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题名虹鳟hif-1a基因家族的拷贝数变异及分歧进化
被引量：1
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作者
王宪宗
宋晶
杨春娟
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机构
山西农业大学动物科学学院
山西省水产技术推广站
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出处
《河南农业科学》
北大核心
2021年第11期153-161,共9页
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基金
山西省高等学校科技创新项目(2020L0158)
山西农业大学科技创新项目(2017YJ05)。
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文摘
为深入阐明虹鳟不耐低氧的分子机制,采用BLAST搜索、重构最大似然树来确定其hif-1a家族的拷贝数,并对这些拷贝的组织表达谱、共表达基因及其所富集的GO条目、编码蛋白质的保守结构域分布及部分结构域的三维结构进行比较。结果显示,虹鳟的hif-1a有2个拷贝,与它们直系同源的斑马鱼基因均是hif-1aa。2个hif-1a拷贝的组织表达谱存在显著的分化,它们的共表达基因数量及所富集的与血管生成、细胞增殖、物质运输和代谢相关的GO条目数量也存在较大差异;它们所编码的蛋白质均拥有5个保守结构域,C-TAD结构域三维结构均存在结构创新,但bHLH结构域的三维结构存在较大差异。综上,虹鳟在较近的全基因组重复事件之前丢失了hif-1ab,现有的2个hif-1aa拷贝在朝亚功能化方向快速进化,某些地理种群中可能已经存在有利于提高耐低氧性能的基因型。
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关键词
虹鳟
hif-1a基因家族
低氧
全基因组重复
共表达基因
亚功能化
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Keywords
Oncorhynchus mykiss
hif-1a gene family
Hypoxia
Whole genome duplication
Co-expressed gene
Subfunctionalization
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分类号
S917.4
[农业科学—水产科学]
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