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运动强度对不同性别代谢综合征患者骨骼肌mRNA表达谱的影响
被引量：
2
1
作者
刘军
《中国医科大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2019年第12期1106-1111,共6页
目的研究运动训练及其强度对代谢综合征患者骨骼肌mRNA表达谱的影响,并探讨相关机制及潜在功能。方法从NCBI的GEO数据库下载代谢综合征患者骨骼肌基因表达数据集GSE48278。在不运动,小量中、高强度有氧运动组分别进行基因集富集分析与...
目的研究运动训练及其强度对代谢综合征患者骨骼肌mRNA表达谱的影响,并探讨相关机制及潜在功能。方法从NCBI的GEO数据库下载代谢综合征患者骨骼肌基因表达数据集GSE48278。在不运动,小量中、高强度有氧运动组分别进行基因集富集分析与领头亚群基因分析,对比不运动或不同强度运动对骨骼肌生物功能的潜在影响及其相关机制。结果与入组时比较,6个月后男性不运动组的骨骼肌细胞富集了“凋亡”,“炎症反应”,“上皮间质转化”,“KRAS信号”等通路;领头基因包括TIMP2、IL2RB、LYN、SERPINE1等。女性低强度和高强度组的骨骼肌细胞分别富集了“氧化磷酸化”,“过氧化物酶体”和“氧化磷酸化”,“脂肪酸代谢”,“HEDGEHOG信号”等通路;领头基因包括ECHS1、DLD、SDHC、ECH1、ACAA2、MDH2、ACADM、DECR1、RETSAT等。结论不运动的代谢综合征男性患者骨骼肌出现凋亡、炎症、异常增生相关的基因组学改变,运动训练可防止出现此种改变。低、中、高强度运动可增强代谢综合征女性患者骨骼肌有氧代谢、调节快慢肌纤维特性,促进骨骼肌发育及损伤修复。
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关键词
有氧运动
性别差异
运动强度
基因富集分析
领头亚群基因
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职称材料
老药新用:基于基因表达谱和Connectivity Map对丹参酮ⅡA药理作用的再认识
被引量：
1
2
作者
盛松
黄烨
+2 位作者
杨志旭
李婧
徐凤芹
《中西医结合心脑血管病杂志》
2020年第18期2967-2973,共7页
目的通过GEO基因表达谱数据和Connectivity Map(Cmap)对丹参酮ⅡA(TanⅡA)药理作用进行重定位和再认识。方法首先从GEO中下载与TanⅡA有关的基因芯片,然后使用R软件依次对原始数据进行标准化处理、填补缺失值、探针名批量转换、筛选Tan...
目的通过GEO基因表达谱数据和Connectivity Map(Cmap)对丹参酮ⅡA(TanⅡA)药理作用进行重定位和再认识。方法首先从GEO中下载与TanⅡA有关的基因芯片,然后使用R软件依次对原始数据进行标准化处理、填补缺失值、探针名批量转换、筛选TanⅡA差异基因等操作。进而使用GSEA 3.0软件对所有差异基因进行基因集富集分析(GSEA)和领头亚群分析,寻找基因集中差异表达不显著却有重要生物学意义的基因。最后通过Cmap将获得的TanⅡA差异基因和领头亚群进行药物重定位,使用Coexpedia和差异基因和领头亚群构建基因共表达网络,寻找关键基因,并进一步做共表达基因的疾病本体(DO)富集分析。结果从GEO中获得经TanⅡA和二甲基亚砜(DMSO)处理的MCF7细胞原始表达谱数据集,利用R软件获得差异表达基因369个,然后运用GSEA 3.0软件从数据集中选取得到领头亚群10个。差异基因和领头亚群合并后通过Cmap分析得到正性评分接近+1的化合物22个,提示TanⅡA具有与这些化合物相同的药理作用。使用线上工具Coexpedia构建基因共表达网络,并进一步做DO富集分析得到DO富集条目192个(P<0.05),显著富集条目70个(P<0.01)。结论基于上述分析推断TanⅡA具有多种药理作用,有治疗心血管疾病、肿瘤、呼吸系统疾病、慢性炎症性疾病等多种疾病的前景。
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关键词
丹参酮ⅡA
基因表达谱
药物重定位
领头亚群
基因共表达
疾病本体富集分析
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职称材料
题名
运动强度对不同性别代谢综合征患者骨骼肌mRNA表达谱的影响
被引量：
2
1
作者
刘军
机构
常州工程职业技术学院体育学院
出处
《中国医科大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2019年第12期1106-1111,共6页
基金
江苏省社会科学基金（2016sjb890024）
文摘
目的研究运动训练及其强度对代谢综合征患者骨骼肌mRNA表达谱的影响,并探讨相关机制及潜在功能。方法从NCBI的GEO数据库下载代谢综合征患者骨骼肌基因表达数据集GSE48278。在不运动,小量中、高强度有氧运动组分别进行基因集富集分析与领头亚群基因分析,对比不运动或不同强度运动对骨骼肌生物功能的潜在影响及其相关机制。结果与入组时比较,6个月后男性不运动组的骨骼肌细胞富集了“凋亡”,“炎症反应”,“上皮间质转化”,“KRAS信号”等通路;领头基因包括TIMP2、IL2RB、LYN、SERPINE1等。女性低强度和高强度组的骨骼肌细胞分别富集了“氧化磷酸化”,“过氧化物酶体”和“氧化磷酸化”,“脂肪酸代谢”,“HEDGEHOG信号”等通路;领头基因包括ECHS1、DLD、SDHC、ECH1、ACAA2、MDH2、ACADM、DECR1、RETSAT等。结论不运动的代谢综合征男性患者骨骼肌出现凋亡、炎症、异常增生相关的基因组学改变,运动训练可防止出现此种改变。低、中、高强度运动可增强代谢综合征女性患者骨骼肌有氧代谢、调节快慢肌纤维特性,促进骨骼肌发育及损伤修复。
关键词
有氧运动
性别差异
运动强度
基因富集分析
领头亚群基因
Keywords
aerobic
exercise
gender
difference
training
intensity
gene
set
enrichment
analysis
leading
edge
gene
分类号
R455 [医药卫生—运动医学]
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职称材料
题名
老药新用:基于基因表达谱和Connectivity Map对丹参酮ⅡA药理作用的再认识
被引量：
1
2
作者
盛松
黄烨
杨志旭
李婧
徐凤芹
机构
中国中医科学院西苑医院
出处
《中西医结合心脑血管病杂志》
2020年第18期2967-2973,共7页
文摘
目的通过GEO基因表达谱数据和Connectivity Map(Cmap)对丹参酮ⅡA(TanⅡA)药理作用进行重定位和再认识。方法首先从GEO中下载与TanⅡA有关的基因芯片,然后使用R软件依次对原始数据进行标准化处理、填补缺失值、探针名批量转换、筛选TanⅡA差异基因等操作。进而使用GSEA 3.0软件对所有差异基因进行基因集富集分析(GSEA)和领头亚群分析,寻找基因集中差异表达不显著却有重要生物学意义的基因。最后通过Cmap将获得的TanⅡA差异基因和领头亚群进行药物重定位,使用Coexpedia和差异基因和领头亚群构建基因共表达网络,寻找关键基因,并进一步做共表达基因的疾病本体(DO)富集分析。结果从GEO中获得经TanⅡA和二甲基亚砜(DMSO)处理的MCF7细胞原始表达谱数据集,利用R软件获得差异表达基因369个,然后运用GSEA 3.0软件从数据集中选取得到领头亚群10个。差异基因和领头亚群合并后通过Cmap分析得到正性评分接近+1的化合物22个,提示TanⅡA具有与这些化合物相同的药理作用。使用线上工具Coexpedia构建基因共表达网络,并进一步做DO富集分析得到DO富集条目192个(P<0.05),显著富集条目70个(P<0.01)。结论基于上述分析推断TanⅡA具有多种药理作用,有治疗心血管疾病、肿瘤、呼吸系统疾病、慢性炎症性疾病等多种疾病的前景。
关键词
丹参酮ⅡA
基因表达谱
药物重定位
领头亚群
基因共表达
疾病本体富集分析
Keywords
TanshinoneⅡA
gene
expression
profile
drug
repositioning
leading
edge
subsets
gene
co-expression
disease
ontology
enrichment
analysis
分类号
R961 [医药卫生—药理学]
R289.5 [医药卫生—药学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
运动强度对不同性别代谢综合征患者骨骼肌mRNA表达谱的影响
刘军
《中国医科大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2019
2
下载PDF
职称材料
2
老药新用:基于基因表达谱和Connectivity Map对丹参酮ⅡA药理作用的再认识
盛松
黄烨
杨志旭
李婧
徐凤芹
《中西医结合心脑血管病杂志》
2020
1
下载PDF
职称材料
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