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海洋沉积物氨氧化菌群落结构的测序分析 被引量:2
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作者 贺惠 陈阳阳 +4 位作者 王勋功 甄毓 米铁柱 于志刚 李迎 《海洋科学》 CAS CSCD 北大核心 2018年第8期22-29,共8页
本文以氨氧化细菌(ammonia-oxidizing bacteria,AOB)特征基因氨单加氧酶(ammonia monooxygenase,AMO)α亚基基因(amoA)为目标基因(~491bp),分别采用克隆文库、454高通量测序和illumina测序技术对其群落结构进行了比较研究。结果表明, ... 本文以氨氧化细菌(ammonia-oxidizing bacteria,AOB)特征基因氨单加氧酶(ammonia monooxygenase,AMO)α亚基基因(amoA)为目标基因(~491bp),分别采用克隆文库、454高通量测序和illumina测序技术对其群落结构进行了比较研究。结果表明, 454高通量测序和illumina测序技术得到的菌群多样性及丰富度均高于克隆文库技术。在菌群组成方面,虽然3种测序技术检测到的优势类群均为亚硝化螺菌,但在菌群丰度方面存在差异。3种测序技术中,克隆文库技术在很大程度上可能高估物种丰度,且对部分低丰度类群的检测能力有限;illumina单端测序由于其测序片段较短,可能存在物种注释错误、不能准确区分各物种间序列差异等问题;比较而言, 454高通量测序技术能较为全面和准确地反映海洋沉积物中AOB的菌群结构特征。 展开更多
关键词 氨氧化细菌 454高通量测序技术 illumina测序技术 克隆文库 沉积物
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基于illumina测序技术的IGROV-1/CP细胞中miRNA种类鉴定及相对丰度分析
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作者 张政希 莫凡 +3 位作者 郭妍 徐学敏 林标扬 李伟 《分析测试学报》 CAS CSCD 北大核心 2009年第2期129-134,共6页
从正常培养的IGROV-1/CP细胞中提取小RNA,构建小RNA的cDNA文库,然后用illum ina通用测序平台对上述cDNA文库进行测序。从测序获得的序列数据中去除冗余数据后,与已知人类m iRNA序列数据库进行比对,获得IGROV-1/CP细胞m iRNA表达谱。以... 从正常培养的IGROV-1/CP细胞中提取小RNA,构建小RNA的cDNA文库,然后用illum ina通用测序平台对上述cDNA文库进行测序。从测序获得的序列数据中去除冗余数据后,与已知人类m iRNA序列数据库进行比对,获得IGROV-1/CP细胞m iRNA表达谱。以所获的序列长度与已知人类m iRNA数据库中序列长度差异不大于2和无碱基错配为限制条件,共找到53种已知m iRNA。按在cDNA文库测序中的出现频率计算,出现频率不大于10的低拷贝m iRNA最多,占检测到所有m iRNA种类的56.6%。说明illum ina通用测序技术能够在检测细胞内的各种小RNA序列的同时反应相对丰度信息,该研究利用上述新技术获得了顺铂耐药性IGROV-1/CP细胞系m iRNA表达种类和相对丰度的实验数据。 展开更多
关键词 卵巢癌 顺铂耐药性 IGROV-1/CP细胞系 MIRNA illumina测序技术
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厚朴转录组特征分析及EST-SSR标记的开发 被引量:14
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作者 杨旭 杨志玲 +1 位作者 谭美 程小燕 《核农学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第7期1318-1329,共12页
为探明厚朴的基因组信息,开发合适的生物学工具以促进厚朴的遗传育种,本研究利用Illumina-Solexa测序技术对厚朴根、茎皮、叶不同组织的9个样本进行转录组分析,获得大量的序列信息,并以转录组序列为基础进行厚朴SSR分子标记的大规模发... 为探明厚朴的基因组信息,开发合适的生物学工具以促进厚朴的遗传育种,本研究利用Illumina-Solexa测序技术对厚朴根、茎皮、叶不同组织的9个样本进行转录组分析,获得大量的序列信息,并以转录组序列为基础进行厚朴SSR分子标记的大规模发掘。结果表明,共获得了109 526条厚朴转录组序列,平均序列长度为1 023 bp,通过与蛋白数据库NR、Swiss-Prot、GO、KOG和KEGG五个数据库比对,分别有6 0361、39 942、65 535、51 351和27 310条厚朴转录组的Unigene被注释;厚朴转录组表达信息进行大通量SSR位点的发掘,发现了含SSR位点的序列25 925条,共27 721个SSR位点,SSR出现的频率为23.67%。厚朴转录组共发现了374种碱基重复模式,且CT/GA和AG/TC是主要的双碱基重复序列,AGA/TCT和AAG/TTC是主要的三碱基重复序列;随机挑选的180对SSR引物中有104对产生清晰可重复的条带,21对引物具有多态性,厚朴SSR引物多态性较高。本研究结果为厚朴及近缘种的遗传多样性分析、遗传图谱构建及比较基因组研究奠定了一定的理论基础。 展开更多
关键词 厚朴 转录组 illumina-Solexa测序技术 EST-SSR
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Illumina高通量测序技术分析中周羌稞养生酒窖泥细菌多样性 被引量:5
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作者 覃荣周 王琪林 +3 位作者 任朝琴 戴先芝 刘通 曾权高 《中国酿造》 CAS 北大核心 2017年第1期138-141,共4页
以不同窖龄(5年、10年、20年和30年)的中周羌稞养生酒窖泥为研究对象,利用Illumina高通量测序技术对窖泥细菌16S r RNA V4~V5区进行测序,分析其细菌多样性。结果表明,窖泥中细菌多样性(Shannon指数)和丰富度(Chao指数)随着窖龄的增加而... 以不同窖龄(5年、10年、20年和30年)的中周羌稞养生酒窖泥为研究对象,利用Illumina高通量测序技术对窖泥细菌16S r RNA V4~V5区进行测序,分析其细菌多样性。结果表明,窖泥中细菌多样性(Shannon指数)和丰富度(Chao指数)随着窖龄的增加而显著提高(P<0.05)。不同窖龄窖泥的细菌群落组成存在差异,盐扁菌科(Haloplasmataceae)、乳酸杆菌科(Lactobacillaceae),瘤胃球菌属(Ruminococcaceae)和梭菌属(Clostridium)为不同窖龄窖泥的共有细菌;类芽孢杆菌属(Paemibacillus)、芽孢杆菌属(Bacillus)、消化球菌科(Peptococcaceae)、喜盐芽孢杆菌属(Haloballus)和链球菌属(Streptococcus)只出现在30年窖龄窖泥中;PCA结果分析表明,相同窖龄窖泥中的细菌具有更高的相似性,说明窖龄是影响窖泥细菌群落组成的重要因素之一。 展开更多
关键词 中周羌稞养生酒 浓香型 窖泥 细菌多样性 illumina高通量测序技术
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感染唐鱼的草鱼呼肠孤病毒分离与鉴定
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作者 吴江 赵现锋 +7 位作者 陈兵 安微 孙洁 林彦星 王津津 廖立珊 赵永刚 兰文升 《中国动物检疫》 CAS 2023年第6期31-37,共7页
广东省某渔场待出境送检唐鱼(Tanichthys albonubes)样品,经病理检查未发现临床症状,取样品的肝、脾和肾等器官组织,用细胞分离培养方法检测病毒性因子,发现该批次唐鱼样品的组织提取物能够造成EPC和CHSE-214细胞发生细胞病变效应(CPE)... 广东省某渔场待出境送检唐鱼(Tanichthys albonubes)样品,经病理检查未发现临床症状,取样品的肝、脾和肾等器官组织,用细胞分离培养方法检测病毒性因子,发现该批次唐鱼样品的组织提取物能够造成EPC和CHSE-214细胞发生细胞病变效应(CPE),确定该样品携带病毒性病原。为探究唐鱼携带病原的种类,针对草鱼呼肠孤病毒(GCRV)S9核酸片段设计特异性引物,对产生CPE的细胞培养物进行RT-PCR核酸扩增和序列测定,用EPC细胞扩增该病毒,获得病毒含量为10^(6.25)TCID_(50)/mL的细胞培养物,通过高通量测序技术分析细胞培养物中的病毒类型,并用不同病毒含量的细胞培养物进行唐鱼感染性试验。测序结果经BLAST比对分析发现,扩增序列与GCRV 873株的S9核苷酸序列同源性达98%,鉴定病原为GCRV,将其命名为GCRV SZ0508株。全基因组测序序列注释为GCRV,通过vp2基因遗传进化分析发现,GCRV SZ0508属于I型GCRV。感染性试验中,感染组100%被感染,死亡率为3.3%,表明分离的GCRV能够感染唐鱼,具有造成唐鱼发生草鱼出血病的风险。 展开更多
关键词 唐鱼 草鱼呼肠孤病毒 illumina高通量测序技术
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Illumina高通量测序技术研究肌少-骨质疏松症与骨质疏松症患者骨组织microRNAs差异表达谱及差异分析 被引量:2
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作者 陈锦成 朱国涛 +5 位作者 秦晓飞 陈彦丞 罗骏 刘洪文 余博飞 徐杰 《中国骨质疏松杂志》 CAS CSCD 北大核心 2021年第9期1308-1315,共8页
目的采用高通量测序技术筛选“肌少-骨质疏松症”(sarco-osteoporosis,SO)与骨质疏松症(osteoporosis,OP)患者骨组织标本中miRNA差异表达谱,并对差异显著的miRNA进行生物信息分析。方法运用Illumina Hiseq 2500测序技术筛查2017年至201... 目的采用高通量测序技术筛选“肌少-骨质疏松症”(sarco-osteoporosis,SO)与骨质疏松症(osteoporosis,OP)患者骨组织标本中miRNA差异表达谱,并对差异显著的miRNA进行生物信息分析。方法运用Illumina Hiseq 2500测序技术筛查2017年至2019年期间福建省老年医院SO组与OP组患者的6对骨组织样品中miRNA表达谱;差异显著表达的miRNA运用层次聚类图和火山图分析,并结合基因本体论(GO)富集分析、京都基因与基因组百科全书(KEGG)信号通路分析探讨miRNA参与成肌细胞、成骨细胞增殖和分化的生物过程。结果SO组与OP组进行组间对比,12份骨组织中共鉴定到3064个(P<0.05;log2 Fold Change>0.0)差异表达的miRNAs,其中上调的1432个,下调的1632个,筛选出其中差异表达显著的22个miRNAs︱log2 Fold Change︱≥2且P<0.05包括15个在SO组骨组织中表达上调的miRNAs和7个表达下调的miRNAs;层次聚类图和火山图分析提示,SO和OP骨组织中的miRNA差异表达谱具有统计学意义;GO分析结果显示,miRNA的靶基因富集于成肌细胞与成骨细胞的生物过程,还参与细胞的氧化代谢、增殖和分化以及凋亡等生物过程。KEGG通路分析显示,hsa-miR-382-3p、hsa-miR-27a-5p、hsa-miR-1226-5p、hsa-miR-3934-5p和hsa-miR-451a的靶基因集合显著富集于NF-κB、Wnt、MAPK和P53等信号通路中。结论Illumina高通量测序技术能有效筛查出肌少-骨质疏松症骨组织中差异表达的miRNA;通过分析5个差异显著基因的下游靶基因,并结合分子生物学相关数据库与查阅大量文献发现这些差异miRNA可能参与肌少-骨质疏松症疾病状态下成骨细胞和成肌细胞多种生物活性过程。这一研究结果为后续深入研究miRNA及其靶基因调控机体骨髓间充质干细胞增殖与成骨分化的机制提供了新思路和理论依据。 展开更多
关键词 肌少-骨质疏松症 骨组织 illumina高通量测序技术 生物信息学分析
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不同倍性桤木属植物的转录组测序和分析 被引量:2
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作者 饶龙兵 杨汉波 +2 位作者 郭洪英 段红平 陈益泰 《分子植物育种》 CAS CSCD 北大核心 2016年第11期3047-3055,共9页
本研究采用Illumina高通量测序技术对3种不同倍性的桤木属植物混合样品进行转录组测序,利用生物信息学方法开展基因表达谱的研究、功能基因的预测。测序结果组装获得85 769个Unigene,总长50 200 910 bp,功能注释到NR、NT、Swiss-Prot、K... 本研究采用Illumina高通量测序技术对3种不同倍性的桤木属植物混合样品进行转录组测序,利用生物信息学方法开展基因表达谱的研究、功能基因的预测。测序结果组装获得85 769个Unigene,总长50 200 910 bp,功能注释到NR、NT、Swiss-Prot、KEGG、COG、GO库的Unigene分别是45 172、38 673、29 181、25 096、14 968和30 675个,所有注释上的Unigene是48 204个。根据KEGG pathway数据库,对桤木转录组的Contig进行pathway生物学通路的注释和预测,共识别出25 096个Unigene具有对应的功能,并关联到128条生物学通路。SSR查找发现,从85 769个Unigene中找到8 678个SSR位点,占Unigene总数的比例为10.11%。其中,二核苷酸重复所占比例最高,达到65.87%,其次是三核苷酸重复,为28.36%,四、五、六核苷酸重复类型的数量很少,总计5.77%。SSR不同重复单元类型中,出现频率最高的为AG/CT,其次是AAG/CTT和AT/AT。 展开更多
关键词 桤木属 转录组 illumina高通量测序技术 SSR
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HBsAb滴度高于10000mU/ml外周血BCR CDR3受体库的组成及特征分析 被引量:2
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作者 潘娟 石彬 +1 位作者 马龙 姚新生 《中国免疫学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2015年第3期300-303,共4页
目的:分析HBs Ab滴度>10 000 m U/ml外周血BCR CDR3受体库的组成及特征,寻找可能的HBs Ab序列,为维持后续研究提供数据基础。方法:提取HBs Ab滴度高于10 000 m U/ml样本的PBMC总DNA,外送美国Adaptive Biotechnologies Immuno SEQ平台... 目的:分析HBs Ab滴度>10 000 m U/ml外周血BCR CDR3受体库的组成及特征,寻找可能的HBs Ab序列,为维持后续研究提供数据基础。方法:提取HBs Ab滴度高于10 000 m U/ml样本的PBMC总DNA,外送美国Adaptive Biotechnologies Immuno SEQ平台行Illumina Solexa高通量测序,用IMGT数据库中的High V-QUEST软件初步分析BCR CDR3受体库IGHV、IGHJ和IGHD基因亚群的分布情况、IGHV-J配对取用情况、CDR3区氨基酸长度分布及氨基酸取用情况,并与NCBI数据库中HBs Ab序列进行比对。结果:实验样本均高频取用基因亚群IGHV3、IGHV4,IGHJ4、IGHJ6,IGHD3、IGHD6;高频取用配对IGHV3-J4、IGHV3-J6。CDR3区氨基酸长度均以14及15个氨基酸长度为中线呈正态分布,高频取用的氨基酸依次为Y、G、D、A、R、S,在107、108、109、113、114位点呈现氨基酸多样性取用,在105、106、115、116、117位点上取用氨基酸保守。与NCBI数据库中HBs Ab序列比对,得到IGHV、IGHJ、CDR3氨基酸长度完全一致的独特序列共48条。结论:HBs Ab滴度高于10 000m IU/ml样本BCR CDR3受体库的组成具备基本一致的特征,获得的48条独特序列为维持后续研究提供了坚实的数据基础。 展开更多
关键词 illumina高通量测序技术 乙肝表面抗体 BCR CDR3受体库 乙肝病毒
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