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垂体瘤组织lncRNA及mRNA表达谱差异筛选及功能预测分析 被引量：3
1
作者 张芳芳 黄银兴 +2 位作者 刘丰民 林兰梅 章江南 《立体定向和功能性神经外科杂志》 2020年第6期347-353,共7页
目的筛选垂体瘤患者肿瘤组织和周围组织中的差异表达lncRNA及mRNA,并探讨其相关生物学功能、参与的信号通路以及分析与lncRNA相关的转录因子。方法通过对6例垂体瘤组织以及对应的6例周围组织进行基因芯片检测,并进行生物信息学分析,筛... 目的筛选垂体瘤患者肿瘤组织和周围组织中的差异表达lncRNA及mRNA,并探讨其相关生物学功能、参与的信号通路以及分析与lncRNA相关的转录因子。方法通过对6例垂体瘤组织以及对应的6例周围组织进行基因芯片检测,并进行生物信息学分析,筛选差异表达lncRNA及mRNA,预测其参与的生物学功能、信号通路及与lncRNA相关转录因子。结果经数据分析发现,与周围组织相比较肿瘤组织中有1376个基因呈现上调趋势,630个基因成下调趋势,其中MMP1的表达水平上调显著,MUC21的表达水平显著下调。KEGG通路富集分析显示,上调基因主要富集到Focal adhesion等20条信号通路,下调基因则主要富集到Chemical carcinogenesis等20条信号通路。除此之外,肿瘤组织中共有317个lncRNA表达显著上调,285个表达显著下调,其中在上调和下调变化中最为显著分别为lncRP11-697M17.1和lncUNQ697。经KEGG信号通路分析,得知lncRP11-697M17.1相关基因显著富集到Rheumatoid arthritis等175条信号通路,而lncUNQ697相关基因显著富集到ECM-receptor interaction等247条信号通路。接下来通过对差异表达的lncRNA共表达的mRNA进行转录因子分析,结果显示与lncRP11-697M17.1相关基因的转录因子有94个,lncUNQ697相关基因的转录因子有106个。结论得到垂体瘤组织与周围组织中lncRNA及mRNAs差异表达谱,具有显著差异表达的lncRP11-697M17.1和lncUNQ697可能在垂体瘤的发生发展中起到关键作用。 展开更多
关键词 lncRP11-697M17.1 lncunq697 功能预测 信号转导通路 垂体瘤
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