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Early Detection of Colletotrichum Kahawae Disease in Coffee Cherry Based on Computer Vision Techniques
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作者 Raveena Selvanarayanan Surendran Rajendran Youseef Alotaibi 《Computer Modeling in Engineering & Sciences》 SCIE EI 2024年第4期759-782,共24页
Colletotrichum kahawae(Coffee Berry Disease)spreads through spores that can be carried by wind,rain,and insects affecting coffee plantations,and causes 80%yield losses and poor-quality coffee beans.The deadly disease ... Colletotrichum kahawae(Coffee Berry Disease)spreads through spores that can be carried by wind,rain,and insects affecting coffee plantations,and causes 80%yield losses and poor-quality coffee beans.The deadly disease is hard to control because wind,rain,and insects carry spores.Colombian researchers utilized a deep learning system to identify CBD in coffee cherries at three growth stages and classify photographs of infected and uninfected cherries with 93%accuracy using a random forest method.If the dataset is too small and noisy,the algorithm may not learn data patterns and generate accurate predictions.To overcome the existing challenge,early detection of Colletotrichum Kahawae disease in coffee cherries requires automated processes,prompt recognition,and accurate classifications.The proposed methodology selects CBD image datasets through four different stages for training and testing.XGBoost to train a model on datasets of coffee berries,with each image labeled as healthy or diseased.Once themodel is trained,SHAP algorithmto figure out which features were essential formaking predictions with the proposed model.Some of these characteristics were the cherry’s colour,whether it had spots or other damage,and how big the Lesions were.Virtual inception is important for classification to virtualize the relationship between the colour of the berry is correlated with the presence of disease.To evaluate themodel’s performance andmitigate excess fitting,a 10-fold cross-validation approach is employed.This involves partitioning the dataset into ten subsets,training the model on each subset,and evaluating its performance.In comparison to other contemporary methodologies,the model put forth achieved an accuracy of 98.56%. 展开更多
关键词 Computer vision coffee berry disease colletotrichum kahawae XG boost shapley additive explanations
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油茶炭疽病新致病菌Colletotrichum kahawae的多基因序列鉴定 被引量:13
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作者 帅小春 阮成江 +7 位作者 熊朝伟 安启明 杨明 张涛 赵艳梅 杨斯琪 马梦晗 朱元玲 《分子植物育种》 CAS CSCD 北大核心 2019年第18期5939-5945,共7页
本研究通过林间病情观察,组织分离法分离纯化病健交界处病原菌,根据柯赫氏法则检测其致病性,采用形态学方法初步鉴定了7株典型炭疽属真菌,分别为MYGD1、MYGD2、MYGD3、MYGD4、MYGD5、MYGD6和MYGD7,结合形态学及分子鉴定对该7株病原菌进... 本研究通过林间病情观察,组织分离法分离纯化病健交界处病原菌,根据柯赫氏法则检测其致病性,采用形态学方法初步鉴定了7株典型炭疽属真菌,分别为MYGD1、MYGD2、MYGD3、MYGD4、MYGD5、MYGD6和MYGD7,结合形态学及分子鉴定对该7株病原菌进行了系统鉴定。结果表明:在ITS-CAL-GAPDH-ACT-TUB 5个基因所构建的系统发育树中,MYGD7与卡哈瓦炭疽菌(Colletotrichum kahawae)以99%的置信度聚为一个独立进化分支;MYGD1与果生炭疽菌(Colletotrichum fructicola)的权威菌株ICMP18613以99%的置信度聚为一个独立进化支;MYGD2、MYGD3、MYGD4、MYGD5、MYGD6与山茶炭疽菌(Colletotrichum camelliae)的权威菌株ICMP 10643和ICMP 18542以99%的置信度聚为一个独立进化分支。根据形态学特征,结合多基因系统发育树,鉴定MYGD7为卡哈瓦炭疽菌,MYGD1为果生炭疽菌,MYGD2、MYGD3、MYGD4、MYGD5和MYGD6为山茶炭疽菌。这是卡哈瓦炭疽菌为油茶炭疽病病原菌的首次报道。炭疽病是油茶的主要病害之一,明确贵州省油茶炭疽病的病原菌种类,对该病害的科学防治具有重要意义。 展开更多
关键词 油茶(Camellia oleifera) 炭疽病 形态学特征 ITS-CAL-GAPDH-ACT-TUB 卡哈瓦炭疽菌
原文传递
大粒咖啡炭疽病病原菌形态和分子鉴定及杀菌剂筛选 被引量:1
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作者 李学俊 任圆 +4 位作者 陈红梅 曲鹏 杜华波 何鹏搏 谭万忠 《热带作物学报》 CSCD 北大核心 2024年第6期1273-1281,共9页
大粒咖啡是重要的遗传种质资源和风景园林植物,在我国部分地区有少量种植。咖啡炭疽病是影响咖啡生长发育和产量的重要真菌病害。本研究对感染炭疽病的大粒种咖啡叶片采用组织分离法进行分离,纯化后进行组织培养,利用柯赫氏法则验证其... 大粒咖啡是重要的遗传种质资源和风景园林植物,在我国部分地区有少量种植。咖啡炭疽病是影响咖啡生长发育和产量的重要真菌病害。本研究对感染炭疽病的大粒种咖啡叶片采用组织分离法进行分离,纯化后进行组织培养,利用柯赫氏法则验证其致病性,结合菌株的形态学特征和多基因序列系统发育分析对病原菌进行鉴定;用菌落生长速率法对10种药剂进行抑菌率测定。分离纯化获得4个真菌纯培养菌株,通过科赫氏法则实验结果确认,菌株KFTJ01是导致大粒种咖啡炭疽病的病原菌。采用PCR扩增成功获得菌株KFTJ01的rDNA-ITS、CAL和Tub2基因序列,其长度分别为554、489、706 bp。分别上传到NCBI GenBank进行blastn比对。结果表明,菌株KFTJ01与卡哈瓦刺盘孢(Colletotrichum kahawae)菌株WZ-135(MN856281.1)、CREADC-ER2212(MT409131.1)和YMTJ4(MK569149.1)的相似率分别达99.62%、100%、100%。用KFTJ01菌株和下载的刺盘孢属同源种菌株的3个DNA序列构建系统演化树,菌株KFTJ01与卡哈瓦刺盘孢(C.kahawae)聚集于同一分枝上(可信度为98%),因此将菌株KFTJ01鉴定为卡哈瓦刺盘孢。这是我国的一个检疫对象物种,在咖啡类作物上尚未报道,应引起高度重视。杀菌剂筛选试验结果显示,70%甲基硫菌灵WP和25%甲硫·乙唑醇SA可完全抑制KFTJ01的生长(抑菌率均为100%),抑菌中浓度(EC_(50))分别为0.0607、0.0809 mg/mL,表明这2种药剂对抑制病菌非常经济有效。由此可见,引起大粒种咖啡炭疽病的病原菌为卡哈瓦刺盘孢,这是在我国报道的一种新记录咖啡炭疽病病原菌;甲硫·乙唑醇和甲基硫菌灵对病原菌具有很好的抑菌效果。本研究结果可为大粒咖啡炭疽病的准确诊断和防控提供重要参考依据。 展开更多
关键词 大粒咖啡 炭疽病 卡哈瓦刺盘孢 多基因序列分析 杀菌剂
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