高于无淋巴结转移组,且随着临床分期增加表达明显升高;MMP-2、MMP-9的过度表达与NSCLC的发展、淋巴结转移有密切关系,可作为临床评估NSCLC进展的重要指标之一。 展开更多

关键词 非小细胞肺癌 组织芯片 免疫组化 MMP-2 MMP-9

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Caveolin-1与MMP-2在食管癌的表达及临床意义 被引量：6

6

作者 杜日昌 谭丽珊 +4 位作者 陈智慧 陈玉英 李海南 郭慧 张振斌 《实用肿瘤杂志》 CAS 北大核心 2011年第1期25-29,共5页

目的探讨Caveolin-1与MMP-2在食管鳞癌组织中的表达及其临床意义。方法应用组织芯片技术结合免疫组织化学检测63例食管鳞癌组织,20例食管鳞状上皮非典型增生及15例正常食管鳞状上皮中Caveolin-1与MMP-2蛋白的表达。结果食管癌中Caveoli... 目的探讨Caveolin-1与MMP-2在食管鳞癌组织中的表达及其临床意义。方法应用组织芯片技术结合免疫组织化学检测63例食管鳞癌组织,20例食管鳞状上皮非典型增生及15例正常食管鳞状上皮中Caveolin-1与MMP-2蛋白的表达。结果食管癌中Caveolin-1与MMP-2的表达高于正常食管黏膜、非典型增生食管黏膜(P<0.05);Caveolin-1的表达与淋巴结转移、病理学分级及临床分期有关,而与患者的年龄、性别,肿瘤大小、浸润深度无关(P>0.05);MMP-2的表达与淋巴结转移、浸润深度有关,而与患者的年龄、性别,肿瘤大小、病理分级及临床分期无关(P>0.05)。Spearman等级相关分析显示Caveolin-1与MMP-2表达呈正相关(r=0.390,P=0.002)。结论 Caveolin-1与MMP-2过表达与食管癌的发展、浸润及转移有关,Caveolin-1可能上调MMP-2的活性。 展开更多

关键词 食管肿瘤 组织芯片 窖蛋白-1 基质金属蛋白酶 免疫组织化学

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组织芯片免疫组化检测皮肤鳞癌间质反应对癌病理分级的影响 被引量：3

7

作者 冯新 王建力 +4 位作者 鄂群 王桂兰 钱铮 秦婧 陈莉 《南通大学学报（医学版）》 2010年第2期89-93,共5页

目的:在我国皮肤鳞状细胞癌(skinsquamous cell carcinoma,SSCC)是皮肤恶性肿瘤中最常见的肿瘤,本文运用组织芯片免疫组化技术研究癌间质对癌分级的影响。方法:将91例SSCC制备成组织芯片,通过免疫组化技术检测癌间质中免疫活性细胞,包括... 目的:在我国皮肤鳞状细胞癌(skinsquamous cell carcinoma,SSCC)是皮肤恶性肿瘤中最常见的肿瘤,本文运用组织芯片免疫组化技术研究癌间质对癌分级的影响。方法:将91例SSCC制备成组织芯片,通过免疫组化技术检测癌间质中免疫活性细胞,包括CD68阳性的巨噬细胞(Mφ)、IL-2R/CD25α阳性的淋巴细胞(LC)、CD117阳性的肥大细胞(MC),细胞外基质中纤维连接蛋白(fibrinectin,FN)和基质金属蛋白酶(matrix metalloprotienases,MMPs)MMP-9、MMP-2及CD34阳性的微血管密度(microvessel density,MVD),研究其与SSCC病理分级的相关性。结果:在SSCC癌巢周围间质中均有免疫活性细胞反应,各种免疫活性细胞量均与癌分级呈负相关(P<0.01);SSCC中FN表达有3种形式,其中细胞FN和基膜FN的减少在癌不同分级中差异有统计学意义(P<0.01)而间质FN表达在不同分化中差异无统计学意义。MMP-2、MMP-9在癌细胞与间质细胞中均有分布,并在癌细胞浸润前缘及癌细胞与间质细胞接触处明显增多,在癌终末分化的角化珠中未见分布。癌中MMP-2、MMP-9表达增强与SSCC分级呈正相关(P<0.01)。MVD与癌分级呈正相关(P<0.01)。结论:在SSCC中癌间质构成了癌生长的环境,显著影响与癌分化相关的病理分级。 展开更多

关键词 组织芯片免疫组化技术 皮肤鳞状细胞癌 细胞外基质 免疫活性细胞 微血管密度

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β-catenin、MMP-7蛋白在不同级别胶质瘤组织中的表达及临床意义 被引量：1

8

作者 潘旭波 纪祥瑞 +2 位作者 姜蕾 王威 徐振光 《实用癌症杂志》 2007年第2期164-166,共3页

目的探讨不同级别胶质瘤组织中β-catenin、MMP-7的表达及其临床意义。方法制作89例胶质瘤及6例正常脑组织的组织芯片,采用免疫组化二步法,检测芯片中β-catenin、MMP-7在正常脑组织和胶质瘤中的表达。结果正常脑组织中β-catenin、MMP-... 目的探讨不同级别胶质瘤组织中β-catenin、MMP-7的表达及其临床意义。方法制作89例胶质瘤及6例正常脑组织的组织芯片,采用免疫组化二步法,检测芯片中β-catenin、MMP-7在正常脑组织和胶质瘤中的表达。结果正常脑组织中β-catenin、MMP-7表达均为阴性(-);在不同级别胶质瘤中β-catenin、MMP-7均有表达,并随肿瘤级别增高而增高,差别有统计学意义(P分别=0.01,<0.05);相关分析发现β-catenin表达与MMP-7的表达相关(P=0.01)。结论提示β-catenin在细胞质、核内的集聚可促进MMP-7的表达,与胶质瘤的发生、发展、侵袭性有关,可反映胶质瘤的恶性程度和病理分级。 展开更多

关键词 胶质瘤 组织芯片 Β-连接素 基质金属蛋白酶-7

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应用组织芯片技术探讨乳腺癌TIMPs表达与激素受体及临床病理的关系 被引量：1

9

作者 张艳胜 胡赟 《重庆医学》 CAS 2020年第14期2317-2320,2325,共5页

目的应用组织芯片技术探讨乳腺癌基质金属蛋白酶组织抑制因子(TIMP)-1、TIMP-2与激素受体及临床病理类型的关系。方法选取2014年2月至2017年2月该院收治的60例乳腺癌女性患者作为观察组,同期60例乳腺良性病变患者作为对照组,应用组织芯... 目的应用组织芯片技术探讨乳腺癌基质金属蛋白酶组织抑制因子(TIMP)-1、TIMP-2与激素受体及临床病理类型的关系。方法选取2014年2月至2017年2月该院收治的60例乳腺癌女性患者作为观察组,同期60例乳腺良性病变患者作为对照组,应用组织芯片技术及免疫组织化学染色,比较两组TIMP-1、TIMP-2表达相性率,以及不同病理类型患者、不同激素受体乳腺癌组织芯片TIMPs的表达情况。结果不同病理类型中,浸润性导管癌TIMP-1阳性率为76.19%、TIMP-2阳性率为83.33%;浸润性小叶癌TIMP-1阳性率为66.67%,TIMP-2阳性率为77.78%;其他癌TIMP-1阳性率为55.56%,TIMP-2阳性率为66.67%;淋巴结转移TIMP-1阳性率为75.61%,TIMP-2阳性率70.73%;非淋巴转移TIMP-1阳性率为42.10%,TIMP-2阳性率为68.42%。观察组TIMP-1、TIMP-2的阳性率分别为71.67%、80.00%,对照组TIMP-1、TIMP-2阳性率分别为6.67%、1.67%,两组TIMP-1和TIMP-2阳性率比较,差异有统计学意义(P<0.001)。雌激素受体和孕激素受体中TIMP-1和TIMP-2的表达无明显差异(P>0.05)。术后TIMP-1、TIMP-2呈高表达的患者存活率明显高于低表达患者(P<0.05)。结论乳腺癌患者TIMP-1和TIMP-2的阳性率高于良性病变患者,TIMP-1和TIMP-2的表达于淋巴转移有关,且较高表达患者术后存活率较高。 展开更多

关键词 乳腺肿瘤 组织芯片 基质金属蛋白酶组织抑制因子 雌激素激素受体 孕激素受体 病理分型

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基于非负矩阵分解的大脑不同区域基因表达数据分析 被引量：1

10

作者 孔薇 陶伟杰 牟晓阳 《中国生物医学工程学报》 CAS CSCD 北大核心 2012年第6期875-881,共7页

基因之间存在多种多样的表达调控活动,一般认为这些调控关系隐含在基因表达谱中。针对阿尔茨海默症(AD)起病隐匿、诊断难、发病机理复杂以及基因信号传导通路和调控关系难以重建等特征,利用非平滑非负矩阵分解(nsNMF)方法提取AD致病基因... 基因之间存在多种多样的表达调控活动,一般认为这些调控关系隐含在基因表达谱中。针对阿尔茨海默症(AD)起病隐匿、诊断难、发病机理复杂以及基因信号传导通路和调控关系难以重建等特征,利用非平滑非负矩阵分解(nsNMF)方法提取AD致病基因,聚类过程中利用共表型相关性系数(CCC)选取聚类数k的值,得到最优的聚类数目。针对基因表达数据噪声高、信息变量隐藏难分析的困难,考虑AD的发生发展与许多大脑功能区域密切相关的特性,提出将nsNMF分别应用于AD患者的大脑海马区、内嗅区皮质、颞中回及视觉皮层区的基因表达数据中,共提取3 800个显著基因,其中包括确定与AD致病机理有关联的10个致病基因,并进行了生物学分析,得到了AD相关的细胞凋亡、代谢及炎症反应等生物过程,显示nsNMF方法及大脑多区域数据集的联合分析能更全面地探寻AD信号传导关系及基因调控方式。 展开更多

关键词 微阵列基因表达数据 非负矩阵分解 阿尔茨海默病

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基于核范数凸优化的微阵列缺失点重建 被引量：1

11

作者 孟繁驰 李书琴 蔡骋 《计算机工程与设计》 CSCD 北大核心 2013年第2期660-664,共5页

为解决大多数基因微阵列矩阵中含有缺失点的问题,提出了基于矩阵核范数凸优化(Nuclear Norm Optimization)的微阵列缺失点的重建方法。该方法利用了微阵列矩阵中的冗余信息,使用矩阵填充(Matrix Completion,MC)来重建缺失点,实现了矩阵... 为解决大多数基因微阵列矩阵中含有缺失点的问题,提出了基于矩阵核范数凸优化(Nuclear Norm Optimization)的微阵列缺失点的重建方法。该方法利用了微阵列矩阵中的冗余信息,使用矩阵填充(Matrix Completion,MC)来重建缺失点,实现了矩阵的核范数凸优化。实验结果表明,矩阵填充在某些时间序列的微阵列数据集上与K最近邻(KNN)、贝叶斯主成分分析(BPCA)和局部最小二乘法(LLSimpute)相比表现出了较强的竞争力。由矩阵填充得到的矩阵,还可以替代广泛应用的局部最小二乘法中的行均值填充矩阵。矩阵填充和局部最小二乘法结合的方法在所有测试数据集的几乎所有缺失率下都取得了最低的重建错误率。 展开更多

关键词 微阵列缺失点重建 核范数凸优化 矩阵填充 非精确增广拉格朗日乘子 局部最小二乘法

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基于集成分量的基因微阵列数据分类方法的研究

12

作者 宋红胜 孔薇 《电子设计工程》 2012年第7期9-12,共4页

构造高精度分类模型是对基因表达谱数据分析的主要研究方向之一,但提取不同特征空间产生的分类效果有很大差异,而集成分类系统在一定程度上提高了分类结果的可靠性和稳定性。构建基于PCA和NMF集成分量系统,并基于分析混合矩阵A的hinton... 构造高精度分类模型是对基因表达谱数据分析的主要研究方向之一,但提取不同特征空间产生的分类效果有很大差异,而集成分类系统在一定程度上提高了分类结果的可靠性和稳定性。构建基于PCA和NMF集成分量系统,并基于分析混合矩阵A的hinton图生物学意义建立集成独立分量选择系统,成功运用到基因表达谱分析,实验结果表明,集成分量分类系统优于单个分类器。 展开更多

关键词 微阵列数据 NMF ICA 集成分类

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