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基于外周血单个核细胞转录组的冠心病RNA N^(6)-甲基腺苷相关生物标志物研究
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作者 吴佳妮 任晓晓 +3 位作者 杨志良 陈恕凤 杨彬 王来元 《中国分子心脏病学杂志》 CAS 2024年第2期5978-5985,共8页
目的通过分析冠心病病例外周血单个核细胞(peripheral blood mononuclear cells,PBMCs)MeRIP-seq数据和RNA-seq数据,筛选潜在的诊断冠心病的N6-甲基腺苷(N6-methyladenosine,m6A)相关生物标志物,为冠心病防治提供新思路。方法分析冠心... 目的通过分析冠心病病例外周血单个核细胞(peripheral blood mononuclear cells,PBMCs)MeRIP-seq数据和RNA-seq数据,筛选潜在的诊断冠心病的N6-甲基腺苷(N6-methyladenosine,m6A)相关生物标志物,为冠心病防治提供新思路。方法分析冠心病病例对照PBMCs表达谱(GSE113079)中m6A功能基因的表达情况,借助LASSO和logistic回归筛选与冠心病相关的m6A功能基因。随后,分析冠心病病例对照PBMCs的MeRIP-seq和RNA-seq数据,筛选差异m6A甲基化且差异表达基因,通过多种方式筛选到潜在的冠心病诊断标志物,并在公共数据库验证其诊断冠心病的效能。结果在141例冠心病患者和健康对照的表达谱数据(GSE113079)中,两组间有22个m6A功能基因的表达水平存在显著差异,受试者操作特征(ROC)曲线分析表明,ELAVL1、IGF2BP2和METTL14的三基因组合识别冠心病的曲线下面积(AUC)为0.98。将GSE113079数据与冠心病MeRIP-seq、RNA-seq数据联合分析,得到47个m6A靶基因。经过LASSO和logistic回归筛选后,ADM和SH2D2A基因组合在冠心病表达谱数据(GSE113079)的AUC为1,经验证,在心肌梗死外周血表达谱数据(GSE66360)中的AUC为0.79。在动脉粥样硬化斑块表达谱数据(GSE43292和GSE28829)中,与对照组相比,ADM基因表达水平在斑块中显著升高(P<0.05)。结论通过综合分析冠心病表达谱数据库GSE113079,得到m6A功能基因组合(ELAVL1、IGF2BP2和METTL14),进一步结合MeRIP-seq、RNA-seq数据筛选出靶基因ADM和SH2D2A,经验证集验证ADM是潜在的冠心病标志物。 展开更多
关键词 冠心病 m6A修饰 转录组测序 m6A功能基因 生物标志物
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