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番鸭细小病毒和鹅细小病毒生化及基因组特性的比较 被引量:26
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作者 程由铨 胡奇林 +2 位作者 陈少莺 李怡英 林天龙 《中国兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2001年第5期429-433,共5页
番鸭细小病毒莆田株 ( MPV-P)和鹅细小病毒莆田株 ( GPV-P)分别感染的番鸭胚尿囊液经氯仿处理、PEG沉淀和 Sepharose 4 B柱纯化。纯化样品在电镜下观察 ,均见到实心和空心 2种病毒粒子。病毒粒子呈圆形 ,立体对称 ,无囊膜 ,直径为 2 0~... 番鸭细小病毒莆田株 ( MPV-P)和鹅细小病毒莆田株 ( GPV-P)分别感染的番鸭胚尿囊液经氯仿处理、PEG沉淀和 Sepharose 4 B柱纯化。纯化样品在电镜下观察 ,均见到实心和空心 2种病毒粒子。病毒粒子呈圆形 ,立体对称 ,无囊膜 ,直径为 2 0~ 2 4 nm。经 SDS-PAGE分析 ,MPV和 GPV均呈现 3条结构蛋白带。 MPV结构蛋白的相对分子质量约为 VP1890 0 0、VP2 780 0 0和 VP3 6 1 0 0 0 ,其中 VP3 为主要结构蛋白。GPV的相对分子质量与 MPV有微小差别。 MPV和 GPV核酸均为单链 DNA,长度约为 5 1 0 0 0 bp。分别以 MPV核酸和GPV核酸为模板 ,加到无引物的 DNA聚合酶 大片段合成体系中 ,合成产物经 1 %琼脂糖凝胶电泳 ,均可见长度约为 5 6 0 0 bp的双链 DNA带 ,证明 MPV和 GPV核酸的 3′末端具有发夹结构。对这 2种病毒核酸及经 Klenow合成的双链核酸进行限制性内切酶分析 ,两者的酶切结果明显不同 ,表明 MPV和 GPV核酸在一级结构上存在明显差异。以上结果证明 ,MPV和 GPV不但在致病性上有显著差异 。 展开更多
关键词 番鸭细小病毒 鹅细小病毒 生物化学特性 基因特性 比较
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肺炎链球菌血清型分布与优势株基因组特征分析
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作者 刘艳 沙比拉·吐拉江 +6 位作者 木合亚提·胡塞英 马合木提 黄佳 郭荣 王福龙 王蓉 马鑫 《疾病预防控制通报》 2024年第4期50-56,共7页
目的了解肺炎链球菌血清型分布及优势株基因组特征,为防控肺炎链球菌引起的感染性疾病提供技术支持。方法收集2021—2023年哨点医院临床肺炎病例分离出的肺炎链球菌,经复核鉴定后开展药物敏感性试验、多重PCR血清分型、PFGE分子分型及... 目的了解肺炎链球菌血清型分布及优势株基因组特征,为防控肺炎链球菌引起的感染性疾病提供技术支持。方法收集2021—2023年哨点医院临床肺炎病例分离出的肺炎链球菌,经复核鉴定后开展药物敏感性试验、多重PCR血清分型、PFGE分子分型及全基因组测序,获得多位点序列分型(MLST)和核心基因组多位点序列分型(cgMLST)、耐药基因和毒力基因,应用FastTree对全基因组单核苷酸多态性(wgSNP)序列构建进化树。结果76株肺炎链球菌对莫西沙星、利奈唑胺、万古霉素、左氧氟沙星、替考拉宁、氯霉素、头孢吡肟敏感,但对红霉素、四环素、克林霉素耐药,耐药率分别为98.68%、93.42%、90.79%;耐药谱有17种,其中头孢噻肟—红霉素—四环素—青霉素—复方新诺明—克林霉素为优势耐药谱型、占34.21%;多重PCR血清分型为12种血清型,居前3位的血清型分别为19F型(48.68%)、6B型(14.47%)、14型(5.26%),19F型为优势血清型;64株肺炎链球菌的PFGE带型总体呈多样性,其中35株19F型呈现15种PFGE带型,spn004为优势PFGE带型,且具有同源性;27株肺炎链球菌全基因组特征分析,MLST型为5种,cgMLST型为12种,其中MLST优势型为ST271、占81.50%,cgMLST优势型为cgST3308型、占33.34%;27株肺炎链球菌共检测出14种耐药基因和35种毒力基因。全基因组SNP系统进化分析显示,分为3个进化分支,C1支为优势分支,遗传距离最近,与C2和C3分支间的遗传距离较远。结论2021—2023年监测哨点医院肺炎链球菌优势血清型为19F型,优势分支菌株间有遗传亲缘关系,耐药形势严峻。 展开更多
关键词 肺炎链球菌 药物敏感性 血清型 基因组特征
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一起海陆边境城市新型冠状病毒肺炎疫情暴发溯源调查 被引量:2
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作者 钟延旭 居昱 +10 位作者 曾竣 何为涛 陆皓泉 毛玮 张培东 谭冬梅 梁大斌 谭广杰 陈玉柱 钟革 林玫 《疾病监测》 CAS CSCD 北大核心 2023年第1期112-117,共6页
目的分析2021年12月广西海陆边境城市(D市)一起新型冠状病毒肺炎(新冠肺炎)疫情暴发的流行特征及溯源过程,为今后类似疫情应急处置及科学溯源提供科学依据。方法按照《新型冠状病毒感染的肺炎病例流行病学调查方案(第八版)》对病例开展... 目的分析2021年12月广西海陆边境城市(D市)一起新型冠状病毒肺炎(新冠肺炎)疫情暴发的流行特征及溯源过程,为今后类似疫情应急处置及科学溯源提供科学依据。方法按照《新型冠状病毒感染的肺炎病例流行病学调查方案(第八版)》对病例开展流行病学调查,用实时荧光定量(RT-PCR)法对标本进行新冠病毒核酸检测,阳性标本进行新冠病毒全基因组二代测序和系统发育分析。采用R4.1.3统计软件进行数据统计分析。结果本次疫情累计感染病例20例,波及6个家庭,平均潜伏期(4.6±2.2)d。获得19例病例新冠病毒基因组有效序列,与武汉参考株(NC_045512)序列相比,本起疫情病例新冠病毒基因组序列存在35~36个核苷酸突变位点,属于德尔塔(VOC/Delta)变异株(AY.57进化分支),新冠病毒刺突(S)蛋白均存在相同的11个氨基酸突变位点,与全球新冠病毒基因组数据库(GISAID)中邻国上传的2条新冠病毒基因组序列高度同源。结论本起疫情是一起由渔民外出作业接触邻国境外人员感染导致本地社区传播,今后应加强边境村民管理和边境流行株监测,尽早发现并处置疫情。 展开更多
关键词 新型冠状病毒肺炎 海陆边境 新型冠状病毒 现场流行病学 基因组
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一株分离自云南耿马县表型特殊鼠疫噬菌体的分析
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作者 杨丽华 蔡薇 +4 位作者 尹兴才 杨娇 刘攀 钟佑宏 王鹏 《中国地方病防治》 CAS 2024年第2期91-94,共4页
目的 分析温度依赖型鼠疫噬菌体(GMS190)的特征,为进一步探究该疫源地鼠疫微生态学提供更多依据。方法 以鼠疫疫苗株EV76为宿主菌,自鼠盲肠样本中分离、纯化鼠疫噬菌体,观察其电镜下的形态,分析不同温度下的噬菌斑形成效率、吸附率、宿... 目的 分析温度依赖型鼠疫噬菌体(GMS190)的特征,为进一步探究该疫源地鼠疫微生态学提供更多依据。方法 以鼠疫疫苗株EV76为宿主菌,自鼠盲肠样本中分离、纯化鼠疫噬菌体,观察其电镜下的形态,分析不同温度下的噬菌斑形成效率、吸附率、宿主范围等生物学特性以及基因组特性。结果 该噬菌体为肌尾噬菌体科,GMS190对鼠疫菌EV76的最佳裂解温度为28℃,37℃下不能裂解EV76,吸附实验及ECOI实验显示,37℃下,噬菌体吸附并未受阻,也未发生流产感染;经测定宿主范围发现,可裂解部分志贺菌,GMS190在感染一株大肠菌株(E-e)时其温度依赖的特性与感染鼠疫菌EV76时相反,即21℃下不裂解,37℃下可裂解;经全基因组比对分析,GMS190与鼠疫耶尔森菌噬菌体HQ103相似性较高(覆盖率87%,相似性97.95%),但它们温度依赖裂解特性相反。结论 本研究阐明了新分离的鼠疫温度依赖裂解噬菌体的生物学及基因组特征,对其生物学意义进行了初步探讨。 展开更多
关键词 耿马县 鼠疫噬菌体 温度依赖型 基因组特性
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萝卜全基因组中SPL基因家族成员的鉴定与分析 被引量:6
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作者 刘婷婷 李晓曼 +6 位作者 张晓辉 王海平 阳文龙 宋江萍 贾会霞 刘同金 李锡香 《植物遗传资源学报》 CAS CSCD 北大核心 2021年第4期1145-1156,共12页
SQUAMOSA启动子结合类蛋白(SPL)基因家族,作为一类在植物中广泛存在的转录因子,在植物生长发育、信号转导及生理生化过程等方面具有重要作用。本研究通过生物信息学方法,从萝卜基因组中鉴定出分布于8条染色体上的26个SPL基因,并将其按... SQUAMOSA启动子结合类蛋白(SPL)基因家族,作为一类在植物中广泛存在的转录因子,在植物生长发育、信号转导及生理生化过程等方面具有重要作用。本研究通过生物信息学方法,从萝卜基因组中鉴定出分布于8条染色体上的26个SPL基因,并将其按照所处染色体位置命名为Rs SPL1-Rs SPL26。其氨基酸数目在139-1021 aa,蛋白分子量在16167.7-112219.48 Da,等电点分布在5.77-9.67,外显子数量从2到11个不等。micro RNA结合位点预测发现12个Rs SPL含有mi R156的结合位点,11个RsSPL含有miR157的结合位点。对它们在不同组织和发育时期的表达模式研究发现,该基因家族成员具有一定的时空表达差异性,且同一个亚家族的成员具有相似的表达模式。本研究为萝卜SPL基因家族的功能研究奠定了基础。 展开更多
关键词 萝卜 SPL基因家族 基因组分布 生物学特点 基因表达
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柯萨奇病毒B5河南分离株全基因组序列测定及分析 被引量:6
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作者 黄学勇 许玉玲 +3 位作者 李幸乐 晁灵 陈豪敏 许汴利 《郑州大学学报(医学版)》 CAS 北大核心 2011年第6期868-871,共4页
目的:了解柯萨奇病毒B5(CoxB5)河南分离株全基因特征及与其他肠道病毒基因的关系。方法:采用RT-PCR扩增全基因,采用DNAStar中的SeqMan拼接所测序列,BioEdit进行同源性比较,Simplot进行相似度分析。结果:CoxB5/Henan/2010基因组全长7401b... 目的:了解柯萨奇病毒B5(CoxB5)河南分离株全基因特征及与其他肠道病毒基因的关系。方法:采用RT-PCR扩增全基因,采用DNAStar中的SeqMan拼接所测序列,BioEdit进行同源性比较,Simplot进行相似度分析。结果:CoxB5/Henan/2010基因组全长7401bp。与原型株Faulkner相比,编码区氨基酸同源性为95.6%,核苷酸同源性为79.9%,其中VP4-VP2核苷酸差异为17.8%~20.4%,VP1核苷酸差异为19.5%,P2、P3核苷酸差异分别为19.5%、21.7%。不同型别肠道病毒间VP4-VP2核苷酸差异为14.4%~34.9%,VP1核苷酸差异为18.3%~42.3%,P2、P3核苷酸差异为17.1%~21.0%、15.5%~22.6%。结论:与原型株相比,CoxB5/Henan/2010株编码区发生沉默突变,其核苷酸变异并不影响氨基酸序列的变化;肠道病毒基因组各分区在进化中不同步。 展开更多
关键词 柯萨奇病毒B5 全基因组序列 基因特征
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我国猪萨佩罗病毒分子流行病学及检测方法研究进展
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作者 申秋平 黄子惠 +2 位作者 王新茹 孙丽 庄林林 《畜禽业》 2024年第6期7-13,共7页
猪萨佩罗病毒(porcine sapelovirus,PSV)是一种可引发仔猪腹泻、生长发育迟缓、肌肉震颤等多系统症状的重要病原体,严重影响养猪业的发展。已有研究表明,PSV已在我国多个省市呈现流行趋势,且不同地区的病毒毒株存在一定的差异。由于尚... 猪萨佩罗病毒(porcine sapelovirus,PSV)是一种可引发仔猪腹泻、生长发育迟缓、肌肉震颤等多系统症状的重要病原体,严重影响养猪业的发展。已有研究表明,PSV已在我国多个省市呈现流行趋势,且不同地区的病毒毒株存在一定的差异。由于尚无抗病毒药物和有效疫苗,早期识别和精准诊断对科学防控PSV感染具有决定性的作用。目前,PSV分子检测方法主要分为2大类:免疫学检测技术和核酸检测技术。免疫学检测技术包括酶联免疫吸附试验和间接免疫荧光技术;核酸检测技术包括逆转录聚合酶链反应(RT-PCR)、多重RT-PCR、巢式RT-PCR、荧光定量PCR、多重荧光定量PCR、环介导等温扩增、重组酶聚合酶扩增以及原位杂交技术等。在此基础上,作者对PSV分子检测方法的优缺点进行了讨论,并对其未来发展方向进行了展望,以期为我国科学防控PSV提供参考依据。 展开更多
关键词 猪萨佩罗病毒 分子特征 流行病学 免疫学检测技术 核酸检测技术
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一株宽裂解谱鼠疫噬菌体的生物特性和基因组研究 被引量:1
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作者 靳海晓 钟佑宏 +8 位作者 郭瑾 张传宇 李论 申小娜 段存娟 黄英 熊浩明 王鹏 李伟 《疾病监测》 CAS CSCD 北大核心 2023年第5期522-528,共7页
目的鉴定一株分离自既往鼠疫疫源地的褐家鼠盲肠的鼠疫噬菌体vB_YpeM_ESS14(ESS14)的生物学特性、电镜形态及其基因组特征。方法以鼠疫疫苗株EV76为宿主菌,通过测定噬菌体ESS14的裂解谱、最佳感染复数、一步生长曲线、热稳定性、PH稳定... 目的鉴定一株分离自既往鼠疫疫源地的褐家鼠盲肠的鼠疫噬菌体vB_YpeM_ESS14(ESS14)的生物学特性、电镜形态及其基因组特征。方法以鼠疫疫苗株EV76为宿主菌,通过测定噬菌体ESS14的裂解谱、最佳感染复数、一步生长曲线、热稳定性、PH稳定性和紫外线稳定性以及透射电子显微镜形态观察了解ESS14的生物学特性,通过基因组测序分析阐述其基因组特征。结果ESS14能裂解多种大肠埃希菌和志贺菌,此外ESS14还能裂解鼠伤寒沙门菌和布利丹沙门菌;ESS14的最佳感染复数为0.01,爆发潜伏期10 min,爆发量为120 PFU/ml;ESS14在温度28~60℃和pH(3~10)条件下效价稳定;ESS14基因组由170013 bp的双链DNA组成,G+C含量为40.50%,包含295个开放阅读框(ORFs),其中有2个为tRNA(tRNA-Arg-TCT和tRNA-MetCAT)。结论基因组特定鉴定分析表明ESS14属于Caudovirales>Straboviridae>Tevenvirinae>Gapriverviru;ESS14具有较宽的裂解谱,潜伏期短,爆发量高,对温度、pH、紫外线稳定性良好,未来用其作微生态制剂减灭鼠疫疫源地中的鼠疫菌方面具有潜在的应用价值。 展开更多
关键词 鼠疫菌 噬菌体 生物特性 基因组特征
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马乳酒样乳杆菌马乳酒样亚种及其研究进展 被引量:4
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作者 王艳萍 严婷 +2 位作者 王亚琦 王远望 王萌 《微生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2022年第2期414-420,共7页
马乳酒样乳杆菌(Lactobacillus kefiranofaciens)是一类革兰氏阳性乳杆菌,其来源广泛,功能多样,安全性好。2020年12月国家卫健委批准马乳酒样乳杆菌马乳酒样亚种作为我国新食品原料。本文主要综述国内外马乳酒样乳杆菌和马乳酒样乳杆菌... 马乳酒样乳杆菌(Lactobacillus kefiranofaciens)是一类革兰氏阳性乳杆菌,其来源广泛,功能多样,安全性好。2020年12月国家卫健委批准马乳酒样乳杆菌马乳酒样亚种作为我国新食品原料。本文主要综述国内外马乳酒样乳杆菌和马乳酒样乳杆菌马乳酒样亚种的菌种形态学和基因组特性、益生功能、主要价值和发展前景等方面的研究进展,旨在为马乳酒样乳杆菌马乳酒样亚种的研究和产业应用提供参考。 展开更多
关键词 马乳酒样乳杆菌 马乳酒样乳杆菌马乳酒样亚种 形态学 基因组特性 益生功能
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川芎基因组survey测序及其特征分析 被引量:1
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作者 毛常清 沙秀芬 +5 位作者 黄静 陶珊 彭芳 李群 张超 袁灿 《中草药》 CAS CSCD 北大核心 2023年第3期907-914,共8页
目的利用流式细胞术和高通量测序技术,对川芎Ligusticum chuanxiong基因组大小和特征进行分析,为川芎全基因组精细测序和分子机制研究奠定基础。方法以已知基因组大小的绿豆和陆地棉作为内标植物,用流式细胞术估算川芎基因组大小。利用... 目的利用流式细胞术和高通量测序技术,对川芎Ligusticum chuanxiong基因组大小和特征进行分析,为川芎全基因组精细测序和分子机制研究奠定基础。方法以已知基因组大小的绿豆和陆地棉作为内标植物,用流式细胞术估算川芎基因组大小。利用高通量测序技术对川芎基因组进行survey分析,测算出川芎基因组大小、重复序列、杂合率和GC含量等,利用生物信息学对基因组进行预测、注释和基因家族鉴定。结果估算出川芎基因组大小约为3058.37Mb,重复序列为79.79%,杂合率约2.16%,GC含量为36.32%,川芎基因组呈现高重复、高杂合、基因组庞大等特征。共预测到34864个基因,有30737个基因在功能数据库中被注释,有53个基因注释到阿魏酸合成过程中。初步鉴定到2058个特异基因家族,2001个单拷贝基因。结论初步获得了川芎基因组大小、基因组特征、功能基因及基因家族等信息,为进一步川芎全基因组精细测序提供了参考,为阐明川芎阿魏酸等药效成分生物合成提供了基因资源。 展开更多
关键词 川芎 流式细胞术 高通量测序技术 survery分析 基因组大小 基因组特征
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苹果茎痘病毒在山楂中的首次鉴定与序列分析 被引量:5
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作者 高德航 何成勇 +4 位作者 邢飞 侯婉莹 李世访 战斌慧 王红清 《植物病理学报》 CAS CSCD 北大核心 2021年第4期515-524,共10页
山楂是我国重要的果树,但山楂病毒的相关研究较少。本研究通过高通量测序及生物信息学分析首次在山楂样品中发现苹果茎痘病毒(apple stem pitting virus,ASPV)。利用RT-PCR和cDNA末端快速扩增技术对ASPV山楂分离物全长序列进行扩增,结... 山楂是我国重要的果树,但山楂病毒的相关研究较少。本研究通过高通量测序及生物信息学分析首次在山楂样品中发现苹果茎痘病毒(apple stem pitting virus,ASPV)。利用RT-PCR和cDNA末端快速扩增技术对ASPV山楂分离物全长序列进行扩增,结果表明,ASPV山楂分离物基因组全长由9290个核苷酸组成,包含5个开放阅读框(open reading frames,ORFs)。ORF1编码与病毒复制相关的蛋白-RNA依赖的RNA聚合酶(RNA dependent RNA polymerase,RdRp),其在氨基酸水平上与ASPV苹果和梨分离物的RdRp序列相似性分别为72.8%~80.9%和81.7%~92.8%;ORFs 2~4表达与病毒移动相关的三基因块(triple gene block 1~3,TGB 1~3),其与印度苹果N分离物(LM999967)的氨基酸序列相似性最高,为92.9%~98.2%;ORF5编码外壳蛋白(coat protein,CP),与苹果和梨分离物CP的序列相似性较低,分别为64.8%~88.4%和69.8%~92.2%,高于目前凹陷病毒属病毒新种的划分界限。将ASPV山楂分离物的全长核苷酸序列与其他ASPV分离物的全长序列进行比对,构建系统发育树,结果表明,ASPV山楂分离物与巴西苹果分离物BR-Brae2的亲缘关系最近,但两者核苷酸序列相似性较低(81.5%),说明与其他分离物相比该分离物具有较大的变异性。综上,本研究初步验证了山楂是ASPV的重要自然寄主,并首次获得了ASPV山楂分离物的全长基因组序列,为山楂病毒病诊断和防控策略的制定提供参考。 展开更多
关键词 山楂 高通量测序 苹果茎痘病毒 基因组特征
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腺病毒55型感染致急性结膜炎病例的病原学鉴定及全基因序列分析
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作者 刘嘉婧 崔晓青 +5 位作者 张万菊 房方皓 彭雅君 陈敏 张靖翊 滕峥 《上海预防医学》 CAS 2023年第4期332-337,共6页
【目的】了解2021年上海市B亚属人腺病毒分离株的基因特征。【方法】对1例腺病毒55型感染导致的急性结膜炎病例进行病原体分离鉴定及全基因组测序,分析主要抗原蛋白六邻体(Hexon)、五邻体(Penton)、纤维突蛋白(Fiber)基因及全基因组序... 【目的】了解2021年上海市B亚属人腺病毒分离株的基因特征。【方法】对1例腺病毒55型感染导致的急性结膜炎病例进行病原体分离鉴定及全基因组测序,分析主要抗原蛋白六邻体(Hexon)、五邻体(Penton)、纤维突蛋白(Fiber)基因及全基因组序列的进化特征。【结果】该病毒株属于B亚属B2亚组,Hexon基因与HAdV-11进化关系相近,而Fiber和Penton基因则与HAdV-14进化关系更为接近。核苷酸序列比对分析显示,该病毒与近期国内外流行的HAdV-55病毒株同源性均超过99.90%,与广东株73-GD_CHN_2016核苷酸相似度最高,在E1B、L4、E3和L5基因区存在氨基酸变异。【结论】上海株(MH2021001)为腺病毒B亚属55型,该病毒基因组未发生多基因片段重组,与国内流行病毒株相比存在部分氨基酸变异,其生物学特性有待进一步研究。 展开更多
关键词 人腺病毒55型 急性出血性结膜炎 全基因组测序 基因特征
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河北苹果坏死花叶病毒的发生及近全基因组序列的测定与分析
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作者 董震杨 李紫腾 +3 位作者 胡同乐 王树桐 王亚南 曹克强 《河北农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第1期72-79,共8页
为明确苹果坏死花叶病毒(Apple necrotic mosaic virus, ApNMV)在河北的发生及其基因组特性,本试验利用RT-PCR技术对河北保定两地ApNMV发病情况进行检测,然后通过高通量测序技术对带毒样本进行序列测定和分析。结果表明,河北农大果园‘... 为明确苹果坏死花叶病毒(Apple necrotic mosaic virus, ApNMV)在河北的发生及其基因组特性,本试验利用RT-PCR技术对河北保定两地ApNMV发病情况进行检测,然后通过高通量测序技术对带毒样本进行序列测定和分析。结果表明,河北农大果园‘红珍珠’‘锦锈红’‘信侬红’3个品种及保定唐县苹果实验基地富士品种ApNMV检出率分别为9.09%、18.18%、100%和65%。ApNMV阳性果树高通量测序结果显示,果树为ApNMV、苹果褪绿叶斑病毒(Apple chlorotic leaf spot virus, ACLSV)、苹果茎沟病毒(Apple stem grooving virus, ASGV)和苹果茎痘病毒(Apple stem pitting virus, ASPV)复合侵染,ApNMV河北分离物(ApNMV-HB)的近全基因组序列包含RNA1~RNA3序列,GenBank登录号分别为OP019626、OP019627和OP019628。RNA1编码120 kD的甲基转移酶/NTP-binding解旋酶(MET/HEL),RNA2编码97 kD的RNA聚合酶(POL),RNA3编码运动蛋白(Movement protein, MP)和外壳蛋白(Coatprotein,CP),4个基因核苷酸和氨基酸序列与代表性分离物相似性分别为89.44%~97.02%、92.14%~98.67%。系统发育关系分析表明,以ApNMV RNA1、RNA2、RNA3(CP和MP)编码的氨基酸为基础构建系统发育树,ApNMV-HB分别与AM95、AM125、XJ、ZZ亲缘关系最近。本研究首次揭示了ApNMV河北分离物的近全基因组序列,丰富了该病毒的基因组序列信息,明确了该分离物与其它分离物的系统发育关系,为进一步了解该病毒的系统发育及遗传进化提供参考。 展开更多
关键词 苹果坏死花叶病毒 高通量测序 基因组特性 系统进化
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神经母细胞瘤基因组结构性变异特征的研究进展
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作者 韩雷 杨嘉兴 +1 位作者 龚宝成 赵强 《中国肿瘤临床》 CAS CSCD 北大核心 2023年第9期458-462,共5页
神经母细胞瘤(neuroblastoma,NB)是起源于神经嵴细胞的儿童胚胎恶性肿瘤,表现为较强的生物学和临床异质性。基因组测序研究显示,NB具有较低的突变负荷和频发突变。NB表现为携带较多的基因组结构性变异,是其发生、发展的重要驱动因素。... 神经母细胞瘤(neuroblastoma,NB)是起源于神经嵴细胞的儿童胚胎恶性肿瘤,表现为较强的生物学和临床异质性。基因组测序研究显示,NB具有较低的突变负荷和频发突变。NB表现为携带较多的基因组结构性变异,是其发生、发展的重要驱动因素。临床上已将MYCN扩增和11q缺失等基因组结构性变异纳入风险分组中,但目前对于NB基因组结构性变异的了解与NB的生物学、临床复杂性仍存在差距。高通量基因组学技术的发展推动了研究者对NB基因组特征尤其是结构性变异特征有了更加全面的认识,为探索NB发生、发展机制以及更加精细的风险分层提供了数据基础。本文就近年来NB的基因组结构性变异特征研究进展进行综述。 展开更多
关键词 神经母细胞瘤 基因组特征 结构变异 预后价值
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轮叶蒲桃叶绿体基因组特征及系统发育分析
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作者 张梦洁 杨秀瑶 +3 位作者 尹拓 韩沛辰 杜朝金 张汉尧 《广西植物》 CAS CSCD 北大核心 2023年第10期1849-1860,共12页
轮叶蒲桃(Syzygium grijsii)系桃金娘科(Myrtaceae)蒲桃属(Syzygium)常绿灌木,其开发前景较好,但其叶绿体基因组特征及系统发育关系尚未有相关报道。为弥补轮叶蒲桃基因组学方面的空缺,该文对轮叶蒲桃的叶绿体基因组进行了系统的研究。... 轮叶蒲桃(Syzygium grijsii)系桃金娘科(Myrtaceae)蒲桃属(Syzygium)常绿灌木,其开发前景较好,但其叶绿体基因组特征及系统发育关系尚未有相关报道。为弥补轮叶蒲桃基因组学方面的空缺,该文对轮叶蒲桃的叶绿体基因组进行了系统的研究。运用Illumina高通量测序,并在GetOrganelle平台进行完整组装,同时利用组装好的数据分析轮叶蒲桃叶绿体基因组的结构特征和系统发育关系,其中包括轮叶蒲桃叶绿体基因组结构、功能及特征、密码子偏好性分析、叶绿体基因组的比较分析和系统发育的分析。结果表明:(1)轮叶蒲桃叶绿体基因组大小为158591 bp,包含129个基因。其中,rRNA基因8个,tRNA基因37个,蛋白编码基因84个。分析检测到39个重复序列和84个SSR位点。(2)密码子偏好性分析发现轮叶蒲桃叶绿体基因组中末端存在对A/U的偏性,使用最多的是编码亮氨酸的密码子。(3)与近缘种比较,轮叶蒲桃的边界长度保守,边界处的基因种类与多个蒲桃属物种相似;轮叶蒲桃叶绿体基因组在LSC和SSC区变异度较大,有45处0.010<P i<0.015,核苷酸多样性水平高。(4)系统发育分析表明,轮叶蒲桃与蒲桃(S.jambos)、滇边蒲桃(S.forrestii)和乌墨(S.cumini)亲缘关系最近,其次是马六甲蒲桃(S.malaccense)。因此,该文结果表明轮叶蒲桃的叶绿体基因组结构保守,特征明显,与同属物种相比,其序列具有相似性,核苷酸具有多样性,并且其与多种桃金娘科物种之间存在亲缘关系。该文对轮叶蒲桃叶绿体基因组进行基因组特征和系统发育分析,为轮叶蒲桃的种质资源鉴定和开发利用奠定理论基础。 展开更多
关键词 轮叶蒲桃 叶绿体基因组 系统发育关系 基因组特征 比较分析
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The genomic characteristics and pathogenicity of a mammalian orthoreovirus within a new lineage from wild pika in plateau
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作者 Kexin Zong Yuanyuan Guo +13 位作者 Jingdong Song Maoshun Liu Junfeng Hao Jie Zhang Xin Li Shiyan Zhu Shuting Huo Ziqian Xu Peipei Liu Yingze Zhao Yuhai Bi Jiapeng Qu George F.Gao Jun Liu 《Virologica Sinica》 SCIE CAS CSCD 2023年第6期877-888,共12页
Emerging and re-emerging viruses from wild animals have seriously threatened the health of humans and domesticated animals in recent years.Herein,we isolated a new mammalian orthoreovirus(MRV),Pika/MRV/GCCDC7/2019(PMR... Emerging and re-emerging viruses from wild animals have seriously threatened the health of humans and domesticated animals in recent years.Herein,we isolated a new mammalian orthoreovirus(MRV),Pika/MRV/GCCDC7/2019(PMRV-GCCDC7),in the Qinghai-Tibet Plateau wild pika(Ochotona curzoniae).Though the PMRVGCCDC7 shows features of a typical reovirus with ten gene segments arranged in 3:3:4 in length,the virus belongs to an independent evolutionary branch compared to other MRVs based on phylogenetic tree analysis.The results of cellular susceptibility,species tropism,and replication kinetics of PMRV-GCCDC7 indicated the virus could infect four human cell lines(A549,Huh7,HCT,and LoVo)and six non-human cell lines,including Vero-E6,LLCMK2,BHK-21,N2a,MDCK,and RfKT cell,derived from diverse mammals,i.e.monkey,mice,canine and bat,which revealed the potential of PMRV-GCCDC7 to infect a variety of hosts.Infection of BALB/c mice with PMRVGCCDC7 via intranasal inoculation led to relative weight loss,lung tissue damage and inflammation with the increase of virus titer,but no serious respiratory symptoms and death occurred.The characterization of the new reovirus from a plateau-based wild animal has expanded our knowledge of the host range of MRV and provided insight into its risk of trans-species transmission and zoonotic diseases. 展开更多
关键词 Plateau pika Mammalian orthoreovirus(MRV) Emerging viruses genomic characteristics Cellular tropism and pathogenicity
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一株猪源化脓隐秘杆菌的鉴定、生物学特性研究与基因组分析 被引量:4
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作者 谭佳 曾艳兵 +5 位作者 李海琴 张帆帆 杨群 方绍培 季华员 谭美芳 《微生物学通报》 CAS CSCD 北大核心 2021年第11期4198-4208,共11页
[背景]化脓隐秘杆菌作为一种条件致病菌,常与蓝耳病病毒、猪圆环病病毒、巴氏杆菌等混合感染猪,引起各种非特异性化脓性感染,部分临床症状与副猪嗜血杆菌相似。本试验从江西某猪场一起因呼吸道症状急性死亡病猪的肺脏分离到一株具有β... [背景]化脓隐秘杆菌作为一种条件致病菌,常与蓝耳病病毒、猪圆环病病毒、巴氏杆菌等混合感染猪,引起各种非特异性化脓性感染,部分临床症状与副猪嗜血杆菌相似。本试验从江西某猪场一起因呼吸道症状急性死亡病猪的肺脏分离到一株具有β溶血特性、疑似化脓隐秘杆菌的细菌病原。[目的]鉴定该病原的菌属种类、生物学特性及基因组特征,为该菌疾病的基础研究与临床防控奠定理论基础。[方法]采用透射电镜、扫描电镜结合PCR鉴定等方法对菌属种类进行鉴定;通过动物实验、药敏试验,分析菌株的生物学特性;借助全基因组测序、生物信息学等技术发掘该菌的基因组特征。[结果]形态观察、16S rRNA基因鉴定及系统发育分析证实,该分离菌株是化脓隐秘杆菌,命名为JX18;药敏试验表明,该菌株对克林霉素和林可霉素不敏感,对其余所选药物均敏感;动物实验结果显示,对小鼠腹腔攻毒后,小鼠腹部出现明显脓肿病灶,最高剂量组的小鼠全部死亡;全基因组测序结果表明,该菌株携带plo、nanH、nanP、fimA、fimC、fimE等重要毒力基因,并且与其他化脓隐秘杆菌菌株毒力基因的相似性较高;根据同源基因数据库(Cluster of Orthologous Groups,COG)预测,菌株JX18中参与碳水化合物代谢的基因占比最高;通过毒力基因数据库(Virulence Factor Database,VFDB)、UniProtKB/Swiss-Prot 等数据库预测,JX18 菌株基因组中携带有多个组氨酸激酶、反应调节因子等与细菌双组分调控系统相关基因,以及多种与粘附、侵入及分泌系统相关的毒力基因。[结论]在江西省分离鉴定出一株猪源强致病性化脓隐秘杆菌,丰富了猪源化脓隐秘杆菌病原信息,为进一步开展猪源化脓隐秘杆菌相关研究与防控奠定了理论依据。 展开更多
关键词 化脓隐秘杆菌 分离鉴定 生物学特性 基因组特征 毒力基因
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Importation of SARS-CoV-2 Omicron variant in Beijing,China 被引量:2
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作者 Fu Li Zhichao Liang +8 位作者 Shujuan Cui Bing Lv Zhaomin Feng Hui Xu Lei Jia Peng Yang Quanyi Wang Yang Pan Daitao Zhang 《Biosafety and Health》 CSCD 2022年第3期150-153,共4页
Omicron(B.1.1.529),the fifth variant of concern(VOC)of severe acute respiratory syndrome coronavirus 2(SARS‐CoV‐2),was firstly identified in November 2021 in South Africa.Omicron contains far more genome mutations t... Omicron(B.1.1.529),the fifth variant of concern(VOC)of severe acute respiratory syndrome coronavirus 2(SARS‐CoV‐2),was firstly identified in November 2021 in South Africa.Omicron contains far more genome mutations than any other VOCs ever found,raising significant concerns about its increased transmissibility and immune evasion.Here,we report the importation of the Omicron variant into Beijing,China,in December 2021.Full‐length genome sequences of five imported strains were obtained,with their genetic features characterized.Each strain contained 57 to 61 nucleotide substitutions,39 deletions,and 9 insertions in the genome.Thirty to thirty‐two amino acid changes were found in the spike proteins of the five strains.The phylogenetic tree constructed by the maximum likelihood method showed that all five imported genomes belonged to Omicron(BA.1)(alias of B.1.1.529.1),which is leading to the current surge of coronavirus disease 2019(COVID‐19)cases worldwide.The globally increased COVID‐19 cases driven by the Omicron variant pose a significant challenge to disease prevention and control in China.Continuous viral genetic surveillance and increased testing among international travellers are required to contain this highly contagious variant. 展开更多
关键词 COVID‐19 SARS‐CoV‐2 Omicron variant genomic characteristics
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江苏大豆上分离的豇豆轻斑驳病毒基因组序列克隆及特征分析 被引量:1
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作者 吉颖 孙枫 +7 位作者 吴淑华 李硕 涂丽琴 高丹娜 崔晓艳 陈新 季英华 郭青云 《华北农学报》 CSCD 北大核心 2022年第3期200-205,共6页
为明确豇豆轻斑驳病毒江苏分离物的基因组结构特征,阐明其分类地位及进化特点,选择采自江苏的CpMMV大豆分离物作为研究对象,针对病毒基因组序列设计了4对特异性引物,以病样总RNA反转录后获得的cDNA为模板,通过分段法对其基因组序列片段... 为明确豇豆轻斑驳病毒江苏分离物的基因组结构特征,阐明其分类地位及进化特点,选择采自江苏的CpMMV大豆分离物作为研究对象,针对病毒基因组序列设计了4对特异性引物,以病样总RNA反转录后获得的cDNA为模板,通过分段法对其基因组序列片段进行了PCR扩增,扩增产物克隆至T载体经验证后进行序列测定,获得的序列片段经拼接组装得到病毒全基因组序列。序列分析结果显示,CpMMV江苏分离物基因组核苷酸序列全长8194 bp,编码6个蛋白,5′端和3′端各含有一个非编码区(UTR),长度分别为72,117 nt;在编码的6个蛋白中,CP与其他分离物之间的同源性较高(96.5%~100.0%),相对保守;而RdRp(81.1%~98.2%)、TGB1(81.0%~97.0%)、TGB3(80.9%~95.6%)同源性相对较低,在不同分离物中表现较好的多样性;基于全基因组序列的系统进化分析结果显示,江苏分离物与已公开的其他CpMMV分离物同源性较高,共同聚类到一个大分支上,其中与中国安徽分离物同源性最高(98.2%),与海南分离物次之(96.0%),而与美国、巴西、印度、墨西哥、肯尼亚等国外分离物同源性相对较低(<82.7%)。这些研究结果表明,CpMMV江苏分离物与其他CpMMV分离物具有类似的基因组结构特征,在系统进化上,江苏分离物与国内分离物近缘而与国外分离物远缘。 展开更多
关键词 大豆 豇豆轻斑驳病毒 全基因组序列 克隆 特征分析
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海藻糖比伯斯坦杆菌研究进展 被引量:2
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作者 康霞梅 何深宏 +5 位作者 任绍科 刘威 李小燕 曹立亭 郭建华 程方俊 《江苏农业学报》 CSCD 北大核心 2019年第4期980-985,共6页
海藻糖比伯斯坦杆菌(Bibersteinia trehalosi)属于巴氏杆菌科比伯斯坦杆菌属,是健康羊上呼吸道(鼻咽)和扁桃体正常菌群的一部分。然而,越来越多研究结果表明,海藻糖比伯斯坦杆菌能够感染反刍动物,引起牛呼吸道疾病(BRD)和羊的肺炎,导致... 海藻糖比伯斯坦杆菌(Bibersteinia trehalosi)属于巴氏杆菌科比伯斯坦杆菌属,是健康羊上呼吸道(鼻咽)和扁桃体正常菌群的一部分。然而,越来越多研究结果表明,海藻糖比伯斯坦杆菌能够感染反刍动物,引起牛呼吸道疾病(BRD)和羊的肺炎,导致其繁殖性能下降,生长发育不良,甚至死亡。目前,海藻糖比伯斯坦杆菌在中国报道较少,为了更好地预防和控制反刍动物呼吸道疾病的发生,需要对海藻糖比伯斯坦杆菌进行深入研究。本文从病原学、致病机制、致病性、基因组特征、检测方法和治疗措施等方面综述了海藻糖比伯斯坦杆菌的研究进展,并对其研究趋势进行了展望。 展开更多
关键词 海藻糖比伯斯坦杆菌 基因组特征 致病性 检测方法
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