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斑茅两个看家基因片段的克隆及其在基因芯片中的应用 被引量:14
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作者 张积森 李伟 +3 位作者 阙友雄 阮妙鸿 张木清 陈如凯 《热带亚热带植物学报》 CAS CSCD 北大核心 2007年第4期277-283,共7页
根据已发表的同源基因序列,利用RT-PCR技术分离了斑茅(Erianthus arundinaceus)的GAPDH和APRT两个看家基因片段,用它们作为cDNA芯片阳性参照,以未经聚乙二醇(PEG)胁迫处理的斑茅叶片为对照,和PEG胁迫的4组材料同cDNA芯片进行杂交分析。... 根据已发表的同源基因序列,利用RT-PCR技术分离了斑茅(Erianthus arundinaceus)的GAPDH和APRT两个看家基因片段,用它们作为cDNA芯片阳性参照,以未经聚乙二醇(PEG)胁迫处理的斑茅叶片为对照,和PEG胁迫的4组材料同cDNA芯片进行杂交分析。杂交结果显示,GAPDH杂交的Cy5与Cy3平均信噪比(Signal/Noise,S/N)分别为56.12和60.8,APRT杂交的Cy5与Cy3平均信噪比分别为51.06和47.25,信噪比均很高;同时两个看家基因的杂交都显示出极强的信号,其中GAPDH的杂交信号值大于10000,APRT也在8000以上,杂交结果可靠。分析了PEG胁迫4个时段BADH与两个看家基因的表达,BADH的表达有明显变化,而看家基因表达均较稳定。上述结果表明所克隆的两个看家基因在斑茅中表达量高,且PEG胁迫下表达较为稳定,是基因芯片理想的阳性参照。 展开更多
关键词 斑茅 看家基因 基因芯片 PEG
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一种植物总RNA的快速提取方法 被引量:7
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作者 刘芬 于秀梅 刘大群 《华北农学报》 CSCD 北大核心 2010年第2期140-144,共5页
为验证NaAc/无水乙醇沉淀法提取植物总RNA的质量,本研究对小麦不同组织及其他不同种属植物花的总RNA进行提取和检验,结果表明,该方法提取的植物总RNA完整性好、纯度高。以Tubulin为参照对其余4个持家基因GAPDH、Actin、Rubisco和Ubiqui... 为验证NaAc/无水乙醇沉淀法提取植物总RNA的质量,本研究对小麦不同组织及其他不同种属植物花的总RNA进行提取和检验,结果表明,该方法提取的植物总RNA完整性好、纯度高。以Tubulin为参照对其余4个持家基因GAPDH、Actin、Rubisco和Ubiquitin的表达情况进行分析。扩增结果表明,选定的各持家基因在叶锈菌侵染不同时间的小麦叶片中的表达量并不一致,且各基因在小麦叶片中的丰度也存在差异。通过对几种基因的扩增,进一步证实该方法能够满足一般分子生物学下游操作的要求,是一种理想的植物总RNA提取方法。 展开更多
关键词 植物 总RNA提取 持家基因 小麦 RT—PCR
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克罗诺杆菌DNA质粒标准样品的制备及在婴幼儿配方奶粉检测中的应用
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作者 马跃然 王晖 +4 位作者 范慧霞 赵红阳 卢行安 郜晓峰 康文艺 《食品科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2023年第12期322-331,共10页
选取阪崎克罗诺杆菌中atpD、gyrB、infB、fusA和glnS管家基因作为靶序列,构建质粒标准样品快速检测克罗诺杆菌。通过测序和菌落聚合酶链式反应(polymerase chain reaction,PCR)对构建的重组质粒进行验证,传15代后对重组质粒进行测序验... 选取阪崎克罗诺杆菌中atpD、gyrB、infB、fusA和glnS管家基因作为靶序列,构建质粒标准样品快速检测克罗诺杆菌。通过测序和菌落聚合酶链式反应(polymerase chain reaction,PCR)对构建的重组质粒进行验证,传15代后对重组质粒进行测序验证质粒稳定性。制备的atpD、gyrB、infB、fusA和glnS质粒标准样品,对其进行定性实验,并检测其检出限和稳定性,然后使用atpD、gyrB、infB、fusA和glnS质粒标准样品对婴幼儿奶粉中克罗诺杆菌进行检测。通过菌落PCR和测序结果显示atpD、gyrB、infB、fusA和glnS质粒标准样品制备成功。PCR体系对质粒标准样品检测具有特异性,atpD、gyrB、infB、fusA和glnS检出限分别为1.14×10^(6)、1.07×10^(7)、1.09×10^(7)、1.73×10^(5)、7.54×10^(5)拷贝/μL。质粒冻干粉可以在-20、4、25℃稳定保存90 d。将质粒标准样品用于23份婴幼儿奶粉样品检测,检测出1份具有gyrB管家基因。参考GB 4789.40—2016《食品微生物学检验克罗诺杆菌属(阪崎肠杆菌)检验》的方法进行传统微生物分离检测,未检测出克罗诺杆菌。相较于传统方法质粒标准样品的应用极大提高了样品的检测效率。 展开更多
关键词 克罗诺杆菌 管家基因 质粒标准样品 快速检测
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老年人肠道乳酸菌的分离与鉴定及其来源发酵乳杆菌的遗传进化分析 被引量:4
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作者 张振东 王玉荣 +3 位作者 向凡舒 侯强川 李宝坤 郭壮 《食品科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2021年第22期105-112,共8页
首先对湖北襄阳和恩施地区的健康老年人肠道乳酸菌进行分离与鉴定,然后从中选择发酵乳杆菌(Lactobacillus fermentum)进行多位点序列分型(multilocus sequence typing,MLST)分析。结果显示,基于可培养方法,湖北襄阳与恩施地区老年人肠... 首先对湖北襄阳和恩施地区的健康老年人肠道乳酸菌进行分离与鉴定,然后从中选择发酵乳杆菌(Lactobacillus fermentum)进行多位点序列分型(multilocus sequence typing,MLST)分析。结果显示,基于可培养方法,湖北襄阳与恩施地区老年人肠道乳酸菌可以鉴定为以乳杆菌属(Lactobacillus)为主的5个菌属,15个种。总的来说,发酵乳杆菌和唾液乳杆菌(L.salivarius)占老年人肠道源乳酸菌分离株总量的55%左右,表明人体肠道可以作为发酵乳杆菌的重要分离来源。基于8个持家基因的MLST分析表明,25株来源于肠道的发酵乳杆菌可以划分为25个序列型,具有极高的遗传多样性;基于选择压力分析与phi-test,选用的8个持家基因均受到纯化选择作用,且其中仅基因rpoB显著经历了基因重组事件;另外,基于Prim’s和goeBURST的进化分析表明,一半左右的肠道源发酵乳杆菌倾向于形成单独的分支,表明它们具有一定的宿主特异性,可能的原因是为适应肠道环境,这些发酵乳杆菌经历了有异于发酵食品生境的进化历程。 展开更多
关键词 老年人肠道 乳酸菌 多位点序列分型 发酵乳杆菌 持家基因
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基于多位点序列分型对新疆伊宁学龄儿童肠道两歧双歧杆菌(Bifidobacterium bifidum)群体遗传差异解析
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作者 金之烜 王平 +2 位作者 张雪玲 田丰伟 倪永清 《微生物学通报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第12期5487-5504,共18页
【背景】两歧双歧杆菌(Bifidobacterium bifidum)是专性代谢人体母乳寡糖(human milk oligosaccharides,HMOs)和宿主肠道黏膜上皮黏蛋白聚糖的肠道共栖益生菌,对生命早期健康和发育至关重要,目前对其不同人群来源的群体遗传报道较少。... 【背景】两歧双歧杆菌(Bifidobacterium bifidum)是专性代谢人体母乳寡糖(human milk oligosaccharides,HMOs)和宿主肠道黏膜上皮黏蛋白聚糖的肠道共栖益生菌,对生命早期健康和发育至关重要,目前对其不同人群来源的群体遗传报道较少。【目的】探究在有限地域内遗传、饮食相近人群来源的B.bifidum菌株集的遗传结构是否具有族群特异的规律性,为开发个性化的益生菌株提供理论基础。【方法】对来自新疆伊宁两个族群(维吾尔族和哈萨克族)学龄儿童队列的肠道两歧双歧杆菌进行分离和鉴定,共获得115个菌株,对基于细菌基因组重复序列PCR(repetitive sequence-PCR,rep-PCR)方法筛选的53株代表菌株采用多位点序列分型(multilocus sequence typing,MLST)进行群体遗传差异分析。【结果】53株代表菌株共分为37个序列型(sequence type,ST),具有很高的遗传多样性;其中26株源自维吾尔族儿童的菌株有17个ST,而20个ST来自27株哈萨克族儿童的菌株,两个族群来源的菌株之间检测到较少的同源基因重组事件。goeBURST分析显示,来自同一族群的B.bifidum分离株比来自另一族群的菌株更有可能被归入特定的系统发育分支或克隆复合体(clonal complexes,CC)。【结论】不同族群来源的B.bifidum分离株显示出较高的遗传多样性,群体遗传结构一定程度上呈现出民族族群来源的特异性,需要更大规模的取样证实。为进一步开展体内外实验并筛选针对区域族群的特色优良益生菌株提供了理论基础。 展开更多
关键词 两歧双歧杆菌 多位点序列分型 遗传多样性 克隆复合群 持家基因
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Transcriptome datasets supply basic gene information for RNAi pest management and gene functional studies in Nephotettix cincticeps(Uhler)
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作者 CHEN Tai-yu HOU Ji-xiang LIN Yong-jun 《Journal of Integrative Agriculture》 SCIE CAS CSCD 2016年第4期840-847,共8页
RNA interference (RNAi) technology has the potential to be used in pest management in crop production. Here, the transcriptome of Nephotettix cincticeps (Uhler) was deeply sequenced to investigate the systematic R... RNA interference (RNAi) technology has the potential to be used in pest management in crop production. Here, the transcriptome of Nephotettix cincticeps (Uhler) was deeply sequenced to investigate the systematic RNAi mechanism and candidate genes for dsRNA feeding. In our datasets, a total of 81 225 transcripts were obtained with the length from 150 bp to about 4.2 kb. Almost all the genes related to the RNAi core pathway were proved to be present in N. cincticeps transcriptome. Two transcripts that respectively encode a systemic interference defective (SID) were identified in our da- tabase, indicating that the systematic RNAi pathway can function effectively in N. cincticeps. Our datasets not only supply basic gene information for the studies of gene expression and functions in N. cincticeps, such as the control genes for gene expression analysis, but also provide candidate genes for RNAi pest management, such as the genes that encode P450 monooxygenase, V-ATPase and chitin synthase. 展开更多
关键词 Nephotettix cincticeps TRANSCRIPTOME RNA interference house-keeping genes
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霍乱弧菌环介导等温扩增LAMP技术检测 被引量:9
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作者 匡燕云 叶卫翔 +5 位作者 吕敬章 范放 朱海 赵芳 洪小柳 黄李华 《中国公共卫生》 CAS CSCD 北大核心 2009年第11期1310-1312,共3页
目的应用环介导等温扩增技术(LAMP)进行霍乱弧菌的快速检测。方法针对霍乱弧菌的管家基因(mdh)设计4条特异性引物(2条内引物和2条外引物),建立快速检测食品中霍乱弧菌的环介导等温扩增方法;应用该方法对17种细菌共42株菌进行LAMP扩增,... 目的应用环介导等温扩增技术(LAMP)进行霍乱弧菌的快速检测。方法针对霍乱弧菌的管家基因(mdh)设计4条特异性引物(2条内引物和2条外引物),建立快速检测食品中霍乱弧菌的环介导等温扩增方法;应用该方法对17种细菌共42株菌进行LAMP扩增,并进行确证,全面评估该方法的灵敏度、特异性、准确性等。结果该方法检测21株霍乱弧菌均得到阳性扩增结果,其余21株非霍乱弧菌均未扩增出条带,扩增反应最佳反应时间为60m in,反应温度为65℃。霍乱弧菌基因组DNA和纯培养物的检测灵敏度分别约为40 fg和50 cfu/mL。对模拟食品样品进行直接检测,检测限为70 cfu/g。结论该方法具有特异性强、灵敏度高,操作简便快速、不需要复杂仪器设备。 展开更多
关键词 霍乱弧菌 环介导等温扩增技术(LAMP) 管家基因(mdh)
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