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蛋白质规则二级结构中亲疏水氨基酸的次邻关联、次次邻关联
1
作者
胡秀珍
冯立芹
《内蒙古工业大学学报（自然科学版）》
2002年第3期165-169,共5页
规则二级结构中亲-疏水氨基酸的紧邻关联特性对不同类蛋白质有不同的规律,但在同类蛋白质同类规则二级结构不同长度的片断中有相同的规律,并且亲-疏水氨基酸的关联特征是可以定位的,那么次邻关联、次次邻关联是否也有此规律呢?本文对此...
规则二级结构中亲-疏水氨基酸的紧邻关联特性对不同类蛋白质有不同的规律,但在同类蛋白质同类规则二级结构不同长度的片断中有相同的规律,并且亲-疏水氨基酸的关联特征是可以定位的,那么次邻关联、次次邻关联是否也有此规律呢?本文对此进行了讨论.
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关键词
蛋白质
亲-疏水氨基酸
冷邻关联
次次邻关联
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职称材料
C端亲-疏水氨基酸在蛋白质规则二级结构中使用规律
2
作者
胡秀珍
《内蒙古大学学报（自然科学版）》
CAS
CSCD
北大核心
2003年第3期288-293,共6页
对规则二级结构中C端亲-疏水性氨基酸的紧邻关联、次邻关联、次次邻关联作了统计分析,并给出了规则二级结构中亲-疏水氨基酸的位置择优规律.
关键词
Α-螺旋
β-折迭
亲-疏水氨基酸
紧邻关联
次邻关联
次次邻关联
下载PDF
职称材料
蛋白质规则二级结构中亲-疏水氨基酸的相对使用频率
被引量：
2
3
作者
胡秀珍
《内蒙古工业大学学报（自然科学版）》
2002年第1期24-29,共6页
本文将氨基酸椐亲 -疏水性按 1 0度简并 ,5度简并进行分类 ,然后映射于蛋白质规则二级结构中进行计算 ,用以寻找规则二级结构中亲 -疏水氨基酸的使用规律性 .
关键词
规则二级结构
蛋白质
亲-疏水性氨基酸
相对使用频率
计算
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职称材料
人的α螺旋和β折叠片断中亲疏水氨基酸多肽片断
4
作者
胡秀珍
《内蒙古工业大学学报（自然科学版）》
2002年第2期88-93,共6页
本文选取人的 α螺旋和 β折叠规则二级结构 ,计算其中所含亲 -疏水性氨基酸的多肽片断 ,找出多肽片断分布规律 。
关键词
人
Α螺旋
Β折叠
亲-疏水性氨基酸
多肽片断
蛋白质
规则二级结构
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职称材料
基于氨基酸理化特征识别疾病相关的蛋白质与金属离子配体的结合位点
5
作者
邹向辉
冯永娥
《内蒙古农业大学学报（自然科学版）》
CAS
北大核心
2024年第2期78-85,共8页
蛋白质与金属离子配体的结合在维持蛋白质结构稳定和代谢控制等方面起重要作用。为了帮助研究者理解蛋白质与金属离子相互作用的分子机制,确定蛋白质与哪种金属离子配体的结合是非常必要的。目前大部分的研究只针对金属离子结合位点与...
蛋白质与金属离子配体的结合在维持蛋白质结构稳定和代谢控制等方面起重要作用。为了帮助研究者理解蛋白质与金属离子相互作用的分子机制,确定蛋白质与哪种金属离子配体的结合是非常必要的。目前大部分的研究只针对金属离子结合位点与非结合位点的预测研究,本文基于氨基酸理化特征结合机器学习算法构建模型,针对疾病相关的蛋白质与3种金属离子配体(Ca^(2+)、Mg^(2+)、Zn^(2+))的结合位点进行三分类的识别。首先,基于国际公共数据库资源,构建了疾病相关的蛋白质与3种金属离子配体的结合位点数据库。然后,在滑动窗口下,提取5种特征(PSSM,PAAC,PDC,HAAC,HDC),再结合2种机器学习算法对3种金属离子配体的结合位点进行识别。结果发现:在单特征预测中,使用位置特异性矩阵(PSSM)的预测结果最好,预测总精度(OA)达到72.6%。最后,做了特征融合,结果发现:其他特征在联合了位置特异性矩阵(PSSM)后,结果相较于其单特征,预测总精度均有较大提高。可见该模型对于疾病相关蛋白与金属离子配体的结合位点有较好的识别能力。
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关键词
金属离子配体
位置特异性打分矩阵
亲疏水氨基酸组分
机器学习算法
原文传递
题名
蛋白质规则二级结构中亲疏水氨基酸的次邻关联、次次邻关联
1
作者
胡秀珍
冯立芹
机构
内蒙古工业大学理学院
内蒙古民族大学物理系
出处
《内蒙古工业大学学报（自然科学版）》
2002年第3期165-169,共5页
基金
内蒙古自然科学基金资助项目(20001301)
文摘
规则二级结构中亲-疏水氨基酸的紧邻关联特性对不同类蛋白质有不同的规律,但在同类蛋白质同类规则二级结构不同长度的片断中有相同的规律,并且亲-疏水氨基酸的关联特征是可以定位的,那么次邻关联、次次邻关联是否也有此规律呢?本文对此进行了讨论.
关键词
蛋白质
亲-疏水氨基酸
冷邻关联
次次邻关联
Keywords
hydrophilic
-
hydrophobic
amino
acids
tight
neighbor
correlation
sub-tight
neighbor
correlation
分类号
Q61 [生物学—生物物理学]
下载PDF
职称材料
题名
C端亲-疏水氨基酸在蛋白质规则二级结构中使用规律
2
作者
胡秀珍
机构
内蒙古工业大学
出处
《内蒙古大学学报（自然科学版）》
CAS
CSCD
北大核心
2003年第3期288-293,共6页
基金
内蒙古自然科学基金资助项目(20001301)
文摘
对规则二级结构中C端亲-疏水性氨基酸的紧邻关联、次邻关联、次次邻关联作了统计分析,并给出了规则二级结构中亲-疏水氨基酸的位置择优规律.
关键词
Α-螺旋
β-折迭
亲-疏水氨基酸
紧邻关联
次邻关联
次次邻关联
Keywords
α-helix
β-sheet
hydrophilic
-
hydrophobic
amino
acids
the
nearest
neighbor
correlation
the
second
nearest
neighbor
correlation
the
third
nearest
neighbor
correlation
分类号
Q61 [生物学—生物物理学]
下载PDF
职称材料
题名
蛋白质规则二级结构中亲-疏水氨基酸的相对使用频率
被引量：
2
3
作者
胡秀珍
机构
内蒙古工业大学基础部
出处
《内蒙古工业大学学报（自然科学版）》
2002年第1期24-29,共6页
基金
内蒙古自治区自然科学基金资助项目 (2 0 0 0 1 3 0 1 )
文摘
本文将氨基酸椐亲 -疏水性按 1 0度简并 ,5度简并进行分类 ,然后映射于蛋白质规则二级结构中进行计算 ,用以寻找规则二级结构中亲 -疏水氨基酸的使用规律性 .
关键词
规则二级结构
蛋白质
亲-疏水性氨基酸
相对使用频率
计算
Keywords
protein
hydrophilic
hydrophobic
amino
acids
relative
application
frequency
分类号
Q518.1 [生物学—生物化学]
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职称材料
题名
人的α螺旋和β折叠片断中亲疏水氨基酸多肽片断
4
作者
胡秀珍
机构
内蒙古工业大学基础部
出处
《内蒙古工业大学学报（自然科学版）》
2002年第2期88-93,共6页
基金
内蒙古自治区自然科学基金资助项目 (2 0 0 0 1 3 0 1 )
文摘
本文选取人的 α螺旋和 β折叠规则二级结构 ,计算其中所含亲 -疏水性氨基酸的多肽片断 ,找出多肽片断分布规律 。
关键词
人
Α螺旋
Β折叠
亲-疏水性氨基酸
多肽片断
蛋白质
规则二级结构
Keywords
extended
strand
particles
in
beta
ladder
alpha
helix
hydrophilic
hydrophobic
amino
acids
polypeptide
分类号
Q516 [生物学—生物化学]
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职称材料
题名
基于氨基酸理化特征识别疾病相关的蛋白质与金属离子配体的结合位点
5
作者
邹向辉
冯永娥
机构
内蒙古农业大学理学院
出处
《内蒙古农业大学学报（自然科学版）》
CAS
北大核心
2024年第2期78-85,共8页
基金
国家自然科学基金项目(62262050)
国家自然科学基金专项项目(62141204)。
文摘
蛋白质与金属离子配体的结合在维持蛋白质结构稳定和代谢控制等方面起重要作用。为了帮助研究者理解蛋白质与金属离子相互作用的分子机制,确定蛋白质与哪种金属离子配体的结合是非常必要的。目前大部分的研究只针对金属离子结合位点与非结合位点的预测研究,本文基于氨基酸理化特征结合机器学习算法构建模型,针对疾病相关的蛋白质与3种金属离子配体(Ca^(2+)、Mg^(2+)、Zn^(2+))的结合位点进行三分类的识别。首先,基于国际公共数据库资源,构建了疾病相关的蛋白质与3种金属离子配体的结合位点数据库。然后,在滑动窗口下,提取5种特征(PSSM,PAAC,PDC,HAAC,HDC),再结合2种机器学习算法对3种金属离子配体的结合位点进行识别。结果发现:在单特征预测中,使用位置特异性矩阵(PSSM)的预测结果最好,预测总精度(OA)达到72.6%。最后,做了特征融合,结果发现:其他特征在联合了位置特异性矩阵(PSSM)后,结果相较于其单特征,预测总精度均有较大提高。可见该模型对于疾病相关蛋白与金属离子配体的结合位点有较好的识别能力。
关键词
金属离子配体
位置特异性打分矩阵
亲疏水氨基酸组分
机器学习算法
Keywords
Metal
ion
ligands
Position-specific
scoring
matrix
hydrophilic
and
hydrophobic
amino
acid
components
Machine
learn-ing
algorithm
分类号
Q61 [生物学—生物物理学]
原文传递
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
蛋白质规则二级结构中亲疏水氨基酸的次邻关联、次次邻关联
胡秀珍
冯立芹
《内蒙古工业大学学报（自然科学版）》
2002
0
下载PDF
职称材料
2
C端亲-疏水氨基酸在蛋白质规则二级结构中使用规律
胡秀珍
《内蒙古大学学报（自然科学版）》
CAS
CSCD
北大核心
2003
0
下载PDF
职称材料
3
蛋白质规则二级结构中亲-疏水氨基酸的相对使用频率
胡秀珍
《内蒙古工业大学学报（自然科学版）》
2002
2
下载PDF
职称材料
4
人的α螺旋和β折叠片断中亲疏水氨基酸多肽片断
胡秀珍
《内蒙古工业大学学报（自然科学版）》
2002
0
下载PDF
职称材料
5
基于氨基酸理化特征识别疾病相关的蛋白质与金属离子配体的结合位点
邹向辉
冯永娥
《内蒙古农业大学学报（自然科学版）》
CAS
北大核心
2024
0
原文传递
已选择
0
条
导出题录
引用分析
参考文献
引证文献
统计分析
检索结果
已选文献
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