乳腺癌相关lncRNA-miRNA-mRNA共表达及关键基因网络构建预测 被引量：11

1

作者 侯敏 蒋琳 +4 位作者 詹红梅 皈燕 赵妍丽 马代远 谭榜宪 《中华肿瘤防治杂志》 CAS 北大核心 2018年第1期26-33,共8页

目的潜在治疗靶点的筛选鉴定是肿瘤研究的关键。本研究利用癌症和肿瘤基因图谱计划(The Cancer Genome Atlas,TCGA)中RNA-Seq数据构建乳腺癌相关长链非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA)-微小RNA(microRNA,miRNA)-mRNA共表达网络,并... 目的潜在治疗靶点的筛选鉴定是肿瘤研究的关键。本研究利用癌症和肿瘤基因图谱计划(The Cancer Genome Atlas,TCGA)中RNA-Seq数据构建乳腺癌相关长链非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA)-微小RNA(microRNA,miRNA)-mRNA共表达网络,并筛选验证其中的关键基因。方法对TCGA中1 213例乳腺样本RNA-Seq数据及临床资料进行整理。提取其中113例乳腺癌及癌旁配对样本分析其中lncRNA、miRNA及mRNA的表达差异。利用WGCNA计算上述差异基因在1 100例乳腺癌样本中表达的相关性并构建共表达网络。通过排列网络中基因与基因连接的数量关系分别筛选出关键的lncRNA、miRNA及mRNA,并利用本地标本库乳腺癌样本对关键基因在癌和癌旁的表达进行验证。最后,结合TCGA的临床资料采用Kaplan-Meier分析不同表达患者的生存率差异。结果在113例配对乳腺癌及癌旁样本中共发现4 582个差异基因,其中3 514个表达上调,1 068个表达下调。对上述差异基因的聚类分析可以有效地区分肿瘤与正常组织。构建的共表达网络包括739个节点及17 375个连接,其中lncRNA 65个,miRNA 3个,mRNA 671个,占整个差异表达基因的16.1%。网络中的关键基因CDK1(P<0.001)、RP11-214F16.8(P=0.048)和MIR27A(P=0.027)在肿瘤组织中的表达均高于正常癌旁组织。低表达RP11-214F16.8、MIR27A患者总体生存显著好于高表达患者,均P值<0.001;CDK1的表达与预后有一定程度的关联,但尚未达到有统计学意义的水平,P=0.061。结论乳腺癌相关lncRNA-miRNA-mRNA共表达网络为后续更深入研究乳腺癌关键基因及基因间的调控关系提供了参考和方向。通过共表达网络筛选关键基因是一种兼具高效性和生物学意义的方法。 展开更多

关键词 乳腺癌 共表达网络 关键基因 lncrna-mirna MRNA

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lncRNA/miRNA在胰腺癌发生发展中的研究进展 被引量：7

2

作者 孟祥鹏 马佳 王宝胜 《现代肿瘤医学》 CAS 2020年第22期3999-4002,共4页

lncRNA/miRNA在多种实体肿瘤中表达异常,参与肿瘤的增殖、侵袭、转移。胰腺癌是发病率较高、死亡率高的恶性肿瘤,通过深入研究lncRNA/miRNA在胰腺癌发生发展中的分子机制,可为胰腺癌的治疗提供新的靶点。

关键词 lncrna/mirna 胰腺癌 研究进展

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基于网络相似性整合算法的lncRNA与miRNA相互作用预测研究

3

作者 丁尉哲 南洋 +3 位作者 吴卷书 崔迪 张力 刘宏生 《牡丹江医学院学报》 2021年第4期62-65,103,共5页

目的提出一种基于网络相似性算法的lncRNA-miRNA相互作用预测新方法。方法在lncRNASNP2、LNCipedia、miRBase、NONCODE、microRNA、miRTarBase 7.0数据库中筛选lncRNA-miRNA互作关系及lncRNA和miRNA的序列、表达谱、功能数据后,应用Need... 目的提出一种基于网络相似性算法的lncRNA-miRNA相互作用预测新方法。方法在lncRNASNP2、LNCipedia、miRBase、NONCODE、microRNA、miRTarBase 7.0数据库中筛选lncRNA-miRNA互作关系及lncRNA和miRNA的序列、表达谱、功能数据后,应用Needleman-Wunsch算法分析lncRNA和miRNA的序列相似度并整合到不同的相似度矩阵中,最终使用NSILMI模型处理并得到预测的lncRNA-miRNA互作得分。结果当α为0.7时,基于序列相似度的NSILMI获得了最高的预测性能;在5折交叉验证中,其ROC曲线下面积为0.9814,显示出较好的预测准确性;基于功能相似度和表达谱相似度计算的AUC值分别为0.8831和0.8654;同时,通过NSILMI模型预测得到的20个lncRNA-miRNA互作对中的16个已被实验验证。结论本研究提出一种用于预测lncRNA-miRNA相互作用的NSILMI模型;该模型为lncRNA-miRNA关联的预测提供了新手段,也为复杂疾病的研究提供新方法和思路。 展开更多

关键词 lncrna-mirna 网络相似性整合算法 相互作用预测 归一化处理

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基于lncRNA-miRNA-mRNA调节网络胃癌关键基因筛选与分析 被引量：10

4

作者 胡珊 黄奔 +3 位作者 姜扬 黄亚慧 徐静侠 顾锋 《中华肿瘤防治杂志》 CAS 北大核心 2020年第7期511-518,共8页

目的胃癌的分子发病机制与预后仍是亟待解决的难题。本研究通过癌症基因组图谱(the cancer genome atlas,TCGA)数据库筛选出在胃癌中表达失调的基因,构建长链非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA)-微小RNA(microRNA,miRNA)-信使RNA(mR... 目的胃癌的分子发病机制与预后仍是亟待解决的难题。本研究通过癌症基因组图谱(the cancer genome atlas,TCGA)数据库筛选出在胃癌中表达失调的基因,构建长链非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA)-微小RNA(microRNA,miRNA)-信使RNA(mRNA)调节网络,寻找并分析网络中与胃癌患者预后相关的关键调控基因,为胃癌提供新型分子标志物。方法从TCGA官方网站中下载胃癌RNA测序数据和临床数据,使用R软件edgeR包分析胃癌中差异表达的lncRNA、miRNA和mRNA,构建差异lncRNA-miRNA-mRNA调控网络。使用R软件中的survival包对调控网络中的基因进行分析,寻找与胃癌预后相关的关键基因。使用Kaplan Meier-plotter在线数据库分析这些关键基因的预后作用。结果共有62个lncRNA、10个miRNA和10个mRNA分子参与调控网络的构建。Kaplan-Meier生存分析显示,2个mRNA(ATAD2、SERPINE1),10个lncRNA(AC018781.1、ADAMTS9-AS1、ADAMTS9-AS2、AL139002.1、AL391152.1、C15orf54、IGF2-AS、LINC00326、NKX2-1-AS1、POU6F2-AS2)和2个miRNA(miR-145、miR-508)与胃癌患者预后有统计学意义的关联,P<0.05。Kaplan Meier-plotter数据库分析显示,mRNA ATAD2(HR=1.66,95%CI为1.32~2.08,P<0.001)和SERPINE1(HR=1.36,95%CI为1.13~1.64,P=0.001)与胃癌患者的总体生存率差异有统计学意义的关联。结论成功构建了胃癌lncRNA-miRNA-mRNA调节网络后,识别出了调控网络中预后相关基因,这些基因可能作为胃癌新型的分子标志物。 展开更多

关键词 胃癌 癌症基因组图谱 lncrna-mirna-mRNA 预后 标志物

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LncRNA靶向miRNA调控子宫内膜癌发生发展的研究进展 被引量：1

5

作者 钟雪艳 罗艳露 +1 位作者 孙欣昭 范江涛 《现代肿瘤医学》 CAS 2024年第10期1902-1906,共5页

长链非编码RNA(LncRNA)在多种肿瘤进展中扮演重要角色,MicroRNAs(miRNAs)是目前研究最多的LncRNA下游靶点,LncRNA靶向miRNAs可以直接参与肿瘤细胞生物学行为的调控。高表达或低表达的LncRNA可靶向miRNA调控下游信号通路,促进或抑制子宫... 长链非编码RNA(LncRNA)在多种肿瘤进展中扮演重要角色,MicroRNAs(miRNAs)是目前研究最多的LncRNA下游靶点,LncRNA靶向miRNAs可以直接参与肿瘤细胞生物学行为的调控。高表达或低表达的LncRNA可靶向miRNA调控下游信号通路,促进或抑制子宫内膜癌(endometrial cancer, EC)进展。随着对LncRNA/miRNA调控轴在子宫内膜癌研究的深入,LncRNA和miRNA有望成为EC诊疗的新靶点和预后标志物。本文围绕LncRNA及miRNA对EC的调控、lncRNA调控miRNA在EC中的作用进行综述。 展开更多

关键词 lncrna mirna lncrna靶向mirna 子宫内膜癌

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中国美利奴羊胚胎骨骼肌发育的加权基因共表达网络分析 被引量：4

6

作者 石田培 侯浩宾 +3 位作者 王欣悦 赵志达 尚明玉 张莉 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2020年第3期452-464,共13页

旨在对绵羊胚胎骨骼肌lncRNAs(long non-coding RNA)进行鉴定分析,以阐明其在肌纤维类型转换与肌纤维增粗过程中的调控机制。本研究选取体重相近的成年中国美利奴母羊进行同期发情和人工授精,通过全转录组测序技术对其妊娠第85(D85N)、1... 旨在对绵羊胚胎骨骼肌lncRNAs(long non-coding RNA)进行鉴定分析,以阐明其在肌纤维类型转换与肌纤维增粗过程中的调控机制。本研究选取体重相近的成年中国美利奴母羊进行同期发情和人工授精,通过全转录组测序技术对其妊娠第85(D85N)、105(D105N)和135天(D135N)的胎儿背最长肌组织进行测序,设置D85N vs D105N、 D105N vs D135N和D85N vs D135N 3个比较组,通过比较筛选出显著差异表达的lncRNA与mRNA。利用加权基因共表达网络分析(weighted gene co-expression network analysis, WGCNA)方法构建共表达模块,使用DAVID在线工具和R-package进行GO和KEGG富集分析以找到与肌肉发育相关的模块。最后从目标模块中筛选出高连通度的lncRNAs和mRNAs,通过它们与miRNAs间的靶向预测关系建立lncRNA-miRNA-mRNA共表达网络。根据WGCNA分析结果,共得到25个模块。功能富集显示,模块中的核心基因主要富集于细胞粘附、Wnt、紧密连接、mTOR、AMPK及ECM-受体相互作用等肌肉发育相关的信号通路,选出模块中连通度高的lncRNAs和mRNAs构建子网络,得到TNNI2、PIP5K1A、PDK4等关键相关基因,预测出MSTRG.3903、MSTRG.10154、MSTRG.1629、MSTRG.10496、MSTRG.9559、MSTRG.10178、MSTRG.10521、MSTRG.3911、MSTRG.4586、MSTRG.7232等10个与肌肉发育、肌肉疾病、细胞增殖相关的lncRNAs。本研究成功构建了肌纤维发育相关的lncRNA-miRNA-mRNA共表达网络,找到多个与妊娠后期胚胎骨骼肌发育相关的潜在候选基因,为深入研究lncRNA在中国美利奴羊胚胎发育过程中骨骼肌的发育调控机制奠定了基础,也为其他家畜骨骼肌发育机制的研究提供了参考和方向。 展开更多

关键词 lncrna-mirna-mRNA 共表达 WGCNA 中国美利奴羊 骨骼肌发育

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基于络病理论探究lncRNA-miRNA-mRNA调控网络中医药防治特发性肺纤维化

7

作者 李英杰 庞立健 +7 位作者 吕晓东 王誉儒 王亚勤 王佳然 臧凝子 刘勇明 王靖宇 王琳琳 《辽宁中医药大学学报》 CAS 2024年第4期148-152,共5页

特发性肺纤维化(IPF)是一种致命的间质性肺疾病。最近的研究已经确定IPF中失调的上皮细胞、间充质、免疫和内皮细胞之间与非编码RNA存在着某种联系。文章总结lncRNA、miRNA和mRNA之间的相互影响,通过“ceRNA”机制,形成了lncRNA-miRNA-m... 特发性肺纤维化(IPF)是一种致命的间质性肺疾病。最近的研究已经确定IPF中失调的上皮细胞、间充质、免疫和内皮细胞之间与非编码RNA存在着某种联系。文章总结lncRNA、miRNA和mRNA之间的相互影响,通过“ceRNA”机制,形成了lncRNA-miRNA-mRNA调控网络,并在肺纤维化中作用显著。近年来,随着络病理论的不断发展,作者基于肺络构效理论,探析在IPF进程中“肺虚络瘀”与lncRNA-miRNA-mRNA调控网络的相关性,并为IPF的发病机制和治疗提供新的理论。 展开更多

关键词 络病理论 特发性肺纤维化 肺虚络瘀 中医药 lncrna-mirna-mRNA ceRNA

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lncRNA/miRNA调控轴在鼻咽癌发生发展中的作用 被引量：6

8

作者 邬文燕 李涛 《中国肿瘤生物治疗杂志》 CAS CSCD 北大核心 2019年第10期1172-1176,共5页

长链非编码RNA(lncRNA)是一类长度超过200个核苷酸的非蛋白质编码RNA,在表观遗传、转录和转录后水平调控各种生物学功能。微小RNA(miRNA)是一类长度为19~25个核苷酸的小的非编码RNA,通过诱导mRNA降解或抑制其翻译,在转录后水平调控基因... 长链非编码RNA(lncRNA)是一类长度超过200个核苷酸的非蛋白质编码RNA,在表观遗传、转录和转录后水平调控各种生物学功能。微小RNA(miRNA)是一类长度为19~25个核苷酸的小的非编码RNA,通过诱导mRNA降解或抑制其翻译,在转录后水平调控基因表达。多项研究显示,lncRNA和miRNA与鼻咽癌的发生发展密切相关,然而其潜在的分子机制尚未阐明。目前认为,lncRNA和miRNA之间的相互作用形成的lncRNA/miRNA轴可以通过调控某些经典信号转导途径或相关蛋白的表达参与鼻咽癌的发生发展。本文介绍了lncRNA/miRNA调控轴在鼻咽癌生长、转移和治疗中的作用及其机制,并初步总结了现阶段已知的鼻咽癌中lncRNA和miRNA相互作用调控网络。 展开更多

关键词 鼻咽癌 lncrna/mirna调控轴 生长 转移 治疗

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lncRNA-miRNA轴调控骨肉瘤相关信号通路的研究进展 被引量：1

9

作者 阳庆林 柯义兵 +2 位作者 兰志杰 郭浩然 王勇平 《临床与实验病理学杂志》 CAS 北大核心 2024年第7期751-754,共4页

骨肉瘤是起源于骨组织的高度恶性原发性肿瘤,其发生、发展机制复杂,病死率和致残率均较高。lncRNA与miRNA是常见的非编码RNA,两者之间存在调控关系,与人类的健康密切相关。研究表明,lncRNA与miRNA在骨肉瘤中呈现明显的差异性表达,对骨... 骨肉瘤是起源于骨组织的高度恶性原发性肿瘤,其发生、发展机制复杂,病死率和致残率均较高。lncRNA与miRNA是常见的非编码RNA,两者之间存在调控关系,与人类的健康密切相关。研究表明,lncRNA与miRNA在骨肉瘤中呈现明显的差异性表达,对骨肉瘤的发生、发展起重要作用,并通过不同的信号通路调控骨肉瘤的发生、发展。该文就lncRNA、miRNA的调控关系和lncRNA-miRNA轴相关信号通路与骨肉瘤的发生、发展作一综述,旨在为骨肉瘤的分子机制和靶向治疗提供参考。 展开更多

关键词 骨肉瘤 非编码RNA lncrna-mirna轴 信号通路 分子机制 文献综述

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基于lncRNA-miRNA-mRNA调控网络的骨关节炎关键基因筛选与分析及中药预测

10

作者 孔德隆 陈彦华 +2 位作者 弭德扬 张浩杰 陈高鹏 《现代中医药》 CAS 2024年第4期109-118,共10页

目的 通过构建lncRNA-miRNA-mRNA调控网络揭示骨关节炎的关键基因,并预测其潜在治疗药物。方法 从基因表达综合数据库(Gene Expression Omnibus, GEO)数据库获取骨关节炎(Osteoarthritis, OA)和正常骨关节样品差异表达的lncRNA和mRNA,... 目的 通过构建lncRNA-miRNA-mRNA调控网络揭示骨关节炎的关键基因,并预测其潜在治疗药物。方法 从基因表达综合数据库(Gene Expression Omnibus, GEO)数据库获取骨关节炎(Osteoarthritis, OA)和正常骨关节样品差异表达的lncRNA和mRNA,并通过miRDB、miRTarBase、TargetScan数据库预测miRNA,并整合lncRNA-miRNA与miRNA-mRNA表达谱的相互作用,以构建ceRNA网络。将miRNA预测靶基因与差异表达mRNA取交集,构建PPI网络图,并进行GO功能和KEGG通路富集分析。利用Coremine Medical数据库筛选核心靶点预测得到的中药。结果 共鉴定出339个DEmRNA和476个lncRNA。在ceRNA网络中总共获得了4个差异的lncRNA-miRNA相互作用和39个失调的miRNA-mRNA相互作用,包括4个DElncRNA,20个miRNA和39个DEmRNA。PPI网络图鉴定出VEGFA、DDIT4、MMP2、SESN1、VCAN等10个靶点可能是调控骨关节炎的核心靶点。随后的富集分析表明,这些mRNA在OA的发展过程中调节了生物代谢、细胞外基质的组织和免疫反应等生物过程,并丰富了HIF-1信号通路和PI3K-Akt信号通路。预测得到丹参、郁金、姜黄、黄芪、白花蛇舌草等中药可能是治疗OA的潜在药物。结论 这项研究为OA中与lncRNA相关的ceRNA网络提供了新颖的见解,丹参、郁金、姜黄、白花蛇舌草可能是治疗OA潜在药物。 展开更多

关键词 lncrna-mirna-mRNA 骨关节炎 关键基因 药物预测

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基于转录组学的原发性血小板增多症血小板活化相关基因分析

11

作者 孙妍 杨二鹏 +7 位作者 李雨蒙 牛继聪 赵霈 刘为易 陈卓 王明镜 范腾 胡晓梅 《中国实验血液学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2024年第6期1814-1821,共8页

目的:基于转录组测序技术分析原发性血小板增多症(ET)血小板活化相关基因,寻找与ET血栓形成相关的潜在靶点。方法:收集ET患者和健康人的血液标本进行转录组测序,选取差异表达的lncRNA、miRNA和mRNA,构建lncRNA-miRNA-mRNA调控网络。使... 目的:基于转录组测序技术分析原发性血小板增多症(ET)血小板活化相关基因,寻找与ET血栓形成相关的潜在靶点。方法:收集ET患者和健康人的血液标本进行转录组测序,选取差异表达的lncRNA、miRNA和mRNA,构建lncRNA-miRNA-mRNA调控网络。使用基因本体论(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)对调控网络中的差异mRNA进行富集分析。应用实时荧光定量PCR(Real-time PCR)方法验证关键信号通路上的差异mRNA。结果:共鉴定出差异表达的32个lncRNA(3个上调、29个下调)、16个miRNA(8个上调、8个下调)和35个mRNA(27个上调、8个下调)。其中5个lncRNA、12个miRNA和19个mRNA构成调控网络。KEGG富集分析显示,差异mRNA与血小板活化信号通路相关,与血小板活化相关的差异mRNA有6个,分别为F2R、ITGA2B、ITGB1、ITGB3、PTGS1和GP1BB,均表达上调。RT-PCR验证结果显示,与健康人相比,ET患者5个mRNA包括F2R、ITGA2B、ITGB1、ITGB3和GP1BB表达水平上调,与转录组测序结果一致,而PTGS1表达无显著差异。结论:ET患者差异mRNA与血小板活化通路相关,F2R、ITGA2B、ITGB1、ITGB3和GP1BB mRNA可作为ET血小板活化相关的新靶点。 展开更多

关键词 原发性血小板增多症 转录组学 lncrna-mirna-mRNA 血小板活化

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LncRNA XLOC015132对山羊黑色素沉积的影响及其lncRNA-miRNA-mRNA轴的预测

12

作者 付琳 刘丽 +5 位作者 杨恒 王高富 任航行 周鹏 董贤文 张丽 《核农学报》 CAS CSCD 北大核心 2022年第7期1329-1338,共10页

LncRNA在哺乳动物的基因组中被广泛转录,能够通过相应的miRNA和靶基因促进黑色素瘤的侵袭和转移。为探究LncRNA XLOC_015132的组织表达谱及其与黑色素沉积之间的关系,以酉州乌羊和酉州本地白山羊为试验对象,检测LncRNA XLOC_015132在各... LncRNA在哺乳动物的基因组中被广泛转录,能够通过相应的miRNA和靶基因促进黑色素瘤的侵袭和转移。为探究LncRNA XLOC_015132的组织表达谱及其与黑色素沉积之间的关系,以酉州乌羊和酉州本地白山羊为试验对象,检测LncRNA XLOC_015132在各组织中以及黑色素瘤细胞中的表达情况;同时,通过靶miRNA和靶基因预测,构建lncRNA-miRNA-mRNA调控网络。qRT-PCR结果显示,LncRNA XLOC_015132在酉州乌羊脾脏、肺、肾脏、大脑、皮肤等组织中的表达量显著高于本地白山羊(P<0.05);LncRNA XLOC_015132在B16-F10黑色素瘤细胞中的定量分析结果显示,随着B16-F10细胞的增殖,LncRNA XLOC_015132表达量呈递增趋势;LncRNA XLOC_015132与互作分子的生物信息学分析结果显示,LncRNA XLOC_015132/miR-150-5p/CCND2轴可能通过激活PI3K-AKT、Wnt等信号通路,在黑色素沉积中发挥重要作用。综合上述结果,LncRNA XLOC_015132的表达与黑色素沉积可能存在正相关关系。本研究结果为深入探究山羊皮肤黑色素沉积的lncRNA调控理论研究提供了基础。 展开更多

关键词 长链非编码RNA(lncrna) 黑色素沉积 组织表达 lncrna-mirna-mRNA轴

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耐力训练对小鼠力竭运动后心肌组织中circRNA-lncRNA-miRNA-mRNA表达谱的影响

13

作者 韩淑芳 李嘉颖 +4 位作者 殷敏 房结 李彬 王峥 宋颖 《海南医学院学报》 CAS 2023年第3期175-182,共8页

目的:明确耐力训练对小鼠力竭运动后心肌组织中circRNA-lncRNA-miRNA-mRNA表达谱的影响。方法:45只雄性C57BL/6小鼠随机分为对照(C)、低强度耐力训练(LSET)与高强度耐力训练(HSET)组(n=15)。对照组小鼠不进行跑台训练,LSET与HSET组小鼠... 目的:明确耐力训练对小鼠力竭运动后心肌组织中circRNA-lncRNA-miRNA-mRNA表达谱的影响。方法:45只雄性C57BL/6小鼠随机分为对照(C)、低强度耐力训练(LSET)与高强度耐力训练(HSET)组(n=15)。对照组小鼠不进行跑台训练,LSET与HSET组小鼠分别以30%与60%力竭运动量进行跑台训练,每天一次,每周5天,训练5周后行力竭运动。取心肌组织提取总RNA,利用Illimina转录组测序分析心肌组织中circRNA-lncRNA-miRNA-mRNA表达谱。结果:LSET与HSET组小鼠力竭运动时间与路程较C组延长,且HSET组小鼠力竭运动时间与路程长于LSET组(P<0.05)。转录组测序共筛选出54个差异表达的circRNA(28个下调和26个上调),7个差异表达的lncRNA(均下调),3个差异表达的miRNA(1个下调和2个上调),99个差异表达的mRNA(81个下调和18个上调)(P<0.05)。相互作用网络分析发现ENSMUSG00000113041、MSTRG.79740、mmu-miR-374c-5p、18个下调的mRNA与3个表达上调的mRNA构成调控网络。GO功能分析发现差异表达的mRNA主要富集在初级代谢过程与大分子合成与代谢过程。KEGG通路分析发现差异表达的mRNA主要富集于补体和凝血级联反应途径、雌激素信号通路及胰高血糖素信号通路。结论:耐力训练可以改变小鼠力竭运动后心肌组织中circRNA-lncRNA-miRNA-mRNA表达谱,这些差异表达的RNA构成调控网络影响心肌细胞的合成与代谢进而参与对心肌损伤的调节。 展开更多

关键词 耐力训练 力竭运动 circRNA-lncrna-mirna-mRNA 差异表达 调控网络

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静原鸡肌肉组织肌苷酸特异性沉积相关LNC_003828-gga-miR-107-3p-MINPP1的关联分析 被引量：1

14

作者 禹保军 邓占钊 +3 位作者 辛国省 蔡正云 顾亚玲 张娟 《中国农业科学》 CAS CSCD 北大核心 2021年第19期4229-4242,共14页

【目的】探究静原鸡肌肉组织肌苷酸沉积过程中关键调控因子的调节作用,利用lncRNA-miRNA-mRNA关联分析鉴定与肌苷酸特异性沉积相关的LNC_003828、gga-miR-107-3p和MINPP1,其作为肉质研究的候选基因,为分子辅助育种提高肌肉品质提供理论... 【目的】探究静原鸡肌肉组织肌苷酸沉积过程中关键调控因子的调节作用,利用lncRNA-miRNA-mRNA关联分析鉴定与肌苷酸特异性沉积相关的LNC_003828、gga-miR-107-3p和MINPP1,其作为肉质研究的候选基因,为分子辅助育种提高肌肉品质提供理论基础。【方法】测定15只静原鸡胸肌和腿肌的肌苷酸含量,筛选高肌苷酸含量的胸肌和低肌苷酸含量的腿肌各3个样本提取总RNA,质量检测合格后构建cDNA文库、PCR扩增,利用Agilent 2100对文库质量进行评价,库检合格后送Illumina-Hiseq平台进行转录组测序。利用生物信息学方法筛选出静原鸡肌肉组织不同部位差异表达的MINPP1、gga-miR-107-3p和LNC_003828,进行GO注释和蛋白互作网络分析MINPP1的功能。采用qRT-PCR方法检测LNC_003828、gga-miR-107-3p和MINPP1在静原鸡胸肌和腿肌组织中的表达情况,并分析其与肌苷酸含量的相关性。【结果】测序样品间基因表达水平相关性R2>0.9,即试验样本之间基因表达可用于后续的差异基因分析。参与肌苷酸合成和代谢的糖酵解/糖异生途径中检测出3个差异表达基因MINPP1、PKM和ALDH9A1。互作分析发现lncRNA-miRNA-mRNA网络图中共有17个miRNA(9个上调,8个下调)、44个mRNA(16个上调,28个下调)和155个lncRNA(68个上调、87个下调),核心节点gga-miR-107-3p互作的靶基因有MINPP1、靶lncRNA有LNC_003828。GO富集分析发现MINPP1基因具有磷酸酶活性、双磷酸甘油酸酯磷酸酶活性等功能;蛋白互作网络中MINPP1基因与参与糖酵解/糖异生和氨基酸生物合成通路中的PGAM1、ENO1、BPGM基因均有互作关系。qRT-PCR结果表明,静原鸡胸肌LNC_003828和gga-miR-107-3p的相对表达量低于腿肌,但差异不显著;胸肌MINPP1的相对表达量显著低于腿肌(P<0.05)。静原鸡胸肌和腿肌组织中gga-miR-107-3p的表达量与LNC_003828表达量均呈正相关,与MINPP1的表达量均呈负相关。胸肌和腿肌组织中LNC_003828、gga 展开更多

关键词 静原鸡 肌苷酸 gga-miR-107-3p MINPP1基因 lncrna-mirna-mRNA互作

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脊髓损伤后肌肉萎缩lncRNA⁃miRNA⁃mRNA调控网络的筛选及验证

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作者 刘付春 李筱璐 +3 位作者 刘青青 桂裕昌 张寅炜 许建文 《海南医学院学报》 CAS 2023年第9期694-702,共9页

目的:基于生物信息学分析挖掘脊髓损伤(spinal cord injury,SCI)后肌肉萎缩的关键靶点,构建lncRNA‑miRNA‑mRNA调控网络,通过动物实验验证关键调控网络在SCI后肌肉萎缩中的表达变化,为SCI后肌肉萎缩发病机制及治疗寻求新的研究方向。方法... 目的:基于生物信息学分析挖掘脊髓损伤(spinal cord injury,SCI)后肌肉萎缩的关键靶点,构建lncRNA‑miRNA‑mRNA调控网络,通过动物实验验证关键调控网络在SCI后肌肉萎缩中的表达变化,为SCI后肌肉萎缩发病机制及治疗寻求新的研究方向。方法:从GEO数据库下载GSE21497数据集,进行差异表达基因筛选、WGCNA处理,再结合在线预测数据库筛选出关键mRNA,利用DAVID数据库对关键mRNA进行GO、KEGG富集分析,构建lncRNA‑miRNA‑mRNA调控网络,挑选出关键调控基因,然后采用RT‑qPCR进行验证。结果:(1)共筛选出差异表达基因1405个,结合WGCNA和在线数据库预测,共得到30个关键mRNA;(2)GO、KEGG富集分析发现其主要在神经元的再生、保护、信号传递等功能及HIF信号通路、PD‑L1表达和PD‑1检查点通路显著富集;(3)筛选出4个(LINC00410/miR‑17‑5p/KCNK10、LINC00410/miR‑17‑5p/PCDHA3、LINC00410/miR‑20b‑5p/KCNK10、LINC00410/miR‑20b‑5p/PCDHA3)关键调控网络;(4)RT‑qPCR实验结果显示,与对照组相比,观察组模鼠miR‑17‑5p、miR‑20b‑5p表达上升,KCNK10、PCDHA3表达下降。结论:miR‑17‑5p、miR‑20b‑5p、KCNK10、PCDHA3在神经元的再生、保护、信号传递可能具有重要的调控作用,有望成为SCI后肌肉萎缩诊疗及康复的新靶点。 展开更多

关键词 脊髓损伤 肌肉萎缩 生物信息学 lncrna‑mirna‑mRNA WGCNA

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三唑磷对斑马鱼HULC基因的表达调控

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作者 贾龙略 张丹燕 +1 位作者 黄涵年 郭江峰 《科技通报》 2018年第10期86-92,共7页

HULC(highly upregulated in liver cancer)属lncRNA(长链非编码RNA),调控细胞自噬,在肝癌组织中高度上调表达。本文利用生物信息学数据库和实时荧光定量PCR技术对三唑磷处理后斑马鱼中lncRNA HULC调控机制进行研究,进一步了解lncRNA-mi... HULC(highly upregulated in liver cancer)属lncRNA(长链非编码RNA),调控细胞自噬,在肝癌组织中高度上调表达。本文利用生物信息学数据库和实时荧光定量PCR技术对三唑磷处理后斑马鱼中lncRNA HULC调控机制进行研究,进一步了解lncRNA-miRNA-mRNA的调控网络,并且深入了解农药三唑磷对斑马鱼的环境毒理影响。基于芯片技术检测HTT、HOTTIP、NEAT1、NPPA和HULC的表达情况,三唑磷处理斑马鱼前后HTT表达无差异,HOTTIP表达略微下调,NEAT1、NPPA和HULC出现明显上调表达。软件RegRNA 2. 0预测出dre-miR-2185*等7条miRNA与HULC发生相互作用,进一步预测其调控靶基因,构建调控网络。荧光定量PCR结果表明,HULC表达上调1. 5倍、dre-miR-2185*表达下调6. 63倍和离子型谷氨酸受体基因gria1a表达下调2倍。同时三者都可作为生物标志物来监测化学物质对环境和生物体的影响,以期对肝癌等相关疾病提供新的治疗方法。 展开更多

关键词 三唑磷 斑马鱼 lncrna-mirna-mRNA 生物信息学

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丹参-黄芪调节自噬防治糖尿病心肌病的lncRNA-miRNA-mRNA转录网络研究 被引量：1

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作者 郝蕊 郭凤 +2 位作者 蒋洁 马洪艳 姚蓝 《药物流行病学杂志》 CAS 2023年第10期1113-1126,共14页

目的 基于网络药理学与生物信息学技术探讨丹参-黄芪调节自噬防治糖尿病心肌病(DCM)的活性成分及构建长链非编码RNA(lncRNA)-微小RNA(miRNA)-信使RNA(mRNA)转录网络。方法 利用TCMSP数据库检索丹参-黄芪的化学成分及靶点;通过CTD、GeneC... 目的 基于网络药理学与生物信息学技术探讨丹参-黄芪调节自噬防治糖尿病心肌病(DCM)的活性成分及构建长链非编码RNA(lncRNA)-微小RNA(miRNA)-信使RNA(mRNA)转录网络。方法 利用TCMSP数据库检索丹参-黄芪的化学成分及靶点;通过CTD、GeneCards数据库筛选获得DCM和自噬的相关靶点;STRING数据库构建蛋白质-蛋白质相互作用网络并进行网络拓扑分析;通过Cytoscape软件中的Hubba插件5种算法筛选核心靶点;通过Metascape数据库对靶点进行基因本体和京都基因与基因组百科全书富集分析;利用微生信平台构建中药核心成分-核心靶点-核心信号通路网络;用Discovery Studio Client 19.1.0软件进行分子对接;用Target Scan Human、miRDB、miRTarBase数据库预测靶点mRNA上游调控的miRNAs并筛选核心miRNA;StarBase数据库预测miRNA竞争性结合的lncRNAs并筛选得到核心lnc RNA,构建竞争性内源RNA网络。结果 丹参-黄芪中调节自噬防治DCM的活性成分为丹酚酸J、丹参酮ⅡB、丹参二醇A、黄芪异黄烷苷等;其核心靶点为原癌基因、生长因子受体结合蛋白2等;核心通路为磷酯酰肌醇3激酶/蛋白激酶B、叉头转录因子、晚期糖基化终末产物-晚期糖基化终末产物受体等;基于核心靶点m RNA预测的核心miRNA为miR-4731-5p、miR-503-5p等12个;核心lncRNA为NEAT1、XIST等5个。结论 丹参-黄芪可能通过调节自噬影响细胞凋亡、氧化应激、糖代谢等过程协同发挥作用,从而达到防治DCM的作用。 展开更多

关键词 长链非编码RNA-微小RNA-信使RNA网络 丹参-黄芪 自噬 糖尿病心肌病

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lncRNA-miRNA-mRNA网络在三阴性乳腺癌中的潜在调控作用

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作者 王珍 唐娜 胡俊波 《生命的化学》 CAS 2023年第9期1412-1422,共11页

三阴性乳腺癌(triple-negative breast cancer,TNBC)是具有侵袭性的一种乳腺癌亚型,其特征是复发率和转移率较高。非编码RNA特别是长链非编码RNA(lncRNA)和microRNAs(miRNA)是人类基因转录组的主要组成部分,能与调节健康和疾病的编码转... 三阴性乳腺癌(triple-negative breast cancer,TNBC)是具有侵袭性的一种乳腺癌亚型,其特征是复发率和转移率较高。非编码RNA特别是长链非编码RNA(lncRNA)和microRNAs(miRNA)是人类基因转录组的主要组成部分,能与调节健康和疾病的编码转录本相互作用。近年来,研究证实,lncRNA、miRNA和mRNA之间复杂的调控网络在TNBC发生发展的不同方面起着重要作用,但其潜在的分子机制尚未阐明。该文主要综述了lncRNA、miRNA及其下游mRNA之间调控关系的最新研究进展,并强调了lncRNA-miRNA-mRNA网络在TNBC发生发展及诊疗中的潜在作用,旨在为了解TNBC的发病机制和开发新的诊断与治疗策略提供重要线索。 展开更多

关键词 lncrna-mirna-mRNA网络 三阴性乳腺癌 调控作用 研究进展

原文传递

长链非编码RNA与先天腭裂畸形的关系研究进展

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作者 唐璟 宋庆高 《天津医药》 CAS 北大核心 2021年第10期1111-1115,共5页

腭裂是颌面部常见的先天性发育畸形。腭部的发育有着严密的规律和精确的时空顺序,对其发育过程的任何微小干扰都可能导致腭裂的发生。长链非编码RNA(lncRNA)可从多个层面调控细胞生物学行为,与腭裂的发生发展密切相关。就lncRNA调控细... 腭裂是颌面部常见的先天性发育畸形。腭部的发育有着严密的规律和精确的时空顺序,对其发育过程的任何微小干扰都可能导致腭裂的发生。长链非编码RNA(lncRNA)可从多个层面调控细胞生物学行为,与腭裂的发生发展密切相关。就lncRNA调控细胞分化增殖、自噬和凋亡以及上皮-间充质转化的机制等方面进行介绍,并初步总结现阶段已知的腭裂中lncRNA-miRNA调控轴,以期为腭裂畸形的病因研究提供新的参考和视角。 展开更多

关键词 腭裂 基因表达调控 RNA 长链非编码 微RNAS 竞争性内源RNA lncrna-mirna调节轴

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基于生物信息学构建前列腺癌单细胞层面lncRNA-miRNA-mRNA调控网络

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作者 莫泳锋 谢远亮 +2 位作者 陈蔓莹 覃洪宇 叶雨 《广西科学》 CAS 北大核心 2022年第3期462-475,共14页

利用生物信息学筛选差异表达基因(Differentially Expressed Genes,DEGs),构建前列腺癌(Prostate Cancer,PCa)单细胞层面lncRNA-miRNA-mRNA调控网络,在分子水平上研究前列腺癌的发生发展过程及预后指标。首先从基因表达综合数据库(GEO)... 利用生物信息学筛选差异表达基因(Differentially Expressed Genes,DEGs),构建前列腺癌(Prostate Cancer,PCa)单细胞层面lncRNA-miRNA-mRNA调控网络,在分子水平上研究前列腺癌的发生发展过程及预后指标。首先从基因表达综合数据库(GEO)和癌症基因组图谱(TCGA)数据库分别下载单细胞RNA测序数据GSE157703和转录组测序数据TCGA-PRAD,通过R语言筛选差异表达信使RNA(DEmRNA)和差异表达长非编码RNA(DElncRNA),利用相关软件预测并构建lncRNA-miRNA-mRNA调控网络;然后使用R语言进行基因本体论(Gene Ontology,GO)和京都基因与基因百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)分析,运用STRING数据库、Cytoscape软件建立蛋白相互作用网络,同时对单细胞RNA测序数据进行质控、降维、聚类和分群,构建单细胞层面的lncRNA-miRNA-mRNA调控网络;最后进行生存分析,通过人类蛋白质图谱进行验证。结果显示,共得到3013个DEmRNA和1101个DElncRNA,筛选出51个lncRNA、27个miRNA和97个mRNA构建lncRNA-miRNA-mRNA调控网络。GO分析揭示靶基因在腺状细胞迁移、化学突触传递的调节等生物学过程富集,KEGG分析揭示miRNA在癌症、轴突导向和胞间的黏附等信号通路富集。通过PPI得到Top 10基因,据此整合单细胞水平上PCa单细胞转录组测序数据,得到包括肿瘤细胞在内的9个细胞群的多条精确的lncRNA-miRNA-mRNA调控轴。生存分析结果显示,ITGA2、PDLIM5H和PRRG4低表达组的无病生存期显著高于高表达组(P<0.05),免疫组织化学验证了上述基因在肿瘤组织中均有不同程度的表达。本研究成功构建了PCa单细胞水平的lncRNA-miRNA-mRNA调控网络,并发现其不仅参与PCa的发生和发展,同时在临床预后预测方面也有重要意义。 展开更多

关键词 前列腺癌 lncrna-mirna-mRNA调控网络 单细胞测序 差异表达基因 生物信息学

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