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猪链球菌9型噬菌体裂解酶Ply5218最小功能域及关键氨基酸位点的鉴定 被引量:1
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作者 刘洋 王兆飞 +2 位作者 孔里程 严亚贤 孙建和 《上海交通大学学报(农业科学版)》 2019年第1期41-46,共6页
为了鉴定猪链球菌9型噬菌体裂解酶Ply5218的最小活性功能域及关键氨基酸位点,利用PCR技术对全长裂解酶Ply5218进行截短并对可能与活性相关的关键氨基酸位点进行定点突变,研究截短与突变后各个蛋白的活性并与全长蛋白活性对比。结果显示... 为了鉴定猪链球菌9型噬菌体裂解酶Ply5218的最小活性功能域及关键氨基酸位点,利用PCR技术对全长裂解酶Ply5218进行截短并对可能与活性相关的关键氨基酸位点进行定点突变,研究截短与突变后各个蛋白的活性并与全长蛋白活性对比。结果显示,截短片段Ply5218_(1-147)可在平板上形成裂菌圈,仍保持裂菌活性,而比该片段更短的截短片段则失去裂菌活性,推测Ply5218_(1-147)为Ply5218的最小活性相关功能域;第8、58、136和142位点的氨基酸突变后,裂菌活性部分降低,第34和144位点的氨基酸突变后,则彻底失去裂菌活性。研究结果为深入揭示Ply5218的裂菌机制和进一步改造裂解酶提供了基础数据。 展开更多
关键词 猪链球菌 裂解酶 最小活性功能域 关键氨基酸位点
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香菇基因组中L-半胱氨酸亚砜裂解酶同源蛋白的生物信息学分析 被引量:1
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作者 王莹 鲍大鹏 +5 位作者 杨瑞恒 陈洪雨 高英女 李燕 茅文俊 吴莹莹 《菌物学报》 CAS CSCD 北大核心 2018年第12期1608-1619,共12页
L-半胱氨酸亚砜裂解酶(L-cysteine sulfoxide lyase,C-S lyase)是香菇中含硫风味物质生物合成途径的关键酶之一。本文基于6个不同香菇菌株的全基因组测序数据,挖掘了24个潜在的香菇L-半胱氨酸亚砜裂解酶(LentinulaedodesC-Slyase,Lecsl... L-半胱氨酸亚砜裂解酶(L-cysteine sulfoxide lyase,C-S lyase)是香菇中含硫风味物质生物合成途径的关键酶之一。本文基于6个不同香菇菌株的全基因组测序数据,挖掘了24个潜在的香菇L-半胱氨酸亚砜裂解酶(LentinulaedodesC-Slyase,Lecsl)同源基因,对其编码蛋白的生理生化特性、信号肽、跨膜结构域、转录活性、分子进化、保守基序和蛋白三级结构等方面进行了分析。结果发现,这24个香菇Lecsl同源蛋白含有相同的蛋白结构域(IPR015424和IPR000192),都属于L-半胱氨酸脱巯基酶家族(PTHR43092:SF2),都不含信号肽和跨膜结构,但它们的蛋白稳定性有所不同。对24个Lecsl同源蛋白进行聚类分析发现,其中的11个组成了新的进化分支,这一分支的Lecsl同源蛋白在香菇的菌丝体或子实体中有转录活性,且含有蒜酶和L-半胱氨酸脱硫酶的保守基序19,推测这一分支的Lecsl同源蛋白在香菇中具有催化产生含硫风味物质和内源性甲醛的活性。进一步分析发现,这一分支又分为两个亚支,其中一支包含已发现的Lecsl/LE01_CSL1,并且在香菇的菌丝体和子实体阶段都有转录活性;另一个亚支上的C-Slyase同源蛋白仅在菌丝体中有转录活性,推测这两个亚支的L-半胱氨酸亚砜裂解酶分别在香菇生长发育的不同阶段发挥催化作用。通过三维结构的解析,阐明了Lecsl中保守基序19亦是使蒜酶产生催化活性的关键结构域,并且利用分子动力学模拟的方法,预测保守基序19中的Asn3、Gln5和Ser6是香菇C-S lyase产生催化活性的关键氨基酸残基。 展开更多
关键词 香菇 L-半胱氨酸亚砜裂解酶 生物信息学 聚类分析 关键氨基酸
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GH46家族壳聚糖酶酸碱耐受性的关键氨基酸位点的鉴定
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作者 程伊梦 孙慧慧 +2 位作者 刘淇 赵玲 曹荣 《南方水产科学》 CAS CSCD 北大核心 2022年第2期48-56,共9页
壳寡糖具有多种生物活性,是目前仅知的唯一碱性寡糖,在食品、农业和生物医药领域应用广泛。壳聚糖酶可以特异性切割壳聚糖中的β-1,4糖苷键,形成不同聚合度的壳寡糖,因此,获得具有良好稳定性的壳聚糖酶是大规模酶法制备壳寡糖的关键。... 壳寡糖具有多种生物活性,是目前仅知的唯一碱性寡糖,在食品、农业和生物医药领域应用广泛。壳聚糖酶可以特异性切割壳聚糖中的β-1,4糖苷键,形成不同聚合度的壳寡糖,因此,获得具有良好稳定性的壳聚糖酶是大规模酶法制备壳寡糖的关键。为了鉴定影响糖苷水解酶(Glycoside hydrolase,GH)46家族壳聚糖酶酸碱耐受性的相关氨基酸位点,选取来自芽孢杆菌(Bacillus sp.)DAU101(最适pH为7.5)的壳聚糖酶为模板,以来自芽孢杆菌的壳聚糖酶Csn-BAC为研究对象,综合同源建模和序列比对的方法,选取了4个候选位点并构建了4个突变体(V1:P68A;V2:A137G;V3:A203M;V4:H234E)。结果显示,与Csn-BAC相比,4个突变体的热稳定性均出现了不同程度的下降,而酸碱耐受性有了明显的提升。结果表明,选取的氨基酸位点对酸碱耐受性均产生了显著的影响,同时表明该策略在改造壳聚糖酶稳定性方面是一种有效的方法。 展开更多
关键词 壳聚糖酶 关键氨基酸位点 序列比对 酸碱耐受性 同源建模
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过敏原表位肽与血清IgE结合能力的生物膜干涉法检测
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作者 周晓娅 张梦飞 +1 位作者 张英 吴志华 《南昌大学学报(理科版)》 CAS 北大核心 2019年第6期564-568,共5页
现有血清学方法不能实现过敏原表位肽段与IgE结合能力的定量检测和实时动态观察,生物膜干涉(biolayer interferometry,BLI)技术有望弥补这一缺点。本研究选取花生过敏原Ara h 2的一个表位肽及其点突变体为检测对象,利用生物素标记的羊抗... 现有血清学方法不能实现过敏原表位肽段与IgE结合能力的定量检测和实时动态观察,生物膜干涉(biolayer interferometry,BLI)技术有望弥补这一缺点。本研究选取花生过敏原Ara h 2的一个表位肽及其点突变体为检测对象,利用生物素标记的羊抗人IgE抗体偶联亲和素标记的生物传感器,特异性结合花生过敏患者血清IgE后,再监测花生过敏原表位肽及其突变体与IgE结合和解离的过程,并计算亲和力常数,评价它们的IgE结合能力。结果显示,表位肽及其突变体与花生过敏患者IgE的亲和力常数介于2.04×10-4到2.11之间。关键氨基酸的突变对亲和力常数影响较大,将过敏原表位肽中的34Q突变34N,38E突变为38D后,其IgE结合能力降低为1/2366。这说明BLI技术可以检测过敏原表位肽与IgE的结合能力,关键氨基酸分子量的减小或疏水性的增加,有望降低过敏原肽段的IgE结合能力。 展开更多
关键词 表位肽 IgE结合能力 生物膜干涉技术 关键氨基酸
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影响猪流感病毒致病性和传播性的关键氨基酸位点的研究进展
5
作者 赵玉仲 王彦哲 +4 位作者 考国鑫 桑浩田 韩乐斌 刘思当 肖一红 《中国动物传染病学报》 CAS 北大核心 2023年第6期194-201,共8页
猪流感病毒(SIV)在猪群中广泛传播,给养猪业造成重大的经济影响。流感病毒主要是通过病毒基因组的突变和不同来源流感病毒基因组的重新组合来完成自身的进化。通过以上两种方式产生的流感病毒对动物的致病性和传播性会出现显著改变。在... 猪流感病毒(SIV)在猪群中广泛传播,给养猪业造成重大的经济影响。流感病毒主要是通过病毒基因组的突变和不同来源流感病毒基因组的重新组合来完成自身的进化。通过以上两种方式产生的流感病毒对动物的致病性和传播性会出现显著改变。在这篇综述中,我们对影响SIV致病性和传播性的关键氨基酸位点的突变进行了归纳和分析,为进一步研究SIV的致病机制等方面奠定了基础。 展开更多
关键词 猪流感病毒 致病性 传播性 关键氨基酸位点
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定点突变法确定人体CYP2A6和CYP2A13香豆素代谢的关键氨基酸 被引量:2
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作者 何晓阳 孙莉 +1 位作者 SHEN Jian 洪钧言 《中山大学学报(医学科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2009年第2期126-131,共6页
【目的】通过比较人体主要尼古丁代谢酶CYP2A6和CYP2A13野生型及突变体酶蛋白对香豆素7-羥化反应的催化动力学特征,确定影响两者催化活性差异的关键氨基酸残基,提供建立评估人群尼古丁代谢酶基因多态性与吸烟行为及癌症易感性生物标记... 【目的】通过比较人体主要尼古丁代谢酶CYP2A6和CYP2A13野生型及突变体酶蛋白对香豆素7-羥化反应的催化动力学特征,确定影响两者催化活性差异的关键氨基酸残基,提供建立评估人群尼古丁代谢酶基因多态性与吸烟行为及癌症易感性生物标记的依据。【方法】运用定点突变和Sf9昆虫杆状病毒蛋白表达体系产生CYP2A6和CYP2A13在300,301以及369位点氨基酸互换的突变体蛋白质,测定系列香豆素浓度下的各个酶蛋白对香豆素7-羥化的催化反应活性,获得动力学参数并与野生型酶蛋白进行比较分析。【结果】与野生型CYP2A6相比较,其Ile300→Phe突变体催化效率(Kcat=Vmax/Km)显著下降而Gly301→Ala突变体催化效率显著上升(1.64和8.02相对于野生型3.56,P<0.01)。与之相对应,CYP2A13的Phe300→Ile突变体催化效率则明显上升而Ala301→Gly突变体催化效率显著下降(1.03和0.06相对于野生型的0.27,P<0.05)。这些酶催化特性的改变,主要是由于Vmax的改变所致。369位的氨基酸残基,无论是Ser还是Gly对CYP2A6或CYP2A13的香豆素7-羥化反应催化活性均无明显的影响。【结论】300和301位的氨基酸是影响CYP2A6及CYP2A13对香豆素7-羥化反应催化活性的关键残基,而369位氨基酸不影响此活性。 展开更多
关键词 CYP2A6 CYP2A13 点突变 香豆素代谢 关键氨基酸
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2019年潍坊地区一株登革病毒全基因组序列分析
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作者 李东英 霍锡元 +3 位作者 孙玉红 聂清 张作栋 刘淑慧 《中华卫生杀虫药械》 CAS 2023年第3期255-259,共5页
目的 分析2019年潍坊市一株登革病毒(Weifang 2019)全基因组序列及关键性氨基酸位点的突变情况。方法 收集登革病毒感染病例的血清样本,对初检阳性样本进行病毒分离、全基因组测序,构建进化树,对该序列进行核苷酸/氨基酸相似性分析。结... 目的 分析2019年潍坊市一株登革病毒(Weifang 2019)全基因组序列及关键性氨基酸位点的突变情况。方法 收集登革病毒感染病例的血清样本,对初检阳性样本进行病毒分离、全基因组测序,构建进化树,对该序列进行核苷酸/氨基酸相似性分析。结果 本研究中,分别以登革病毒1型(DENV-1)参考毒株(NC_001477.1)和原型株(EU848545.1)为对照,Weifang 2019核苷酸基因组的全序列分别检出94个和95个氨基酸位点突变,其中有57个突变位点一致。其中,3个结构蛋白和7个非结构蛋白均存在突变,蛋白NS5、E和NS1位点突变占比前3位。核苷酸序列和氨基酸序列分析发现Weifang2019与Guangdong 2014(99.5%/99.3%)、Wenzhou 2014(99.6%/99.4%)、Guangdong 2016(99.4%/99.2%)、Henan 2014(99.5%/99.3%)处于同一进化分支,且相似性均大于99%。结论 2019年潍坊地区一株登革病毒Weifang 2019与Guangdong 2014(MN018287.1)、Wenzhou 2014(KR024708.1)、Guangdong 2016(MN018286.1)和Henan 2014(KP686070.1)的遗传距离较近、相似性较高,提示Weifang 2019可能由上述地区毒株遗传进化而来。 展开更多
关键词 登革热 登革1型病毒 E氨基酸位点 关键性氨基酸
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杀虫晶体蛋白Cry1Ac与其配体N-已酰半乳糖胺的对接研究
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作者 林毅 张同武 陈智山 《江西农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2008年第1期112-118,共7页
利用同源建模得到杀虫晶体蛋白Cry1Ac的三维结构,之后模拟其与配体N-已酰半乳糖胺的对接,预测关键的氨基酸残基:N482、Q506、S501、L505和V483。Cry1Ac的虚拟突变体与N-已酰半乳糖胺之间的分子对接分析结果表明,R466、R468、R470和R472... 利用同源建模得到杀虫晶体蛋白Cry1Ac的三维结构,之后模拟其与配体N-已酰半乳糖胺的对接,预测关键的氨基酸残基:N482、Q506、S501、L505和V483。Cry1Ac的虚拟突变体与N-已酰半乳糖胺之间的分子对接分析结果表明,R466、R468、R470和R472可能对维持Cry1Ac的DomainⅢ稳定构象起着重要作用。N482和Q506两个残基均含有酰氨基,在对接中易于形成多个氢键,这对稳定对接具有重要作用。研究结果可提供一些有用的信息,用于指导杀虫晶体蛋白的理性设计。 展开更多
关键词 杀虫晶体蛋白 分子对接 同源建模 关键氨基酸
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欧亚类禽H1N1猪流感病毒研究进展 被引量:9
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作者 李海玲 张世伟 +7 位作者 冯亚莉 冷昊钰 吕嘉铭 徐艺娜 苏超凡 汤思淇 王永涛 张莹 《沈阳农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2022年第4期492-503,共12页
猪作为“流感病毒的混合容器”可以感染不同亚型的流感病毒,其中H1N1亚型在猪群中最为流行。可分为欧亚类禽H1N1猪流感病毒(Eurasian avian-like H1N1,EA H1N1)、经典猪流感病毒(Classical swine H1N1,CS H1N1)和2009年大流行H1N1病毒(2... 猪作为“流感病毒的混合容器”可以感染不同亚型的流感病毒,其中H1N1亚型在猪群中最为流行。可分为欧亚类禽H1N1猪流感病毒(Eurasian avian-like H1N1,EA H1N1)、经典猪流感病毒(Classical swine H1N1,CS H1N1)和2009年大流行H1N1病毒(2009 Pandemic H1N1,2009/H1N1)等。EA H1N1猪流感病毒自出现后便开始在欧洲和亚洲地区的猪群中快速传播,逐渐取代了当时流行的CS H1N1猪流感病毒。部分地区存在不同亚型的猪流感病毒或不同基因型的EA H1N1猪流感病毒共同传播的现象,特别是当2009/H1N1猪流感病毒出现后,为其重组提供了更多可选择的基因片段,增加了其发生重组的概率,其中G4基因型的EA H1N1猪流感病毒在哺乳动物中可表达出更强的适应性,成为优势基因型。通过氨基酸位点的突变,EA H1N1猪流感病毒实现了自身的进化,如病毒复制效率提高、毒力增强、突破物种屏障传播或耐药性的产生等,使现阶段针对其防治的手段受到牵制,多种因素共同奠定了其在传播中的主要地位,具有造成下一次流感大流行的潜力。阐明了EA H1N1猪流感病毒能够在传播过程中占据主导地位的原因,指出现阶段防治手段的局限性,并指出在以后的研究中应重点关注其在不断突破物种屏障传播时,通过基因片段的重组和关键氨基酸位点的突变而获得的适应性优势,以期为EA H1N1猪流感病毒的进一步研究提供相应的依据。 展开更多
关键词 欧亚类禽H1N1猪流感病毒 流行 重组 关键氨基酸位点 突变
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植物WRI1基因生物信息学分析 被引量:5
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作者 杨先友 黄春颖 +2 位作者 吴建峰 黄有军 张启香 《分子植物育种》 CAS CSCD 北大核心 2016年第5期1140-1151,共12页
植物转录因子WRI1特异性正向调控糖酵解和脂肪酸合成过程,是油料作物遗传育种工作的重要靶基因。本研究通过系统发育分析、基因结构分析和多序列比对,获得如下结论:(1)WRI1基因属于ANT亚族,单独聚为一支,称之为WRI1(ANT-Ⅱ)亚族。WRI1(A... 植物转录因子WRI1特异性正向调控糖酵解和脂肪酸合成过程,是油料作物遗传育种工作的重要靶基因。本研究通过系统发育分析、基因结构分析和多序列比对,获得如下结论:(1)WRI1基因属于ANT亚族,单独聚为一支,称之为WRI1(ANT-Ⅱ)亚族。WRI1(ANT-Ⅱ)亚族基因按照植物的种属亲缘关系进行聚类;(2)WRI1(ANT-Ⅱ)亚族基因具有相似的内含子-外显子结构,且相比于AP2亚族基因,与ANT-Ⅰ亚族基因更相近;(3)WRI1(ANT-Ⅱ)亚族基因AP2保守结构域内的5个关键氨基酸残基可能与该亚族转录因子的DNA结合特异性密切相关。 展开更多
关键词 WRI1 系统发育分析 基因结构 关键氨基酸残基
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赭曲霉11α羟化酶的克隆表达及关键氨基酸位点分析 被引量:3
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作者 艾露 陈文慧 +5 位作者 史京辉 任志远 沈文琦 杨嘉凝 骆健美 王敏 《生物技术通报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第4期114-123,共10页
11α,17α-双羟基黄体酮是甾体激素类药物的重要中间体,工业上主要利用霉菌对17α-羟基黄体酮的11α羟化反应制备。对赭曲霉的11α羟化酶及其关键氨基酸位点展开研究,为深入解析酶的催化机理提供基础数据。利用底物转化实验探究了10个... 11α,17α-双羟基黄体酮是甾体激素类药物的重要中间体,工业上主要利用霉菌对17α-羟基黄体酮的11α羟化反应制备。对赭曲霉的11α羟化酶及其关键氨基酸位点展开研究,为深入解析酶的催化机理提供基础数据。利用底物转化实验探究了10个羟化反应常用霉菌对17α-羟基黄体酮的转化能力,考察了赭曲霉来源的11α羟化酶CYP68J5在不同表达系统中的活性,借助结构预测、分子对接和定点突变等手段对CYP68J5的关键氨基酸位点进行解析。结果表明,赭曲霉的转化能力最强,转化时间60 h的摩尔产率达到最大值,为78.55%;其羟化酶CYP68J5在酿酒酵母中的表达活性最高;位于底物结合口袋附近的D118、F216、M488是CYP68J5的关键氨基酸位点,这些位点在维持酶的结构稳定性上发挥重要作用,是后续分子改造的潜在重要靶点。 展开更多
关键词 11α 17α-双羟基黄体酮 17α-羟基黄体酮 赭曲霉 11α羟化酶 关键氨基酸位点
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海洋氧化节杆菌KQ11右旋糖苷酶催化位点关键氨基酸 被引量:4
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作者 刘乐 丁一 +3 位作者 王紫玄 房耀维 王淑军 吕明生 《食品科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2019年第6期113-120,共8页
通过同源比对,对来自海洋氧化节杆菌(Arthrobacter oxydans KQ11)的右旋糖苷酶(记作AoDex)催化域及关键氨基酸进行预测,运用定点突变将AoDex催化域418-QTDGIELYKGSTMKNTFFNANDD-440中的5个氨基酸突变为甘氨酸,获得5种突变型右旋糖苷酶... 通过同源比对,对来自海洋氧化节杆菌(Arthrobacter oxydans KQ11)的右旋糖苷酶(记作AoDex)催化域及关键氨基酸进行预测,运用定点突变将AoDex催化域418-QTDGIELYKGSTMKNTFFNANDD-440中的5个氨基酸突变为甘氨酸,获得5种突变型右旋糖苷酶原核表达载体:pColdIII-KQN-Q418G、pColdIII-KQN-D420G、pColdIII-KQN-E423G、pColdIII-KQN-D439G、pColdIII-KQN-D440G,表达产物分别记为Q418GDex、D420GDex、E423GDex、D439GDex、D440GDex。经过发酵表达,Q418GDex、D420GDex、E423GDex、D439GDex几乎没有酶活力。D440GDex酶活力与AoDex一致;所不同的是,D440GDex在25~40℃时的酶活力提高了2~3倍,最适pH值也从AoDex的5.5变为6.5。数据表明,Q418、D420、E423、D439四个氨基酸残基是AoDex催化域中的关键氨基酸。D440突变为甘氨酸对该酶的性质有较大影响,也表明其不是催化域中的广义碱。本研究表明AoDex的催化机制与糖苷酶49家族是一致的,为AoDex的功能改造提供了理论支持。 展开更多
关键词 右旋糖苷酶 定点突变 催化域 关键氨基酸 结构预测
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拟南芥根毛功能基因AtGDPD-Like3关键氨基酸位点鉴定 被引量:1
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作者 王爽 程玉祥 夏德安 《植物研究》 CAS CSCD 北大核心 2020年第1期79-84,共6页
AtGDPD-Like3是编码甘油磷酸二酯磷酸二酯酶(GDPD)类似基因,拟南芥该家族基因AtGDPD-Like3突变体shv3存在严重的根毛发育缺陷。为了鉴定AtGDPD-Like3关键氨基酸位点,我们构建S 538 A、V 556 A和D 628 A单点突变AtGDPD-Like3,分别转化atg... AtGDPD-Like3是编码甘油磷酸二酯磷酸二酯酶(GDPD)类似基因,拟南芥该家族基因AtGDPD-Like3突变体shv3存在严重的根毛发育缺陷。为了鉴定AtGDPD-Like3关键氨基酸位点,我们构建S 538 A、V 556 A和D 628 A单点突变AtGDPD-Like3,分别转化atgdpdl3突变体并观察其恢复根毛缺陷程度。结果显示V 556 A、D 628 A位点突变AtGDPD-Like3完全恢复atgdpdl3根毛生长缺陷表型,但S 538 A突变AtGDPD-Like3只是部分恢复根毛缺陷。这些结果表明Ser 538是AtGDPD-Like3较为关键的氨基酸位点,突变影响其蛋白质功能行使,同时暗示AtGDPD-Like3还存在其它的关键氨基酸位点。此研究结果为进一步探究AtGDPD-Like3蛋白功能行使的作用机制奠定了基础。 展开更多
关键词 拟南芥 AtGDPD-Like3 关键氨基酸位点 点突变
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