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gyrB基因在细菌系统发育分析中的应用 被引量：52
1
作者 郝云婕 韩素贞 《生物技术通报》 CAS CSCD 2008年第2期39-41,共3页
细菌gyrB编码DNA促旋酶的B亚单位蛋白,对细菌DNA的转录和复制很重要。因不显现频繁的基因横向转移并且基于该序列的分析与DNA杂交同源性分析有较好的一致性,近年来常被选用于细菌系统发育分析及细菌鉴定,一般采用对该基因测序或对其PCR... 细菌gyrB编码DNA促旋酶的B亚单位蛋白,对细菌DNA的转录和复制很重要。因不显现频繁的基因横向转移并且基于该序列的分析与DNA杂交同源性分析有较好的一致性,近年来常被选用于细菌系统发育分析及细菌鉴定,一般采用对该基因测序或对其PCR产物RFLP等方法进行研究。 展开更多
关键词 系统发育分析 gyrb 细菌鉴定 促旋酶 B亚单位蛋白
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促旋酶(gyrase)B亚单位基因gyrB在鉴别细菌近缘种中的应用 被引量：49
2
作者 李献梅 王小芬 +2 位作者 杨洪岩 高秀芝 崔宗均 《微生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2008年第5期701-706,共6页
单拷贝的gyrB是普遍存在于细菌中编码促旋酶B亚单位的基因,该基因进化速率快,每100万年的平均碱基替换率为0.7%～0.8%。研究证明,该区段基因能对假单胞菌、芽孢杆菌、弧菌、肠杆菌、分枝杆菌、气单胞菌、乳酸菌等不同属或科内的近缘种... 单拷贝的gyrB是普遍存在于细菌中编码促旋酶B亚单位的基因,该基因进化速率快,每100万年的平均碱基替换率为0.7%～0.8%。研究证明,该区段基因能对假单胞菌、芽孢杆菌、弧菌、肠杆菌、分枝杆菌、气单胞菌、乳酸菌等不同属或科内的近缘种进行区分鉴定,还可通过设计种特异性引物进行定量PCR或者限制性片段分析,同时也能结合变性梯度凝胶电泳技术(DGGE)追踪微生物的动态。gyrB基因弥补了非蛋白编码基因16SrDNA或者基因间隔序列(ITS)DNA无法区分近缘种的缺陷,给近缘种的鉴别或者其群体指纹图谱的分析带来了新的希望,为当前国内外用于近缘种研究的热点,是细菌系统发育分析上非常值得重视的新靶标。 展开更多
关键词 促旋酶 gyrb 近缘种 系统发育
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草鱼出血病混合感染的嗜水气单胞菌的分离、鉴定与理化特性 被引量：46
3
作者 邓国成 江小燕 +5 位作者 叶星 刘明智 许淑英 刘礼辉 白岳强 罗霞 《微生物学通报》 CAS CSCD 北大核心 2009年第8期1170-1177,共8页
从患出血病草鱼的肝脏病灶中分离筛选出2株致病菌。取病鱼样品组织过滤液接种CIK细胞、培养,电镜下观察到细胞质中含有草鱼呼肠孤病毒样颗粒和包涵体,病毒颗粒大小65nm～70nm,包涵体0.46μm～1.81μm。人工回归感染实验显示分离的菌株... 从患出血病草鱼的肝脏病灶中分离筛选出2株致病菌。取病鱼样品组织过滤液接种CIK细胞、培养,电镜下观察到细胞质中含有草鱼呼肠孤病毒样颗粒和包涵体,病毒颗粒大小65nm～70nm,包涵体0.46μm～1.81μm。人工回归感染实验显示分离的菌株及细胞毒悬液均能使草鱼致病死亡。对分离菌株进行细胞形态学、理化特性分析及药敏试验,初步判定所分离的2株菌均为嗜水气单胞菌。进一步对菌株进行DNA分子鉴定,结果显示2株菌的16SrRNA基因、促旋酶亚单位蛋白(gryB)基因均与GenBank上的嗜水气单胞菌相应的基因具有较高的同源性。在根据已知序列分别构建的2个基因的分子系统进化树中2株菌均与嗜水气单胞菌聚类。同时2个菌株均可扩增到气溶素基因(aerA)和丝氨酸蛋白酶基因(ahpA),提示它们均可能为嗜水气单胞菌强毒株。综合人工回归感染实验与毒力基因鉴定结果可认为所分析的草鱼出血病病例存在着病毒与嗜水气单胞菌的混合感染。 展开更多
关键词 草鱼 出血病 嗜水气单胞菌 混合感染 16S核糖体基因 促旋酶B亚单位蛋白基因 气溶素基因 丝氨酸蛋白酶基因
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加州鲈源维氏气单胞菌的分离、鉴定及致病性 被引量：31
4
作者 龙波 王均 +8 位作者 贺扬 赵敏 王二龙 崔静雯 邓绿洲 刘韬 曾宇鲲 汪开毓 陈德芳 《中国兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2016年第1期48-55,共8页
对引起四川省某水库网箱养殖的加州鲈发生以体表出血、皮肤溃疡、肝肾出血和肿大为典型症状的疾病进行病原菌的分离、鉴定和致病性研究。从患病加州鲈病变组织分离纯化得到1株病原菌(LB140811),对其进行了形态特征、理化特性等表型生物... 对引起四川省某水库网箱养殖的加州鲈发生以体表出血、皮肤溃疡、肝肾出血和肿大为典型症状的疾病进行病原菌的分离、鉴定和致病性研究。从患病加州鲈病变组织分离纯化得到1株病原菌(LB140811),对其进行了形态特征、理化特性等表型生物学检验和回归试验,并通过16SrDNA和gyrB基因测序与系统发育分析,以及毒力基因act和aerA的PCR扩增进行分离株的分子生物学鉴定,同时开展了病原菌的致病性和药物敏感性研究。根据该病原菌的表型、分子生物学特性和进化关系,判定其为气单胞菌属的维氏气单胞菌,且回归试验证实该菌株LB140811为此次加州鲈发病的病原菌。组织病理学观察发现,该病原菌对加州鲈的多个组织器官都造成了明显的病理损伤,尤其是肝、肾、肌肉的损伤较为严重,表现为明显的变性、坏死以及炎性细胞浸润。药敏试验结果表明,18种抗菌药物中,该病原菌仅对阿奇霉素敏感,对氨苄西林、氧氟沙星等14种药物耐药。 展开更多
关键词 加州鲈 维氏气单胞菌 16S RDNA gyrb 致病性
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一株苯酚降解菌的筛选鉴定及响应面法优化其降解 被引量：24
5
作者 贺强礼 刘文斌 +3 位作者 杨海君 彭晓霞 关向杰 黄水娥 《环境科学学报》 CAS CSCD 北大核心 2016年第1期112-123,共12页
从某化工厂污水处理车间活性污泥中分离、筛选到一株能以苯酚为唯一碳源和能源生长的菌株YH8.基于形态特征、生理生化特性、BIOLOG细菌自动鉴定系统、16S rDNA和gyrB基因序列同源性分析鉴定菌株YH8,鉴定菌株YH8为Acinetobacter guilloui... 从某化工厂污水处理车间活性污泥中分离、筛选到一株能以苯酚为唯一碳源和能源生长的菌株YH8.基于形态特征、生理生化特性、BIOLOG细菌自动鉴定系统、16S rDNA和gyrB基因序列同源性分析鉴定菌株YH8,鉴定菌株YH8为Acinetobacter guillouiae.在苯酚浓度低于1200 mg·L-1,温度为26~34℃,pH为7.0~10.0时,菌株YH8培养60 h对苯酚的降解率达70%以上.运用单因素实验初步确定苯酚降解的最适外加碳源和氮源分别为山梨醇和NaNO3,最适温度为30℃,最适初始pH为9.0,最适接种量为5%.为了提高菌株YH8的降解率,首先利用Plackett-Burman实验设计评估并筛选出影响苯酚降解的3个关键因素为初始pH、苯酚浓度、山梨醇浓度.用最陡爬坡实验逼近以上3个因子的最大响应区域,采用Box-Behnken实验设计及响应面法分析,确定其最优降解条件为初始pH 9.26、苯酚浓度1163.63 mg·L-1、山梨醇浓度7.81%、接种量5%、NaNO3浓度2%、温度30℃、培养时间96 h,在此条件下苯酚降解率可达98.95%.苯酚降解酶活性及酶定域实验表明,菌株YH8相关降解酶为胞内酶,且苯酚可诱导苯酚羟化酶（LmPH）和邻苯二酚1,2-双加氧酶（C（12）O）的合成.通过降解酶特异性引物从菌株YH8扩增得到LmPH和C12O基因片段,经质粒检测和消除实验发现菌株YH8相关降解基因位于质粒上.此外,菌株YH8能耐受高浓度NaCl和多种重金属离子,对多种抗生素具有抗性. 展开更多
关键词 苯酚 ACINETOBACTER guillouiaeYH8 响应面法 gyrb 邻苯二酚1 2-双加氧酶 质粒
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结核分枝杆菌对左氧氟沙星与莫西沙星的交叉耐药性及gyrA和gyrB基因突变分析 被引量：23
6
作者 李国利 陈澎 +3 位作者 孙昌文 张灵霞 李邦印 赵雁林 《中国防痨杂志》 CAS 2010年第10期616-621,共6页
目的研究结核分枝杆菌（Mycobacterium tuberculosis，MTB）对左氧氟沙星（1evofloxacin，LVF）与莫西沙星（moxifloxacin，MXF）的交叉耐药性，分析gyrA和gyrB基因突变位点分布及突变位点与耐药水平的关系。方法采用改良罗氏培养基检测... 目的研究结核分枝杆菌（Mycobacterium tuberculosis，MTB）对左氧氟沙星（1evofloxacin，LVF）与莫西沙星（moxifloxacin，MXF）的交叉耐药性，分析gyrA和gyrB基因突变位点分布及突变位点与耐药水平的关系。方法采用改良罗氏培养基检测MTB标准菌株H。，Rv、66株LVF耐药和55株LVF敏感的MTB临床分离菌株LVF和MXF的最低抑菌浓度（minimal inhibition concentration，MIC）。通过PCR直接测序法测定gyrA和gyrB耐药基因片段。结果MXF的MIC比LVF低2～4倍，MXF抗MTB菌株的活性是LVF的2～4倍。MTB标准菌株H37Rv未见gyrA和gyrB基因突变。66株LVF耐药和55株LVF敏感菌株均存在gyrAAGc95ACC（Ser→Thr）突变；55株LVF敏感菌株gyrA和gyrB基因未见其他突变。66株LVF耐药菌株中，40株（60．6％）gyrA GAC94（AAC或GGC或GCC或CAC或TAC）（Asp→Asn或Gly或Ala或His或Tyr）突变；19株（28．8％）gyrAGCG90GTG（Ala→Val）和1株（1．59／6）gyrA GCG90AAG（Ala→Lys）（未见报导）双碱基突变；3株（4．6％）gyrA TCG91CCG（Ser→Pro）突变；1株（1．5％）gyrBGAC500AAC（Asp→Asn）突变；2株（3．0％）呈gyrA GAC94（AAC或GCC）（Asp→Asn或Ala）与gyrB GGG551AGG（Gly→Arg）（未见报导）双位点突变。gyrA GAC94（AAC或GGC）（Asp→Asn或Gly）突变引起FOs药物较高水平耐药；GAC94GCC（Asp→Ala）和GCG90GTG（A1a→Val）突变引起FQs药物较低水平耐药。结论LVF与MXF之间存在交叉耐药，MXFMIC随LVFMIC增高而增高，但耐药水平不同。GyrA基因突变位点可能与耐药水平有关，有可能根据基因突变的位点分析耐药水平。 展开更多
关键词 分枝杆菌 结核 抗药性 细菌 氧氟沙星 莫西沙星 GYRA gyrb
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4株长牡蛎(Crassostrea gigas)致病性哈维氏弧菌(Vibrio harveyi)鉴定及其毒力基因检测 被引量：20
7
作者 高晓建 姚东瑞 +6 位作者 孙晶晶 白雪松 繆一恒 张荧荧 毕可然 秦蕾 张晓君 《海洋湖沼通报》 CSCD 北大核心 2015年第3期87-96,共10页
为明确江苏连云港养殖长牡蛎大规模死亡病因,对分离自长牡蛎的4株病原菌开展了致病性、表型特征、分子特征等研究,结果表明4株病原菌均具致病性,4株病原菌ML1、ML2、ML3、ML4对长牡蛎的半数致死量LD50分别为2.8×105、1.1×105... 为明确江苏连云港养殖长牡蛎大规模死亡病因,对分离自长牡蛎的4株病原菌开展了致病性、表型特征、分子特征等研究,结果表明4株病原菌均具致病性,4株病原菌ML1、ML2、ML3、ML4对长牡蛎的半数致死量LD50分别为2.8×105、1.1×105、1.8×105和1.6×105 CFU/mL;4株病原菌均为呈短杆状革兰氏阴性细菌,氧化酶阳性,还原硝酸盐,能利用甘露醇、纤维二糖,形态及理化特性结果表明4株分离菌与弧菌属的哈维氏弧菌亲缘关系最近;16SrRNA、gyrB、rpoA基因同源性检索及系统发育学分析结果表明4株分离菌与GenBank数据库中哈维氏弧菌的基因序列相似性最高且在系统发育树中聚为1个分支;根据4株分离菌的致病性、表型与分子特征,表明引起长牡蛎大规模死亡的病原为哈维氏弧菌。为进一步明确分离菌株毒力基因的携带情况,检测了分离鉴定的4株病原菌的9种毒力基因,结果表明,4株病原菌均可检测到luxR、toxR、vhhA和vhhB 4种毒力基因,扩增片段大小分别为679bp、390bp、1324bp和216bp,其他5种毒力基因未检测到,且分离鉴定的4株病原哈维氏弧菌携带相同的毒力基因,这些毒力基因可作为检测致病性哈维氏弧菌的分子标记。 展开更多
关键词 长牡蛎 哈维氏弧菌 16S RRNA gyrb rpoA 毒力基因
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新的系统发育标记及其应用 被引量：11
8
作者 石楠 张利平 《微生物学通报》 CAS CSCD 北大核心 2003年第4期112-115,共4页
系统发育标记是阐明个体间遗传关系的基因片段 ,为了区别遗传关系接近的分类单元 ,有许多新的系统发育标记被应用 ,配合其它分类手段的使用 ,为多相分类的研究注入了新的活力。
关键词 系统发育标记 RNASE P RNA基因 gyrb GAP
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河南中牟地区斑点叉尾鮰突发性败血症病原分离及鉴定 被引量：16
9
作者 刘韬 王二龙 +5 位作者 汪开毓 朱琳 何洁 段靖 李亚军 贺扬 《中国预防兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2016年第1期53-57,共5页
为鉴定近期河南中牟地区斑点叉尾鮰突发性败血症的病原,本研究从患病濒死鱼中分离到3株致病菌并对其进行常规理化特性、分子生物学、病理学和致病性试验以及药敏性检测。结果显示,3株分离株理化特性与维氏气单胞菌(A.veronii)特征相符,... 为鉴定近期河南中牟地区斑点叉尾鮰突发性败血症的病原,本研究从患病濒死鱼中分离到3株致病菌并对其进行常规理化特性、分子生物学、病理学和致病性试验以及药敏性检测。结果显示,3株分离株理化特性与维氏气单胞菌(A.veronii)特征相符,与Gen Bank中登录的A.veronii的gyr B基因同源性达99%以上,在系统发育树上均与A.veronii聚为一族。病理学和致病性试验显示,病鱼鳃、肝、肾、脾、肠等组织器官具有典型病理变化,人工感染鱼出现与自然发病相似症状,并能够从发病鱼组织中再次分离到相同病原菌,以上结果表明3株分离株均为致病性A.veronii。药敏试验表明3株分离菌株均对氧氟沙星、氯霉素、多西环素3种药物敏感。本实验为中牟地区A.veronii的防治和自然感染A.veronii致病机理的研究奠定了基础。 展开更多
关键词 维氏气单胞菌 斑点叉尾鮰 gyrb 病理损伤
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三疣梭子蟹病原弗氏柠檬酸杆菌的分离鉴定及定居因子抗原基因检测 被引量：15
10
作者 阎斌伦 张晓君 +2 位作者 梁利国 杨维 杨家新 《水产学报》 CAS CSCD 北大核心 2012年第3期391-398,共8页
2009年10月江苏赣榆地区某养殖场养殖的三疣梭子蟹出现大量死亡,症状主要表现为:病蟹行动缓慢、不摄食,蟹体消瘦,打开头胸甲可见肝胰腺、鳃、肌肉等内脏组织水肿,部分肝胰腺和肌肉组织呈腐烂状。从患病梭子蟹肌肉、肝胰脏、体内积液中... 2009年10月江苏赣榆地区某养殖场养殖的三疣梭子蟹出现大量死亡,症状主要表现为:病蟹行动缓慢、不摄食,蟹体消瘦,打开头胸甲可见肝胰腺、鳃、肌肉等内脏组织水肿,部分肝胰腺和肌肉组织呈腐烂状。从患病梭子蟹肌肉、肝胰脏、体内积液中分离到大量优势生长的细菌。人工感染试验,证明分离菌(JG091120-1)对健康三疣梭子蟹具有很强的致病性。对分离菌进行了形态特征、理化特性等常规表型生物学检验,同时利用分子生物学方法测定了代表菌株的16S rRNA和gyrB基因序列,其中分离菌16S rRNA基因序列长度为1 451 bp(登录号HQ170626),gyrB基因序列长度为1 186 bp(登录号HQ170627),分析了16S rRNA和gyrB两种基因序列的同源性。根据分离菌的表型及分子生物学特性,判定该菌为肠杆菌科枸橼酸属的弗氏柠檬酸杆菌。定居因子抗原cfa是肠杆菌科产肠毒素细菌的一种重要致病因子,利用特异性引物进行cfa基因的PCR扩增,分离菌可以扩增出大小在100 bp的基因片段,表明本次分离的病原弗氏柠檬酸杆菌具有cfa毒力因子。 展开更多
关键词 三疣梭子蟹 弗氏柠檬酸杆菌 16S RRNA gyrb CFA
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一株抗辣椒疫霉的根际细菌CRJ-9的筛选、鉴定及防治效果研究 被引量：14
11
作者 程睿君 原晨虹 +3 位作者 成巨龙 张家韬 陈国参 安德荣 《河北农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第1期83-89,共7页
为了发掘出抗辣椒疫霉(Phytophthora capsici)的根际细菌,丰富我国有益微生物菌种资源库。本试验从高发病试验田采集健康辣椒根际土壤样品30份,经过稀释涂布、划线培养、病原菌定向筛选后得到对辣椒疫霉有明显拮抗活性且具有良好广谱抑... 为了发掘出抗辣椒疫霉(Phytophthora capsici)的根际细菌,丰富我国有益微生物菌种资源库。本试验从高发病试验田采集健康辣椒根际土壤样品30份,经过稀释涂布、划线培养、病原菌定向筛选后得到对辣椒疫霉有明显拮抗活性且具有良好广谱抑菌能力的根际细菌CRJ-9。试验结果显示:CRJ-9发酵液的抑菌带宽度为(20.83±0.62)mm,抑制率可达到90%左右。利用16S rDNA联合gyrB基因序列鉴定CRJ-9为解淀粉芽孢杆菌(Bacillus amyloliquefaciens)。通过温室盆栽试验,结果显示在施药7和14d后,CRJ-9发酵液对辣椒疫病的相对防治效果分别为81.28%和79.91%,与烯酰吗啉的防治效果差异不显著,说明解淀粉芽孢杆菌CRJ-9能够有效控制辣椒疫病的发生和蔓延,具有极大的应用潜能。 展开更多
关键词 辣椒疫霉 根际细菌 16S RDNA gyrb 解淀粉芽孢杆菌
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福州地区大黄鱼变形假单胞菌的分离与鉴定 被引量：11
12
作者 刘年锋 郭睿 +4 位作者 江小斌 张善霹 王伟 郑晨晖 杨小强 《渔业研究》 2016年第1期14-20,共7页
为研究2013年春夏之际罗源湾海区网箱养殖大黄鱼(Pseudosciaena crocea)内脏出现白点症状的病原,从具有临床症状的大黄鱼内脏中分离到优势菌,经回接感染试验证实该菌为病原菌;分析该病原菌的形态特征、理化特性、分类地位及药物敏感性... 为研究2013年春夏之际罗源湾海区网箱养殖大黄鱼(Pseudosciaena crocea)内脏出现白点症状的病原,从具有临床症状的大黄鱼内脏中分离到优势菌,经回接感染试验证实该菌为病原菌;分析该病原菌的形态特征、理化特性、分类地位及药物敏感性等特性,结合16S r DNA序列构建的进化树与假单胞菌属恶臭群中的变形假单胞菌同源性最高,在99%以上,并通过看家基因gyr B序列分析进一步验证该菌为变形假单胞菌(Pseudomonas plecoglossicida);该菌对强力霉素、诺氟沙星、恩诺沙星3种抗生素敏感,对奥氟沙星、左氟沙星、四环素3种抗生素中度敏感。 展开更多
关键词 大黄鱼 变形假单胞菌 16S RDNA gyrb
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一株海洋产电菌Shewanella sp. S2的筛选和产电分析 被引量：11
13
作者 王彪 黄杰勋 +3 位作者 章晓波 王蔚 熊小京 徐方成 《微生物学通报》 CAS CSCD 北大核心 2010年第3期342-348,共7页
以厦门白城海域的潮间带表面沉积物为菌种来源筛选得到一株具有电催化活性的菌株S2,该菌株的16S rRNA和gyrB基因发育树与Shewanella oneidensis MR-1同支,相似性分别为98.5%和87%,葡萄糖、木糖、半乳糖等碳源利用及最佳生长的NaCl浓度与... 以厦门白城海域的潮间带表面沉积物为菌种来源筛选得到一株具有电催化活性的菌株S2,该菌株的16S rRNA和gyrB基因发育树与Shewanella oneidensis MR-1同支,相似性分别为98.5%和87%,葡萄糖、木糖、半乳糖等碳源利用及最佳生长的NaCl浓度与S.oneidensis MR-1有显著差别,因此初步鉴定为Shewanella属菌株,命名为Shewanella sp.S2。初步研究了菌株S2产电活性,在以乳酸作为碳源产电时,电压最高为150mV,相应的电流密度为66.1mA/m2。 展开更多
关键词 产电菌 SHEWANELLA gyrb 微生物燃料电池
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杜仲黑斑病菌(Pestalotiopsis trachicarpicola)拮抗细菌的分离和鉴定 被引量：9
14
作者 李书颖 朱天辉 《微生物学通报》 CAS CSCD 北大核心 2020年第2期469-480,共12页
【背景】杜仲黑斑病菌(Pestalotiopsis trachicarpicola)是引起杜仲黑斑病的新病原,当前尚未见生防菌对其产生拮抗作用的报道。【目的】从杜仲健康叶片上分离筛选出对P.trachicarpicola DZHBB-1拮抗效果最好的生防芽孢杆菌(Bacillussp.)... 【背景】杜仲黑斑病菌(Pestalotiopsis trachicarpicola)是引起杜仲黑斑病的新病原,当前尚未见生防菌对其产生拮抗作用的报道。【目的】从杜仲健康叶片上分离筛选出对P.trachicarpicola DZHBB-1拮抗效果最好的生防芽孢杆菌(Bacillussp.),利用16SrRNA基因结合蛋白质编码基因,实现对该菌株的快速准确鉴定。【方法】采用稀释分离法从健康杜仲叶片上分离菌株,通过平板对峙实验和生长速率法进行筛选,联合16SrRNA、gyrA、gyrB基因序列构建系统发育树分析,结合形态学特征及生理生化特性鉴定目标菌株,盆栽试验验证其对杜仲黑斑病的防治效果。【结果】总共分离得到62株芽孢杆菌,初筛出14株对病原菌有较好生防效果的菌株,复筛结果证明菌株J1拮抗效果最好且稳定,抑制率达到66.67%,16SrRNA、gyrA、gyrB基因序列系统发育树分析结果综合显示,菌株J1为解淀粉芽孢杆菌(Bacillus amyloliquefaciens)。盆栽试验结果显示,该菌能有效防治杜仲黑斑病的发生,防治效果均超过57%。【结论】该菌株具有防治P.trachicarpicola引起相关植物病害的生防潜力,16S rRNA、gyrA、gyrB基因联合鉴定芽孢杆菌,可为快速准确地鉴定芽孢杆菌及其近缘种提供借鉴方法。 展开更多
关键词 解淀粉芽孢杆菌 杜仲黑斑病菌 16S RRNA GYRA gyrb 鉴定
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杂交鲇恶臭假单胞菌的分离鉴定及其病理损伤研究 被引量：9
15
作者 段亚佼 黄小丽 +7 位作者 詹瑰然 樊威 段靖 赵一璘 邓永强 耿毅 陈德芳 汪开毓 《水生生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2017年第2期371-378,共8页
为确定一起杂交鲇皮肤溃疡症的病原,实验从病鱼体内分离到几株优势菌(DYJ140914-DYJ140917),根据4株分离菌的形态、生理生化特性,结合16S rRNA和gyrB基因序列测定(Gen Bank登录号分别为KP693689和KP693690)与系统发育分析,将其鉴定为恶... 为确定一起杂交鲇皮肤溃疡症的病原,实验从病鱼体内分离到几株优势菌(DYJ140914-DYJ140917),根据4株分离菌的形态、生理生化特性,结合16S rRNA和gyrB基因序列测定(Gen Bank登录号分别为KP693689和KP693690)与系统发育分析,将其鉴定为恶臭假单胞菌(Pseudomonas putida)。在此基础上以腹腔注射的方式进行人工感染试验,证实其为杂交鲇溃疡症的病原菌。病鱼组织器官具有典型的病理变化,其主要靶器官为肝脏、皮肤肌肉以及肾间质,分别引起多灶性坏死性肝炎、坏死性肌炎及坏死性间质性肾炎。此外,还可引起心外膜、心内膜炎及坏死性脾炎。药敏结果显示该菌对强力霉素、诺氟沙星和左氧氟沙星等药物敏感;对青霉素、氟苯尼考、磺胺甲基异恶唑、头孢西丁、阿奇霉素等药物耐药。 展开更多
关键词 杂交鲇 恶臭假单胞菌 16S RRNA gyrb 病理损伤
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鲢病原嗜水气单胞菌分离鉴定及检测方法的建立 被引量：9
16
作者 梁利国 谢骏 叶诗尧 《中国预防兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2013年第5期374-378,共5页
为鉴定江苏高邮市某养殖场混养鲢死亡原因,本研究对濒死鱼进行细菌分离纯化、常规理化特性、分子生物学和致病性试验鉴定以及药敏性检测。鉴定结果表明,分离菌对健康鲢具有较强的致病性,其LD50为5×106.75cfu/mL,根据其表型特征、... 为鉴定江苏高邮市某养殖场混养鲢死亡原因,本研究对濒死鱼进行细菌分离纯化、常规理化特性、分子生物学和致病性试验鉴定以及药敏性检测。鉴定结果表明,分离菌对健康鲢具有较强的致病性,其LD50为5×106.75cfu/mL,根据其表型特征、理化特性及分子生物学鉴定,分离菌为气单胞菌属(Aeromonas)的嗜水气单胞菌(A.hydrophila),其16S rRNA和gyrB基因序列分别为1 460 bp和1 171 bp;药敏试验结果显示,分离菌对37种抗生素中氨曲南、氟苯尼考、庆大霉素等12种抗生素敏感。另外,根据A.hydrophila的气溶素aerA基因设计引物,建立了PCR检测方法,该方法可以扩增出280 bp的aerA基因片段,其最低检出量为3×104cfu/mL。本研究对A.hydrophila导致鲢出血死亡病原菌的分离鉴定以及建立的该菌检测方法,对鲢健康养殖和病害防治具有重要的意义。 展开更多
关键词 鲢 嗜水气单胞菌 16S RRNA gyrb aerA 检测方法
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一株层出镰刀菌拮抗细菌YM-8的筛选与鉴定 被引量：8
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作者 檀迎会 于波 +6 位作者 李志勇 孙志颖 刘宁 申珅 曹志艳 郝志敏 董金皋 《华北农学报》 CSCD 北大核心 2015年第S1期287-291,共5页
为寻找玉米鞘腐病的生物防治资源,采用平板对峙法,从玉米田土壤中分离筛选到一株对层出镰刀菌具有拮抗作用的细菌菌株YM-8,该菌株对禾谷镰刀菌、新月弯孢菌、串珠镰刀菌、灰霉病菌等均有不同程度的抑制作用。通过形态学、生理生化特征及... 为寻找玉米鞘腐病的生物防治资源,采用平板对峙法,从玉米田土壤中分离筛选到一株对层出镰刀菌具有拮抗作用的细菌菌株YM-8,该菌株对禾谷镰刀菌、新月弯孢菌、串珠镰刀菌、灰霉病菌等均有不同程度的抑制作用。通过形态学、生理生化特征及16S rDNA、gyrA、gyrB序列分析,YM-8菌株鉴定为解淀粉芽孢杆菌。 展开更多
关键词 解淀粉芽孢杆菌 16S RDNA GYRA gyrb 生物防治
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16S与gyrB基因联合建树快速鉴定一株解淀粉芽胞杆菌 被引量：8
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作者 傅奇 林俊杰 +1 位作者 冯亚栋 肖玉娟 《食品与发酵工业》 CAS CSCD 北大核心 2020年第12期116-120,共5页
在保守序列高度相似的细菌鉴定中,单独使用16S rDNA/RNA序列进行比对和构建进化树通常无法准确鉴定到种,需要增加测序基因数并对多基因进行分析。为实现快速鉴定,课题组对16S与gyrB基因联合建树的方法进行了研究,将土壤中筛选的1株具有... 在保守序列高度相似的细菌鉴定中,单独使用16S rDNA/RNA序列进行比对和构建进化树通常无法准确鉴定到种,需要增加测序基因数并对多基因进行分析。为实现快速鉴定,课题组对16S与gyrB基因联合建树的方法进行了研究,将土壤中筛选的1株具有淀粉水解酶活性的杆菌HX2016004,分别用通用引物扩增16S和gyrB基因并测序,在Genbank进行序列比对后,选择各菌种保藏中心具有相似16S和gyrB基因的菌株,取其16S和gyrB基因序列,采用Paup~*4. 0构建进化树。使用16S与gyrB拼接序列构建的进化树中属于同一种的菌株聚合在1枝,分类结构准确,其中HX2016004与解淀粉芽胞杆菌(Bacillus amyloliquefaciens)聚合在1枝,鉴定为解淀粉芽胞杆菌。经生理生化试验验证,该菌株与解淀粉芽胞杆菌特征完全一致,使用16S和gyrB基因联合建树得到的鉴定结果准确且快速简便。通过对Genbank和EZBiocloud已知序列菌株的分析,16S和gyrB基因联合建树的方法普遍适用于解淀粉芽胞杆菌的鉴定。 展开更多
关键词 16S gyrb 进化树 鉴定 解淀粉芽胞杆菌
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6株鱼源嗜水气单胞菌的分子鉴定与毒力基因分析检测 被引量：7
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作者 郭睿 刘年锋 +4 位作者 江小斌 张善霹 王伟 郑晨晖 杨小强 《福建水产》 2014年第2期89-95,共7页
为了分子鉴定6株鱼源嗜水气单胞菌,并从分子层面验证通过检测毒力基因以推测嗜水气单胞菌潜在致病性的可行性。实验采用PCR扩增16S rDNA和gyrB基因并结合系统发育树的构建和分析进行菌种的分子鉴定,检测气溶素(aerolysin,aer)、溶血素(h... 为了分子鉴定6株鱼源嗜水气单胞菌,并从分子层面验证通过检测毒力基因以推测嗜水气单胞菌潜在致病性的可行性。实验采用PCR扩增16S rDNA和gyrB基因并结合系统发育树的构建和分析进行菌种的分子鉴定,检测气溶素(aerolysin,aer)、溶血素(haemolysin,hly)、丝氨酸蛋白酶(serine protease,ahp)、热稳定细胞肠毒素(heat-stable cytotonic enterotoxin,ast)和热敏感细胞肠毒素(heat-labile cytotonic enterotoxin,alt)5种毒力基因,且使用Mega 5.2对核苷酸和氨基酸序列进行分析。结果显示6株菌均为嗜水气单胞菌Aeromonas hydrophila,检测出5种毒力基因中的至少4种,其中均检测出溶血素和2种肠毒素,序列分析表明气溶素、溶血素和丝氨酸蛋白酶的氨基酸序列高度保守。本研究基于16S rDNA和gyrB基因可以准确地对嗜水气单胞菌进行分子鉴定,6株菌的毒力基因丰富预示着一定的致病性,aer、hly和ahp基因相对保守,编码的毒力因子高度同源,在临床分子诊断中建议使用aer、ahp和hly基因对嗜水气单胞菌的潜在致病性进行检测。 展开更多
关键词 嗜水气单胞菌 分子鉴定 gyrb 毒力基因 序列分析
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基于16S rRNA和gyrB基因的施万菌种水平鉴定分析 被引量：7
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作者 蔡红艳 方玉洁 +3 位作者 于可艺 黄振洲 代航 王多春 《疾病监测》 CAS CSCD 北大核心 2021年第1期42-47,共6页
目的构建基于16S rRNA和gyrB基因对施万菌(Shewanella)进行种水平鉴定的方法,比较2个基因的鉴定能力差异。方法利用DnaSP 6.0软件对施万菌16S rRNA和gyrB基因的信息位点数及其百分比、核苷酸多态性值、平均G+C含量、非同义突变率与同义... 目的构建基于16S rRNA和gyrB基因对施万菌(Shewanella)进行种水平鉴定的方法,比较2个基因的鉴定能力差异。方法利用DnaSP 6.0软件对施万菌16S rRNA和gyrB基因的信息位点数及其百分比、核苷酸多态性值、平均G+C含量、非同义突变率与同义突变率的比值(Ka/Ks)、Tajima检验进行基因多态性分析。用MEGA 6.06软件的邻接距离矩阵法对90株测试菌株和54株模式菌株构建16S rRNA和gyrB基因的进化树。用MEGA 6.06软件的Kimura’s 2-parameter模型,确定90株测试菌株的菌种后,计算16S rRNA和gyrB基因的遗传距离和序列相似性。比较两者对施万菌种水平鉴定能力差异。结果16S r RNA和gyr B基因序列相似性平均值分别为95.0%、80.8%。在16S r RNA基因进化树中,S.marinintestina和S.sairae、S.livingstonensis和S.vesiculosa的进化分支几乎完全相同,gyrB基因则能在种水平将所有菌株区分开。16S rRNA基因的种内和种间相似性范围小。结论与16S rRNA基因相比,gyrB基因能够更准确的用于施万菌的种水平鉴定。 展开更多
关键词 施万菌 16S rRNA gyrb 鉴定
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