生物信息学在分子流行病学中的应用 被引量：4

1

作者 张鼎 赵亚双 《中华疾病控制杂志》 CAS CSCD 北大核心 2021年第1期20-24,共5页

分子流行病学主要是从分子水平阐明疾病发生、发展规律及其影响因素,其研究首先必须确定生物标志物。生物信息学作为一门分析生物数据的工具学科,可以分析和整合基因组学、转录组学、表观组学及蛋白组学等标志物的高通量数据。生物信息... 分子流行病学主要是从分子水平阐明疾病发生、发展规律及其影响因素,其研究首先必须确定生物标志物。生物信息学作为一门分析生物数据的工具学科,可以分析和整合基因组学、转录组学、表观组学及蛋白组学等标志物的高通量数据。生物信息学在流行病学筛选及研究疾病易感性、病因探索、疾病诊断和预后等标志物方面发挥了重要作用。本文就生物信息学在分子流行病学研究中发挥的作用进行综述。 展开更多

关键词 分子流行病学 生物信息学 高通量数据

原文传递

生物信息学分析对于肿瘤学硕士研究生培养的意义 被引量：1

2

作者 李伟 《中国继续医学教育》 2023年第10期170-173,共4页

医学研究生教育的目标,是培养出具备较高临床诊疗水平和科研水平的医学生。然而,临床实践与科研实践往往难以兼顾,是目前医学研究生教育中面临的难题。肿瘤发生的原因,往往是由于基因的突变或表达异常。近年来,测序、芯片等高通量检测... 医学研究生教育的目标,是培养出具备较高临床诊疗水平和科研水平的医学生。然而,临床实践与科研实践往往难以兼顾,是目前医学研究生教育中面临的难题。肿瘤发生的原因,往往是由于基因的突变或表达异常。近年来,测序、芯片等高通量检测技术的普及,为肿瘤学研究提供了海量的数据。采用生物信息学的方法,对高通量数据进行分析,可以预测或证明肿瘤发生发展的分子机制,从而为肿瘤学研究提供了一种全新的策略,显著提高了肿瘤学研究的效率。将生物信息学分析,引入肿瘤学研究生的培养模式中,有助于让研究生在完成临床实践要求的前提下,仍然能够实现科研素养的提升,从而有效解决肿瘤学研究生教育中面临的临床实践与科研实践的时间分配难题。 展开更多

关键词 肿瘤学 研究生教育 生物信息学 高通量数据 信号通路 分子机制

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乳酸菌基因组代谢网络模型的研究进展 被引量：1

3

作者 艾连中 侯成杰 《食品科学技术学报》 CAS CSCD 北大核心 2021年第3期1-10,共10页

基因组代谢网络模型(genome-scale metabolic models,GEMs/GSMM)是基因组规模的细胞生化反应网络,可以定量描述基因与表型的关系,广泛应用于系统生物学、代谢工程、环境科学等领域。微生物基因组代谢网络模型是基于微生物基因组构建的... 基因组代谢网络模型(genome-scale metabolic models,GEMs/GSMM)是基因组规模的细胞生化反应网络,可以定量描述基因与表型的关系,广泛应用于系统生物学、代谢工程、环境科学等领域。微生物基因组代谢网络模型是基于微生物基因组构建的生理生化知识库,通过数学模型实现对目标微生物生理生化反应的模拟,已成为研究微生物代谢调控的重要工具。基因组代谢网络模型的构建步骤通常包括构建模型草图、人工精炼、模型转换、验证评估4个阶段。在介绍以模式微生物(大肠杆菌、枯草芽孢杆菌、酿酒酵母)为代表的微生物基因组代谢网络模型发展过程基础上,重点聚焦乳酸菌基因组代谢网络模型的研究现状,系统介绍了已构建的乳酸菌基因组代谢网络模型及其应用。对乳酸菌基因组代谢网络模型的发展方向进行了展望,提出未来乳酸菌基因组代谢网络模型的研究应在现有模型的基础上构建更高质量的代谢与大分子表达模型和泛基因组模型,为乳酸菌的研究提供更高效的工具。 展开更多

关键词 基因组代谢网络模型 乳酸菌 代谢规律 高通量数据 计算机模拟 数据整合

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乳腺癌中靶向抑制C8orf33基因表达的miRNA预测和验证的研究 被引量：1

4

作者 庄莹 樊伟平 +2 位作者 赵小芳 凌存保 杜欣娜 《重庆医学》 CAS 2020年第1期137-142,共6页

目的预测并初步验证乳腺癌中靶向抑制8号染色体开放阅读框33(C8orf33)基因表达的微小RNA(miRNA)。方法使用癌症基因组图谱(TCGA)高通量数据进行泛癌症分析,首次发现包括乳腺癌在内的多种肿瘤组织中C8orf33基因较正常组织高表达,使用该... 目的预测并初步验证乳腺癌中靶向抑制8号染色体开放阅读框33(C8orf33)基因表达的微小RNA(miRNA)。方法使用癌症基因组图谱(TCGA)高通量数据进行泛癌症分析,首次发现包括乳腺癌在内的多种肿瘤组织中C8orf33基因较正常组织高表达,使用该数据库进一步分析发现C8orf33基因在不同肿瘤组织中表达也有差异性。使用Oncomine对上述结果进行验证,Oncomine分析结果与TCGA高通量数据分析结果相一致。进一步通过starBase V2.0中PITA、clipExpNum和miRmap 3种软件预测可靶向抑制C8orf33基因表达的miRNA,分析结果取交集。使用TCGA RNAseq数据库对分析交集结果进行验证,进一步确定miRNA与C8orf33基因表达的相关性。结果TCGA数据分析结果发现C8orf33基因在膀胱癌、乳腺癌、卵巢癌和肺鳞癌组织中表达水平均高于正常组织。Oncomine验证结果发现C8orf33基因在包括乳腺癌在内的多种肿瘤组织中表达水平与正常组织不同,且在多种肿瘤组织中表达水平有差异。PITA、clipExpNum和miRmap软件进行预测并取交集获得9个miRNA,分别为:hsa-miR-370、hsa-miR-501、hsa-miR-502、hsa-miR-6131、hsa-miR-1294、hsa-miR-206、hsa-miR-328、hsa-miR-1321和hsa-miR-1-2。使用LinkedOmics网站访问TCGA数据库,分别验证预测所得的9个miRNA在乳腺癌组织中与C8orf33基因表达的相关性。分析结果发现hsa-miR-370与C8orf33基因表达呈负相关(r=-0.124,P=0.026)、hsa-miR-1294与C8orf33基因表达呈负相关(r=-0.116,P=0.001)、hsa-miR-1-2与C8orf33基因表达呈负相关(r=-0.108,P=0.003),其余miRNA与C8orf33基因表达均无相关性。结论乳腺癌中hsa-miR-370、hsa-miR-1294和hsa-miR-1-2具有潜在靶向抑制C8orf33基因表达的功能,可为乳腺癌诊断治疗提供新思路。 展开更多

关键词 高通量数据 8号染色体开放阅读框33 微小RNA 乳腺肿瘤

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作物基因编辑效果可视化鉴定软件

5

作者 尤琪 吴文文 姜艺 《浙江农业学报》 CSCD 北大核心 2022年第12期2759-2766,共8页

CRISPR编辑系统结合高通量测序,可实现高效评估基因编辑效率和准确度,并在遗传学、生物学、医学等多个领域得到广泛应用。然而,高通量测序数据缺乏一个一键流程化界面工具来实现突变效率和准确度的评估。为此,开发了一个基于Python的可... CRISPR编辑系统结合高通量测序,可实现高效评估基因编辑效率和准确度,并在遗传学、生物学、医学等多个领域得到广泛应用。然而,高通量测序数据缺乏一个一键流程化界面工具来实现突变效率和准确度的评估。为此,开发了一个基于Python的可视化工具——作物基因编辑效果可视化鉴定软件。该软件可对高通量基因编辑数据进行批量计算,可一键实现数据的预处理(拆分和合并)、突变类型和效率的检测和可视化图表输出。该软件提供了界面化程序,用户只需鼠标点击即可实现数据的导入和结果的输出。分析结果以多种格式输出,图像支持缩放和颜色更改,方便后期结果整理和撰写论文。此外,该软件安装使用简单,并支持多操作系统(Windows、Linux和MacOS)使用。目前该软件的使用手册和程序包已上传到开放软件平台,方便下载和使用。 展开更多

关键词 高通量数据 可视化界面 变异计算 基因组编辑效率

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基于高通量数据与复杂网络的小肽功能预测算法

6

作者 李慧 赵屹 孙凝晖 《高技术通讯》 EI CAS 北大核心 2018年第5期392-398,共7页

近期,基因组、转录组和蛋白组学研究发现了成千上万个已翻译但未被注释的小开放读码框(smORFs)。这个发现填补了蛋白编码基因的空白。研究结果表明,许多smORFs翻译的小肽在代谢、细胞凋亡和发育过程中有着重要的作用。这些进展就提出一... 近期,基因组、转录组和蛋白组学研究发现了成千上万个已翻译但未被注释的小开放读码框(smORFs)。这个发现填补了蛋白编码基因的空白。研究结果表明,许多smORFs翻译的小肽在代谢、细胞凋亡和发育过程中有着重要的作用。这些进展就提出一个问题,在全基因组范围内到底还有多少类似的smORFs及小肽具备功能?目前,尚未有生物手段能够在全基因组范围内进行研究小肽功能。本研究提出了一种基于高通量数据和复杂网络的全基因组范围小肽功能预测算法。算法利用小肽在多个组织中转录及翻译的表达向量,比较蛋白在相同组织中的表达情况,构建小肽与蛋白相关关系网。研究将表达相关关系和同源关系联合,构成复杂网络,然后采用基于模块(module)和基于中枢(hub)两种方法,提取典型的、有显著意义的功能子网,然后将子网的功能富集赋予子网中未知功能的小肽。该方法在三个320不同的仿真未知功能的蛋白节点集上进行测试,预测率为89.1%。最后,该方法应用在真实测序数据中,共鉴定出500多个有功能的功能小肽,文章将预测结果与现有的小肽功能报道做了比较,结果表明算法预测结果与实验验证结果基本一致。 展开更多

关键词 高通量数据 复杂网络 算法 小肽 功能预测

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野生动物鸣声数据管理系统设计与实现 被引量：1

7

作者 杨铭伦 于新文 +3 位作者 张旭 欧阳萱 侯亚男 高家军 《林业资源管理》 北大核心 2021年第6期124-129,共6页

为了有效管理野外采集的高通量长时间序列野生动物鸣声数据,设计野生动物鸣声数据管理系统的总体架构与主要功能模块,提出文件分级管理体系用于统一管理原始音频文件与处理结果文件,并进行系统主要功能的开发。系统有效保持了声音数据... 为了有效管理野外采集的高通量长时间序列野生动物鸣声数据,设计野生动物鸣声数据管理系统的总体架构与主要功能模块,提出文件分级管理体系用于统一管理原始音频文件与处理结果文件,并进行系统主要功能的开发。系统有效保持了声音数据的完整性,在对数据进行层次化管理的基础上提供了高效的检索能力,能够满足相关领域研究中对数据有效利用的需求。 展开更多

关键词 动物鸣声数据 处理结果数据 高通量数据管理 管理系统

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基于ChIP-seq的差异组蛋白修饰区域的筛选 被引量：1

8

作者 祝让飞 刘洪波 +3 位作者 苏建忠 王芳 崔颖 张岩 《生物信息学》 2014年第2期151-156,共6页

组蛋白修饰是在基因组水平上起到重要调控作用的表观遗传修饰,随着ChIP-Seq的广泛使用,高通量数据的积累,为从全基因组研究组蛋白修饰模式奠定了基础。但目前缺乏在多样本间筛选疾病相关的调控区域的方法,因而本文开发了一种多细胞系的... 组蛋白修饰是在基因组水平上起到重要调控作用的表观遗传修饰,随着ChIP-Seq的广泛使用,高通量数据的积累,为从全基因组研究组蛋白修饰模式奠定了基础。但目前缺乏在多样本间筛选疾病相关的调控区域的方法,因而本文开发了一种多细胞系的差异筛选算法来识别差异组蛋白修饰区域。本文通过窗口移动法来估计组蛋白修饰水平,并根据信息熵理论定量各个细胞系之间的差异。基于随机背景来确定差异显著性阈值。利用此算法来筛选人类全基因组9个细胞系间H3K4me3差异的区域,结果显示这些区域显著富集在基因启动子上和其他重要的染色质状态上,且与先前人们发现的活性启动子染色质状态显著重叠。通过文献挖掘进一步证实了与白血病相关的基因组标记。这些结果表明基于熵的策略可有效地挖掘多细胞系间以及与疾病相关的差异组蛋白修饰。 展开更多

关键词 组蛋白修饰差异 高通量数据处理 表观遗传修饰

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星地空分复用高通量数据传输技术

9

作者 陈颖 刘洋 张成伟 《无线电通信技术》 2022年第2期223-230,共8页

未来卫星互联网对星地之间通信速率提出了更高的要求,但当前星地单通道传输模式存在着很多限制,很难进一步提高传输速率,这种限制主要包括频率资源、器件能力、计算能力等。针对资源受限情况下,卫星互联网等新型应用对星地高通量数据传... 未来卫星互联网对星地之间通信速率提出了更高的要求,但当前星地单通道传输模式存在着很多限制,很难进一步提高传输速率,这种限制主要包括频率资源、器件能力、计算能力等。针对资源受限情况下,卫星互联网等新型应用对星地高通量数据传输的需求,提出一种空分复用星地高通量数据传输解决方案,给出了系统总体架构、帧结构、空间解复用及信道均衡方法等,估算了所需计算资源,在频率资源、器件能力受限情况下,可方便实现40 Gbit/s及以上的高通量传输速率。 展开更多

关键词 星地互联 高通量数据传输 空分复用 信道均衡

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面向云平台的二代测序数据近似去重方法研究 被引量：4

10

作者 赵晓永 陈晨 《计算机工程与应用》 CSCD 北大核心 2017年第23期1-5,共5页

新一代测序因其数据量大、数据处理过程复杂、对计算资源要求高等特点,需要通过云计算进行处理。然而,云计算的处理方式要求先将测序数据上传到云平台中。但由于测序过程的随机性,使得同一样本的两次测序、两个相似样本分别测序后所产... 新一代测序因其数据量大、数据处理过程复杂、对计算资源要求高等特点,需要通过云计算进行处理。然而,云计算的处理方式要求先将测序数据上传到云平台中。但由于测序过程的随机性,使得同一样本的两次测序、两个相似样本分别测序后所产生的文件在二进制层面会有较大差别。目前已有的去重方法无法有效识别出这样的"重复"测序文件和测序结果中的"重复"内容。重复上传和存储这些重复数据,不仅消耗网络带宽,而且浪费存储空间。针对现存的重复数据删除方法仅仅基于文件的二进制特征,并未有效利用测序结果数据相似性特点的问题,提出一种面向云平台的海量高通量测序数据近似去重方法NPD(Near Probability Deduplication)。该方法对Fast Q中的序列和质量信息,使用Sim Hash计算分块指纹,采用客户端与云平台双布谷过滤器(Cukoo Filter)对指纹值进行快速存在性检测,最后由云平台使用近似算法对指纹值近似去重。实验结果表明,NPD方法在保证高效的同时,大幅提升了去重率,进而减少了网络流量,缩短了数据上传时间,能够支撑海量数据处理,具有良好的实用价值。 展开更多

关键词 高通量测序 重复数据删除 近似去重 布谷过滤器

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基于高通量监测数据的PMF源解析数据输入量研究

11

作者 牛明芬 商莹 +4 位作者 王镜然 周强 陈欣 王颜红 柴美云 《安全与环境学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第6期2422-2431,共10页

为探究数据输入量的变化对源解析结果的影响,以上海某工业区的大气重金属高通量监测数据为例,按不同数据量将监测数据分别输入至正定矩阵因子分解(Positive Matrix Factorization, PMF)模型中,通过考察模型中Q理论值(Qtheo)与Q计算值(Qt... 为探究数据输入量的变化对源解析结果的影响,以上海某工业区的大气重金属高通量监测数据为例,按不同数据量将监测数据分别输入至正定矩阵因子分解(Positive Matrix Factorization, PMF)模型中,通过考察模型中Q理论值(Qtheo)与Q计算值(Qtrue)的接近程度、源分类以及源贡献与研究区污染源分布特点的吻合情况,分析数据输入量对源解析结果的影响。结果显示:该区域大气重金属污染受工业生产主导(64.44%),其次是扬尘(19.60%)和交通运输(15.96%)。通过对数据量的考察,发现输入量为60~120时能够得出研究区域的污染源数量与贡献率,但考虑到测试成本、获取数据的时间,认为输入量为60~80时,也能得出合理的源解析结果。短期高通量的分钟级数据集,有益于PMF模型输出高精密度、高时效性的源解析结果,是解决应急污染监控的最佳手段。 展开更多

关键词 环境学 大气重金属污染物 高通量监测数据 正定矩阵因子分解(PMF)模型 数据输入量

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高通量数据分析CXCL8在宫颈癌中组织表达与预后关联分析 被引量：2

12

作者 唐欣 焦扬 +3 位作者 刘建军 鲁琳 王琳琳 赵洪波 《中华肿瘤防治杂志》 CAS 北大核心 2018年第21期1495-1499,共5页

目的CXCL8在多种肿瘤中异常表达,参与肿瘤的发生发展,但在宫颈癌中的表达及预后情况鲜见有报道。本研究旨在探讨CXCL8在宫颈癌组织中的表达情况及其与肿瘤患者预后的相关性。方法利用GEPIA在线数据库(包括TCGA和GTEx RNA测序表达数据)和... 目的CXCL8在多种肿瘤中异常表达,参与肿瘤的发生发展,但在宫颈癌中的表达及预后情况鲜见有报道。本研究旨在探讨CXCL8在宫颈癌组织中的表达情况及其与肿瘤患者预后的相关性。方法利用GEPIA在线数据库(包括TCGA和GTEx RNA测序表达数据)和从GEO数据库中下载的三套基因表达谱芯片数据,分别分析CXCL8基因在宫颈癌组织及正常对照组织中的表达情况。运用GEPIA数据库分析CXCL8表达对宫颈癌患者预后的影响。使用表达谱数据对CXCL8基因进行ROC曲线分析,评价该基因的诊断价值。结果GEPIA数据库在线分析结果显示,宫颈癌组织中CXCL8基因高表达,在正常对照组织中低表达,差异有统计学意义,log2(Fold Change)=3.827,P<0.001。在GSE7803、GSE9750和GSE63514三套表达谱芯片数据中,CXCL8基因在肿瘤组织中均显著上调表达(t值分别为4.486、8.294和4.593,均P值<0.001)。通过GEPIA在线分析,CXCL8高表达患者总生存期短于低表达患者(HR=2.9,P<0.001)。受试者工作特征曲线(receiver operating characteristic curve,ROC)分析提示CXCL8基因具有较高的诊断价值。结论通过对高通量数据挖掘发现,CXCL8在宫颈癌组织中mRNA水平表达上调,且高表达与患者生存期缩短有关联,可以作为宫颈癌预后的生物标志物进一步研究。 展开更多

关键词 宫颈癌 CXCL8 高通量数据 表达 预后

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乳腺癌中靶向抑制REST协阻抑制因子3表达的微小RNA的预测及其高通量数据验证 被引量：1

13

作者 陈文艳 杜欣娜 +4 位作者 樊伟平 庄莹 赵小芳 孙海燕 张虎 《广西医学》 CAS 2019年第5期579-581,609,共4页

目的预测并采用高通量数据验证乳腺癌中靶向抑制REST协阻抑制因子3(RCOR3)基因表达的微小RNA(miRNA)。方法分别利用RNA22、miRanda、PicTar、TargetScan和PITA 5种不同软件预测靶向抑制RCOR3基因表达的miRNA,然后取其交集。通过高通量... 目的预测并采用高通量数据验证乳腺癌中靶向抑制REST协阻抑制因子3(RCOR3)基因表达的微小RNA(miRNA)。方法分别利用RNA22、miRanda、PicTar、TargetScan和PITA 5种不同软件预测靶向抑制RCOR3基因表达的miRNA,然后取其交集。通过高通量数据验证所获miRNA对RCOR3表达的负向调控作用,并经泛癌症分析进一步验证miRNA对RCOR3表达的抑制作用。结果取交集后得到miRNA-128-3p、miRNA-27a、miRNA-27b和miRNA-19b-3p。乳腺癌中miRNA-128-3p、miRNA-27a、miRNA-27b及miRNA-19b-3p与RCOR3基因表达水平均呈负相关(P <0. 05)。泛癌症分析结果显示,结直肠腺癌、肺腺癌、肾透明细胞癌和子宫内膜癌中miRNA-128-3p与RCOR3基因表达均呈负相关(均P <0. 05),结直肠腺癌、膀胱尿路上皮癌、肺腺癌、肺鳞癌、肾透明细胞癌、子宫内膜癌和急性髓性白血病中miRNA-27a与RCOR3基因的表达均呈负相关(均P <0. 05)。结论乳腺癌中miRNA-128-3p和miRNA-27a、miRNA-27b及miRNA-19b-3p具有潜在的靶向抑制RCOR3表达的功能。 展开更多

关键词 乳腺癌 REST协阻抑制因子3 微小RNA 高通量数据

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高通量数据分析急性髓系白血病关键节点基因及预后关联分析 被引量：1

14

作者 付伟 谢东 +3 位作者 班春梅 曹洁 张鹤 邓亚婕 《中华肿瘤防治杂志》 CAS 北大核心 2019年第13期932-939,共8页

目的急性髓系白血病(acute myeloid leukemia,AML)是世界上常见的白血病之一,但其分子机制尚不清楚.本研究旨在利用多个AML数据集获得差异表达基因(differentially expressed gene,DEG)鉴定AML发生和进展中的关键基因.方法从基因表达综... 目的急性髓系白血病(acute myeloid leukemia,AML)是世界上常见的白血病之一,但其分子机制尚不清楚.本研究旨在利用多个AML数据集获得差异表达基因(differentially expressed gene,DEG)鉴定AML发生和进展中的关键基因.方法从基因表达综合数据库(Gene Expression Omnibus,GEO)下载AML微阵列数据集(GSE24395、GSE30029、GSE38865和GSE90062).鉴定DEGs并进行功能富集,构建蛋白质-蛋白质相,使用Cytoscape进行模块分析获得关键基因(Hubs),并结合癌症和肿瘤基因图谱(Cancer Genome Atlas,TCGA)临床数据进行生存及表达分析.结果共鉴定出134个DEG (fold chang>1,P<0.01),基因富集分析涉及RNA聚合酶Ⅱ启动子转录的正调控(c=17.967,P=0.011)、中性粒细胞脱颗粒(c=18.625,P=0.017)、整合素介导的细胞黏附调节(c=17.862,P=0.017)、中性粒细胞介导的免疫(c=17.624,P=0.017)和癌症中的转录失调(c=14.786,P=00.031)等.鉴定了16个Hub基因,TCGA临床数据表达分析提示,CYBB(t=0.368,P=0.012)和CYFIP2(t=2.097,P=0.038)在AML的不同生存状态中异常表达.生存分析显示,SERPINE1(P=0.031)和ITGAM(P=0.049)可能参与了AML侵袭或复发.结论 DEG和Hub分析筛选基因有助于理解AML发生和进展的分子机制,为AML的治疗及预后判断提供候选靶点. 展开更多

关键词 急性髓系白血病 高通量数据 关键节点基因 预后

原文传递

基于深度学习构建时序基因调控网络 被引量：1

15

作者 徐瑞杰 张淋 陈宇 《青岛大学学报（自然科学版）》 CAS 2020年第4期24-30,共7页

基因调控是生命体中重要的运行机制,运用深度学习来预测p53相关基因的调控关系对了解基因调控具有重要意义。提出了一种基于卷积神经网络与全连接网络相结合的模型。在ArrayExpress获得了电离辐射Affymetrix数据集(E-MEXP-549)上,可通... 基因调控是生命体中重要的运行机制,运用深度学习来预测p53相关基因的调控关系对了解基因调控具有重要意义。提出了一种基于卷积神经网络与全连接网络相结合的模型。在ArrayExpress获得了电离辐射Affymetrix数据集(E-MEXP-549)上,可通过微阵列表达水平预测基因间调控关系,为保留的验证集提供92.07%分类准确率,并且该模型的kappa系数达到0.84,AUC验证平均精度达到94.25%,从而构建了带有时延性的p53相关的基因调控网络。研究结果表明,该模型在筛选出已经论证调控关系的基因对上具有较好的验证关系,构建出可视化的基因调控网络。在筛选出未知调控关系的基因对上,具有较好的预测关系与研究价值。 展开更多

关键词 基因调控 高通量数据 深度学习 时间延迟性

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基于高通量数据的人体外源性植物miRNA跨界调控建模

16

作者 张浩 占萌苹 +5 位作者 郭刘香 李誌 刘元宁 张春鹤 常浩武 王志强 《吉林大学学报（工学版）》 EI CAS CSCD 北大核心 2018年第4期1206-1213,共8页

以基于人体血清的高通量测序数据为研究对象,采用生物计算方法对数据进行分析,以目前已知的人类和植物的RNA数据作为参照集,从中筛选出可能的人体外源植物miRNA;基于miRNA的调控机制原理,获得可能的植物miRNA干扰人类mRNA的靶基因;构建... 以基于人体血清的高通量测序数据为研究对象,采用生物计算方法对数据进行分析,以目前已知的人类和植物的RNA数据作为参照集,从中筛选出可能的人体外源植物miRNA;基于miRNA的调控机制原理,获得可能的植物miRNA干扰人类mRNA的靶基因;构建植物miRNA-人类mRNA调控网络模型,分析可能的跨界调控作用。本文通过构建植物-人体跨界调控模型,共挖掘出9个核心模块。研究结果表明,外源性植物miRNA参与调控人体胺代谢、酒精代谢以及脂肪酸代谢等生物过程。 展开更多

关键词 人工智能 高通量数据 外源性植物miRNA 跨界调控

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基于高通量测序数据的插入/删除新突变检测方法

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作者 邢文昊 刘永壮 王亚东 《智能计算机与应用》 2020年第1期257-261,共5页

插入/删除新突变是一种重要的新突变形式,与多种人类疾病的发生密切相关。随着高通量测序技术的迅猛发展,基于高通量测序数据进行插入/删除新突变检测已成为常规手段,但由于测序错误以及reads比对错误的影响,已有的检测方法通常存在错... 插入/删除新突变是一种重要的新突变形式,与多种人类疾病的发生密切相关。随着高通量测序技术的迅猛发展,基于高通量测序数据进行插入/删除新突变检测已成为常规手段,但由于测序错误以及reads比对错误的影响,已有的检测方法通常存在错误率较高的问题。本文提出一种基于Adaboost的插入/删除新突变检测方法,旨在对常用的新突变检测方法产生的插入/删除新突变检测结果进行过滤,在确保基本不损失敏感度的前提下,显著降低错误发现率。 展开更多

关键词 高通量测序数据 新突变检测 ADABOOST

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两种HLA分型方法对比

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作者 原应博 方铭 《现代畜牧科技》 2019年第8期1-6,共6页

对比两种HLA分型方法的准确率,通过使用polysolver方法和研究出的新方法这两种方法对100个个体的全基因组外显子测序数据(WES)进行分型,然后将两种方法的分型结果与这100个个体的sanger一代测序结果进行比较,找到新方法的优点和不足,并... 对比两种HLA分型方法的准确率,通过使用polysolver方法和研究出的新方法这两种方法对100个个体的全基因组外显子测序数据(WES)进行分型,然后将两种方法的分型结果与这100个个体的sanger一代测序结果进行比较,找到新方法的优点和不足,并且为动物MHC基因研究提供算法基础。经过新方法的开发以及优化,最终与polysolver方法的结果进行比较,得出结论,发现研究的新方法与polysolver分型方法相比准确率相对较高,且运行时间相对较短。两种方法均只能对HLA一类分子进行分型,这一点在将来实验中会进一步改进。 展开更多

关键词 HLA分型 polysolver 分型新方法 高通量测序数据

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基于FPGA和USB3.0的通用数据传输系统设计 被引量：7

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作者 匡鹏 刘冲 王永纲 《微型机与应用》 2017年第7期26-28,34,共4页

现场可编程门阵列(FPGA)的高度灵活性和强大的数据处理能力,使其在越来越多的领域得到应用。USB 3.0也是目前主流的数据传输协议之一,具有速度快、功耗低等优点。将USB 3.0接口应用到FPGA上,能够有效地解决FPGA与上位机之间的数据传输问... 现场可编程门阵列(FPGA)的高度灵活性和强大的数据处理能力,使其在越来越多的领域得到应用。USB 3.0也是目前主流的数据传输协议之一,具有速度快、功耗低等优点。将USB 3.0接口应用到FPGA上,能够有效地解决FPGA与上位机之间的数据传输问题,大大提高生产效率。文章利用USB 3.0的控制器芯片CYUSB3014实现了FPGA与上位机之间的高达390 MB/s的数据传输系统。 展开更多

关键词 高速数据传输系统 现场可编程门阵列 USB 3.0 CYUSB3014

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基于LabVIEW的高通量角度数据处理方法

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作者 李志伟 赵连玉 王成林 《天津理工大学学报》 2023年第3期27-32,共6页

为实现高精度和高吞吐率动态角度数据采集,提出一种新型角度数据处理方法。以圆光栅测角原理为基础,基于LabVIEW环境开发了一套专用的角度采集系统,搭建了高吞吐率动态角度数据采集平台;通过分析角度数据采集过程和处理方法,解决了角度... 为实现高精度和高吞吐率动态角度数据采集,提出一种新型角度数据处理方法。以圆光栅测角原理为基础,基于LabVIEW环境开发了一套专用的角度采集系统,搭建了高吞吐率动态角度数据采集平台;通过分析角度数据采集过程和处理方法,解决了角度数据处理过程中可能遇到的问题,实现了现场可编程逻辑门阵列(field programmable gate array,FPGA)模块中角度采集的全双工同步串行总线通信(basic interoperable scrambling system,BiSS)协议解码,建立了角度误差模型,并对该动态角度数据采集系统进行了静态试验。结果表明:FPGA静态端与实时(real time,RT)系统静态端测试数据较稳定,角度数据信息保存完整,未出现数据丢失情况。 展开更多

关键词 高通量角度数据处理 LABVIEW 现场可编程逻辑门阵列 全双工同步串行总线通信协议 数据采集

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