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赤子爱胜蚓(Eisenia fetida)肠道细菌群落的肠段分异特征及对饥饿-牛粪培养的响应
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作者 王宁 刘洋 +2 位作者 代威 姚丹丹 王辉 《生态与农村环境学报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第7期954-962,共9页
通过在初始-饥饿-牛粪连续培养条件下采集赤子爱胜蚓(Eisenia fetida)的前肠、中肠和后肠3个肠段内容物进行细菌16S rRNA基因测序分析,研究蚯蚓肠道细菌群落的肠段分异特征及对饥饿和食物培养的响应。结果显示:细菌群落多样性和组成在... 通过在初始-饥饿-牛粪连续培养条件下采集赤子爱胜蚓(Eisenia fetida)的前肠、中肠和后肠3个肠段内容物进行细菌16S rRNA基因测序分析,研究蚯蚓肠道细菌群落的肠段分异特征及对饥饿和食物培养的响应。结果显示:细菌群落多样性和组成在相邻肠段间相似,中肠和后肠的相似程度高于前肠和中肠,在相隔肠段间差异较大。厚壁菌门(14%~55%)、放线菌门(16%~39%)和变形菌门(15%~37%)是所有蚯蚓肠段的主要优势菌群。在不同培养状态下的肠道传递(前肠-中肠-后肠)过程中,优势菌门丰度变化趋势不同。前肠、中肠和后肠的核心扩增序列变体(ASVs)主要属于厚壁菌门(35%~48%)、放线菌门(20%~26%)和γ变形菌纲(14%~16%),前肠和后肠具有独有的核心ASVs,分别属于δ变形菌纲(7%)和纤维杆菌门(6%)。从初始状态到饥饿状态,肠道菌群Shannon多样性显著降低(P<0.05),Sobs丰富度降低,但未达显著水平(P>0.05);肠道中α/δ变形菌纲和放线菌门等类群相对丰度显著降低(P<0.05),γ变形菌纲、厚壁菌门和拟杆菌门相对丰度显著提高(P<0.05)。从饥饿状态到牛粪培养状态,肠道菌群Shannon多样性和Sobs丰富度进一步显著降低(P<0.05);肠道中δ变形菌纲和厚壁菌门等类群相对丰度显著提高(P<0.05),γ/α变形菌纲和放线菌门等类群相对丰度显著降低(P<0.05),拟杆菌门相对丰度无显著变化(P>0.05)。聚类分析结果表明,蚯蚓肠道菌群具有一定的稳定性。结合菌群结构和差异ASVs分析结果表明,饥饿-牛粪处理显著改变了蚯蚓肠道细菌群落,其中,饥饿处理主要改变菌群丰度,而牛粪处理同时改变菌群丰度和组成。综上所述,蚯蚓肠道微生物群落存在明显的肠段分异,且在一定程度上具有抵抗干扰以保持稳态的能力。蚯蚓肠道微生物群落对饥饿和食物均有明显响应,其中对食物的响应程度更强。 展开更多
关键词 蚯蚓 肠道微生物 肠段 饥饿 牛粪 细菌群落
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人工饲养恒河猴幼猴不同肠段微生物宏基因组学研究 被引量：4
2
作者 赵远 杨凤梅 +5 位作者 禹文海 王俊斌 陈丽雄 马进 段素琴 和占龙 《中国微生态学杂志》 CAS CSCD 2017年第8期869-873,883,共6页
目的以恒河猴幼猴为模型,采用16S rRNA宏基因组方法探讨十二指肠、盲肠、直肠的菌群组成。方法收集4例健康幼猴十二指肠、盲肠、直肠样本,提取细菌总DNA,采用新一代高通量测序技术对16S rRNA基因的V3-V4高变区测序,分析比较菌群结构及... 目的以恒河猴幼猴为模型,采用16S rRNA宏基因组方法探讨十二指肠、盲肠、直肠的菌群组成。方法收集4例健康幼猴十二指肠、盲肠、直肠样本,提取细菌总DNA,采用新一代高通量测序技术对16S rRNA基因的V3-V4高变区测序,分析比较菌群结构及多样性。结果 (1)门水平各肠段微生物优势菌群主要为硬壁菌门、变形菌门及拟杆菌门,在各肠段中的占比总和超过88%;(2)属水平,十二指肠中以芽胞杆菌属等为优势菌属,盲肠中以螺杆菌属、颤杆菌属、孢杆菌属等为优势菌属,直肠中以乳酸菌属、链球菌属、颤杆菌属等为优势菌属;(3)各肠段微生物功能差异较大,十二指肠主要承担营养物质的消化吸收,盲肠主要承担细胞及遗传物质的合成,直肠主要承担调节机体免疫力、抗感染等功能。结论各肠段菌群组成差异较大;各肠段细菌功能差异较大,且与其生理功能有一定关联;在肠道菌群研究中,应充分考虑粪便样品微生物的组成是否能够完全代表肠道微生物的组成。 展开更多
关键词 肠道微生物 恒河猴 宏基因组 肠段
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小鼠不同肠道段内容物和粪便中微生物的宏基因组测序和比较分析 被引量：11
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作者 赵文静 刘书云 +2 位作者 丁金梅 戴荣华 孟和 《上海交通大学学报（农业科学版）》 2016年第3期15-21,共7页
随着二代测序技术的迅速发展，从宏基因组角度了解环境微生物成为可能。目前，动物肠道微生物研究大多以粪便作为实验样品，对肠道内部微生物情况了解甚少。研究以小鼠为模型，分别对十二指肠、空回肠、盲肠、结肠4个部分内容物进行了... 随着二代测序技术的迅速发展，从宏基因组角度了解环境微生物成为可能。目前，动物肠道微生物研究大多以粪便作为实验样品，对肠道内部微生物情况了解甚少。研究以小鼠为模型，分别对十二指肠、空回肠、盲肠、结肠4个部分内容物进行了宏基因组测序和分析。结果显示，（1）在门水平上，十二指肠比其他肠段厚壁菌门减少、变形菌门增多；（2）在属水平上，大肠的优势菌属为螺杆菌、真细菌等，小肠优势菌属为链球菌、大肠杆菌、梭菌、肠球菌等，而且粪便与大肠优势菌分布趋势类似；（3）大肠和小肠肠道微生物相似度为0．62～0．77，粪便与各肠段微生物相似度为0．7～o．9；（4）粪便和肠道内容物细菌功能差异同其生理功能有一定关联。研究表明，小肠内容物与大肠内容物和粪便中微生物有明显差异，尽营粪便微生物与大肠内容物微生物类似。这一结果暗示着粪便微生物不能完全代表动物宿主肠道微生物的真实情况。 展开更多
关键词 肠道微生物 宏基因组测序 肠道段 粪便 小鼠
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