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弱后酸化保加利亚乳杆菌KLDS1.1011的筛选及其全基因组注释研究
被引量：
5
1
作者
王成凤
李柏良
+4 位作者
岳莹雪
陈紫育
闫芬芬
霍贵成
李艾黎
《食品工业科技》
CAS
北大核心
2021年第6期103-110,共8页
为了研究影响保加利亚乳杆菌后酸化的关键基因,为酸奶发酵剂的开发提供分子水平的理论基础。本实验以实验室现有的8株保加利亚乳杆菌作为出发菌株,通过对其生长性能以及对酸敏感性筛选出KLDS1.0207、KLDS1.0205、KLDS1.1001、KLDS1.101...
为了研究影响保加利亚乳杆菌后酸化的关键基因,为酸奶发酵剂的开发提供分子水平的理论基础。本实验以实验室现有的8株保加利亚乳杆菌作为出发菌株,通过对其生长性能以及对酸敏感性筛选出KLDS1.0207、KLDS1.0205、KLDS1.1001、KLDS1.1011产酸差异性明显的4株保加利亚乳杆菌,通过对4株保加利亚乳杆菌单菌株发酵乳的凝乳时间、滴定酸度、乳糖消耗进行检测,分析得到菌株KLDS1.1011后酸化能力最弱。通过Illumina HiSeq与Illumina MiSeq测序平台对菌株菌株KLDS1.1011进行基因组测序,得到KLDS1.1011基因组全长1887491 bp,平均G+C含量为39.83%,基因组中共预测出2098个CDS,其总长度为1622760 bp,编码区域总长度占全基因组比例85.97%,编码基因的平均长度为773 bp;利用同源聚类分析方式比较保加利亚乳杆菌KLDS1.1011和KLDS1.0207基因组,发现两者有1631个共有基因,KLDS1.1011有353个特有基因,KLDS1.0207有320个特有基因,进而通过对特有基因进行KEGG通路的注释以及后酸化相关通路的分析得到6个与后酸化相关的基因,1.1011_GM000805、1.1011_GM002068、1.1011_GM000803、1.1011_GM000804四个基因是关于生物膜的形成,菌株的物质转运、1.1011_GM000260基因属于丙酮酸代谢通路,是乳酸生成过程的重要通路、1.1011_GM000194基因是蛋白水解的关键酶基因。在基因水平上为菌株KLDS1.1011较弱的后酸化特性提供了重要的理论依据。
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关键词
保加利亚乳杆菌
筛选
后酸化
全基因组注释
特有基因
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职称材料
米象表皮蛋白的全基因组注释及其系统发育分析
被引量：
1
2
作者
陈二虎
侯秋莉
《中国粮油学报》
CAS
CSCD
北大核心
2021年第12期120-127,共8页
本研究基于米象(Sitophilus oryzae)基因组共鉴定到135个CPs,分别隶属于9个不同家族,其中85.93%(116个)的CPs包含信号肽。系统发育分析结果表明,部分CPs家族(如CPR)可聚集形成明显的物种特异性基因簇,暗示CPs基因复制事件在不同昆虫间...
本研究基于米象(Sitophilus oryzae)基因组共鉴定到135个CPs,分别隶属于9个不同家族,其中85.93%(116个)的CPs包含信号肽。系统发育分析结果表明,部分CPs家族(如CPR)可聚集形成明显的物种特异性基因簇,暗示CPs基因复制事件在不同昆虫间独立进化发生;而CPAP1和CPAP3家族则主要依据某些特定保守结构域进化。此外,通过比较鞘翅目昆虫CPs家族成员和数量的变化,可推测昆虫CPs的进化与其环境适应密切相关。本研究不仅初步揭示了米象CPs序列结构特征的多样性、不同CPs家族的系统发育和进化特点,还可为后续深入开展CP基因的功能研究,进而评价其药靶潜力奠定重要的分子基础。
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关键词
米象
表皮蛋白
基因组
注释
系统发育分析
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职称材料
题名
弱后酸化保加利亚乳杆菌KLDS1.1011的筛选及其全基因组注释研究
被引量：
5
1
作者
王成凤
李柏良
岳莹雪
陈紫育
闫芬芬
霍贵成
李艾黎
机构
东北农业大学
出处
《食品工业科技》
CAS
北大核心
2021年第6期103-110,共8页
基金
“十三五”国家重点研发计划项目(2017YFD0400303)。
文摘
为了研究影响保加利亚乳杆菌后酸化的关键基因,为酸奶发酵剂的开发提供分子水平的理论基础。本实验以实验室现有的8株保加利亚乳杆菌作为出发菌株,通过对其生长性能以及对酸敏感性筛选出KLDS1.0207、KLDS1.0205、KLDS1.1001、KLDS1.1011产酸差异性明显的4株保加利亚乳杆菌,通过对4株保加利亚乳杆菌单菌株发酵乳的凝乳时间、滴定酸度、乳糖消耗进行检测,分析得到菌株KLDS1.1011后酸化能力最弱。通过Illumina HiSeq与Illumina MiSeq测序平台对菌株菌株KLDS1.1011进行基因组测序,得到KLDS1.1011基因组全长1887491 bp,平均G+C含量为39.83%,基因组中共预测出2098个CDS,其总长度为1622760 bp,编码区域总长度占全基因组比例85.97%,编码基因的平均长度为773 bp;利用同源聚类分析方式比较保加利亚乳杆菌KLDS1.1011和KLDS1.0207基因组,发现两者有1631个共有基因,KLDS1.1011有353个特有基因,KLDS1.0207有320个特有基因,进而通过对特有基因进行KEGG通路的注释以及后酸化相关通路的分析得到6个与后酸化相关的基因,1.1011_GM000805、1.1011_GM002068、1.1011_GM000803、1.1011_GM000804四个基因是关于生物膜的形成,菌株的物质转运、1.1011_GM000260基因属于丙酮酸代谢通路,是乳酸生成过程的重要通路、1.1011_GM000194基因是蛋白水解的关键酶基因。在基因水平上为菌株KLDS1.1011较弱的后酸化特性提供了重要的理论依据。
关键词
保加利亚乳杆菌
筛选
后酸化
全基因组注释
特有基因
Keywords
Lactobacillus
bulgaricus
screening
post-acidification
genome
-
wide
annotation
unique
genes
分类号
TS201.3 [轻工技术与工程—食品科学]
下载PDF
职称材料
题名
米象表皮蛋白的全基因组注释及其系统发育分析
被引量：
1
2
作者
陈二虎
侯秋莉
机构
南京财经大学食品科学与工程学院
扬州大学园艺与植物保护学院
出处
《中国粮油学报》
CAS
CSCD
北大核心
2021年第12期120-127,共8页
基金
国家自然科学基金青年基金(32001915,32001906)
江苏省自然科学基金(BK20190901)。
文摘
本研究基于米象(Sitophilus oryzae)基因组共鉴定到135个CPs,分别隶属于9个不同家族,其中85.93%(116个)的CPs包含信号肽。系统发育分析结果表明,部分CPs家族(如CPR)可聚集形成明显的物种特异性基因簇,暗示CPs基因复制事件在不同昆虫间独立进化发生;而CPAP1和CPAP3家族则主要依据某些特定保守结构域进化。此外,通过比较鞘翅目昆虫CPs家族成员和数量的变化,可推测昆虫CPs的进化与其环境适应密切相关。本研究不仅初步揭示了米象CPs序列结构特征的多样性、不同CPs家族的系统发育和进化特点,还可为后续深入开展CP基因的功能研究,进而评价其药靶潜力奠定重要的分子基础。
关键词
米象
表皮蛋白
基因组
注释
系统发育分析
Keywords
Sitophilus
oryzae
cuticular
proteins
genome
-
wide
annotation
phylogenetic
analysis
分类号
S433.5 [农业科学—农业昆虫与害虫防治]
S186 [农业科学—植物保护]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
弱后酸化保加利亚乳杆菌KLDS1.1011的筛选及其全基因组注释研究
王成凤
李柏良
岳莹雪
陈紫育
闫芬芬
霍贵成
李艾黎
《食品工业科技》
CAS
北大核心
2021
5
下载PDF
职称材料
2
米象表皮蛋白的全基因组注释及其系统发育分析
陈二虎
侯秋莉
《中国粮油学报》
CAS
CSCD
北大核心
2021
1
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职称材料
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