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体外培养耳蜗毛细胞氧化应激损伤的微小RNA调控网络分析 被引量:7
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作者 王军义 夏源 +1 位作者 杨翠婵 王致 《中华耳鼻咽喉头颈外科杂志》 CAS CSCD 北大核心 2016年第10期751-755,共5页
目的 通过体外培养耳蜗毛细胞氧化应激损伤的差异性微小RNA(microRNA,miRNA)构建的基因调控网络,分析耳蜗毛细胞氧化应激损伤的重要基因及功能,探讨以氧化损伤为基础的多种感音性聋的分子机制.方法 以200 μmol/L叔丁基双氧气水(tert... 目的 通过体外培养耳蜗毛细胞氧化应激损伤的差异性微小RNA(microRNA,miRNA)构建的基因调控网络,分析耳蜗毛细胞氧化应激损伤的重要基因及功能,探讨以氧化损伤为基础的多种感音性聋的分子机制.方法 以200 μmol/L叔丁基双氧气水(tert butyl hydrogen peroxide,t-BHP)染毒培养的小鼠HEI-OC1细胞系构建氧化应激损伤耳蜗毛细胞模型,高通量sRNA测序筛选差异性miRNA,以6个差异性表达最显著的miRNA进行调控网络构建,分析miRNA调控网络互作关系里面的重要基因,并通过Gene Cards数据库对重要基因进行功能注释.结果 高通量sRNA测序发现氧化应激损伤毛细胞出现24个差异性miRNA,其中mir-1934(logFC=2.367 947,P=2.35×10^-7)、mir-411(logFC=2.093 687,P=3.13×10^-6)、mir-717(logFC=1.927 67,P=3.24×10^-5)、mir-503 (logFC=-2.021 45,P =3.07×10^-6)、mir-467e(logFC=-1.953 28,P =0.000 137)、mir-699o(logFC=-1.950 06,P=0.000517)差异最显著;构建的miRNA调控网络中相连基因个数超过50节点的重要基因共有11个:Akt1、Src、Ctnnb1、Creb1、Ccnd1、Egfr、Gsk3b、Pten、Cdh1、Fras1、Ccnd2,其主要功能体现在参与多种细胞内信号传导通路调控细胞的凋亡和增殖.结论 氧化应激损伤毛细胞有多种信号传导通路(PI3 K-AKT/PKB通路、AKT/PKB通路、Wnt通路、ERK通路、Ras通路)参与调控细胞增殖和凋亡过程,这些信号通路互相交联形成网络调控,其中PI3K-AKT/PKB信号通路最为重要. 展开更多
关键词 氧化性应激 毛细胞 听觉 高通量核苷酸测序 microrna调控网络
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基于调控网络构建的食管鳞状细胞癌放疗抵抗核心miRNA/mRNA鉴定 被引量:3
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作者 黄珊 王亚利 +3 位作者 王中卫 白明华 郭亚 马红兵 《山西医科大学学报》 CAS 2019年第11期1492-1498,共7页
目的基于食管鳞状细胞癌肿瘤组织RNA表达情况构建放疗抵抗miRNA-mRNA网络,鉴定并验证放疗抵抗核心miRNA及mRNA。方法癌症基因图谱(TCGA)数据库选取行放疗的食管鳞状细胞癌患者,R语言edgeR包对比获得放疗抵抗组肿瘤组织差异表达mRNA(DE m... 目的基于食管鳞状细胞癌肿瘤组织RNA表达情况构建放疗抵抗miRNA-mRNA网络,鉴定并验证放疗抵抗核心miRNA及mRNA。方法癌症基因图谱(TCGA)数据库选取行放疗的食管鳞状细胞癌患者,R语言edgeR包对比获得放疗抵抗组肿瘤组织差异表达mRNA(DE mRNA)和miRNA(DE miRNA)。miRWalk 3. 0预测DE miRNA的靶mRNA,Cytoscape绘制放疗抵抗miRNA-mRNA调控网络。采用MMC法分析获得核心miRNA及mRNA,实时定量PCR在放射抵抗癌细胞中进行验证。结果共获得548个DE mRNA和5个DE miRNA,成功构建放疗抵抗miRNA-mRNA调控网络,分析后最终获得4个核心miRNA(miR-1293、miR-873、miR-375及miR-1468)和5个核心mRNA(ZDHHC22、IGFBP5、ADAM23、NTNG1和DCC)。细胞学验证显示miR-1293、miR-375、IGFBP5、ADAM23在食管鳞状细胞癌放疗抵抗细胞表达具有明显差异(P <0. 05)。结论该研究通过miRNA-mRNA调控网络构建,鉴定食管鳞状细胞癌放疗抵抗核心miRNA和mRNA,为逆转放疗抵抗提供潜在靶点。 展开更多
关键词 食管鳞状细胞癌 放疗抵抗 microrna调控网络 TCGA 核心mRNA
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基于microRNA调控网络预测卵巢癌多药耐药相关基因 被引量:2
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作者 陈昌贤 胡艳玲 李力 《中国肿瘤生物治疗杂志》 CAS CSCD 北大核心 2015年第2期204-208,共5页
目的:基于microRNA(miRNA)调控网络预测卵巢癌多药耐药相关基因。方法:综合运用文本挖掘、网络构建和预测等生物信息学分析方法,挖掘卵巢癌化疗耐药相关miRNA和miRNA-靶基因数据,并构建miRNA调控网络,利用已知miRNA对卵巢癌多药耐药相... 目的:基于microRNA(miRNA)调控网络预测卵巢癌多药耐药相关基因。方法:综合运用文本挖掘、网络构建和预测等生物信息学分析方法,挖掘卵巢癌化疗耐药相关miRNA和miRNA-靶基因数据,并构建miRNA调控网络,利用已知miRNA对卵巢癌多药耐药相关基因进行预测。结果:文本挖掘出11个与卵巢癌化疗耐药相关的miRNA,包括miR-130a、miR-214、let-7i、miR-125b、miR-376c、miR-199a、miR-93、miR-141、miR-130b、miR-193b*和miR-200c。在miRNA靶基因预测数据软件Target Scan中挖掘出47 077个miRNA-靶基因数据,而Pic Tar挖掘出1 675个miRNA-靶基因数据。在miRNA调控网络中,神经素1基因(neuropilins,NRP1)是最重要的Hub-基因。结论:利用已知miRNA构建miRNA调控网络进而预测卵巢癌多药耐药相关基因是一种行之有效的方法。NRP1极有可能在卵巢癌化疗耐药形成中扮演着重要的角色,是卵巢癌潜在的药物治疗靶点。 展开更多
关键词 卵巢癌 多药耐药 基因 microrna调控网络 预测 神经素1基因
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microRNA的协同调控网的构建与研究 被引量:2
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作者 崔洪亮 张阳德 《中国现代医学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2012年第33期61-64,共4页
目的构建microRNA的协同作用网络,通过分析网络的拓扑结构特征,研究可能的医学和生物学功能。方法通过采集的microRNA表达谱数据,利用数学图论和计算机网络相关知识,把每一个microRNA作为网络节点,选用Meet/Min作为衡量每个节点协同作... 目的构建microRNA的协同作用网络,通过分析网络的拓扑结构特征,研究可能的医学和生物学功能。方法通过采集的microRNA表达谱数据,利用数学图论和计算机网络相关知识,把每一个microRNA作为网络节点,选用Meet/Min作为衡量每个节点协同作用的程度作为网络的边,通过整合microRNA预测的靶基因数据和microRNA与其靶基因的表达数据。构建microRNA的协同调控作用网络。结果从系统的角度阐述了microRNA的协同作用,探讨了microRNA与癌症之间的关系。把网络的拓扑结构特征和可能的生物学功能联系起来,通过对microRNA在正常组织、癌组织以及胚胎干细胞中的表达分析,发现具有较高表达的microRNA,特别是hub microRNA,可能在正常组织和发育过程中发挥关键的作用。结论系统的角度阐述了microRNA的协同调控作用,探讨了microRNA与癌症之间的关系。 展开更多
关键词 系统生物学 microrna转录调控网络 表达谱 协作网 癌症
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