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脊髓损伤后肌肉萎缩lncRNA⁃miRNA⁃mRNA调控网络的筛选及验证
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作者 刘付春 李筱璐 +3 位作者 刘青青 桂裕昌 张寅炜 许建文 《海南医学院学报》 CAS 2023年第9期694-702,共9页
目的:基于生物信息学分析挖掘脊髓损伤(spinal cord injury,SCI)后肌肉萎缩的关键靶点,构建lncRNA‑miRNA‑mRNA调控网络,通过动物实验验证关键调控网络在SCI后肌肉萎缩中的表达变化,为SCI后肌肉萎缩发病机制及治疗寻求新的研究方向。方法... 目的:基于生物信息学分析挖掘脊髓损伤(spinal cord injury,SCI)后肌肉萎缩的关键靶点,构建lncRNA‑miRNA‑mRNA调控网络,通过动物实验验证关键调控网络在SCI后肌肉萎缩中的表达变化,为SCI后肌肉萎缩发病机制及治疗寻求新的研究方向。方法:从GEO数据库下载GSE21497数据集,进行差异表达基因筛选、WGCNA处理,再结合在线预测数据库筛选出关键mRNA,利用DAVID数据库对关键mRNA进行GO、KEGG富集分析,构建lncRNA‑miRNA‑mRNA调控网络,挑选出关键调控基因,然后采用RT‑qPCR进行验证。结果:(1)共筛选出差异表达基因1405个,结合WGCNA和在线数据库预测,共得到30个关键mRNA;(2)GO、KEGG富集分析发现其主要在神经元的再生、保护、信号传递等功能及HIF信号通路、PD‑L1表达和PD‑1检查点通路显著富集;(3)筛选出4个(LINC00410/miR‑17‑5p/KCNK10、LINC00410/miR‑17‑5p/PCDHA3、LINC00410/miR‑20b‑5p/KCNK10、LINC00410/miR‑20b‑5p/PCDHA3)关键调控网络;(4)RT‑qPCR实验结果显示,与对照组相比,观察组模鼠miR‑17‑5p、miR‑20b‑5p表达上升,KCNK10、PCDHA3表达下降。结论:miR‑17‑5p、miR‑20b‑5p、KCNK10、PCDHA3在神经元的再生、保护、信号传递可能具有重要的调控作用,有望成为SCI后肌肉萎缩诊疗及康复的新靶点。 展开更多
关键词 脊髓损伤 肌肉萎缩 生物信息学 lncrna‑mirna‑mrna WGCNA
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