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基于液相芯片技术建立快速检测6种临床常见血流感染厌氧菌的方法及评价 被引量:1
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作者 陈梅莲 曾见芬 +4 位作者 张欣选 周文娟 余洁玲 彭兰芬 付文金 《现代检验医学杂志》 CAS 2023年第2期75-80,159,共7页
目的基于液相芯片技术建立一种可同时快速检测6种临床常见血流感染厌氧菌的方法。方法通过GenBank寻找脆弱拟杆菌、厌氧消化链球菌、具核梭杆菌、中间普雷沃菌、产气荚膜梭菌和痤疮丙酸杆菌的16S rDNA基因序列,经序列比对分析,选择菌内... 目的基于液相芯片技术建立一种可同时快速检测6种临床常见血流感染厌氧菌的方法。方法通过GenBank寻找脆弱拟杆菌、厌氧消化链球菌、具核梭杆菌、中间普雷沃菌、产气荚膜梭菌和痤疮丙酸杆菌的16S rDNA基因序列,经序列比对分析,选择菌内保守菌间特异的区域作靶序列,使用Primer 5.0软件设计特异性引物及探针,建立不对称多重PCR扩增体系,将PCR产物与偶联核酸探针的荧光微球混合物进行杂交,建立一种多重检测方法,并对该方法的特异度、灵敏度和重复性进行评价。收集2020年6月~2022年5月东莞市厚街医院阳性血厌氧培养瓶84例及阴性培养瓶16例,应用建立的方法进行检测,结果与传统培养法进行比较。结果6种厌氧菌靶基因序列经PCR扩增后,电泳成像清晰可见6条目标条带;经反应体系优化,生物素标记与非标记引物浓度比为4∶1时,选择退火温度56℃进行多重扩增,加入5μl PCR产物,52℃温育20 min检测效果最佳;各目标序列荧光强度中位值(median fluorescence intensity,MFI)>1000,无非特异性信号;最低检测限可达103cfu/ml~10^(4)cfu/ml;当菌液浓度为105cfu/ml时,批内及批间的变异系数分别在7.38%和11.10%以下;100例临床样本中6种厌氧菌的检测结果与培养法一致。结论成功建立一种快速、简便、高效的液相芯片方法,可同时检测6种常见血流感染厌氧菌。 展开更多
关键词 厌氧菌 液相芯片 多重聚合酶链式反应
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食源性沙门氏菌携带质粒介导的喹诺酮类耐药基因的液相芯片检测技术研究
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作者 杜强 黎俊宏 +5 位作者 严程 赵莹 屠博文 毛旭健 董昕 张露杰 《食品工业科技》 CAS 北大核心 2023年第9期287-295,共9页
目的:建立应用新型液相芯片技术检测食源性沙门氏菌携带的质粒介导喹诺酮类耐药(PMQR)基因中4种基因:qnrS、aac(6')-Ib-cr、oqxA、oqxB的方法。方法:针对食源性沙门氏菌携带的qnrS、aac(6')-Ib-cr、oqxA、oqxB四种PMQR基因,设... 目的:建立应用新型液相芯片技术检测食源性沙门氏菌携带的质粒介导喹诺酮类耐药(PMQR)基因中4种基因:qnrS、aac(6')-Ib-cr、oqxA、oqxB的方法。方法:针对食源性沙门氏菌携带的qnrS、aac(6')-Ib-cr、oqxA、oqxB四种PMQR基因,设计对应引物和微球,采用液相芯片技术对7株标准菌株进行特异性实验;对4株各含1种PMQR基因的食源性沙门氏菌进行重复性和灵敏度实验;然后检测来自食源性风险监测的71株耐喹诺酮类沙门氏菌,和普通PCR进行对比实验。结果:成功建立了液相芯片技术检测食源性沙门氏菌携带的qnrS、aac(6')-Ib-cr、oqxA、oqxB四种PMQR基因的方法,携带qnrS基因的耐药株检出限为5 CFU/mL、携带aac(6')-Ib-cr基因的耐药株检出限为25 CFU/mL、携带oqxA和oqxB基因的耐药株检出限为10 CFU/mL。所有阳性判定结果荧光中位值(MFI)均≥5倍阴性对照组。重复性实验变异系数(CV)均小于5%,特异性实验结果特异性100%,阴性菌株无阳性信号反应。qnrS检出率29.6%(21/71)、aac(6')-Ib-cr 35.2%(25/71)、oqxA 28.2%(20/71)、oqxB 23.9%(17/71),方法比对的结果符合率为100%。结论:实验建立的液相芯片技术检测食源性沙门氏菌质粒介导喹诺酮类耐药基因qnrS、aac(6')-Ib-cr、oqxA、oqxB的方法具有灵敏度高、特异性好、稳定性强、结果准确的特点,可以为食源性沙门氏菌PMQR基因的检测以及耐药性的监控提供技术支撑。 展开更多
关键词 液相芯片技术 xMAP xTAG PMQR 食源性沙门氏菌
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液相芯片技术快速检测CYP2C9、CYP2C19、CYP4F2、VKORC1及ABCB1基因多态性 被引量:3
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作者 许红丽 邓任堂 +7 位作者 陈梅莲 陈载鑫 黄志宏 司徒博 孔桂兴 赖丽莎 郑磊 付文金 《中华检验医学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2019年第12期1042-1050,共9页
目的基于液相芯片技术,建立一种可同时、快速检测细胞色素P4502C9(CytoChrome P4502C9,CYP2C 9)、CYP2C19、CYP4F2、维生素K环氧化物还原酶(vitamin K epoxide reductase,VKORCI)及ATP结合盒亚家族B成员l(ATP-binding cassette subfamil... 目的基于液相芯片技术,建立一种可同时、快速检测细胞色素P4502C9(CytoChrome P4502C9,CYP2C 9)、CYP2C19、CYP4F2、维生素K环氧化物还原酶(vitamin K epoxide reductase,VKORCI)及ATP结合盒亚家族B成员l(ATP-binding cassette subfamily B memberl,ABCB1)等与华法林和氯吡格雷相关药物基因多态性的方法。方法方法学的建立。从Genbank中查找与华法林和氯吡格雷药物相关的8个靶位点附近基因序列,设计特异性引物和探针;通过多重PCR扩增,等位基因特异性引物延伸(allele specific primer extension,ASPE),MagPlex-Tag微球杂交,经液相芯片系统Luminex 200检测荧光信号,确定基因型;优化反应体系并进行方法学评价。收集2017年6月至2018年12月东莞市厚街医院抗血栓治疗患者血液样本,共260例,采用建立的方法检测其8个靶位点,并与测序结果比较。结果本方法检测260例样本结果显示:纯合子荧光强度中位值(median fluorescence intensity,MFI)比率均>0.9或<0.1,杂合子MFI比率均在0.3〜0.6之间;各基因型批内和批间变异系数分别低于6.4%和10.9%;所需DNA最低检测限为0.75ng;260例样本的检测结果与测序结果完全一致。结论本研究采用液相芯片技术,成功建立了快速检测华法林和氯吡格雷相关药物基因型的方法。 展开更多
关键词 液相芯片 等位基因特异性引物延伸 华法林 氯吡格雷 单核苷酸多态性
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液相芯片技术快速检测2型糖尿病患者相关降糖药物基因多态性的方法学建立 被引量:1
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作者 邓任堂 许红丽 +4 位作者 孔桂兴 赖丽莎 揭育帮 陈梅莲 付文金 《现代检验医学杂志》 CAS 2021年第2期6-10,14,共6页
目的建立一种可同时、快速检测2型糖尿病患者降糖药相关药物基因多态性的液相芯片检测系统。方法根据7个目的基因的rs号,在Genbank中查找其靶位点附近碱基序列(目的基因包括磺脲类受体1,转录因子7类似物2,胰岛素受体底物1,过氧化物酶体... 目的建立一种可同时、快速检测2型糖尿病患者降糖药相关药物基因多态性的液相芯片检测系统。方法根据7个目的基因的rs号,在Genbank中查找其靶位点附近碱基序列(目的基因包括磺脲类受体1,转录因子7类似物2,胰岛素受体底物1,过氧化物酶体增殖物激活受体γ,有机阳离子转运蛋白与多药和有毒化合物排出家族,有机阴离子转运蛋白家族成员1B1等),以PrimerPlex软件设计等位基因特异性引物,Primer6.0软件设计含检测位点的PCR引物,通过多重PCR扩增,等位基因特异性引物延伸(ASPE),MagPlex~Tag微球杂交,液相芯片系统Luminex 200检测荧光信号,确定基因型,优化反应体系并以5份代表性标本进行方法学评价。收集2019年1月~12月东莞市厚街医院新诊2型糖尿病患者血液样本115例,采用建立的系统检测上述7个靶位点,并随机选取25例与测序结果比较。结果7个目标基因经PCR扩增,产物电泳成像后清楚可见7条目标条带,无非特异性条带;经优化ASPE杂交条件,选择退火温度55℃,Biotion~dCTP浓度与dCTP浓度的比值为3∶1,37℃孵育45 min时检测效果最佳;临床样本检测结果显示:纯合子荧光强度中位值(median fluorescence intensity,MFI)比率均>0.9或<0.1,杂合子MFI比率在0.4~0.6之间。纯合子MFI比率批内批间CV在0.9%~3.3%和2.1%~4.6%,而杂合子则在2.9%~7.3%和5.2%~11.2%;DNA最低检测限为0.75ng;25例样本的检测结果与测序结果完全一致,准确度100%。结论该研究成功建立了一种新的液相芯片检测系统,高效便捷,能同时检测7个目的基因型,满足临床的需求。 展开更多
关键词 液相芯片 等位基因特异性引物延伸 2型糖尿病 单核苷酸多态性
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液相芯片技术在感染性腹泻病原体检测中应用
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作者 曹军 管红霞 《中国公共卫生》 CSCD 北大核心 2022年第7期939-943,共5页
目的评价液相芯片技术检测感染性腹泻病原体的应用价值。方法于2015年4月—2016年4月收集江苏省无锡市人民医院(含儿童医院)肠道门诊就诊的179份腹泻病例粪便标本,采用美国Luminex公司胃肠道病原体检测试剂盒(xTAG GPP)进行检测,并与rea... 目的评价液相芯片技术检测感染性腹泻病原体的应用价值。方法于2015年4月—2016年4月收集江苏省无锡市人民医院(含儿童医院)肠道门诊就诊的179份腹泻病例粪便标本,采用美国Luminex公司胃肠道病原体检测试剂盒(xTAG GPP)进行检测,并与real-time PCR检测结果进行比较。结果xTAG GPP检出9种病原体82例,阳性检出率为45.81%(82/179),real-time PCR检出9种病原体81例,阳性检出率为45.25%(81/179),两种检测方法总符合率92.17%(165/179)。xTAG GPP检测腹泻病原体灵敏度为84.44%,特异度为93.33%,阳性预测值为92.68%,阴性预测值为85.71%。结论与传统的检测方法相比,液相芯片技术检测通量高、速度快,对常见腹泻病原体具有较高的敏感性和特异性,可用于腹泻病的快速诊断。 展开更多
关键词 液相芯片技术 感染性腹泻 real-time PCR
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