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7个地方山羊品种遗传多样性及遗传结构分析
被引量:
11
1
作者
张乐超
刘月琴
+3 位作者
段春辉
张英杰
王泳
郭云霞
《生物技术通报》
CAS
CSCD
北大核心
2020年第6期183-190,共8页
检测了7个地方山羊群体在15个微卫星位点的遗传多样性和遗传结构,旨为地方山羊群体的保护利用奠定基础。采集燕山绒山羊、辽宁绒山羊、承德无角山羊、济宁青山羊、太行山羊、武安山羊血液样品及内蒙古绒山羊的耳组织,利用微卫星方法分...
检测了7个地方山羊群体在15个微卫星位点的遗传多样性和遗传结构,旨为地方山羊群体的保护利用奠定基础。采集燕山绒山羊、辽宁绒山羊、承德无角山羊、济宁青山羊、太行山羊、武安山羊血液样品及内蒙古绒山羊的耳组织,利用微卫星方法分析遗传多样性及遗传结构。结果表明,7个山羊群体的平均有效等位基因数为4.2358、平均期望杂合度为0.7188、平均多态信息含量为0.7068,均具有高度的遗传多样性;总群体平均近交系数为0.0883,平均遗传分化系数为0.5442,平均基因流为0.2094。武安山羊和承德无角山羊的遗传距离最近,太行山羊和燕山绒山羊的遗传距离最远。系统进化树聚类分析表明,燕山绒山羊与辽宁绒山羊聚为一类,济宁青山羊、承德无角山羊、武安山羊、内蒙古绒山羊和太行山羊聚为一类。综上,7个地方山羊群体遗传多样性丰富,群体间遗传分化程度大,基因交流少,受近交程度影响小,具有较高的利用价值和潜力。
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关键词
地方山羊群体
微卫星
遗传多样性
遗传距离
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职称材料
山西4个地方山羊品种的遗传多样性分析
被引量:
5
2
作者
毛杨毅
罗惠娣
+7 位作者
郭慧慧
王志武
李俊
张冠武
王栋才
李希
张喜忠
田辉
《甘肃农业大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2010年第5期15-20,共6页
利用5个微卫星标记分析了山西省4个地方山羊品种的遗传多样性.结果表明:4个地方山羊品种共检测到等位基因数(Na)为67个,平均有效等位基因数(Ne)为4.94~6.05个,平均多态信息含量(PIC)在0.7053~0.7982之间,平均遗传杂合度(H)在0.7592~0...
利用5个微卫星标记分析了山西省4个地方山羊品种的遗传多样性.结果表明:4个地方山羊品种共检测到等位基因数(Na)为67个,平均有效等位基因数(Ne)为4.94~6.05个,平均多态信息含量(PIC)在0.7053~0.7982之间,平均遗传杂合度(H)在0.7592~0.8316之间,4个地方山羊品种间的遗传分化系数为0.0461;聚类分析表明,黎城青山羊与阳城白山羊先聚类,再与吕梁黑山羊聚类,最后与洪洞奶山羊聚类;山西省4个地方山羊品种遗传变异大,遗传多样性丰富,品种间遗传分化小,4个地方山羊品种分子系统发生关系与其地理位置和生产特性相一致.
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关键词
地方山羊品种
微卫星
遗传多样性
遗传距离
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职称材料
四个山西地方山羊品种Pit-1基因多态性的研究
被引量:
1
3
作者
曹婵
刘文忠
+2 位作者
乔利英
袁亚男
白慧敏
《山西农业大学学报(自然科学版)》
CAS
2010年第5期389-392,共4页
垂体释放因子1基因(Pit-1)是动物经济性状的重要候选基因之一。采用PCR-RFLP和PCR-SSCP技术对4个山西地方山羊品种的Pit-1基因进行多态性检测和分析,以了解该基因在这些品种中的遗传变异。结果表明:该基因座存在HinfⅠ限制性酶切多态性...
垂体释放因子1基因(Pit-1)是动物经济性状的重要候选基因之一。采用PCR-RFLP和PCR-SSCP技术对4个山西地方山羊品种的Pit-1基因进行多态性检测和分析,以了解该基因在这些品种中的遗传变异。结果表明:该基因座存在HinfⅠ限制性酶切多态性,表现AA和BB两种基因型,频率分别为0.01和0.99。洪洞奶山羊和吕梁黑山羊因突变而显著偏离Hardy-Weinberg平衡(P<0.05)。利用PCR-SSCP检测出5种基因型。优势等位基因均为B,基因型频率的品种间差异明显。吕梁黑山羊和黎城大青羊显著偏离平衡状态(P<0.05)。中性检验表明,4个品种处于中性突变或遗传漂变过程中。各群体的期望杂合度和观察杂合度较为接近。基于两种技术的Fst值分别为0.0102和0.0197,说明总群体中大约只有1%~2%的变异来自群体间,群体间的遗传分化较弱。
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关键词
地方山羊
PIT-1基因
多态性
PCR-RFLP
PCR-SSCP
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职称材料
贵州地方山羊品种H-FABP基因第3外显子SNP研究
被引量:
5
4
作者
钱成
罗卫星
+3 位作者
孙岩岩
黄兰
刘彬
蔡惠芬
《生物技术》
CAS
CSCD
北大核心
2015年第4期349-354,共6页
[目的]研究3种贵州地方山羊品种H-FABP基因第3外显子的多态性以及进行该基因多态性生物信息学分析,以期筛选出适合的突变位点,研究其与山羊生长性状关联性影响。[方法]以3种贵州地方山羊品种为试验材料构建DNA池,结合直接测序技术筛选H-...
[目的]研究3种贵州地方山羊品种H-FABP基因第3外显子的多态性以及进行该基因多态性生物信息学分析,以期筛选出适合的突变位点,研究其与山羊生长性状关联性影响。[方法]以3种贵州地方山羊品种为试验材料构建DNA池,结合直接测序技术筛选H-FABP基因SNPs,并利用在线软件分析H-FABP基因RNA二级结构及其蛋白二、三级结构。[结果]仅在黔北麻羊和贵州白山羊H-FABP基因第3外显子处分别筛选到T120A和G152C两个SNPs,其中exon3-T120A为导致编码氨基酸发生的Phe→Ile改变的错义突变,而exon3-G152C为苏氨酸(Thr)的同义突变。[结论]exon3-T120A位点影响黔北麻羊H-FABP基因RNA二级结构,最小自由能由-189.40 kcal/mol变为-190.00 kcal/mol,其蛋白二级结构无规则卷曲由49变为48,延伸链由36变为37,exon3-G152C位点仅影响贵州白山羊RNA二级结构,最小自由能变为-185.40 kcal/mol。
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关键词
H—FABP基因
SNPS
生物信息学
贵州地方山羊品种
错义突变
同义突变
原文传递
贵州山羊品种DQA1基因第3外显子遗传变异分析
被引量:
4
5
作者
刘彬
蔡惠芬
+2 位作者
张依裕
刘若余
罗卫星
《生物技术》
CAS
CSCD
北大核心
2014年第4期13-16,共4页
目的:通过筛选3个贵州地方山羊种DQA1基因Exon3的SNPs位点并做相应的遗传变异分析,为今后山羊抗病育种及地方山羊品种的选育提供理论依据。方法:采用构建品种DNA池与直接测序的方法,对三个贵州地方山羊种群共514只个体的DQA1基因外显子...
目的:通过筛选3个贵州地方山羊种DQA1基因Exon3的SNPs位点并做相应的遗传变异分析,为今后山羊抗病育种及地方山羊品种的选育提供理论依据。方法:采用构建品种DNA池与直接测序的方法,对三个贵州地方山羊种群共514只个体的DQA1基因外显子3进行遗传变异分析。结果:在3个山羊品种中共筛选得到4个SNPs,G71A(同义突变)、T100C(Asn→Ser)、G202A(Pro→Leu)、A223G(Met→Thr)。生物信息学分析发现,G202A位点变异虽未引起mRNA二级结构的变化,但最小自由能降低,结构稳定性增强;DQA1基因Exon3的不同基因型的蛋白质二级结构中均不含有α螺旋。结论:三个贵州地方山羊种DQA1基因外显子3中含有较丰富的多态性,G202A位点变异在mRNA二级结构及蛋白质二级结构中与其他基因型具有较明显的差异。
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关键词
贵州山羊品种
DQA1基因
SNPS
生物信息学
原文传递
贵州地方山羊DRA基因Exon5的多态性分析
6
作者
黄兰
封竣淇
+5 位作者
徐伟
刘彬
康建兵
钱成
蔡惠芬
罗卫星
《基因组学与应用生物学》
CAS
CSCD
北大核心
2016年第7期1686-1689,共4页
本研究通过构建3个贵州地方山羊品种的DNA池,并对其MHC-DRA基因第5外显子进行SNPs位点的筛选和生物信息学分析,以丰富山羊抗病育种的基础理论资料。分析发现,在3个山羊品种的DRA基因Exon5中发现两个共同突变位点,分别是C^(172)T和T^(176...
本研究通过构建3个贵州地方山羊品种的DNA池,并对其MHC-DRA基因第5外显子进行SNPs位点的筛选和生物信息学分析,以丰富山羊抗病育种的基础理论资料。分析发现,在3个山羊品种的DRA基因Exon5中发现两个共同突变位点,分别是C^(172)T和T^(176)G,而贵州白山羊中多一个突变位点G^(205)A;生物信息学分析发现,C^(172)T和G^(205)A位点均引起RNA二级结构和最小自由能的改变。结果表明贵州地方山羊DRA基因具有较丰富的遗传多样性。
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关键词
贵州山羊
DRA基因
SNPS
生物信息学
原文传递
题名
7个地方山羊品种遗传多样性及遗传结构分析
被引量:
11
1
作者
张乐超
刘月琴
段春辉
张英杰
王泳
郭云霞
机构
河北农业大学动物科技学院
河北农业大学生命科技学院
出处
《生物技术通报》
CAS
CSCD
北大核心
2020年第6期183-190,共8页
基金
国家绒毛羊产业技术体系(CRAS-39)。
文摘
检测了7个地方山羊群体在15个微卫星位点的遗传多样性和遗传结构,旨为地方山羊群体的保护利用奠定基础。采集燕山绒山羊、辽宁绒山羊、承德无角山羊、济宁青山羊、太行山羊、武安山羊血液样品及内蒙古绒山羊的耳组织,利用微卫星方法分析遗传多样性及遗传结构。结果表明,7个山羊群体的平均有效等位基因数为4.2358、平均期望杂合度为0.7188、平均多态信息含量为0.7068,均具有高度的遗传多样性;总群体平均近交系数为0.0883,平均遗传分化系数为0.5442,平均基因流为0.2094。武安山羊和承德无角山羊的遗传距离最近,太行山羊和燕山绒山羊的遗传距离最远。系统进化树聚类分析表明,燕山绒山羊与辽宁绒山羊聚为一类,济宁青山羊、承德无角山羊、武安山羊、内蒙古绒山羊和太行山羊聚为一类。综上,7个地方山羊群体遗传多样性丰富,群体间遗传分化程度大,基因交流少,受近交程度影响小,具有较高的利用价值和潜力。
关键词
地方山羊群体
微卫星
遗传多样性
遗传距离
Keywords
local
goat
breeds
microsatellite
marker
genetic
diversity
genetic
distance
分类号
S827 [农业科学—畜牧学]
下载PDF
职称材料
题名
山西4个地方山羊品种的遗传多样性分析
被引量:
5
2
作者
毛杨毅
罗惠娣
郭慧慧
王志武
李俊
张冠武
王栋才
李希
张喜忠
田辉
机构
山西省农业科学院畜牧兽医研究所
出处
《甘肃农业大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2010年第5期15-20,共6页
基金
国家"十一五"科技支撑计划基金(2007BAD56B05)
山西省科技攻关基金(20080312002-5
+1 种基金
20080311030-2)
山西省农业科学院重点基金(YZD0911)
文摘
利用5个微卫星标记分析了山西省4个地方山羊品种的遗传多样性.结果表明:4个地方山羊品种共检测到等位基因数(Na)为67个,平均有效等位基因数(Ne)为4.94~6.05个,平均多态信息含量(PIC)在0.7053~0.7982之间,平均遗传杂合度(H)在0.7592~0.8316之间,4个地方山羊品种间的遗传分化系数为0.0461;聚类分析表明,黎城青山羊与阳城白山羊先聚类,再与吕梁黑山羊聚类,最后与洪洞奶山羊聚类;山西省4个地方山羊品种遗传变异大,遗传多样性丰富,品种间遗传分化小,4个地方山羊品种分子系统发生关系与其地理位置和生产特性相一致.
关键词
地方山羊品种
微卫星
遗传多样性
遗传距离
Keywords
local
goat
breeds
microsatellite
genetic
diversity
genetic
distance
分类号
S827 [农业科学—畜牧学]
下载PDF
职称材料
题名
四个山西地方山羊品种Pit-1基因多态性的研究
被引量:
1
3
作者
曹婵
刘文忠
乔利英
袁亚男
白慧敏
机构
山西农业大学动物科技学院
出处
《山西农业大学学报(自然科学版)》
CAS
2010年第5期389-392,共4页
基金
国家自然科学基金项目资助(30972084)
山西农业大学大学生科技创新项目
文摘
垂体释放因子1基因(Pit-1)是动物经济性状的重要候选基因之一。采用PCR-RFLP和PCR-SSCP技术对4个山西地方山羊品种的Pit-1基因进行多态性检测和分析,以了解该基因在这些品种中的遗传变异。结果表明:该基因座存在HinfⅠ限制性酶切多态性,表现AA和BB两种基因型,频率分别为0.01和0.99。洪洞奶山羊和吕梁黑山羊因突变而显著偏离Hardy-Weinberg平衡(P<0.05)。利用PCR-SSCP检测出5种基因型。优势等位基因均为B,基因型频率的品种间差异明显。吕梁黑山羊和黎城大青羊显著偏离平衡状态(P<0.05)。中性检验表明,4个品种处于中性突变或遗传漂变过程中。各群体的期望杂合度和观察杂合度较为接近。基于两种技术的Fst值分别为0.0102和0.0197,说明总群体中大约只有1%~2%的变异来自群体间,群体间的遗传分化较弱。
关键词
地方山羊
PIT-1基因
多态性
PCR-RFLP
PCR-SSCP
Keywords
local
goat
breeds
Pit-1
gene
Polymorphism
PCR-RFLP
PCR-SSCP
分类号
S827 [农业科学—畜牧学]
下载PDF
职称材料
题名
贵州地方山羊品种H-FABP基因第3外显子SNP研究
被引量:
5
4
作者
钱成
罗卫星
孙岩岩
黄兰
刘彬
蔡惠芬
机构
贵州大学动物科学学院
贵州大学高原山地动物遗传育种与繁殖教育部重点试验室
出处
《生物技术》
CAS
CSCD
北大核心
2015年第4期349-354,共6页
基金
贵州省农业科技攻关项目("贵州白山羊品系繁育及其杂交配套系关键技术研究与示范"
No.黔科合NY字[2012]3006号)
+1 种基金
贵州省科技厅-铜仁市科技合作计划项目("贵州白山羊选育示范与推广"
No.2013001)资助
文摘
[目的]研究3种贵州地方山羊品种H-FABP基因第3外显子的多态性以及进行该基因多态性生物信息学分析,以期筛选出适合的突变位点,研究其与山羊生长性状关联性影响。[方法]以3种贵州地方山羊品种为试验材料构建DNA池,结合直接测序技术筛选H-FABP基因SNPs,并利用在线软件分析H-FABP基因RNA二级结构及其蛋白二、三级结构。[结果]仅在黔北麻羊和贵州白山羊H-FABP基因第3外显子处分别筛选到T120A和G152C两个SNPs,其中exon3-T120A为导致编码氨基酸发生的Phe→Ile改变的错义突变,而exon3-G152C为苏氨酸(Thr)的同义突变。[结论]exon3-T120A位点影响黔北麻羊H-FABP基因RNA二级结构,最小自由能由-189.40 kcal/mol变为-190.00 kcal/mol,其蛋白二级结构无规则卷曲由49变为48,延伸链由36变为37,exon3-G152C位点仅影响贵州白山羊RNA二级结构,最小自由能变为-185.40 kcal/mol。
关键词
H—FABP基因
SNPS
生物信息学
贵州地方山羊品种
错义突变
同义突变
Keywords
H
-
FABP,
SNPs,
bioinformatics,
Guizhou
local
goat
breeds
,
missense
mutations,
synonymous
mutation
分类号
S827 [农业科学—畜牧学]
原文传递
题名
贵州山羊品种DQA1基因第3外显子遗传变异分析
被引量:
4
5
作者
刘彬
蔡惠芬
张依裕
刘若余
罗卫星
机构
贵州大学动物科学学院高原山地动物遗传育种与繁殖教育部重点实验室
出处
《生物技术》
CAS
CSCD
北大核心
2014年第4期13-16,共4页
基金
贵州省农业科技攻关项目("贵州白山羊品系繁育及其杂交配套系关键技术研究与示范"
编号:黔科合NY字[2012]3006号)资助
文摘
目的:通过筛选3个贵州地方山羊种DQA1基因Exon3的SNPs位点并做相应的遗传变异分析,为今后山羊抗病育种及地方山羊品种的选育提供理论依据。方法:采用构建品种DNA池与直接测序的方法,对三个贵州地方山羊种群共514只个体的DQA1基因外显子3进行遗传变异分析。结果:在3个山羊品种中共筛选得到4个SNPs,G71A(同义突变)、T100C(Asn→Ser)、G202A(Pro→Leu)、A223G(Met→Thr)。生物信息学分析发现,G202A位点变异虽未引起mRNA二级结构的变化,但最小自由能降低,结构稳定性增强;DQA1基因Exon3的不同基因型的蛋白质二级结构中均不含有α螺旋。结论:三个贵州地方山羊种DQA1基因外显子3中含有较丰富的多态性,G202A位点变异在mRNA二级结构及蛋白质二级结构中与其他基因型具有较明显的差异。
关键词
贵州山羊品种
DQA1基因
SNPS
生物信息学
Keywords
local
goat
breeds
in
Guizhou
DQA1
gene
SNPs
Bio
-
information
分类号
Q751 [生物学—分子生物学]
S827 [农业科学—畜牧学]
原文传递
题名
贵州地方山羊DRA基因Exon5的多态性分析
6
作者
黄兰
封竣淇
徐伟
刘彬
康建兵
钱成
蔡惠芬
罗卫星
机构
贵州大学动物科学学院
贵州大学高原山地动物遗传育种与繁殖省部共建教育部重点实验室
出处
《基因组学与应用生物学》
CAS
CSCD
北大核心
2016年第7期1686-1689,共4页
基金
贵州省农业科技攻关项目[黔科合NY字(2012)3006号]
黔北麻羊养殖关键技术研究及产业化示范(省市重大(2013)4号)共同资助
文摘
本研究通过构建3个贵州地方山羊品种的DNA池,并对其MHC-DRA基因第5外显子进行SNPs位点的筛选和生物信息学分析,以丰富山羊抗病育种的基础理论资料。分析发现,在3个山羊品种的DRA基因Exon5中发现两个共同突变位点,分别是C^(172)T和T^(176)G,而贵州白山羊中多一个突变位点G^(205)A;生物信息学分析发现,C^(172)T和G^(205)A位点均引起RNA二级结构和最小自由能的改变。结果表明贵州地方山羊DRA基因具有较丰富的遗传多样性。
关键词
贵州山羊
DRA基因
SNPS
生物信息学
Keywords
local
goat
breeds
in
Guizhou
DRA
gene
SNPs
Bio-information
分类号
S827 [农业科学—畜牧学]
原文传递
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
7个地方山羊品种遗传多样性及遗传结构分析
张乐超
刘月琴
段春辉
张英杰
王泳
郭云霞
《生物技术通报》
CAS
CSCD
北大核心
2020
11
下载PDF
职称材料
2
山西4个地方山羊品种的遗传多样性分析
毛杨毅
罗惠娣
郭慧慧
王志武
李俊
张冠武
王栋才
李希
张喜忠
田辉
《甘肃农业大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2010
5
下载PDF
职称材料
3
四个山西地方山羊品种Pit-1基因多态性的研究
曹婵
刘文忠
乔利英
袁亚男
白慧敏
《山西农业大学学报(自然科学版)》
CAS
2010
1
下载PDF
职称材料
4
贵州地方山羊品种H-FABP基因第3外显子SNP研究
钱成
罗卫星
孙岩岩
黄兰
刘彬
蔡惠芬
《生物技术》
CAS
CSCD
北大核心
2015
5
原文传递
5
贵州山羊品种DQA1基因第3外显子遗传变异分析
刘彬
蔡惠芬
张依裕
刘若余
罗卫星
《生物技术》
CAS
CSCD
北大核心
2014
4
原文传递
6
贵州地方山羊DRA基因Exon5的多态性分析
黄兰
封竣淇
徐伟
刘彬
康建兵
钱成
蔡惠芬
罗卫星
《基因组学与应用生物学》
CAS
CSCD
北大核心
2016
0
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