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基于网络分析细辛毒理学 被引量：17
1
作者 高皓 贾党生 +2 位作者 郝俊霞 毕开顺 李佐静 《中国实验方剂学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2019年第10期180-187,共8页
目的:采用网络毒理学的方法,通过建立化合物、蛋白、基因和毒物反应的网络关系,分析细辛中有毒物质的毒理作用机制,预测未知毒性。方法:通过在中药系统药理数据库和分析平台(TCMSP)数据库查询到的细辛候选化合物,以及在比较毒物基因组... 目的:采用网络毒理学的方法,通过建立化合物、蛋白、基因和毒物反应的网络关系,分析细辛中有毒物质的毒理作用机制,预测未知毒性。方法:通过在中药系统药理数据库和分析平台(TCMSP)数据库查询到的细辛候选化合物,以及在比较毒物基因组学数据库(CTD)中查询到的毒物信息的比对,筛选出细辛中13种有毒成分,并用Pharm Mapper Server中查询到13种成分相应的靶点蛋白等详细信息。使用Cytospace软件对这13种化学成分以及对应靶点蛋白,构建了网络结构图,发现了其中联系度最高的几种靶点蛋白。使用Cytospace软件中的Clue GO+Clue Pedia插件,进行gene ontology(GO)基因本体分析以及京都基因和基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,得出了细辛中有毒物质可能通过哪些通路对人体有害。结果:细辛中毒性成分可能通过p53,白细胞介素(IL)-17,核转录因子(NF)-kappa B,肿瘤坏死因子(TNF)-α信号通路,细胞凋亡通路诱导肿瘤以及癌的形成;通过对神经元的调节,对中枢神经系统产生抑制作用;还可能通过IL-17,TNF-α和细胞凋亡调节引起其他自身免疫系统疾病。结论:探讨细辛的毒理机制,并预测了细辛可能存在的毒性,并为预测中药成分的毒性以及探究毒性机制提供了一个方法。 展开更多
关键词 细辛 网络毒理学 基因本位分析 京都基因和基因组百科全书通路富集分析
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基于网络药理学研究生肌玉红膏治疗糖尿病溃疡的作用机制
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作者 石育弘 王鑫 +3 位作者 张建平 董小鹏 潘海邦 曾昭洋 《中国烧伤创疡杂志》 2023年第3期178-184,共7页
目的基于网络药理学研究生肌玉红膏治疗糖尿病溃疡的作用机制。方法以口服生物利用度(OB)≥30%和类药性(DL)≥0.18为标准通过中药系统药理学数据库与分析平台检索生肌玉红膏的活性化学成分及作用靶点,使用Uniprot蛋白质数据库进行标准... 目的基于网络药理学研究生肌玉红膏治疗糖尿病溃疡的作用机制。方法以口服生物利用度(OB)≥30%和类药性(DL)≥0.18为标准通过中药系统药理学数据库与分析平台检索生肌玉红膏的活性化学成分及作用靶点,使用Uniprot蛋白质数据库进行标准化处理获得靶点基因简写;检索GeneCards等数据库中糖尿病溃疡发病机制的相关基因靶点,使用Venny在线工具对生肌玉红膏作用靶点和糖尿病溃疡发病机制相关基因靶点进行交集处理,获得生肌玉红膏治疗糖尿病溃疡的潜在作用靶点;使用STRING数据库构建生肌玉红膏治疗糖尿病溃疡潜在作用靶点靶标蛋白质⁃蛋白质相互作用(PPI)网络,并用Cytoscape软件构建生肌玉红膏治疗糖尿病溃疡药物有效成分⁃作用靶点网络;使用Bioconductor生物信息软件包对生肌玉红膏治疗糖尿病溃疡核心作用靶点进行基因本体(GO)功能注释和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,并对结果进行可视化处理。结果共获得生肌玉红膏作用靶点基因1842个、糖尿病溃疡发病机制相关基因靶点857个,分析处理后获得交集靶点(生肌玉红膏治疗糖尿病溃疡潜在作用靶点)108个;生肌玉红膏治疗糖尿病溃疡潜在作用靶点PPI网络结果显示,关键作用靶点共包含白细胞介素(IL)⁃6、RAC⁃α丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶⁃1(AKT⁃1)等28个;生肌玉红膏治疗糖尿病溃疡药物有效成分⁃作用靶点网络结果显示,关键化学成分包含槲皮素、7⁃甲氧基⁃2⁃甲基异黄酮等10个;GO功能注释结果显示,共涉及生物过程(BP)条目2403个、细胞组成(CC)条目64个、分子功能(MF)条目155个;KEGG通路富集分析结果显示,共涉及通路170条。结论生肌玉红膏中的槲皮素、7⁃甲氧基⁃2⁃甲基异黄酮、毛蕊异黄酮等多种活性化学成分可能通过作用于IL⁃6、AKT⁃1等多靶点调节晚期糖基化终末产物(AGE)⁃晚期糖基化� 展开更多
关键词 糖尿病溃疡 生肌玉红膏 网络药理学 基因本体功能注释 京都基因与基因组百科全书通路富集分析
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