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基于生物信息学的糖尿病肾病miRNA-mRNA调控网络构建与分析
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作者 宿家铭 彭景 +1 位作者 郭燕 柳红芳 《中国中西医结合肾病杂志》 2024年第8期707-710,I0007,共5页
目的:基于生物信息学方法识别和构建与糖尿病肾病(DN)相关的miRNA-mRNA调控网络和关键基因。方法:从GEO数据库获取DN相关miRNA和mRNA表达数据集。通过R软件“limma”包筛选差异表达基因;从miRDB、TargetScan7.2、miRtarBase和miRWalk数... 目的:基于生物信息学方法识别和构建与糖尿病肾病(DN)相关的miRNA-mRNA调控网络和关键基因。方法:从GEO数据库获取DN相关miRNA和mRNA表达数据集。通过R软件“limma”包筛选差异表达基因;从miRDB、TargetScan7.2、miRtarBase和miRWalk数据库预测差异miRNA靶点,根据miRNA与mRNA调控关系,用Cytoscape构建miRNA-mRNA调控网络;利用Funrich软件及R/BioConductor对网络内靶点进行富集分析,用STRING筛选关键基因。结果:在DN中共获得83个差异表达miRNA与1164个差异表达mRNA,筛选后得到80个DN相关miRNA-mRNA关系对;对网络基因进一步GO分析主要涉及MAPK失活、钙离子调节、ERK1/2级联调节、MAPK级联负调控等生物过程,KEGG分析主要涉及MAPK信号通路、流体剪切应力与动脉粥样硬化、TNF信号通路、细胞凋亡、IL-17信号通路、糖尿病并发症中AGE-RAGE信号通路、Toll样受体信号通路等,关键基因包括FOS、JUN、VEGFA、DUSP1、EOMES、CCR7、JUNB、VIM、FASLG、DUSP2等。结论:通过生物信息学分析发现DN相关miRNA-mRNA调控网络多途径、多靶点、多方位干预DN的发生与发展,同时为DN的早期诊断和干预治疗提供新的思路。 展开更多
关键词 糖尿病肾病 MIRNA mrna生物信息学
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