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猪Ⅱ型圆环病毒(PCV2)Henan株的分离与全基因组序列分析 被引量：15
1
作者 刘新文 曹胜波 +2 位作者 郭东春 姚清侠 陈焕春 《中国兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2006年第4期357-359,共3页
用PCR方法从河南某猪场送检的1头疑似断奶仔猪多系统衰竭综合征病猪的腹股沟淋巴结中检测到了猪Ⅱ型圆环病毒（porcine circovirus type2，PCV2）核酸。将该病料研磨、过滤除菌后接种无PCV1和PCV2污染的PK-15细胞，盲传12代后，用PCR方... 用PCR方法从河南某猪场送检的1头疑似断奶仔猪多系统衰竭综合征病猪的腹股沟淋巴结中检测到了猪Ⅱ型圆环病毒（porcine circovirus type2，PCV2）核酸。将该病料研磨、过滤除菌后接种无PCV1和PCV2污染的PK-15细胞，盲传12代后，用PCR方法仍然能够在接种细胞中检测到PCV2核酸。从接种细胞中收获病毒，经超速离心纯化后电镜负染观察．可见直径约17nm、呈二十面体对称结构的病毒粒子，表明从发病猪中分离到了PCV2，将该毒株命名为PCV2Henan株。序列分析表明：该株病毒全基因组长1767bp，包含11个读码框，与PCV1同源性为76．2％～77．3％，与其他PCV2株的同源性为95．5％～99．6％。 展开更多
关键词 猪Ⅱ型图环病毒 病毒分离 序列分析 断奶仔猪多系统衰竭综合征
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病毒宏基因组学方法鉴定出小熊猫粪便中一株新型指环状病毒 被引量：2
2
作者 郭靓骅 吴孔菊 +3 位作者 华修国 崔立 张文 齐敦武 《上海交通大学学报（农业科学版）》 2018年第1期14-19,35,共7页
研究从2份小熊猫粪便样品中检测到了一种新型的指环状病毒,命名为AV-Chengdu1(GenBank KX611132)。全基因组测序结果表明,其基因组全长约2 900nt,GC含量为49.8%;基因组结构分析表明其含3个开放阅读框(ORF1:1 743nt,ORF2:393nt,ORF3:399n... 研究从2份小熊猫粪便样品中检测到了一种新型的指环状病毒,命名为AV-Chengdu1(GenBank KX611132)。全基因组测序结果表明,其基因组全长约2 900nt,GC含量为49.8%;基因组结构分析表明其含3个开放阅读框(ORF1:1 743nt,ORF2:393nt,ORF3:399nt),其中ORF1编码产物的氨基酸序列与一株来自松貂的指环状病毒的氨基酸序列(JN704611)同源性为56.4%。系统进化分析表明其与来自松貂的指环状病毒(JN704611)紧密聚类。 展开更多
关键词 小熊猫 病毒宏基因组学 指环状病毒 基因组结构分析 系统进化分析
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芜菁叶绿体基因组结构与进化关系分析 被引量：7
3
作者 任延靖 邵登魁 《种子》 北大核心 2022年第2期59-64,75,共7页
本试验以白色芜菁W 21为材料,对其叶绿体基因组进行测序和组装,发现芜菁叶绿体基因组呈153621 bp的环状双链,共检测到132个基因,CG含量分析显示GC占总碱基数的36.3%,重复结构分析显示共有13种类型的841个重复序列,与6个十字花科蔬菜叶... 本试验以白色芜菁W 21为材料,对其叶绿体基因组进行测序和组装,发现芜菁叶绿体基因组呈153621 bp的环状双链,共检测到132个基因,CG含量分析显示GC占总碱基数的36.3%,重复结构分析显示共有13种类型的841个重复序列,与6个十字花科蔬菜叶绿体基因组做进化分析比较,显示芜菁叶绿体基因组和白菜亲缘关系更近,芜菁和白菜的叶绿体基因组特征比较进一步发现,ycf1和ndhF基因在叶绿体基因组中比较容易突变。 展开更多
关键词 芜菁 叶绿体基因组 结构分析 重复序列分析 亲缘关系
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结构基因组学中的衍射相位问题 被引量：5
4
作者 范海福 梁栋材 《生命科学》 CSCD 2003年第2期65-69,共5页
简要介绍了结构基因组学研究中,用于测定蛋白质结构的X射线分析在解决衍射相位问题方面的最新进展。
关键词 结构基因组学 蛋白质结构分析 晶体学中的直接法
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猫尾草叶绿体基因组结构及其解析
5
作者 吴民富 李莎 +2 位作者 高柔敏 吴民华 黄琼林 《福建农业学报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第9期1094-1102,共9页
【目的】阐明岭南药食两用植物猫尾草的叶绿体基因组结构特征,为猫尾草资源的保护、利用和开发提供理论依据。【方法】采用高通量测序技术开展猫尾草叶绿体基因组测序,并通过生物信息方法进行拼接、注释、解析以及系统进化分析。【结果... 【目的】阐明岭南药食两用植物猫尾草的叶绿体基因组结构特征,为猫尾草资源的保护、利用和开发提供理论依据。【方法】采用高通量测序技术开展猫尾草叶绿体基因组测序,并通过生物信息方法进行拼接、注释、解析以及系统进化分析。【结果】猫尾草叶绿体基因组是149774 bp的环状双链四段式分子,包含128个基因,GC含量为38.2%。猫尾草叶绿体基因组含有26015个密码子,偏好以A或T结尾;存在110个简单重复序列,以A或T单核苷酸重复居多。序列比对和进化分析显示猫尾草与同属狸尾豆的亲缘关系最近。【结论】首次报道猫尾草叶绿体基因组的全序列,并明确其结构特点,为猫尾草的栽培育种、遗传多样性和资源利用等奠定基础。 展开更多
关键词 猫尾草 叶绿体基因组 结构分析 序列比对 系统进化关系
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林麝线粒体基因组扩增及其序列结构的初步分析(英文) 被引量：3
6
作者 彭红元 张修月 岳碧松 《玉林师范学院学报》 2011年第2期63-68,共6页
林麝是我国一级保护动物,广西是其分布的最南缘,但目前境内资源已相当稀少.为了更好地了解这一物种,我们扩增林麝线粒体基因组并对其序列结构进行初步分析.其全序列长16354bp,包含13个蛋白质编码基因,22个转运RNA(transfer RNA,tRNA)基... 林麝是我国一级保护动物,广西是其分布的最南缘,但目前境内资源已相当稀少.为了更好地了解这一物种,我们扩增林麝线粒体基因组并对其序列结构进行初步分析.其全序列长16354bp,包含13个蛋白质编码基因,22个转运RNA(transfer RNA,tRNA)基因,2个核糖体RNA(ribosomal RNA,rRNA)基因和一个控制区,各基因的排列顺序和绝大多数哺乳动物是一致的.林麝线粒体基因绝大部分密码子使用典型的脊椎动物模式,但是我们发现2个稀有的启动密码子,其中一个ATA启动ND2基因和ND3基因,另一个ATT启动ND5基因.控制区位于tRNA-Pro和tRNA-Phe基因之间,由924个碱基组成.在控制区,二个延伸终止序列(ETAS)和二个保守"模块"(CSB)被鉴定.轻链复制的起点(OL)由35个碱基组成,位于一个由5个tRNA基因串联组成的区域(WANCY区)内,形成一个茎环结构.线粒体基因组序列结构分析显示,林麝与鹿科动物有更近的亲缘关系. 展开更多
关键词 林麝 线粒体基因组 DNA序列 结构分析
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濒危植物峨眉凤仙花叶绿体基因组分析 被引量：4
7
作者 赵秋燕 曹孟会 +6 位作者 李新艺 周敏 魏春梅 张茜 瞿素萍 黄海泉 黄美娟 《福建农业学报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第2期174-182,共9页
[目的]对峨眉凤仙花(Impatiens omeiana Hook.f.)叶绿体基因组的结构特征及系统发育进行研究,为其资源保护及开发利用提供理论依据。[方法]基于峨眉凤仙花叶绿体基因组序列,利用生物信息学软件,对叶绿体基因组进行组装、注释、基因特征... [目的]对峨眉凤仙花(Impatiens omeiana Hook.f.)叶绿体基因组的结构特征及系统发育进行研究,为其资源保护及开发利用提供理论依据。[方法]基于峨眉凤仙花叶绿体基因组序列,利用生物信息学软件,对叶绿体基因组进行组装、注释、基因特征、序列重复和系统发育分析。[结果]峨眉凤仙花完整的叶绿体基因组长度为152 527bp,共有130个基因,包括86个蛋白质编码基因、8个rRNA基因和36个tRNA基因,GC含量为37%,且具有保守的四分体结构,包括大单拷贝区、小单拷贝区各1个和2个相同的反向重复区域,其长度分别为83 150、17 903、25 737 bp,其中13个基因有1个内含子,2个基因有2个内含子。特征分析表明:峨眉凤仙花叶绿体全基因组中共检测到76个SSR序列,且多以A/T单核苷酸序列为主,其长度为10-91 bp;检测到50 842个密码子,其中以亮氨酸(Leu)最多,色氨酸(Tyr)最少;密码子偏好性分析显示33个RSCU≥1的密码子多数以A/U结尾。通过邻接法(NJ)构建系统发育树发现,峨眉凤仙花与贵州凤仙花亲缘关系最近,均属于棒凤仙花亚属植物。[结论]峨眉凤仙花叶绿体基因组呈典型的四分体结构,SSR序列以A/T单碱基为主;系统发育分析结果将其归为棒凤仙花亚属,上述结果为峨眉凤仙花系统发育学地位及物种鉴定工作提供了重要的分子信息。 展开更多
关键词 峨眉凤仙花 叶绿体基因组 序列结构与特征分析 系统发育
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一种石磺科贝类线粒体基因组全序列分析 被引量：1
8
作者 魏峦峦 沈斌 +3 位作者 沈和定 陈诚 方磊 吴文健 《生物技术通报》 CAS CSCD 北大核心 2010年第8期188-194,213,共8页
石磺线粒体基因组全序列对研究石磺科分子系统进化具有重要意义。利用LA-PCR技术对一种石磺Platevin-dexmortoni线粒体基因组全序列进行了测定和分析。结果表明,线粒体基因组序列全长13 991 bp,碱基组成分别为27.27%A、16.78%C、20.23%G... 石磺线粒体基因组全序列对研究石磺科分子系统进化具有重要意义。利用LA-PCR技术对一种石磺Platevin-dexmortoni线粒体基因组全序列进行了测定和分析。结果表明,线粒体基因组序列全长13 991 bp,碱基组成分别为27.27%A、16.78%C、20.23%G、35.72%T;由22个tRNA、2个rRNA、13个蛋白编码基因和25个长度为2-118 bp的非编码区组成。4个蛋白质编码基因和5个tRNA基因从L链编码,其余基因均从H链编码。蛋白质基因的起始密码子,除ND2为GTG以外,均为典型的起始密码子ATN。ND2和Cytb基因使用了不完全终止密码子T,其余基因均使用典型的TAA或TAG。预测了22个tRNA基因的二级结构,发现tRNASer和TrnaAsn缺少DHU臂,tRNASer和tRNAThr的反密码子环上有9个碱基,而不是通常的7个碱基。最长的非编码区含有两个类似于的tRNAGln和tRNAPhy的二级结构。 展开更多
关键词 石磺科 Platevindex mortoni 线粒体基因组 基因组成 基因结构 序列分析
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