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反转录-重组酶介导等温扩增(RT-RAA)快速检测基因2型猪繁殖与呼吸综合征病毒 被引量:1
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作者 陈耀 仲欣雨 +8 位作者 吴陈雨 丁雪 黄璟 王欢莉 范忠军 孙静 陈星逸 余树培 夏文龙 《中国动物检疫》 CAS 2023年第1期121-127,共7页
为建立一种基因2型猪繁殖与呼吸综合征病毒(porcine reproductive and respiratory syndrome virus,PRRSV)的快速检测方法,根据其ORF6基因保守序列设计了3对特异性引物,通过引物筛选及条件优化,建立了基因2型PRRSV的反转录-重组酶介导... 为建立一种基因2型猪繁殖与呼吸综合征病毒(porcine reproductive and respiratory syndrome virus,PRRSV)的快速检测方法,根据其ORF6基因保守序列设计了3对特异性引物,通过引物筛选及条件优化,建立了基因2型PRRSV的反转录-重组酶介导等温扩增(reverse transcription recombinase-aided isothermal amplification,RT-RAA)快速检测方法。结果显示:该方法在40℃恒温孵育25 min即可完成靶序列扩增;特异性强,和猪伪狂犬病毒、猪细小病毒、猪圆环病毒2型、猪传染性胃肠炎病毒、猪流行性腹泻病毒均无交叉反应;灵敏度高,最低检出限为2×10^(0)TCID_(50)/μL,是常规RT-PCR方法的10倍;应用该方法对39份疑似PRRSV感染的临床样品进行检测,检出阳性样品25份,和实验室前期建立的荧光定量RT-PCR方法检测结果一致。以上结果说明,本研究建立的RT-RAA检测方法简便快速、特异性强、灵敏度高、临床适用性好,为PRRSV感染的快速诊断提供了新的技术手段。 展开更多
关键词 猪繁殖与呼吸综合征病毒 基因2 反转录-重组酶介导等温扩增 快速检测
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60名上海汉族人群ABO血型系统基因型研究 被引量:13
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作者 郭忠慧 刘达庄 +3 位作者 朱自严 朱俊 陈和平 张雄民 《临床输血与检验》 CAS 2002年第2期6-9,共4页
目的 建立 ABO血型系统基因分型方法 ,研究上海汉族人群 ABO血型的基因型分布 ,并对 A等位基因进行较为深入的研究。 方法 采用多重聚合酶链反应 (PCR)和限制性片段长度多态性 (RFL P)方法 ,单管扩增 ABO基因第 6和第 7外显子 ,然后... 目的 建立 ABO血型系统基因分型方法 ,研究上海汉族人群 ABO血型的基因型分布 ,并对 A等位基因进行较为深入的研究。 方法 采用多重聚合酶链反应 (PCR)和限制性片段长度多态性 (RFL P)方法 ,单管扩增 ABO基因第 6和第 7外显子 ,然后用 Kpn I和 Msp I两种限制性内切酶同时消化多重 PCR产物。 结果 在中国汉族符合 Hardy-Weinberg平衡的随机群体 (60人 )中 ,检出 A1 0 2 、A1 0 1 、B、O1 四种等位基因 ,其基因频率分别为 2 0 .8%、2 .5 %、2 4.2 %、5 2 .5 %。基因型频率为 BB10 .0 %、O1 O1 2 1.7%、A1 0 2 A1 0 2 1.7%、A1 0 1 A1 0 2 1.7%、A1 0 2 O1 3 3 .3 %、A1 0 1 O1 3 .3 %、BO1 2 5 .0 %、A1 0 2 B 3 .3 % ,未检测到 O2 基因。3名血清学疑为 A2 亚型的个体中有 1名经 PCR-序列特异性引物 (SSP)法证实存在 A467( C→ T ) 及 10 60位单个碱基 C缺失的移码突变。 结论 上海汉族人群 A型以 A1 0 2 展开更多
关键词 上海 汉族人 ABO血型系统 ABO基因分型 A2亚型 限制性片段长度多态性 多重聚合酶链反应
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我国G2型人蛔虫和猪蛔虫的遗传多样性 被引量:2
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作者 周春花 彭卫东 《中国人兽共患病学报》 CAS CSCD 北大核心 2012年第11期1093-1097,共5页
目的应用多个微卫星分子标记,对前期研究中运用ITS这一遗传标记未能区分的G2型人蛔虫和G2型猪蛔虫,进一步探讨其遗传多样性的差异。方法选用20个常染色体微卫星标记,结合毛细管电泳技术确定等位基因大小,使用软件CERVUS V2.0、ARLEQUIN ... 目的应用多个微卫星分子标记,对前期研究中运用ITS这一遗传标记未能区分的G2型人蛔虫和G2型猪蛔虫,进一步探讨其遗传多样性的差异。方法选用20个常染色体微卫星标记,结合毛细管电泳技术确定等位基因大小,使用软件CERVUS V2.0、ARLEQUIN V3.11、FSTAT V2.9.3和GENETIX V4.05对69个G2型人蛔虫和猪蛔虫样本进行遗传多样性分析。结果 G2型人蛔虫和猪蛔虫分别检出378和229个等位基因。20个基因位点中有14个位点在G2型人蛔虫和猪蛔虫中的优势等位基因一致。有18个位点中均存在G2型人、猪蛔虫各自的特有等位基因。G2型人蛔虫和猪蛔虫的平均期望杂合度分别为0.802和0.777,多态信息含量分别为0.779和0.737。分子变异方差分析(AMOVA)结果显示,遗传变异2.6%来自种群间,68.6%来自个体间,两蛔虫种群间FST值为0.0268,基因流(Nm)为9.08。结论 G2型人蛔虫和猪蛔虫均存在较高的遗传多样性,两者间无明显的遗传分化,并存在基因交流。但两者特有等位基因的差异和不同的优势等位基因的存在,提示其遗传上的重要差异,似可部分解释其宿主寄生特异性方面的不同。 展开更多
关键词 人蛔虫 猪蛔虫 G2 微卫星 遗传多样性
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1.2倍基因组长度C2亚型HBV重组体的表达和多肽分析
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作者 鞠晓梅 汝佳秋 +6 位作者 夏妍 金茜 杜博 郭梦蕊 曹馨阳 李佳琪 张淑云 《国际免疫学杂志》 CAS 2023年第2期117-128,共12页
目的获得乙型肝炎病毒(hepatitis B virus,HBV)C2蛋白的HBV多肽。方法同源重组法构建含1.2倍HBVC2全基因组表达重组体;脂质体法转染HepG2和Huh-7细胞;荧光定量PCR法检测HBV DNA水平;双抗体夹心酶联免疫吸附测定(enzyme linked immunosor... 目的获得乙型肝炎病毒(hepatitis B virus,HBV)C2蛋白的HBV多肽。方法同源重组法构建含1.2倍HBVC2全基因组表达重组体;脂质体法转染HepG2和Huh-7细胞;荧光定量PCR法检测HBV DNA水平;双抗体夹心酶联免疫吸附测定(enzyme linked immunosorbent assay,ELISA)法检测乙型肝炎表面抗原(HBsAg)和E抗原(HBeAg)的水平;免疫荧光法检测核心抗原(HBcAg)水平和分布。电转染法转染人永生化B淋巴细胞系(B-lymphoblastoid cell line,BLCL),液相色谱串联质谱(liquid chromatography-mass spectrography/mass spectrometry,LC-MS/MS)法分离鉴定HBV多肽,生物信息学预测亲合力,并检索已报道序列。结果成功构建了含3881 bp目的片段的HBVC2全基因组的重组体,即pAAV/HBV1.2C2。HepG2和Huh-7细胞转染重组体后24、48和72 h,培养上清液中HBV DNA、HBsAg和HBeAg均呈现较高水平;HBcAg多分布在细胞核,均在48 h表达水平达高峰。从5株BLCLs细胞裂解液中检出来源于HBsAg、HBeAg和HBcAg的HBV多肽(序列长度≥8aa)共95条。比较分析共同序列和包含或重叠(≥8aa)序列,67条多肽形成了11个HBV多肽热点核心区域,有92条已见报道。51(53.68%)条多肽有相应的人类白细胞表面抗原(human leukocyte antigen,HLA)等位基因分型,而与5株细胞所携带HLA等位基因一致的共有21条。结论成功构建和表达了pAAV/HBV1.2C2,获得了真实世界的HBVC2多肽谱。 展开更多
关键词 乙型肝炎病毒 乙型肝炎病毒C2亚型 1.2倍乙型肝炎病毒质粒 乙型肝炎病毒多肽 质谱
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基于IMPUTE2的全基因组关联性研究的基因型填补
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作者 辛俊逸 葛雨秋 +5 位作者 邵卫 杜牧龙 马高祥 储海燕 王美林 张正东 《科学技术与工程》 北大核心 2018年第15期56-60,共5页
多数全基因组关联性研究(GWAS)采用不同的分型芯片,导致遗传变异位点的数目及选择准则不同。基因型填补可以依据已有的基因分型数据,对未分型的位点进行填补。在应用IMPUTE2软件对基因型和表型数据库(db Ga P)中胃癌GWAS数据进行全基因... 多数全基因组关联性研究(GWAS)采用不同的分型芯片,导致遗传变异位点的数目及选择准则不同。基因型填补可以依据已有的基因分型数据,对未分型的位点进行填补。在应用IMPUTE2软件对基因型和表型数据库(db Ga P)中胃癌GWAS数据进行全基因组填补,以详细介绍全基因组填补的原理和过程。以第九号染色体为例,使用1000 Genome Project模板介绍全基因组填补的过程,包括填补前的质量控制、Pre-phasing、填补过程、填补的质量评估及填补后的关联性分析。第九号染色体在填补前有21 033个位点;而在填补后有1 630 406个SNP;其中INFO>0.3的SNP位点有817 494个;而填补质量较高(INFO>0.5)的位点数目有584 755个。IMPUTE2软件可以快速准确的对未分型的基因型进行填补,从而可以将多个GWAS数据整合到相同的位点数和密度上,再进行联合分析可以提高检验的把握度以便发现新的遗传易感性位点。 展开更多
关键词 GWAS 基因型填补 IMPUTE2 填补质量
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中国猪繁殖与呼吸综合征病毒流行历史及现状 被引量:39
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作者 郭振华 陈鑫鑫 +3 位作者 李睿 乔松林 郭军庆 张改平 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2018年第1期1-9,共9页
猪繁殖与呼吸综合征是当今世界危害养猪业的非常重要的疫病之一。我国自1995年首次报道本病以来,至今已流行20余年。本文从分子流行病学的角度系统分析我国猪繁殖与呼吸综合征病毒(porcine reproductive and respiratory syndrome virus... 猪繁殖与呼吸综合征是当今世界危害养猪业的非常重要的疫病之一。我国自1995年首次报道本病以来,至今已流行20余年。本文从分子流行病学的角度系统分析我国猪繁殖与呼吸综合征病毒(porcine reproductive and respiratory syndrome virus,PRRSV)的流行历史及现状,希望为PRRSV的防控提供新的视角和参考。当前美洲型(genotype 2)和欧洲型(genotype 1)PRRSV在我国均有流行,基于ORF5基因的序列分析显示,我国美洲型流行毒株分属于lineage 8、lineage 5、lineage 3和lineage 1四个谱系,且当前以lineage 8(highly pathogenic PRRSVlike)和lineage 1(NADC30-like)为主。我国早期毒株BJ-4与VR2332的全基因组相似性为99.6%,提示BJ-4可能为北美输入性毒株。我国欧洲型毒株均属于subtype 1,目前至少有9个省市检测到了欧洲型毒株的流行,与Lelystad virus毒株相比,我国流行毒株的GP5和N蛋白上均具有特有的保守氨基酸位点。 展开更多
关键词 猪繁殖与呼吸综合征病毒 分子流行病学 基因Ⅰ型 基因Ⅱ型 蓝耳病
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犬细小病毒上海分离株全基因的克隆及进化树分析 被引量:14
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作者 郭伟 商晓桂 +4 位作者 单同领 华修国 杨志彪 朱建国 周雨霞 《中国动物传染病学报》 CAS 2009年第3期27-32,共6页
为研究上海地区犬感染细小病毒(Canine parvovirus,CPV)的基因特点和基因型,参考GenBank上细小病毒3个基因型的全基因设计6对扩增引物进行PCR,分段扩增出目标片段,克隆于T载体上,测定序列并拼接,用MEGA软件、NJ法构建进化树。结果显示,... 为研究上海地区犬感染细小病毒(Canine parvovirus,CPV)的基因特点和基因型,参考GenBank上细小病毒3个基因型的全基因设计6对扩增引物进行PCR,分段扩增出目标片段,克隆于T载体上,测定序列并拼接,用MEGA软件、NJ法构建进化树。结果显示,犬细小病毒全基因为4 758bp,命名为CPV-SH,提交到GenBank上的序列号为FJ792845,与GenBank中4种基因型犬细小病毒的VP2基因核苷酸序列同源性比较发现,CPV-SH克隆与2a亚型犬细小病毒核苷酸同源性为最高99.7%,与2型、2b亚型、2c亚型的同源性分别为98.8%、99.5%、99.5%。CPV-SH属于2a亚型犬细小病毒,与国内北京分离株CPV/BJ082亲缘关系最近,同源性为99.9%。 展开更多
关键词 犬细小病毒 上海 2a基因亚型 进化树分析
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1型、2型牛病毒性腹泻病毒通用RT-PCR检测方法的建立与应用 被引量:13
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作者 曾维欢 李蓉 +4 位作者 肖望成 康京丽 黄保续 吴发兴 代飞燕 《中国动物检疫》 CAS 2021年第2期98-103,共6页
为建立一种快速检测1型、2型牛病毒性腹泻病毒(BVDV)的通用RT-PCR方法,根据GenBank上收录的64株1型、2型BVDV以及1株猪瘟病毒(CSFV)的全基因组序列,应用Primer 6.0软件设计针对5'-UTR区域的1型、2型BVDV特异性通用引物对,扩增目的片... 为建立一种快速检测1型、2型牛病毒性腹泻病毒(BVDV)的通用RT-PCR方法,根据GenBank上收录的64株1型、2型BVDV以及1株猪瘟病毒(CSFV)的全基因组序列,应用Primer 6.0软件设计针对5'-UTR区域的1型、2型BVDV特异性通用引物对,扩增目的片段,并对该方法进行特异性、敏感性、重复性试验及利用该方法开展临床样品检测。结果显示:扩增的目的片段长度约为302 bp;该方法的灵敏度为2.09×102 copies/μL,无非特异性扩增,且重复性良好。对采自山东省发病牛场的13份鼻腔棉拭子和9份牛血清临床样品进行检测,发现有8份鼻腔棉拭子和8份血清为BVDV阳性,随机抽取4份阳性样品送测序,发现3份样品毒株为1型BVDV,1份样品还需进一步鉴定。本研究建立的RT-PCR方法可实现对1型、2型BVDV核酸的特异性检测,也可用于该病的流行病学调查研究。 展开更多
关键词 牛病毒性腹泻病毒 基因1型 基因2 RT-PCR
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一项评估索磷布韦联合利巴韦林治疗基因2型慢性丙型肝炎病毒感染受试者的有效性和安全性的单臂、开放、多中心Ⅱ期临床研究 被引量:7
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作者 高莹卉 李广明 +16 位作者 金清龙 赵英仁 贾战生 毛小荣 杨永峰 尚佳 王拱辰 谢雯 巫善明 张明香 侯金林 李东良 南月敏 关玉娟 朱春霞 袁洋洲 魏来 《中华肝脏病杂志》 CAS CSCD 北大核心 2019年第5期352-357,共6页
目的评估索磷布韦(南京正大天晴制药有限公司)联合利巴韦林治疗基因2型慢性丙型肝炎病毒感染的受试者的有效性和安全性。方法在全国16家研究中心筛选初治或经治的基因2型慢性丙型肝炎病毒感染者,所有受试者接受每日一次的索磷布韦(400mg... 目的评估索磷布韦(南京正大天晴制药有限公司)联合利巴韦林治疗基因2型慢性丙型肝炎病毒感染的受试者的有效性和安全性。方法在全国16家研究中心筛选初治或经治的基因2型慢性丙型肝炎病毒感染者,所有受试者接受每日一次的索磷布韦(400mg)联合利巴韦林(体质量<75kg,1000mg/d,早上400mg,晚上600mg;体质量≥75kg,1200mg/d,早晚各600mg)治疗12周,停药后随访12周。连续变量采用均值±标准差表示,不同随访时间点病毒学应答的受试者比例及95%置信区间采用极大似然比点估计及Clopper-Pearson区间估计。结果全国16家研究中心共入组132例基因2型慢性丙型肝炎病毒感染的受试者,其中12例受试者伴有肝硬化,其余120例受试者不伴有肝硬化。131例受试者完成了本研究,1例受试者在完成停药后第4周访视后失访。停药12周获得的持续病毒学应答率为96.2%(95%可信区间:92.37%~99.16%)。4例受试者发生病毒学复发。入组的132例受试者中,119例(90.2%)受试者共报告了617例次治疗期不良事件(TEAE),其中与索磷布韦和/或利巴韦林相关TEAE359例次(76.5%)。其中3级及3级以上TEAE9例次,共有6例(4.5%)受试者发生了6例次严重不良事件,仅1例严重不良事件与索磷布韦和利巴韦林相关(不稳定型心绞痛)。无导致停药的不良事件。无导致死亡的不良事件。结论索磷布韦联合利巴韦林治疗基因2型慢性丙型肝炎病毒感染具有较高的SVR率,发生的不良反应大多为轻度,安全性可接受。 展开更多
关键词 肝炎 丙型 基因2 直接作用抗病毒药物 索磷布韦 利巴韦林 持续病毒性应答
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致细胞病变型新疆BVDV基因2型毒株的分离鉴定及其致病性 被引量:5
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作者 李祯 郭妍婷 +10 位作者 陈俊贞 胡新艳 赵新艳 董文丽 贺渊秀 王万顺 李泽宇 姚刚 冉多良 付强 史慧君 《中国兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2021年第4期646-654,共9页
为了解新疆博乐地区某牛场牛病毒性腹泻病毒(bovine viral diarrhea virus,BVDV)的流行情况及致病性,采用反转录PCR(reverse transcription PCR,RT-PCR)检测粪便样品,将阳性病料接种至胎牛肾细胞(madin-darby bovine kidney,MDBK),盲传1... 为了解新疆博乐地区某牛场牛病毒性腹泻病毒(bovine viral diarrhea virus,BVDV)的流行情况及致病性,采用反转录PCR(reverse transcription PCR,RT-PCR)检测粪便样品,将阳性病料接种至胎牛肾细胞(madin-darby bovine kidney,MDBK),盲传15代后通过5轮蚀斑纯化试验得到1株致细胞病变型(cytopathic type,CP)BVDV毒株;通过理化性质检测、间接免疫荧光试验、电镜观察、基因序列分析及小鼠致病性试验对该毒株进行鉴定。结果显示:成功分离纯化得到1株CP BVDV毒株,将其命名为BVDV-BL314株;盲传15代BVDV毒株接种至MDBK细胞培养引起明显的细胞皱缩、变圆、碎裂、脱落、产生合胞体等致细胞病变效应(cytopathogenic effect,CPE);测定该毒株的滴度为2×10^(8) TCID50/0.1mL;理化性质检测发现该病毒对乙醚、氯仿等有机溶剂敏感,对酸碱敏感;56℃处理30min可显著性降低病毒活性;间接免疫荧光试验检测胞浆中可见特异性荧光;电镜观察该病毒呈球形,直径为40~60nm;遗传进化分析显示该分离株与BVDV-125c株有较近的亲缘关系,属于BVDV-2a基因亚型;免疫BALB/c小鼠后,剖检表现为多器官肿大、出血、质地变脆,边缘钝圆,无光泽等症状;镜检可见炎性细胞浸润、出血等变化。结果表明,分离纯化得到1株致细胞病变型新疆地方性BVDV基因2型毒株,且具有较强的致病性,将为新疆BVDV流行病学调查及致病机制研究提供依据。 展开更多
关键词 牛病毒性腹泻病毒 致细胞病变型 5′UTR基因 基因2
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猪繁殖与呼吸综合征病毒基因2型类NADC30毒株感染模型的建立
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作者 王金龙 崔占鼎 +3 位作者 张婧 尤婷 杜晓华 卢曾军 《中国兽医科学》 CAS CSCD 北大核心 2024年第9期1169-1174,共6页
本研究旨在建立猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)类NADC30流行毒株的感染模型。选择田间分离的类NADC30毒株PRRSV/GSWW/2018作为攻毒毒株,采用滴鼻、肌肉注射和皮下注射这3种方式进行感染,攻毒剂量为接种细胞培养病毒液2 m L/头(10~6TCID5... 本研究旨在建立猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)类NADC30流行毒株的感染模型。选择田间分离的类NADC30毒株PRRSV/GSWW/2018作为攻毒毒株,采用滴鼻、肌肉注射和皮下注射这3种方式进行感染,攻毒剂量为接种细胞培养病毒液2 m L/头(10~6TCID50/m L),每组3头猪。攻毒后采集血液、鼻拭子、肛拭子检测病毒血症与排毒情况,每天检测体温变化,记录增重与发病死亡情况,死亡猪及时进行剖检,观察肺组织病变情况,根据以上指标评价感染模型是否建立成功。结果显示,滴鼻与肌肉注射组在感染后第24小时出现发热症状,持续约1周时间;感染后第48小时病毒血症达峰值、并持续至死亡;滴鼻与肌肉注射攻毒组猪的体重下降,并表现出明显的临床症状与排毒现象,滴鼻组、肌肉注射组均100%死亡,皮下注射组与未感染对照组均表现正常。上述结果表明,PRRSV/GSWW/2018株通过肌肉注射或滴鼻方式均可成功感染仔猪,并表现出明显的临床症状,且有很强的致病性,表明感染模型建立成功,这为后续抗病毒药物筛选或疫苗研发奠定了良好基础。 展开更多
关键词 猪繁殖与呼吸综合征病毒 基因2 类NADC30毒株 感染模型
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HCV 2a J6JFH细胞感染模型的建立及初步应用 被引量:3
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作者 任浩 王永智 +2 位作者 赵平 刘媛 戚中田 《中国生物制品学杂志》 CAS CSCD 2009年第1期1-5,9,共6页
目的建立能够自主复制的丙型肝炎病毒(HCV)体外细胞感染模型。方法制备HCV2a FL-J6JFH和阴性对照FL-J6JFH(GND)RNA转录体,分别转染Huh-7.5细胞,荧光定量PCR(FQ-PCR)检测细胞内HCV RNA水平,免疫荧光法(IFA)检测细胞内HCV蛋白的表达。以... 目的建立能够自主复制的丙型肝炎病毒(HCV)体外细胞感染模型。方法制备HCV2a FL-J6JFH和阴性对照FL-J6JFH(GND)RNA转录体,分别转染Huh-7.5细胞,荧光定量PCR(FQ-PCR)检测细胞内HCV RNA水平,免疫荧光法(IFA)检测细胞内HCV蛋白的表达。以转染细胞上清液感染Na觙ve Huh-7.5细胞,检测HCV感染性病毒颗粒(HCVcc)的产生。将细胞用不同浓度的IFNα处理,观察所建立的细胞感染模型对IFNα的敏感性。结果转染后第5天,FL-J6JFH转染细胞内HCV RNA为1.2×106GE/μg RNA,第9天下降至最低水平,随后上升,于第13天达到最高值6.5×106GE/μg RNA,此后直至第59天,均保持在106GE/μg RNA左右,而FL-J6JFH(GND)转染细胞内HCV RNA则很快消失。FL-J6JFH转染的细胞内始终可以检测到HCV蛋白表达,而对照细胞内均未检测到。从第5天起,各时间点的FL-J6JFH转染细胞均能产生HCVcc。IFNα能够有效抑制HCVcc感染Huh-7.5细胞,并呈剂量依赖性。结论已成功建立了能持续产生HCVcc的HCV2a型体外细胞感染模型,IFNα能抑制FL-J6JFH HCVcc感染细胞中HCV RNA的复制,为研究HCV的结构与功能提供了实验平台。 展开更多
关键词 丙型肝炎病毒 2a基因型 J6JFH 细胞感染模型
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Improved Sustained Virological Response Following Treatment with Pegylated-Interferon Alpha-2b Compared with Alpha-2a, Both with Ribavirin, for Chronic Hepatitis C Infection with Genotypes 2 and 3
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作者 Lindsay C. Mollison Laurens Manning +1 位作者 Silvie Miczkova Wendy Cheng 《International Journal of Clinical Medicine》 2014年第3期111-117,共7页
Purpose: The optimal formulation of pegylated interferon a (PEG-IFa) as a part of combination therapy with ribavirin (RBV) is uncertain for patients infected with hepatitis C Genotypes 2 and 3. Methods: A multivariate... Purpose: The optimal formulation of pegylated interferon a (PEG-IFa) as a part of combination therapy with ribavirin (RBV) is uncertain for patients infected with hepatitis C Genotypes 2 and 3. Methods: A multivariate analysis of prospectively collected treatment data from two tertiary centres on 351 treatment na?ve HCV Genotype 2 or 3 patients who received PEG-IFa-2a or b plus ribavirin. Results: Univariate analyses demonstrate that PEG-IFa-2b based on regimens achieved a higher sustained virological response (SVR) than PEG-IFa-2a (77.9% versus 62.0%, P = 0.0012). On multivariate analyses, PEG-IFa-2b appeared superior to PEG-IFa-2a with an odds ratio (OR) and 95% confidence interval (CI95) for SVR of 2.19 (CI95 1.35-3.52, P = 0.0005). Genotype was a significant predictor of outcome in the multivariate model with 80% of Genotype 2 but only 67.7% of Genotype 3 subjects achieving SVR (OR 2.66 [CI95 1.35-5.92]). Increasing age was negatively associated with SVR (OR 0.97 [CI95 0.94-0.99]). Some of the differences in SVR are explained by higher relapse rates with PEG-IFa-2a (P = 0.009). Conclusions: PEG-IFa-2b and RBV achieve higher SVR rates than PEG-IFa-2a and RBV in Genotypes 2 and 3 chronic HCV infections. There is less relapse with PEG-IFa-2b. Genotype 2 infections are considerably easier to cure. SVR is higher in younger patients. These findings should influence a choice of PEG-IFa in the era of direct acting anti-viral drugs in therapy of Genotypes 2 and 3. 展开更多
关键词 HEPATITIS C Pegylated INTERFERON RIBAVIRIN SVR Multivariate Analysis genotype 2 genotype 3
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Hepatocellular carcinoma or interferon-based therapy history attenuates sofosbuvir/ribavirin for Japanese genotype 2 hepatitis C virus 被引量:1
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作者 Masayoshi Yada Masayuki Miyazaki +2 位作者 Kosuke Tanaka Akihide Masumoto Kenta Motomura 《World Journal of Gastroenterology》 SCIE CAS 2018年第13期1478-1485,共8页
AIM To investigate the real-world efficacy and safety of sofosbuvir/ribavirin(SOF/RBV) therapy for Japanese patients with genotype 2 hepatitis C virus(GT2-HCV).METHODS A total of 182 patients with GT2-HCV infection wh... AIM To investigate the real-world efficacy and safety of sofosbuvir/ribavirin(SOF/RBV) therapy for Japanese patients with genotype 2 hepatitis C virus(GT2-HCV).METHODS A total of 182 patients with GT2-HCV infection who received SOF/RBV therapy for 12 wk at our hospital were enrolled. The patients comprised 122 men and 60 women(age range: 17-84 years; mean age ± SD: 60.1 ± 12.1 years). Relationships between virological response and clinical data were examined by logistic regression analyses. RESULTS The proportions of patients with liver cirrhosis and history of hepatocellular carcinoma(HCC) were 29.0% and 17.3%, respectively. The proportion of patients with prior interferon(IFN)-based therapy was 25.6%. SOF/RBV therapy rapidly decreased HCV RNA levels. Several patients required RBV dose reduction because of anemia or fatigue. Four patients discontinued the therapy. The rates of sustained virological response at 12 wk after the end of treatment were 87.9%(intention to treat: 160/182) and 94.1%(per protocol: 159/169). Multivariate analyses showed that history of HCC or IFN-based therapy independently reduced the efficacy of SOF/RBV therapy. CONCLUSION SOF/RBV therapy for GT2-HCV is safe, highly tolerated, and effective. History of HCC or IFN-based therapy independently reduces the efficacy of this treatment. 展开更多
关键词 Sofosbuvir RIBAVIRIN genotype 2 Hepatitis C virus Interferon-based THERAPY Hepatocellular carcinoma
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Sofosbuvir/Ribavirin therapy for patients experiencing failure of ombitasvir/paritaprevir/ritonavir + ribavirin therapy: Two cases report and review of literature
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作者 Ken Sato Yuichi Yamazaki +8 位作者 Takeshi Kobayashi Satoshi Takakusagi Norio Horiguchi Satoru Kakizaki Masayasu Andou Yoshihiro Matsuda Toshio Uraoka Hiroshi Ohnishi Hiroaki Okamoto 《World Journal of Clinical Cases》 SCIE 2019年第9期1043-1052,共10页
BACKGROUND The effectiveness of sofosbuvir/ribavirin(SOF/RBV) combination therapy,which is one of the 1 st-choice therapeutic options for patients with hepatitis C virus(HCV) genotype 2(HCV-G2) in Japan according to t... BACKGROUND The effectiveness of sofosbuvir/ribavirin(SOF/RBV) combination therapy,which is one of the 1 st-choice therapeutic options for patients with hepatitis C virus(HCV) genotype 2(HCV-G2) in Japan according to the most recent version of the Japan Society of Hepatology guideline, for patients who experienced failure of the ombitasvir/paritaprevir/ritonavir plus ribavirin(OBV/PTV/r+RBV) combination therapy, which was another option for patients with HCV-G2, is unknown.CASE SUMMARY We evaluated the effects of SOF/RBV combination therapy in two patients with genotype 2 a who could not achieve a sustained virological response(SVR) by OBV/PTV/r+RBV combination therapy. One patient was complicated with VogtKoyanagi-Harada(VKH) disease. Resistance-associated variations before SOF/RBV combination therapy were not detected in two patients. Both patients had an SVR at 12 wk after the treatment(SVR12). Regarding adverse events(AEs), itching, chill, a dull feeling in the throat and cough as well as increase of alanine transaminase level were shown in one patient, while a headache and deterioration of light aversion probably due to the recurrence of VKH disease were shown in the other patients. In addition, the latter patient developed arthralgia and morning stiffness approximately 7 wk after the therapy and turned out to be diagnosed with rheumatoid arthralgia.CONCLUSION SOF/RBV therapy might be effective for patients experiencing failure of OBV/PTV/r+RBV therapy, but caution should be taken regarding the AEs. 展开更多
关键词 Direct-acting ANTIVIRAL agent FAILURE Hepatitis C genotype 2 RIBAVIRIN Sofosbuvir Case REPORT
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反转录环介导等温扩增技术对丙型肝炎病毒1b和2a基因型检测
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作者 赵娜 刘金霞 孙殿兴 《病毒学报》 CAS CSCD 北大核心 2017年第1期49-55,共7页
利用反转录环介导等温扩增技术(RT-LAMP)对中国主要的丙型肝炎病毒(HCV)1b和2a基因型进行扩增。首先,收集临床采样标本,对其进行定量和定性。第二,分别根据HCV 1b和HCV 2a序列的5’非转录区(5’UTR)设计相应的RT-LAMP引物。第三,利用与... 利用反转录环介导等温扩增技术(RT-LAMP)对中国主要的丙型肝炎病毒(HCV)1b和2a基因型进行扩增。首先,收集临床采样标本,对其进行定量和定性。第二,分别根据HCV 1b和HCV 2a序列的5’非转录区(5’UTR)设计相应的RT-LAMP引物。第三,利用与非特异模板的交叉反应以评价各引物的特异性,利用内切酶酶切产物以进一步保证扩增准确。第四,利用倍比稀释的模板以评价各引物的灵敏性,并用依赖钙黄绿素/Mn2+的可视化方法与电泳结果比较。最后,利用RT-LAMP对所有采样标本进行HCV 1b和HCV 2a两组平行反应,SPSS统计学软件对其实用性初步评价。结果显示,所设计的RT-LAMP引物特异性好,HCV 1b和HCV 2a型产物大小均与预期相同。最低可检测的模板量为100IU/mL,且可视化染色方法电泳结果相一致。统计学软件比较扩增结果表明RT-LAMP与实时荧光定量PCR之间没有统计学差异(P>0.05)。综上,RT-LAMP设备简单,操作简便,具有在基层医疗机构的应用前景。 展开更多
关键词 丙型肝炎病毒(HCV) 中国 1b基因型 2a基因型 反转录环介导等温扩增
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丙型肝炎病毒JFH1 NS5A基因对HC-J4病毒复制和感染性的影响
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作者 王永智 王文博 +3 位作者 许刚 曹明媚 任浩 戚中田 《中国生物制品学杂志》 CAS CSCD 2011年第4期373-378,共6页
目的探讨丙型肝炎病毒(Hepatitis C virus,HCV)2a FL-J6JFH NS5A基因置换对1b型HC-J4复制和感染性的影响,为建立HCV 1b细胞模型奠定基础。方法将JFH1 NS5A置换至HC-J4基因组内,构建嵌合全长基因组HC-J4/JFHNS-5A。体外制备野生型HC-J4... 目的探讨丙型肝炎病毒(Hepatitis C virus,HCV)2a FL-J6JFH NS5A基因置换对1b型HC-J4复制和感染性的影响,为建立HCV 1b细胞模型奠定基础。方法将JFH1 NS5A置换至HC-J4基因组内,构建嵌合全长基因组HC-J4/JFHNS-5A。体外制备野生型HC-J4、嵌合体及FL-J6JFH的RNA转录体,脂质体介导转染Huh-7.5细胞,采用间接免疫荧光法(IFA)检测转染细胞内的蛋白表达,HCV负链RNA特异性RT-PCR法和荧光定量PCR方法(FQ-PCR)检测基因复制情况。转染后不同时间收集转染细胞上清,感染naive Huh-7.5细胞,观察其感染性。结果 IFA未观察到野生型HC-J4和嵌合体转染细胞内HCV蛋白的表达,但在转染后18 d内的各个时间点,均检测到HCV负链RNA,表明嵌合体和野生型HC-J4在转染细胞内呈低水平复制。转染后第9天和12天,FQ-PCR检测表明,嵌合体转染细胞内HCV RNA水平明显高于野生型转染的细胞(P<0.05)。不同时间点转染细胞上清感染naive Huh-7.5细胞后,IFA均未观察到表达HCV蛋白的阳性细胞。结论 JFH1 NS5A蛋白虽然在一定程度上可提高1b型HC-J4株在体外培养细胞中的复制能力,但还不足以产生能够检测到的感染性病毒颗粒。HCV 1b细胞模型的建立尚受其他因素的影响。 展开更多
关键词 丙型肝炎病毒 2a基因型 1b基因型 病毒复制 感染
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基因2型牛病毒性腹泻病毒新疆及山东分离株的鉴定 被引量:19
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作者 任敏 朱礼倩 +6 位作者 焦海宏 林燕清 陶洁 蒋颖 刘振华 王传彬 朱国强 《中国动物传染病学报》 CAS 2009年第4期20-25,共6页
将疑似为基因2型牛病毒性腹泻病毒(Bovine viral diarrhea virus genotypo2,BVDV-2)感染阳性的不同地区源病料样品接种马-达氏牛肾细胞(Mardin-Darby bovine Kidney,MDBK)单层细胞,进行病毒分离培养和传代。通过BVDV-2型特异性RT-PCR检... 将疑似为基因2型牛病毒性腹泻病毒(Bovine viral diarrhea virus genotypo2,BVDV-2)感染阳性的不同地区源病料样品接种马-达氏牛肾细胞(Mardin-Darby bovine Kidney,MDBK)单层细胞,进行病毒分离培养和传代。通过BVDV-2型特异性RT-PCR检测结果表明,共分离到2株细胞源BVDV-2病毒,命名为XJ-04和SD-06分离株。间接免疫荧光试验表明,上述分离的细胞源BVDV-2病毒能被鼠源BVDV-2重组E2蛋白抗血清或鼠抗BVDV-2单克隆抗体特异性识别,产生特异性胞内荧光。XJ-04和SD-06分离株分别盲传至13代和8代,光镜下观察到病毒感染的MDBK细胞内空泡化、细胞脱落、呈现拉网状的典型细胞病变。2株细胞源BVDV-2病毒感染的MDBK细胞制备超薄切片,在透射电镜下,细胞内质网中观察到约60nm大小的病毒粒子。经差速离心、20%蔗糖垫底超速离心提纯的病毒粒子,经磷钨酸染色,负染电镜下观察到病毒有囊膜、粒子大小约60nm的病毒颗粒。 展开更多
关键词 基因2型牛病毒性腹泻病毒 间接免疫荧光试验 超薄切片 透射电镜
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GenoType MTBDRplus VER2.0对痰样本结核分枝杆菌及其耐药性检测的应用评价 被引量:10
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作者 王洪秀 杨景卉 +2 位作者 王暖 李艺坤 陈晋 《检验医学》 CAS 2017年第5期410-414,共5页
目的评价结核分枝杆菌及耐药基因检测试剂盒——GenoType MTBDRplus VER2.0的检测效果。方法对纳入研究的痰样本同时进行涂片镜检、MGITTM 960液体培养、液体药物敏感性试验和GenoType MTBDRplus VER2.0检测。以MGITTM 960液体培养、液... 目的评价结核分枝杆菌及耐药基因检测试剂盒——GenoType MTBDRplus VER2.0的检测效果。方法对纳入研究的痰样本同时进行涂片镜检、MGITTM 960液体培养、液体药物敏感性试验和GenoType MTBDRplus VER2.0检测。以MGITTM 960液体培养、液体药物敏感性试验结果为判定标准,分析GenoType MTBDRplus VER2.0检测结核分枝杆菌的敏感性和特异性以及与液体培养方法的一致性,并对不一致的样本进行测序确认。结果与液体培养和液体药物敏感性试验相比,GenoType MTBDRplus VER2.0对痰样本结核分枝杆菌检测的敏感性和特异性分别为90.85%和94.34%,涂片阳性且培养阳性和涂片阴性而培养阳性样本的敏感性分别为93.75%和85.96%,对利福平药物敏感性试验的敏感性和特异性分别为100.00%和97.30%,对异烟肼耐药的敏感性和特异性分别为84.44%和96.94%。结论 GenoType MTBDRplus VER2.0可以满足临床对结核分枝杆菌早期诊断和及时治疗的需求。 展开更多
关键词 genotype MTBDRplus VER2.0 药物敏感性试验 结核分枝杆菌
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2001~2011年上海市风疹病毒分子流行病学研究 被引量:8
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作者 李崇山 杨玉颖 +5 位作者 王建国 朱贞 唐伟 李智 孙晓冬 许文波 《病毒学报》 CAS CSCD 北大核心 2012年第2期124-129,共6页
本研究对2001~2011年本实验室保存的血清标本检测结果为麻疹IgM阴性,风疹IgM阳性病例相对应的咽拭子标本进行风疹病毒(Rubella virus,RV)分离,用RT-PCR方法对细胞培养产物鉴定后扩增病毒E1基因,扩增产物用于核苷酸序列测定,并进行分子... 本研究对2001~2011年本实验室保存的血清标本检测结果为麻疹IgM阴性,风疹IgM阳性病例相对应的咽拭子标本进行风疹病毒(Rubella virus,RV)分离,用RT-PCR方法对细胞培养产物鉴定后扩增病毒E1基因,扩增产物用于核苷酸序列测定,并进行分子流行病学分析。结果表明,60份咽拭子标本共分离到31株RV,获得27株RV的739nt(nt8731~nt9469)核苷酸序列,系统同源性分析表明,27株RV分离株分别属于两个不同的基因型,除分离自2011年的11009株、11052株和11106株为2B基因型外,其他分离株均为1E基因型。27株RV分离株大部分的核苷酸突变为无义突变,氨基酸序列高度保守。24株1E基因型分离株中大部分毒株氨基酸序列完全一致,自2001年以来可能有来自同一传播链的RV在持续传播。本研究首次监测到2B基因型RV2011年开始在上海流行,经GenBank核苷酸序列比对发现,其与越南、日本、阿根廷等国家近几年的RV分离株核苷酸序列同源性达99%。由于以前对风疹的监测较少,尚不能证明其来源。 展开更多
关键词 风疹病毒 2B基因型
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