从福建主栽品种屏优一号PY分离到2个不能正常出菇的单孢菌株PYd21、PYd15,二者配对杂交得到可正常出菇异核菌株H15-21。用solexa测序技术对PYd21基因组从头测序(de novo sequencing),对PYd15、PYd21、H15-21的菌丝体分别进行数字基因表...从福建主栽品种屏优一号PY分离到2个不能正常出菇的单孢菌株PYd21、PYd15,二者配对杂交得到可正常出菇异核菌株H15-21。用solexa测序技术对PYd21基因组从头测序(de novo sequencing),对PYd15、PYd21、H15-21的菌丝体分别进行数字基因表达谱测序,对8个样品(PYd15、PYd21、H15-21的菌丝体,H15-21出菇后的原基、钮扣期菌柄、蛋形期菌柄、伸长期菌柄和成熟期菌柄)mRNA等量混合物进行转录组测序。克隆测序了PYd21与PYd15中磷酸果糖激酶(PFK)基因,比对结果表明二者序列一致。利用转录组数据对PFK基因结构进行分析,结果表明:该基因全长3,494bp,有12个外显子、11个内含子;开放阅读框(ORF)全长2,457bp,编码818个氨基酸,5′端非翻译区(5′UTR)长度281bp,3′端非翻译区(3′UTR)全长103bp;RNA在加工过程中存在1种可变剪切类型、6个可变剪切位点。数字基因表达谱分析结果表明,PFK基因在PYd21、PYd15及H15-21中的标准表达量分别为71.08、120.61、251.85(transcriptper million cleantags,TPM),表达量依次升高,与菌丝生长速度显著正相关。并且异核菌株H15-21表达量高于2个单孢菌株之和,基因表达存在协同增效作用。采用实时荧光定量PCR技术对基因表达量进行验证,表达谱数据切实可靠。展开更多
以福建农林大学菌物研究中心保存的草菇单孢菌株PYd21、PYd15及二者的杂交配对异核菌株H15-21为研究材料,利用本中心草菇的基因组、转录组及表达谱测序数据,对草菇磷酸甘油酸变位酶(PGAM)基因进行基因克隆,并对其结构与表达量进行研究...以福建农林大学菌物研究中心保存的草菇单孢菌株PYd21、PYd15及二者的杂交配对异核菌株H15-21为研究材料,利用本中心草菇的基因组、转录组及表达谱测序数据,对草菇磷酸甘油酸变位酶(PGAM)基因进行基因克隆,并对其结构与表达量进行研究。克隆测序了PYd21与PYd15中PGAM基因并进行比对,比对结果表明2个菌株的PGAM基因序列一致。利用转录组数据对PGAM基因结构进行分析,分析结果显示:该基因全长2 118bp,含有10个外显子、9个内含子,其中6个内含子存在内含子保留的可变剪切类型;开放阅读框(ORF)全长1 611bp、编码536个氨基酸。数字基因表达谱分析结果表明,PGAM基因在PYd21、PYd15及H15-21中的标准表达量分别为35.29、127.91、302.89TPM(Transcript Per Million Clean Tags),表达量依次升高,与菌丝生长速度显著正相关,且异核菌株H15-21中的表达量显著高于2个单孢菌株,暗示了异核体H15-21中两种不同的细胞核存在相互作用,影响了PGAM基因的表达。采用实时荧光定量PCR技术对基因表达量进行验证,与表达谱数据相符合。展开更多
切割野生型棉花枯萎病菌Fusarium oxysporum f. sp. vasinfectum菌落的菌丝尖端，得到菌株Ag149，该菌株是一个异核体，其菌落出现明显角变，自角变处经单孢分离和继代培养，得到三种表观性状稳定的分离子：Ag149-I、Ag149-II和Ag149-II...切割野生型棉花枯萎病菌Fusarium oxysporum f. sp. vasinfectum菌落的菌丝尖端，得到菌株Ag149，该菌株是一个异核体，其菌落出现明显角变，自角变处经单孢分离和继代培养，得到三种表观性状稳定的分离子：Ag149-I、Ag149-II和Ag149-III。它们在色素产生、菌落质地、孢子产量以及致病性上存在明显差异，但对这三种核型分离子核DNA进行RAPD分析，未发现明显差异。展开更多
文摘从福建主栽品种屏优一号PY分离到2个不能正常出菇的单孢菌株PYd21、PYd15,二者配对杂交得到可正常出菇异核菌株H15-21。用solexa测序技术对PYd21基因组从头测序(de novo sequencing),对PYd15、PYd21、H15-21的菌丝体分别进行数字基因表达谱测序,对8个样品(PYd15、PYd21、H15-21的菌丝体,H15-21出菇后的原基、钮扣期菌柄、蛋形期菌柄、伸长期菌柄和成熟期菌柄)mRNA等量混合物进行转录组测序。克隆测序了PYd21与PYd15中磷酸果糖激酶(PFK)基因,比对结果表明二者序列一致。利用转录组数据对PFK基因结构进行分析,结果表明:该基因全长3,494bp,有12个外显子、11个内含子;开放阅读框(ORF)全长2,457bp,编码818个氨基酸,5′端非翻译区(5′UTR)长度281bp,3′端非翻译区(3′UTR)全长103bp;RNA在加工过程中存在1种可变剪切类型、6个可变剪切位点。数字基因表达谱分析结果表明,PFK基因在PYd21、PYd15及H15-21中的标准表达量分别为71.08、120.61、251.85(transcriptper million cleantags,TPM),表达量依次升高,与菌丝生长速度显著正相关。并且异核菌株H15-21表达量高于2个单孢菌株之和,基因表达存在协同增效作用。采用实时荧光定量PCR技术对基因表达量进行验证,表达谱数据切实可靠。
文摘以福建农林大学菌物研究中心保存的草菇单孢菌株PYd21、PYd15及二者的杂交配对异核菌株H15-21为研究材料,利用本中心草菇的基因组、转录组及表达谱测序数据,对草菇磷酸甘油酸变位酶(PGAM)基因进行基因克隆,并对其结构与表达量进行研究。克隆测序了PYd21与PYd15中PGAM基因并进行比对,比对结果表明2个菌株的PGAM基因序列一致。利用转录组数据对PGAM基因结构进行分析,分析结果显示:该基因全长2 118bp,含有10个外显子、9个内含子,其中6个内含子存在内含子保留的可变剪切类型;开放阅读框(ORF)全长1 611bp、编码536个氨基酸。数字基因表达谱分析结果表明,PGAM基因在PYd21、PYd15及H15-21中的标准表达量分别为35.29、127.91、302.89TPM(Transcript Per Million Clean Tags),表达量依次升高,与菌丝生长速度显著正相关,且异核菌株H15-21中的表达量显著高于2个单孢菌株,暗示了异核体H15-21中两种不同的细胞核存在相互作用,影响了PGAM基因的表达。采用实时荧光定量PCR技术对基因表达量进行验证,与表达谱数据相符合。
文摘切割野生型棉花枯萎病菌Fusarium oxysporum f. sp. vasinfectum菌落的菌丝尖端，得到菌株Ag149，该菌株是一个异核体，其菌落出现明显角变，自角变处经单孢分离和继代培养，得到三种表观性状稳定的分离子：Ag149-I、Ag149-II和Ag149-III。它们在色素产生、菌落质地、孢子产量以及致病性上存在明显差异，但对这三种核型分离子核DNA进行RAPD分析，未发现明显差异。
