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高频密码子分析法及其在烟草密码子分析中的应用 被引量:29
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作者 林涛 倪志华 +1 位作者 沈明山 陈亮 《厦门大学学报(自然科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2002年第5期551-554,共4页
利用自编的RFCS程序计算同义密码子相对使用频率 (RFSC) ,并根据RFSC值筛选出高频密码子 .将高频密码子分析法筛选出的酵母Y .lipolytica高频密码子和传统的高表达优越密码子分析法筛选出的优越密码子进行比较 ,证实高频密码子分析法的... 利用自编的RFCS程序计算同义密码子相对使用频率 (RFSC) ,并根据RFSC值筛选出高频密码子 .将高频密码子分析法筛选出的酵母Y .lipolytica高频密码子和传统的高表达优越密码子分析法筛选出的优越密码子进行比较 ,证实高频密码子分析法的可靠性 .应用高频密码子分析法分析烟草的 2 5 6个cDNA全序列 ,计算出同义密码子的相对使用频率 ,初步确定烟草的高频密码子 ,为外源基因在烟草中的表达提供参考 . 展开更多
关键词 高频密码子分析法 高表达优越密码子 酵母 烟草 植物基因工程 相对使用频率
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不同种类柑橘的密码子用法分析 被引量:11
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作者 胡桂兵 张上隆 +1 位作者 徐昌杰 林顺权 《华南农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2006年第1期13-16,共4页
采用高频密码子分析法,对甜橙C itrus sinensis、温州蜜柑C.unshiu、葡萄柚C.paradisi和柠檬C.lim on等4种柑橘的蛋白质编码基因序列(codon DNA sequence,CDS)进行了分析,计算出了柑橘同义密码子相对使用频率(rela-tive frequency of sy... 采用高频密码子分析法,对甜橙C itrus sinensis、温州蜜柑C.unshiu、葡萄柚C.paradisi和柠檬C.lim on等4种柑橘的蛋白质编码基因序列(codon DNA sequence,CDS)进行了分析,计算出了柑橘同义密码子相对使用频率(rela-tive frequency of synonymous codon,RFSC),确定出了4种柑橘的高频率密码子,发现不同种类柑橘偏爱密码子稍有差别. 展开更多
关键词 柑橘 密码子用法 高频密码子 密码子偏爱性
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鸟王茶基因密码子偏好性分析 被引量:11
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作者 滕腾 赵懿琛 赵德刚 《基因组学与应用生物学》 CAS CSCD 北大核心 2021年第2期795-801,共7页
生物体中普遍存在密码子使用偏好性,这对基因的异源表达效率具有较大影响。本研究使用CodonW软件对鸟王茶(Camellia sinensis var.niaowangensis)转录本中1856个编码氨基酸的基因密码子进行分析,计算其密码子相对使用度,确定了27个最优... 生物体中普遍存在密码子使用偏好性,这对基因的异源表达效率具有较大影响。本研究使用CodonW软件对鸟王茶(Camellia sinensis var.niaowangensis)转录本中1856个编码氨基酸的基因密码子进行分析,计算其密码子相对使用度,确定了27个最优密码子,并发现最优密码子大多以A或U结尾。通过ENC-GC_(3)关联分析及PR2-plot偏倚分析,发现鸟王茶密码子使用模式受到突变和选择等多种因素的影响。与其他物种对比发现,鸟王茶密码子偏好性与其他物种存在不同程度的差异,其中与杨树及烟草差异最小。由于密码子具有通用性,分析结果对通过重建密码子提高茶树基因在其他植物中的表达效率从而验证鸟王茶基因功能具有一定意义。 展开更多
关键词 鸟王茶 密码子用法 高频密码子 密码子偏好性
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Analysis of Codon Usage Between Different Poplar Species 被引量:9
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作者 周猛 童春发 施季森 《Journal of Genetics and Genomics》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2007年第6期555-561,共7页
Codon usage is the selective and nonrandom use of synonymous codons to encode amino acids in genes for proteins. The analysis of codon usage may improve the understanding of cocion preferences between different specie... Codon usage is the selective and nonrandom use of synonymous codons to encode amino acids in genes for proteins. The analysis of codon usage may improve the understanding of cocion preferences between different species and allow to rebuild the codons of exogenous genes to increase the expression efficiency of exogenous genes, Here, codon DNA sequence (CDS) of four poplar species, including Populus tremuloides Michx., P. tomentosa Carr., P. deltoides Marsh., and P. trichocarpa Torr. & Gray., is used to analyze the relative frequency of synonymous codon (RFSC). High-frequency codons are selected by high-frequency (HF) codon analysis. The results indicate that the codon usage is common for all four poplar species and the codon preference is quite similar among the four poplar species. However, CCT encoding for Pro, and ACT coding for Thr are the preferred codons in P. tremuloides and P. tomentosa, whereas CCA coding for Pro, and ACA coding for Thr are preferred in P. deltoides and P. trichocarpa The codons such as TGC coding for Cys, TTC coding for Phe, and AAG coding for Lys, are preferred in the poplar species except P trichocarpa. GAG coding for Glu is preferred only in P deltoides, while the other three poplar species prefer to use GAA. The commonness of preferred codon allows exogenous gene designed by the preferred cocion of one of the different poplar species to be used in other poplar species. 展开更多
关键词 POPLAR codon usage high-frequency cocion codon preference
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黄皮转录组密码子使用偏好性分析 被引量:6
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作者 陆育生 彭程 +4 位作者 陈喆 常晓晓 邱继水 林志雄 潘建平 《分子植物育种》 CAS CSCD 北大核心 2018年第18期5904-5913,共10页
为全面了解黄皮(Clausena lansium)表达基因的密码子使用特点,以转录组测序获得的12 696条编码蛋白基因序列为数据来源,利用CodonW 14.4软件对其密码子碱基组成以及有效密码子数(effective number of codon, ENC)、同义密码子相对使用频... 为全面了解黄皮(Clausena lansium)表达基因的密码子使用特点,以转录组测序获得的12 696条编码蛋白基因序列为数据来源,利用CodonW 14.4软件对其密码子碱基组成以及有效密码子数(effective number of codon, ENC)、同义密码子相对使用频率(relative frequency of synonymous codon, RFSC)等密码子使用参数进行计算和统计,发现黄皮表达基因密码子的平均GC含量为0.448,同义密码子第3位核苷酸的平均GC含量(GC3S)为0.400。表达基因整体的ENC取值为56.5,其中绝大部分的ENC值大于35,说明黄皮表达基因密码子使用偏好性程度整体水平较低。通过高频密码子分析法确定了GCU、AGA、AAU、GAU、AUU、UUU、UCU、CAU、CUU、UUG和GUU 11个高频密码子。将黄皮的密码子使用频率与人、小鼠、果蝇、酵母、大肠杆菌5种模式生物以及拟南芥、水稻、葡萄、草莓4种不同类型植物进行比较,发现其与果蝇和大肠杆菌存在较大差异,而与拟南芥和葡萄基本一致。以上研究结果对黄皮基因合适表达系统的选择以及外源基因在黄皮中的高效表达具有重要指导意义。 展开更多
关键词 黄皮 转录组 密码子用法 高频密码子 密码子偏好性
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梨同义密码子用法的初步分析 被引量:2
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作者 李鼎立 马春晖 +1 位作者 李雯 王然 《青岛农业大学学报(自然科学版)》 2011年第2期110-114,共5页
生物体内密码子使用偏性对外源基因表达存在较大影响。本研究采用CodonW软件和高频密码子分析法,对白梨(Pyrus bretschneideri Rehd)、西洋梨(Pyrus communis Linn)、砂梨(Pyrus pyrifolia Nakai)、秋子梨(Pyrusussuriensis Maxim)4种... 生物体内密码子使用偏性对外源基因表达存在较大影响。本研究采用CodonW软件和高频密码子分析法,对白梨(Pyrus bretschneideri Rehd)、西洋梨(Pyrus communis Linn)、砂梨(Pyrus pyrifolia Nakai)、秋子梨(Pyrusussuriensis Maxim)4种梨蛋白质编码基因序列(Codon DNA sequence,CDS)进行了同义密码子相对使用频率(relativefrequency of synonymous,RFSC)分析,确定了梨高频密码子共23个,结果同时显示梨不同种之间在密码子使用上具有较高的一致性。 展开更多
关键词 密码子用法 密码子偏好 高频密码子
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高通量高频密码子软件HighCodon的开发 被引量:1
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作者 余劲聪 方柏山 《计算机与应用化学》 CAS CSCD 北大核心 2011年第5期527-530,共4页
特殊密码子的鉴别是密码子用法研究中的重要课题,对基因工程领域中密码子优化的实验设计起到关键性作用。高频密码子提供了其中1种方法,但其界定标准仍存有问题。本文研发的高通量高频密码子软件HighCodon,解决了在海量序列数据中检验... 特殊密码子的鉴别是密码子用法研究中的重要课题,对基因工程领域中密码子优化的实验设计起到关键性作用。高频密码子提供了其中1种方法,但其界定标准仍存有问题。本文研发的高通量高频密码子软件HighCodon,解决了在海量序列数据中检验该标准的适用性问题的瓶颈,为相关研究提供有力的工具支持。该软件主要包括3个功能模块,即输入解析模块、密码子用法表生成模块和高频密码子鉴别模块,并具备3个显著特点:(1)多数据源性,可接受3种类型的输入,即本地FASTA格式的序列文件、本地密码子用法表(CUT)格式的CUT文件和远程密码子用法数据库(CUD)的CUT地址,兼顾本地和远程两种数据来源;(2)高灵活性,支持3种输入的混合形式;(3)高通量性,多条输入记录的批量处理。该软件与重要在线服务CUD具有良好的整合,可方便获取高达35799个物种的CUT,同时进行高频密码子分析。此外,为了便于CUT数据存储和交换,本文参照FASTA格式,提出1种CUT格式。 展开更多
关键词 高频密码子 密码子用法数据库 同义密码子相对频率 CUT文件 highcodon软件
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Rapid gene expression change in a novel synthesized allopolyploid population of cultivated peanut×Arachis doigoi cross by cDNA-SCoT and HFO-TAG technique 被引量:3
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作者 HE Liang-qiong TANG Rong-hua +7 位作者 JIANG Jing XIONG Fa-qian HUANG Zhi-peng WU Hai-ning GAO Zhong-kui ZHONG Rui-chun HE Xin-hua HAN Zhu-qiang 《Journal of Integrative Agriculture》 SCIE CAS CSCD 2017年第5期1093-1102,共10页
AIIopolyploidy has played an important role in plant evolution and heterosis. Recent studies indicate that the process of wide hybridization and (or) polyploidization may induce rapid and extensive genetic and epige... AIIopolyploidy has played an important role in plant evolution and heterosis. Recent studies indicate that the process of wide hybridization and (or) polyploidization may induce rapid and extensive genetic and epigenetic changes in some plant species. To better understand the allopolyploidy evolutionism and the genetic mechanism of Arachis interspecific hybridization, this study was conducted to monitor the gene expression variation by cDNA start codon targeted polymorphism (cDNA-SCoT) and cDNA high-frequency oligonucleotide-targeting active gene (cDNA-HFO-TAG) techniques, from the hybrids (F1) and newly synthesized allopolyploid generations (S0-$3) between tetraploid cultivated peanut Zhongkaihua 4 with diploid wild one Arachis doigoi. Rapid and considerable gene expression variations began as early as in the FI hybrid or immediately after chromosome doubling. Three types of gene expression changes were observed, including complete silence (gene from progenitors was not expressed in all progenies), incomplete silence (gene expressed only in some progenies) and new genes activation. Those silent genes mainly involved in RNA transcription, metabolism, disease resistance, signal transduction and unknown functions. The activated genes with known function were almost retroelements by cDNA-SCoT technique and all metabolisms by cDNA-HFO-TAG. These findings indicated that interspecific hybridization and ploidy change affected gene expression via genetic and epigenetic alterations immediately upon allopolyploid formation, and some obtained transcripts derived fragments (TDFs) probably could be used in the research of molecular mechanism of Arachis allopolyploidization which contribute to thwe genetic diploidization of newly formed allopolyploids. Our research is valuable for understanding of peanut evolution and improving the utilization of putative and beneficial genes from the wild peanut. 展开更多
关键词 PEANUT ALLOPOLYPLOIDY gene expression start codon-targeted polymorphism high-frequency oligonucleotide-targeting active gene
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拉沙病毒密码子偏性分析
9
作者 李志豪 尚方建 +2 位作者 孟余 刘奇 王聪 《国际病毒学杂志》 2022年第3期210-215,共6页
目的研究拉沙病毒(Lassa virus,LASV)密码子使用偏性及其偏性形成的影响因素,比较LASV和几种表达系统密码子使用频率,为LASV重组亚单位疫苗、mRNA疫苗、DNA疫苗等基因工程疫苗的制备筛选出最优外源表达系统。方法使用Excel 2007、EMBOSS... 目的研究拉沙病毒(Lassa virus,LASV)密码子使用偏性及其偏性形成的影响因素,比较LASV和几种表达系统密码子使用频率,为LASV重组亚单位疫苗、mRNA疫苗、DNA疫苗等基因工程疫苗的制备筛选出最优外源表达系统。方法使用Excel 2007、EMBOSS、CondonW1.4.2、SigmaPlot 14.0、SPSS 22.0等软件分析LASV核心蛋白(nucleoprotein,N)、包膜糖蛋白(envelope glycoproteins,G)、锌结合蛋白(zinc-binding protein,Z)、RNA聚合酶(RNA polymerase,L)蛋白共446条基因序列的密码子偏性及其影响因素,并将LASV密码子使用模式与几种不同表达系统进行比较。结果LASV的各蛋白编码序列的各位置GC含量存在较大差异,各蛋白平均GC3含量为42.29%~59.47%,ENC均值41.73~52.81,除Z蛋白密码子偏性较强外,N、G、L三种蛋白密码子偏性较弱。4种蛋白RSCU>1的密码子共108个,约占45.76%,其中以A/U结尾占63.9%,GUU、GUG、UCU、UCA、CCU、ACA、GCU、GCA、AGA、AGG为LASV多数蛋白的高频密码子,GCA、AGA为4种蛋白共有的高频密码子。ENC-Plot、中性分析、PR2绘图分析显示,LASV的各蛋白密码子使用偏性受到不同因素影响,其主要因素是自然选择,突变是次要原因。对比分析提示人和酵母菌是LASV较合适的外源表达系统。结论LASV 4种蛋白偏向使用A/U结尾的密码子,目前自然选择是其偏性的主要影响因素,与常用表达系统密码子偏性比较分析提示人和酵母菌是LASV疫苗制备的最优外源表达。 展开更多
关键词 拉沙病毒 密码子偏性 高频密码子 外源表达
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甘薯近缘种三浅裂野牵牛核基因组密码子分析
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作者 秦桢 侯夫云 +3 位作者 张安 李爱贤 董顺旭 王庆美 《江苏师范大学学报(自然科学版)》 CAS 2019年第3期26-30,共5页
三浅裂野牵牛(Ipomoea trifida)是甘薯的亲缘关系较近野生种之一.分析了三浅裂野牵牛的32 264个具有完整编码框的核基因组基因,长度为165~15 273个核苷酸.根据基因在根、茎、叶中的表达量,选择1 382个低表达基因和1 644个高表达基因.利... 三浅裂野牵牛(Ipomoea trifida)是甘薯的亲缘关系较近野生种之一.分析了三浅裂野牵牛的32 264个具有完整编码框的核基因组基因,长度为165~15 273个核苷酸.根据基因在根、茎、叶中的表达量,选择1 382个低表达基因和1 644个高表达基因.利用CodonW软件分析发现,总基因的密码子有效数(ENC)为53.04,低表达基因的为52.80,高表达基因的为52.01.在总基因、低表达基因和高表达基因中分别发现了3个、9个和5个高频密码子.对低、高表达基因密码子的偏好性分析发现,高表达基因的进化速度低于低表达基因的.研究丰富了植物基因密码子理论,为转基因研究中密码子的优化提供了依据. 展开更多
关键词 三浅裂野牵牛 高频密码子 基因进化
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