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用EM算法改进鸟枪法蛋白质鉴定中的无标记定量方法
被引量：
5
1
作者
薛晓芳
吴松锋
+1 位作者
朱云平
贺福初
《分析化学》
SCIE
EI
CAS
CSCD
北大核心
2007年第1期19-24,共6页
蛋白质定量是探索疾病发生发展状况和寻找新药靶标的重要手段。在shotgun蛋白组学中,目前常用定量方法包括综合同位素标记后的质谱峰强度方法和无标记定量方法。根据数据类型无标记定量方法可以分为两类:基于鉴定蛋白的质谱数的方法和...
蛋白质定量是探索疾病发生发展状况和寻找新药靶标的重要手段。在shotgun蛋白组学中,目前常用定量方法包括综合同位素标记后的质谱峰强度方法和无标记定量方法。根据数据类型无标记定量方法可以分为两类:基于鉴定蛋白的质谱数的方法和基于质谱峰强度的方法。本研究主要用EM算法改进基于鉴定蛋白质谱数的定量方法,并用免疫印迹实验获得的酵母全蛋白的丰度来验证EM算法改进后定量的有效性结果表明,改进后的质谱数和蛋白丰度的相关性比改进前有一定的提高。同时,利用这些数据对主要的几种基于鉴定蛋白的质谱数的模型进行了比较,发现PAI模型最好,SpS模型次之,emPAI模型最不适合于蛋白质定量。
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关键词
EM算法
鸟枪法
蛋白无标记定量
质谱数
下载PDF
职称材料
蛋白质组学研究中的无标记定量方法
被引量：
7
2
作者
薛晓芳
吴松锋
+1 位作者
朱云平
贺福初
《中国生物化学与分子生物学报》
CAS
CSCD
北大核心
2006年第6期442-449,共8页
蛋白质定量是探索疾病发生发展状况和寻找新药靶标的重要手段.该领域最常用的技术是比较染色后的二维凝胶上蛋白点的光密度值或综合同位素标记后的质谱峰强度方法.但此二者的样品处理方法都比较麻烦,不利于进行大规模蛋白质组的定量研究...
蛋白质定量是探索疾病发生发展状况和寻找新药靶标的重要手段.该领域最常用的技术是比较染色后的二维凝胶上蛋白点的光密度值或综合同位素标记后的质谱峰强度方法.但此二者的样品处理方法都比较麻烦,不利于进行大规模蛋白质组的定量研究.最近几年出现了利用质谱数据进行无标记定量的方法,根据数据类型这些方法可以分为2类基于鉴定蛋白的肽段数的方法和基于质谱峰强度的方法,在高通量大规模蛋白组定量研究中有很大优势.本综述主要介绍了这2类无标记定量方法的模型及优缺点,并比较了2类方法的灵敏度和准确度.肽段计数方法在检测蛋白丰度变化时更灵敏,而峰面积强度在评估蛋白比率时更准确.
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关键词
无标记蛋白定量
质谱数
峰强度
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职称材料
题名
用EM算法改进鸟枪法蛋白质鉴定中的无标记定量方法
被引量：
5
1
作者
薛晓芳
吴松锋
朱云平
贺福初
机构
军事医学科学院放射与辐射医学研究所
出处
《分析化学》
SCIE
EI
CAS
CSCD
北大核心
2007年第1期19-24,共6页
基金
国家自然科学基金委员会资助项目(创新研究群体科学基金)(No30321003)
国家863计划(No2002BA711A11
+2 种基金
2004BA711A21)
国家973计划(No2001CB510209)
北京市科技计划项目(NoH03023080590)资助项目
文摘
蛋白质定量是探索疾病发生发展状况和寻找新药靶标的重要手段。在shotgun蛋白组学中,目前常用定量方法包括综合同位素标记后的质谱峰强度方法和无标记定量方法。根据数据类型无标记定量方法可以分为两类:基于鉴定蛋白的质谱数的方法和基于质谱峰强度的方法。本研究主要用EM算法改进基于鉴定蛋白质谱数的定量方法,并用免疫印迹实验获得的酵母全蛋白的丰度来验证EM算法改进后定量的有效性结果表明,改进后的质谱数和蛋白丰度的相关性比改进前有一定的提高。同时,利用这些数据对主要的几种基于鉴定蛋白的质谱数的模型进行了比较,发现PAI模型最好,SpS模型次之,emPAI模型最不适合于蛋白质定量。
关键词
EM算法
鸟枪法
蛋白无标记定量
质谱数
Keywords
Expection
maxlmization-like
algorithm,
shotgun,
label
-
free
protein
quantification
,
spectral
count
分类号
Q51-33 [生物学—生物化学]
下载PDF
职称材料
题名
蛋白质组学研究中的无标记定量方法
被引量：
7
2
作者
薛晓芳
吴松锋
朱云平
贺福初
机构
军事医学科学院放射与辐射医学研究所
出处
《中国生物化学与分子生物学报》
CAS
CSCD
北大核心
2006年第6期442-449,共8页
基金
国家高技术研究发展计划(863计划)(No.2002BA711A11
No.2004BA711A21)
+2 种基金
国家重点基础研究发展规划(973计划)(No.2001CB510209)
北京市科技计划项目(No.H030230280590)
国家自然科学基金委员会资助项目(创新研究群体科学基金)(No.321003)~~
文摘
蛋白质定量是探索疾病发生发展状况和寻找新药靶标的重要手段.该领域最常用的技术是比较染色后的二维凝胶上蛋白点的光密度值或综合同位素标记后的质谱峰强度方法.但此二者的样品处理方法都比较麻烦,不利于进行大规模蛋白质组的定量研究.最近几年出现了利用质谱数据进行无标记定量的方法,根据数据类型这些方法可以分为2类基于鉴定蛋白的肽段数的方法和基于质谱峰强度的方法,在高通量大规模蛋白组定量研究中有很大优势.本综述主要介绍了这2类无标记定量方法的模型及优缺点,并比较了2类方法的灵敏度和准确度.肽段计数方法在检测蛋白丰度变化时更灵敏,而峰面积强度在评估蛋白比率时更准确.
关键词
无标记蛋白定量
质谱数
峰强度
Keywords
label
-
free
protein
quantification
spectra
count
peak
intensity
分类号
Q51 [生物学—生物化学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
用EM算法改进鸟枪法蛋白质鉴定中的无标记定量方法
薛晓芳
吴松锋
朱云平
贺福初
《分析化学》
SCIE
EI
CAS
CSCD
北大核心
2007
5
下载PDF
职称材料
2
蛋白质组学研究中的无标记定量方法
薛晓芳
吴松锋
朱云平
贺福初
《中国生物化学与分子生物学报》
CAS
CSCD
北大核心
2006
7
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职称材料
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