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基因表达数据库对冠心病关键调控基因的生物信息学分析
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作者 艾伦娜 刘昱圻 陈韵岱 《中华老年多器官疾病杂志》 2023年第6期450-455,共6页
目的 应用基因表达(GEO)数据库对冠心病患者相关基因进行研究分析,探索新的冠心病潜在调控机制。方法 检索GEO数据库,选择冠心病患者和对照者的相关基因表达谱数据。导入处理后的冠心病患者的GSE71226数据集,利用GEO2R分析鉴定冠心病和... 目的 应用基因表达(GEO)数据库对冠心病患者相关基因进行研究分析,探索新的冠心病潜在调控机制。方法 检索GEO数据库,选择冠心病患者和对照者的相关基因表达谱数据。导入处理后的冠心病患者的GSE71226数据集,利用GEO2R分析鉴定冠心病和健康人的差异表达基因(DEGs),通过分析确定冠心病患者和对照者的差异基因。采用R语言ggplot2包进行可视化相关分析。结果 共筛选出575个DEGs。进一步构建了一个蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络,以可视化DEGs和识别中心基因。基因本体论通路富集分析显示,上调和下调DEGs的各排名前15的信号通路参与了胰岛素分泌、心脏传导系统、生长激素分泌等相关的生物过程;京都基因与基因组百科通路富集分析显示,上调和下调DEGs主要与序列特异性DNA复制、环状腺苷单磷酸酯(cAMP)、脂肪消化吸收酶等相关的信号通路等有关。进一步构建了PPI网络互作图,显示五个中心基因(SST、BBS10、CCK、POMC、HSPA9),其中SST与冠心病的预后密切相关。结论 冠心病的关键调控基因包括SST、BBS10、CCK、POMC、HSPA9,可能通过双链DNA结合、cAMP、脂肪消化吸收酶等相关的信号通路参与冠心病发病。 展开更多
关键词 冠心病 差异表达基因 关键调控基因 生物信息学分析 通路
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