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采用伪氨基酸组成预测水解酶亚家族
被引量：
1
1
作者
李红春
张光亚
方柏山
《华侨大学学报（自然科学版）》
CAS
北大核心
2010年第3期317-321,共5页
利用伪氨基酸组成提取蛋白序列特征值,考察参数λ和w对识别效果的影响,以k-近邻作为基础分类器,用于预测水解酶的亚家族类型.结果表明,伪氨基酸组成特征提取法与单纯的20个氨基酸组成特征方法相比,其识别精度有较大程度提高.20AA组成的...
利用伪氨基酸组成提取蛋白序列特征值,考察参数λ和w对识别效果的影响,以k-近邻作为基础分类器,用于预测水解酶的亚家族类型.结果表明,伪氨基酸组成特征提取法与单纯的20个氨基酸组成特征方法相比,其识别精度有较大程度提高.20AA组成的平均预测精度为72.3%,而伪氨基酸组成特征提取的识别效果可达82.7%.在参数影响考察方面,自相关性函数个数的选取对识别效果影响较大,而权重因子w对识别效果影响则很小.
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关键词
水解酶亚家族
特征值
伪氨基酸
K-近邻
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职称材料
海洋环境来源的淀粉酶AmyP对生玉米淀粉的降解特性
被引量：
4
2
作者
彭惠
雷寅
+1 位作者
刘源涛
汪颖
《中国生物工程杂志》
CAS
CSCD
北大核心
2012年第7期79-83,共5页
来自海洋宏基因组文库的α-淀粉酶(AmyP)属于最新建立的糖苷水解酶亚家族GH13_37。AmyP是一个生淀粉降解酶,能有效降解玉米生淀粉。在最适反应条件pH 7.5和40℃下,生玉米淀粉的比活达到(39.6±1.4)U/mg。酶解反应动力学显示AmyP可...
来自海洋宏基因组文库的α-淀粉酶(AmyP)属于最新建立的糖苷水解酶亚家族GH13_37。AmyP是一个生淀粉降解酶,能有效降解玉米生淀粉。在最适反应条件pH 7.5和40℃下,生玉米淀粉的比活达到(39.6±1.4)U/mg。酶解反应动力学显示AmyP可以非常快速的降解生玉米淀粉。对1%的生玉米淀粉降解仅需要30min;4%和8%的生玉米淀粉只需3h。DTT可以显著提高AmyP对生玉米淀粉的降解活性,1%DTT促使活性增加1倍。根据电镜观察和产物分析,认为AmyP是以内腐蚀的模式降解生玉米淀粉颗粒,释放出葡萄糖、麦芽糖和麦芽三糖作为终产物。
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关键词
Α-淀粉酶
生玉米淀粉
糖苷酶家族GH13_37
酶解
原文传递
题名
采用伪氨基酸组成预测水解酶亚家族
被引量：
1
1
作者
李红春
张光亚
方柏山
机构
华侨大学工业生物技术研究所
出处
《华侨大学学报（自然科学版）》
CAS
北大核心
2010年第3期317-321,共5页
基金
国家自然科学基金资助项目(30770059)
教育部博士点科研基金资助项目(20070685001)
文摘
利用伪氨基酸组成提取蛋白序列特征值,考察参数λ和w对识别效果的影响,以k-近邻作为基础分类器,用于预测水解酶的亚家族类型.结果表明,伪氨基酸组成特征提取法与单纯的20个氨基酸组成特征方法相比,其识别精度有较大程度提高.20AA组成的平均预测精度为72.3%,而伪氨基酸组成特征提取的识别效果可达82.7%.在参数影响考察方面,自相关性函数个数的选取对识别效果影响较大,而权重因子w对识别效果影响则很小.
关键词
水解酶亚家族
特征值
伪氨基酸
K-近邻
Keywords
hydrolase
subfamily
feature
extraction
pseudo
amino
acid
composition
k-nearest
neighbor
分类号
Q556.03 [生物学—生物化学]
下载PDF
职称材料
题名
海洋环境来源的淀粉酶AmyP对生玉米淀粉的降解特性
被引量：
4
2
作者
彭惠
雷寅
刘源涛
汪颖
机构
安徽大学生命科学学院安徽省微生物与生物催化工程技术研究中心
出处
《中国生物工程杂志》
CAS
CSCD
北大核心
2012年第7期79-83,共5页
基金
安徽省自然科学基金(11040606M65)
安徽省高等学校省级自然科学研究重点项目(KJ2012A017)资助项目
文摘
来自海洋宏基因组文库的α-淀粉酶(AmyP)属于最新建立的糖苷水解酶亚家族GH13_37。AmyP是一个生淀粉降解酶,能有效降解玉米生淀粉。在最适反应条件pH 7.5和40℃下,生玉米淀粉的比活达到(39.6±1.4)U/mg。酶解反应动力学显示AmyP可以非常快速的降解生玉米淀粉。对1%的生玉米淀粉降解仅需要30min;4%和8%的生玉米淀粉只需3h。DTT可以显著提高AmyP对生玉米淀粉的降解活性,1%DTT促使活性增加1倍。根据电镜观察和产物分析,认为AmyP是以内腐蚀的模式降解生玉米淀粉颗粒,释放出葡萄糖、麦芽糖和麦芽三糖作为终产物。
关键词
Α-淀粉酶
生玉米淀粉
糖苷酶家族GH13_37
酶解
Keywords
α-Amylase
Raw
corn
starch
Glycoside
hydrolase
subfamily
GH13_37
Hydrolysis
分类号
Q556 [生物学—生物化学]
原文传递
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
采用伪氨基酸组成预测水解酶亚家族
李红春
张光亚
方柏山
《华侨大学学报（自然科学版）》
CAS
北大核心
2010
1
下载PDF
职称材料
2
海洋环境来源的淀粉酶AmyP对生玉米淀粉的降解特性
彭惠
雷寅
刘源涛
汪颖
《中国生物工程杂志》
CAS
CSCD
北大核心
2012
4
原文传递
已选择
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