随着功能基因组时代的到来,转录组测序技术快速发展且应用相对广泛。玉米基因组测序的完成,有力地推动着玉米转录组结构的注释和功能的深入解析。简述玉米基因组研究概况以及GS FLX、Solexa GA IIx、SOLiD等测序技术的发展,回顾转录组...随着功能基因组时代的到来,转录组测序技术快速发展且应用相对广泛。玉米基因组测序的完成,有力地推动着玉米转录组结构的注释和功能的深入解析。简述玉米基因组研究概况以及GS FLX、Solexa GA IIx、SOLiD等测序技术的发展,回顾转录组测序技术在玉米新基因挖掘、分子标记开发、代谢网络、分子进化、miRNAs等相关研究领域上的应用,为玉米复杂农艺性状的分子机制、不同发育阶段基因表达调控网络乃至分子设计育种等工作的深入研究提供参考。展开更多
目的开发SSR分子标记,分析不同产地瓜蒌Trichosanthis Fructus药材的遗传结构和进化及不同种质资源的遗传多样性。方法提取瓜蒌RNA,反转录获得cDNA,PCR富集得到cDNA文库,经高通量测序,组装后,获得高质量Unigene后,用MISA(MicroSatellite...目的开发SSR分子标记,分析不同产地瓜蒌Trichosanthis Fructus药材的遗传结构和进化及不同种质资源的遗传多样性。方法提取瓜蒌RNA,反转录获得cDNA,PCR富集得到cDNA文库,经高通量测序,组装后,获得高质量Unigene后,用MISA(MicroSatellite identification tool)鉴定简单重复序列(simple sequence repeat,SSR),设计两端引物,从中选取64对引物对13个来源于3个地理居群的瓜蒌资源进行群体结构和遗传多样性分析。结果所开发的SSR标记具有良好的功效,在选用的整个群体中,其多态性信息含量(polymorphic information content,PIC)、观察等位基因数(number of observed alleles,Na)、有效等位基因数(number of effective alleles,Ne)、香农信息指数(Shannon information index,I)和Nei遗传距离(Nei genetic distance,GD)依次为0.7587、3.5312、2.5883、1.0006和0.5592,3个自然群体之间,合肥和潜山自然群体的遗传相似性高,达到0.9417,与其他野生资源之间存在较大的遗传差异。经聚类分析,将13个品种资源分成2个亚群,其中2个长萼瓜蒌资源单独组成1个亚群,其余11个双边瓜蒌Trichosanthes rosthornii资源被分为另外1个亚群,而双边瓜蒌又被分为2个亚群,并且4个合肥育成品种分别在不同的亚群中,表明合肥育成品种来源较丰富。其他地区瓜蒌种质资源与安徽原产地瓜蒌遗传差异较大,能够为安徽瓜蒌育种拓宽种质资源基础。展开更多
【目的】通过分析梅花鹿早期妊娠不同时期的血液转录组数据,筛选参与梅花鹿早期妊娠的关键基因。【方法】分别采集人工授精后0、7、15和20 d的雌性梅花鹿血液样品,利用Illumina HiSeq TM 3000C测序平台进行转录组分析。对不同时期的血...【目的】通过分析梅花鹿早期妊娠不同时期的血液转录组数据,筛选参与梅花鹿早期妊娠的关键基因。【方法】分别采集人工授精后0、7、15和20 d的雌性梅花鹿血液样品,利用Illumina HiSeq TM 3000C测序平台进行转录组分析。对不同时期的血液样本进行主成分分析和组间表达相关性分析,鉴定梅花鹿早期妊娠的关键阶段,利用DESeq筛选各时期的差异表达基因(DEGs),并进行GO和KEGG功能分析以及蛋白互作网络构建。【结果】转录组测序结果显示,妊娠第15天时梅花鹿血液出现了转录高峰,比较组D7 vs D0、D15 vs D7、D20 vs D15分别筛选到181、996、265个DEGs。其中比较组D7 vs D0共筛选到ERAS、MET、KDR等7个关键基因。综合GO和KEGG功能富集结果显示,基因主要富集在细胞对刺激的响应、信号转导等生物过程,以及PI3K-Akt信号通路、MAPK信号通路等通路中;比较组D15 vs D7共筛选到HRAS、HIF 1A、MAPK 1、JAK 1等10个关键基因,主要富集在免疫系统进程、免疫反应、趋化因子信号通路、C型凝集素受体信号通路等信号通路中;比较组D20 vs D15共筛选到MAPK 1、MMP 2等4个关键基因,主要富集在雌激素信号通路和松弛素信号通路中。【结论】本研究分析了梅花鹿早期妊娠关键时间点血液转录组的动态表达,筛选到KDR、HRAS、MAPK 1、JAK 1等关键基因,为梅花鹿早期妊娠诊断标志物的挖掘提供参考。展开更多
文摘随着功能基因组时代的到来,转录组测序技术快速发展且应用相对广泛。玉米基因组测序的完成,有力地推动着玉米转录组结构的注释和功能的深入解析。简述玉米基因组研究概况以及GS FLX、Solexa GA IIx、SOLiD等测序技术的发展,回顾转录组测序技术在玉米新基因挖掘、分子标记开发、代谢网络、分子进化、miRNAs等相关研究领域上的应用,为玉米复杂农艺性状的分子机制、不同发育阶段基因表达调控网络乃至分子设计育种等工作的深入研究提供参考。
文摘目的开发SSR分子标记,分析不同产地瓜蒌Trichosanthis Fructus药材的遗传结构和进化及不同种质资源的遗传多样性。方法提取瓜蒌RNA,反转录获得cDNA,PCR富集得到cDNA文库,经高通量测序,组装后,获得高质量Unigene后,用MISA(MicroSatellite identification tool)鉴定简单重复序列(simple sequence repeat,SSR),设计两端引物,从中选取64对引物对13个来源于3个地理居群的瓜蒌资源进行群体结构和遗传多样性分析。结果所开发的SSR标记具有良好的功效,在选用的整个群体中,其多态性信息含量(polymorphic information content,PIC)、观察等位基因数(number of observed alleles,Na)、有效等位基因数(number of effective alleles,Ne)、香农信息指数(Shannon information index,I)和Nei遗传距离(Nei genetic distance,GD)依次为0.7587、3.5312、2.5883、1.0006和0.5592,3个自然群体之间,合肥和潜山自然群体的遗传相似性高,达到0.9417,与其他野生资源之间存在较大的遗传差异。经聚类分析,将13个品种资源分成2个亚群,其中2个长萼瓜蒌资源单独组成1个亚群,其余11个双边瓜蒌Trichosanthes rosthornii资源被分为另外1个亚群,而双边瓜蒌又被分为2个亚群,并且4个合肥育成品种分别在不同的亚群中,表明合肥育成品种来源较丰富。其他地区瓜蒌种质资源与安徽原产地瓜蒌遗传差异较大,能够为安徽瓜蒌育种拓宽种质资源基础。
文摘【目的】通过分析梅花鹿早期妊娠不同时期的血液转录组数据,筛选参与梅花鹿早期妊娠的关键基因。【方法】分别采集人工授精后0、7、15和20 d的雌性梅花鹿血液样品,利用Illumina HiSeq TM 3000C测序平台进行转录组分析。对不同时期的血液样本进行主成分分析和组间表达相关性分析,鉴定梅花鹿早期妊娠的关键阶段,利用DESeq筛选各时期的差异表达基因(DEGs),并进行GO和KEGG功能分析以及蛋白互作网络构建。【结果】转录组测序结果显示,妊娠第15天时梅花鹿血液出现了转录高峰,比较组D7 vs D0、D15 vs D7、D20 vs D15分别筛选到181、996、265个DEGs。其中比较组D7 vs D0共筛选到ERAS、MET、KDR等7个关键基因。综合GO和KEGG功能富集结果显示,基因主要富集在细胞对刺激的响应、信号转导等生物过程,以及PI3K-Akt信号通路、MAPK信号通路等通路中;比较组D15 vs D7共筛选到HRAS、HIF 1A、MAPK 1、JAK 1等10个关键基因,主要富集在免疫系统进程、免疫反应、趋化因子信号通路、C型凝集素受体信号通路等信号通路中;比较组D20 vs D15共筛选到MAPK 1、MMP 2等4个关键基因,主要富集在雌激素信号通路和松弛素信号通路中。【结论】本研究分析了梅花鹿早期妊娠关键时间点血液转录组的动态表达,筛选到KDR、HRAS、MAPK 1、JAK 1等关键基因,为梅花鹿早期妊娠诊断标志物的挖掘提供参考。
