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基于label-free定量蛋白质组学方法筛选沉默CHAF1B基因后心肌细胞差异表达蛋白及调控网络分析
1
作者 康彦红 顾爱琴 +1 位作者 张莹 黄帅 《首都医科大学学报》 CAS 北大核心 2024年第2期312-321,共10页
目的分析沉默染色质装配因子1亚基B(chromatin assembly factor 1 subunit B,CHAF1B)基因后心肌细胞中差异表达蛋白,预测CHAF1B基因调控网络,为寻找促进心肌细胞修复的潜在治疗靶点提供参考。方法采用转染和蛋白质印迹法筛选沉默CHAF1B... 目的分析沉默染色质装配因子1亚基B(chromatin assembly factor 1 subunit B,CHAF1B)基因后心肌细胞中差异表达蛋白,预测CHAF1B基因调控网络,为寻找促进心肌细胞修复的潜在治疗靶点提供参考。方法采用转染和蛋白质印迹法筛选沉默CHAF1B基因的有效小干扰RNA(small interfering RNA,siRNA)。应用有效siRNA沉默人源心肌AC16细胞CHAF1B基因后,采用细胞活力检测方法检测细胞活力;提取总蛋白质进行定量、还原、烷基化和胰蛋白酶裂解成肽段,利用高效液相串联质谱法鉴定肽段;搜索UniProt蛋白库筛选差异表达的蛋白质进行基因本体(Gene Ontology,GO)富集分析、京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)通路富集和蛋白质互作网络(protein-protein interaction networks,PPI)分析。结果siRNA有效沉默CHAF1B基因后,心肌细胞存活明显受到抑制;label-free定量蛋白质组学方法鉴定结果显示,共有69个差异表达蛋白质,其中50个表达显著上调(差异倍数≥2,P<0.05),19个表达显著下调(差异倍数≤0.5,P<0.05)。GO分析显示,差异表达蛋白质主要参与大分子复合亚基体、细胞组分生物合成和组装等生物学过程,分布在细胞质和囊泡等区域,发挥蛋白质结合等分子功能。KEGG通路富集和PPI分析显示,差异表达蛋白质参与的信号通路包括蛋白酶体、氨酰tRNA生物合成、胞吞、嘧啶代谢和氨基酸生物合成等10条信号途径;表达显著上调的蛋白质如蛋白酶体亚单位A2和B7、26 S蛋白酶体调节亚单位6B和10B参与蛋白酶体途径,丝氨酸、甘氨酸、谷氨酰胺和赖氨酸tRNA合成酶介导氨酰tRNA生物合成;表达显著下调的蛋白质包括骨架相关蛋白2/3复合体亚单位3和热休克70蛋白1样参与胞吞作用,核糖核苷-二磷酸还原酶大亚基介导嘧啶代谢等通路。实时荧光定量聚合酶链式反应结果证实,转染CHAF1B siRNA后心肌细胞中合成骨架相关蛋白2/ 展开更多
关键词 label-free定量蛋白质谱 染色质装配因子1亚基B 基因敲低
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尿素与蚯蚓水解液混合物的活性成分及其抗逆促生效果 被引量：3
2
作者 毕清扬 张华杰 +4 位作者 梅傲雪 崔文静 李俊良 朱屹 张小梅 《扬州大学学报（农业与生命科学版）》 CAS 北大核心 2021年第4期109-116,共8页
以尿素为裂解物制备蚯蚓水解液,研究其主要活性成分及其在植物抗逆促生方面的效果。结果表明:蚯蚓与尿素按质量比5∶1混合制备的新鲜蚯蚓水解液在稀释2 000倍后施用,可基本解除对种子萌发的影响,显著提高叶片SPAD值,促进植株根系生长。... 以尿素为裂解物制备蚯蚓水解液,研究其主要活性成分及其在植物抗逆促生方面的效果。结果表明:蚯蚓与尿素按质量比5∶1混合制备的新鲜蚯蚓水解液在稀释2 000倍后施用,可基本解除对种子萌发的影响,显著提高叶片SPAD值,促进植株根系生长。该水解液能显著抑制常见的植物病原菌;稀释10倍时喷施,对番茄灰霉病的防治效果可达74.8%,且能显著提高植株抗逆相关酶活性,使植株保持更高的抗氧化能力。Label-Free定量蛋白质组学研究表明,蚓激酶、α-淀粉酶、纤维素酶、ATP结合蛋白、铁蛋白和超氧化物歧化酶等是主要的具有分子功能的蛋白质。这些蛋白质在大分子物质代谢、应对和抵抗外界不良刺激以及参与细胞杀伤等过程中发挥着重要作用。 展开更多
关键词 蚯蚓 抗逆促生 label-free定量蛋白质组学 抗逆酶 功能注释
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基于Label-free技术探讨肌少-骨质疏松症与骨质疏松症患者骨组织差异蛋白的研究与分析
3
作者 陈锦成 朱国涛 +5 位作者 刘洪文 余博飞 陈彦丞 罗骏 秦晓飞 徐杰 《中国骨质疏松杂志》 CAS CSCD 北大核心 2021年第3期372-378,共7页
目的对“骨质疏松症(OP)”与“肌少-骨质疏松症(SO)”研究对象的骨组织样品进行蛋白定量检测、蛋白差异分析及差异蛋白功能富集分析,旨在筛选与鉴定出调控SO发生发展的差异蛋白。方法共收集6例SO与OP患者骨组织样品,采用Label-free定量... 目的对“骨质疏松症(OP)”与“肌少-骨质疏松症(SO)”研究对象的骨组织样品进行蛋白定量检测、蛋白差异分析及差异蛋白功能富集分析,旨在筛选与鉴定出调控SO发生发展的差异蛋白。方法共收集6例SO与OP患者骨组织样品,采用Label-free定量蛋白质组技术进行鉴定与筛选;在基因本体论(GO)生物学资源库、蛋白互作网络(PPI)系统及京都基因与基因组百科全书(KEGG)对具有显著差异的蛋白开展生物信息研究。结果在SO组与OP组中共筛选出1395个差异蛋白,经差异显著性筛选其中上调表达有21个,表达下调有9个,上下调蛋白有统计学意义;两组间差异显著的蛋白分别是过氧化物酶-1、转化生长因子-β1、线粒体转录因子A和细胞色素C氧化酶等;差异蛋白主要涉及细胞氧化还原稳态、氧化磷酸化和代谢过程。结论过氧化物酶-1、转化生长因子-β1、线粒体转录因子A和细胞色素C氧化酶等差异蛋白可能参与了SO发生发展过程。 展开更多
关键词 Sarco-osteoporosis 骨组织 label-free定量蛋白质组学 生物信息学分析
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