蔗糖是植物糖类源库运输的主要形式,是植物生长中重要的能源物质。本研究利用196份已重测序的国内外品种构成的自然群体为试验材料,测定该群体苗期叶片蔗糖含量,结合混合线性模型(Mixed Linear Model)进行全基因组关联分析。结果显示:...蔗糖是植物糖类源库运输的主要形式,是植物生长中重要的能源物质。本研究利用196份已重测序的国内外品种构成的自然群体为试验材料,测定该群体苗期叶片蔗糖含量,结合混合线性模型(Mixed Linear Model)进行全基因组关联分析。结果显示:根据阈值筛选得到5个显著相关SNP位点,分别位于第15和20号染色体上,且在SNP位点上下游各100 kb搜索到27个相关基因。通过GO功能富集分析、KEGG代谢通路富集分析及基因功能注释,筛选得到5个可能与大豆叶片蔗糖含量相关的候选基因,并通过相对表达量分析鉴定得到Glyma.15G023800、Glyma.15G024000、Glyma.15G024600共3个与大豆叶片蔗糖含量相关基因。研究结果为探究大豆叶片蔗糖含量遗传机理提供理论参考。展开更多
叶绿素是植物光合作用主要色素,对大豆产量形成具有重要影响。利用196份已重测序的国内外品种构成自然群体为试验材料,测定该群体苗期叶绿素含量,结合混合线性模型(Mixed linear model)进行全基因组关联分析。结果表明,根据阈值筛选得...叶绿素是植物光合作用主要色素,对大豆产量形成具有重要影响。利用196份已重测序的国内外品种构成自然群体为试验材料,测定该群体苗期叶绿素含量,结合混合线性模型(Mixed linear model)进行全基因组关联分析。结果表明,根据阈值筛选得到37个显著相关SNP位点,分别位于第2、3、4、7、10、13、16号染色体上,在SNP位点上下游各100 kb搜索到194个相关基因。通过GO功能富集分析、KEGG代谢通路富集分析及基因功能注释,筛选得到11个可能与叶绿素含量相关的候选基因,通过相对表达量分析鉴定得到4个Glyma.02G185300、Glyma.03G085000、Glyma.10G259900、Glyma.16G037100与大豆叶绿素含量相关基因。研究结果为探究大豆叶绿素含量遗传机理提供理论参考。展开更多
为了解小麦耐盐相关性状的遗传机理,挖掘与小麦耐盐性显著相关的SNP位点及候选基因,本研究利用浓度200 mmol/L的NaCl溶液和正常营养液对全国300份小麦品种(系)进行耐盐性试验,并利用小麦90 K芯片对分布于小麦全基因组的16650个SNP,采用...为了解小麦耐盐相关性状的遗传机理,挖掘与小麦耐盐性显著相关的SNP位点及候选基因,本研究利用浓度200 mmol/L的NaCl溶液和正常营养液对全国300份小麦品种(系)进行耐盐性试验,并利用小麦90 K芯片对分布于小麦全基因组的16650个SNP,采用Q+K关联混合模型对小麦最长根长、根干重、根鲜重、根平均直径、根尖数、根表面积、根体积和总根长等8个根部耐盐性相关性状进行全基因组关联分析(GWAS,genome-wide association study)。研究结果表明,小麦根部性状表现出广泛的表型变异,变异系数为24.3%~50.0%,多态性信息含量(PIC,polymorphic information content)为0.170~0.562,全基因组LD衰减距离为6 Mb;群体结构分析表明,试验所用300份小麦品种(系)可分为3个亚群,亚群1包含143个(47.67%)试验材料,主要来自河南、陕西和四川;亚群2包含74个(24.67%)试验材料,主要来自北京;亚群3包含83个(27.67%)试验材料,主要来自河南。GWAS共检测到77个与小麦耐盐相关性状显著关联的SNP位点(P≤0.001),这些位点分布在小麦除6D外的20条染色体上,单个SNP位点可解释3.70%~19.45%的表型变异,其中位于1A、3A、4A、7A、3D和5D染色体上的RAC875_c13169_459等6个位点同时关联到2个或2个以上性状,贡献率为3.78%~19.45%;对77个SNP位点进行发掘,筛选到17个可能与小麦耐盐性有关的候选基因。TraesCS5B01G031800(阳离子反转运蛋白)在Na+等阳离子转运中起重要作用,TraesCS5A01G329000(防御素)可以在阻断Na+等阳离子进入过程中起作用,TraesCS2A01G079000(重复富脯氨酸细胞壁蛋白)在细胞壁的形成中起重要作用,这些候选基因可作为耐盐性重要基因。展开更多
文摘蔗糖是植物糖类源库运输的主要形式,是植物生长中重要的能源物质。本研究利用196份已重测序的国内外品种构成的自然群体为试验材料,测定该群体苗期叶片蔗糖含量,结合混合线性模型(Mixed Linear Model)进行全基因组关联分析。结果显示:根据阈值筛选得到5个显著相关SNP位点,分别位于第15和20号染色体上,且在SNP位点上下游各100 kb搜索到27个相关基因。通过GO功能富集分析、KEGG代谢通路富集分析及基因功能注释,筛选得到5个可能与大豆叶片蔗糖含量相关的候选基因,并通过相对表达量分析鉴定得到Glyma.15G023800、Glyma.15G024000、Glyma.15G024600共3个与大豆叶片蔗糖含量相关基因。研究结果为探究大豆叶片蔗糖含量遗传机理提供理论参考。
文摘叶绿素是植物光合作用主要色素,对大豆产量形成具有重要影响。利用196份已重测序的国内外品种构成自然群体为试验材料,测定该群体苗期叶绿素含量,结合混合线性模型(Mixed linear model)进行全基因组关联分析。结果表明,根据阈值筛选得到37个显著相关SNP位点,分别位于第2、3、4、7、10、13、16号染色体上,在SNP位点上下游各100 kb搜索到194个相关基因。通过GO功能富集分析、KEGG代谢通路富集分析及基因功能注释,筛选得到11个可能与叶绿素含量相关的候选基因,通过相对表达量分析鉴定得到4个Glyma.02G185300、Glyma.03G085000、Glyma.10G259900、Glyma.16G037100与大豆叶绿素含量相关基因。研究结果为探究大豆叶绿素含量遗传机理提供理论参考。
文摘为了探究虹鳟传染性胰脏坏死症(Infectious Pancreatic Necrosis,IPN)抗性的遗传基础,本文采用三种二歧性状的分析方法,对来自58个全同胞家族的749尾虹鳟(271尾抗性和478尾易感),注射传染性胰脏坏死病毒后的存活情况进行全基因组关联分析(Genome-Wide Association Study,GWAS)。关联分析结果表明,共鉴定到两个QTN与虹鳟IPN抗性显著关联,位于四号染色体和对应的Scaffold上。以这些检测到的QTNs作为探针,对比虹鳟全基因组信息,筛选得到四个候选基因,它们可能是影响虹鳟IPN抗性的重要功能基因。通过对比三种方法的检测结果,得知GRAMMAR-Lambda法对检测二歧性状QTNs的统计能力略高于SAIGE和GMMAT法,具有更好的统计性能。这些研究结果为虹鳟抗传染性胰脏坏死病毒的遗传选育提供了分子标记,为虹鳟抗传染性胰脏坏死病毒的研究提供了理论基础。
文摘为了解小麦耐盐相关性状的遗传机理,挖掘与小麦耐盐性显著相关的SNP位点及候选基因,本研究利用浓度200 mmol/L的NaCl溶液和正常营养液对全国300份小麦品种(系)进行耐盐性试验,并利用小麦90 K芯片对分布于小麦全基因组的16650个SNP,采用Q+K关联混合模型对小麦最长根长、根干重、根鲜重、根平均直径、根尖数、根表面积、根体积和总根长等8个根部耐盐性相关性状进行全基因组关联分析(GWAS,genome-wide association study)。研究结果表明,小麦根部性状表现出广泛的表型变异,变异系数为24.3%~50.0%,多态性信息含量(PIC,polymorphic information content)为0.170~0.562,全基因组LD衰减距离为6 Mb;群体结构分析表明,试验所用300份小麦品种(系)可分为3个亚群,亚群1包含143个(47.67%)试验材料,主要来自河南、陕西和四川;亚群2包含74个(24.67%)试验材料,主要来自北京;亚群3包含83个(27.67%)试验材料,主要来自河南。GWAS共检测到77个与小麦耐盐相关性状显著关联的SNP位点(P≤0.001),这些位点分布在小麦除6D外的20条染色体上,单个SNP位点可解释3.70%~19.45%的表型变异,其中位于1A、3A、4A、7A、3D和5D染色体上的RAC875_c13169_459等6个位点同时关联到2个或2个以上性状,贡献率为3.78%~19.45%;对77个SNP位点进行发掘,筛选到17个可能与小麦耐盐性有关的候选基因。TraesCS5B01G031800(阳离子反转运蛋白)在Na+等阳离子转运中起重要作用,TraesCS5A01G329000(防御素)可以在阻断Na+等阳离子进入过程中起作用,TraesCS2A01G079000(重复富脯氨酸细胞壁蛋白)在细胞壁的形成中起重要作用,这些候选基因可作为耐盐性重要基因。
